BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G05710.1
Length=3493
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480186 jgi|Araly1|480186|fgenesh2_kg.3__2887__AT2G05710.1 5365 0.0
Ahg891152 jgi|Araly1|891152|Al_scaffold_0007_3138 3360 0.0
> Ahg480186 jgi|Araly1|480186|fgenesh2_kg.3__2887__AT2G05710.1
Length=3451
Score = 5365 bits (2905), Expect = 0.0
Identities = 3248/3410 (95%), Gaps = 37/3410 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 95 CCTCCATGATCGATCCCAATTGATCAATCA-ATAACCTTATCTTCTTCATCTTCTCTGTC 153
|||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 65 CCTCCATGATCGTTCCCAATTGATCAATCACA-AACCTTATCTTCTTCTTCTTCTCTGTC 123
Query 154 AGTATCTGAATCTGCATCTGGAAGCGTGATTTCATCATCATGTATTTAACCgcttcatct 213
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 124 AGTATCTGAATCTGCATCTGGAAGCGTGATTTCATCATCATGTATATAACTGCTTCATCT 183
Query 214 tccgcttcttcctccatcatccgagctgcttcttctcgctcttcttctcttttctctttc 273
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||
Sbjct 184 TCCGCTTCTTCCTCTATCATTCGAGCTGCTTCTTCTCGCTCTTCTTCACTCTTCTCCTTC 243
Query 274 cGATCGGTTTTATCTCCCTCCGTTTCATCTACTTCTCCGTCGTCTCTTCTCGCTCGTAGA 333
|||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||||
Sbjct 244 CGATCGTTTTTATCTCCGTCCGTTTCATCTACTTCACCGTCGTCACTTCTCGGTCGTAGA 303
Query 334 TCTTTTGGTACCATTTC-CC--C---T-G--C-TTTCCGTCGCTGGAGCCATTCCTTTCA 383
||||||||||||||||| || | | | | ||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 304 TCTTTTGGTACCATTTCACCTGCTTTTCGTTCATTTCC-TCGCTGGAGCCATTGCTTTCA 362
Query 384 CTCGAAACCATCTCCGTTTCGCTTCACCTCTCAGATCAGAGCTGTTTCTCCAGTCTTAGA 443
||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 363 CTCAAAACCATCTCCGTTTCGCTTAACCACTCAGATCAGAGCTGTTTCTCCAGTCTTAGA 422
Query 444 TCGTCTCCAGAGAACCTTCTCTTCCATGGCGTCAGAGCATCCGTTTAAAGGGATCTTCAC 503
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 423 TCGTCTCGAGAGAACCTTCTCTTCCATGGCGTCAGAGCATCCGTTTAAAGGGATCTTCAC 482
Query 504 TACACTTCCTAAGCCTGGTGGTGGTGAATTCGGAAAGTTCTATAGCTTACCTGCTCTTAA 563
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 483 TACTCTTCCTAAGCCTGGTGGTGGTGAATTCGGAAAGTTCTATAGCTTACCTGCTCTTAA 542
Query 564 CGATCCACGAGTTGATAAACTTCCTTACTCTATTAGGATTCTGCTTGAATCTGCGATTCG 623
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 543 TGATCCACGAATTGATAAACTTCCTTACTCTATTAGGATTCTTCTTGAATCTGCGATTCG 602
Query 624 TAATTGTGATAACTTTCAAGTTACTAAGGAAGATGTTGAGAAGATTATTGACTGGGAAAA 683
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 603 TAATTGTGATAACTTTCAAGTTACTAAGGAAGATGTTGAGAAGATTATTGACTGGGAAAA 662
Query 684 GACATCTCCTAAACAAGTAGAGATTCCTTTTAAACCAGCTCGTGTTCTTCTTCAGGACTT 743
||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 663 AACATCTCCTAAACAAGTCGAGATTCCGTTTAAACCGGCTCGTGTTCTTCTTCAGGACTT 722
Query 744 TACGGGAGTCCCAGCTGTTGTTGACCTTGCTTGTATGCGTGATGCGATGAATAAGCTGGG 803
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 723 TACTGGAGTCCCAGCTGTTGTTGACCTTGCTTGTATGCGTGATGCGATGAATAAGCTGGG 782
Query 804 AAGTGATTCCAACAAAATCAATCCCTTGGTTCCGGTGGATCTTGTGATTGATCACTCGGT 863
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 783 CAGTGATTCCAACAAAATCAATCCTTTGGTTCCGGTGGATCTTGTGATTGATCACTCGGT 842
Query 864 TCAAGTAGATGTAGCTCGATCAGAGAATGCAGTGCAAGCAAACATGGAGCTTGAGTTCCA 923
|||||| ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 843 TCAAGTTGATGTTGCTAGATCTGAGAATGCAGTGCAAGCAAACATGGAGCTTGAGTTCCA 902
Query 924 GAGGAACAAGGAGAGGTTTGCTTTCCTTAAATGGGGTTCTACTGCGTTCCAGAACATGCT 983
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 903 GAGGAACAAGGAGAGGTTTGCTTTCCTTAAGTGGGGTTCTACTGCGTTCCAGAACATGCT 962
Query 984 TGTTGTGCCTCCTGGCTCTGGTATTGTGCATCAGGTCAATTTGGAATATCTTGGAAGAGT 1043
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 963 TGTTGTGCCTCCTGGCTCTGGTATTGTGCATCAGGTCAATTTGGAATATCTTGGAAGAGT 1022
Query 1044 TGTGTTCAATACCAAAGGCCTTCTCTACCCAGACAGCGTGGTTGGAACTGATTCACATAC 1103
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1023 TGTGTTCAATACCAAAGGCCTTCTCTACCCAGACAGCGTGGTTGGAACTGATTCACATAC 1082
Query 1104 AACTATGATTGATGGTTTGGGAGTTGCTGGATGGGGTGTTGGGGGTATTGAAGCTGAGGC 1163
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1083 AACTATGATTGATGGTTTGGGAGTTGCTGGATGGGGAGTTGGAGGCATTGAAGCTGAGGC 1142
Query 1164 AACAATGCTTGGCCAGCCCATGAGTATGGTATTGCCTGGTGTTGTTGGATTCAAACTTGC 1223
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1143 AACAATGCTTGGGCAGCCCATGAGTATGGTATTGCCTGGTGTTGTTGGATTCAAACTGGC 1202
Query 1224 CGGAAAAATGCGTAATGGTGTAACAGCTACTGATTTGGTTCTAACAGTGACTCAAATGCT 1283
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1203 CGGAAAAATGCGTAATGGTGTAACAGCTACTGATTTGGTTCTAACAGTGACTCAAATGCT 1262
Query 1284 GAGGAAGCATGGCGTTGTTGGAAAGTTTGTTGAGTTTTATGGTAATGGCATGAGTGGGCT 1343
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 1263 GAGGAAGCATGGTGTTGTTGGAAAGTTTGTTGAGTTTTATGGTGATGGTATGAGTGGGCT 1322
Query 1344 GTCCCTAGCTGACAGGGCGACAATTGCCAATATGTCTCCCGAGTATGGTGCAACCATGGG 1403
|||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1323 GTCCCTAGCTGACAGGGCAACCATTGCCAACATGTCTCCCGAGTATGGTGCAACCATGGG 1382
Query 1404 CTTCTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTACAATATCTCAAATTGACTGGAAGAAGCGATGA 1463
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1383 CTTCTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTACAGTATCTCAAATTGACTGGAAGAAGCGATGA 1442
Query 1464 GACAGTGGCTATGATTGAAGCATATCTTCGGGCTAACAATATGTTTGTTGACTACAATGA 1523
||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1443 GACAGTGGCCATGATTGAAGCATATCTTCGCGCAAACAATATGTTTGTTGACTACAATGA 1502
Query 1524 GCCTCAGCAAGACCGGGTTTACTCGTCATATCTAGAACTGAATCTGGATGATGTTGAACC 1583
|||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 1503 GCCTCAGCAAGACCGGGTCTACTCATCATATCTAGAACTGAACCTGGATAATGTTGAACC 1562
Query 1584 TTGCATTTCTGGACCAAAGCGGCCACATGATCGTGTTACTTTGAAGGAAATGAAAGCTGA 1643
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1563 TTGCATTTCTGGACCAAAGCGGCCACATGATCGTGTTACTTTGAAGGATATGAAAGCTGA 1622
Query 1644 CTGGCATTCATGTCTTGACAGTAAAGTTGGGTTCAAGGGTTTTGCTATACCTAAAGAGGC 1703
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1623 CTGGCATTCATGTCTTGACAGTAAAGTTGGGTTCAAGGGTTTTGCTATACCTAAAGAGGC 1682
Query 1704 ACAAGAAAAAGTGGTAAATTTTTCGTTCGATGGACAACCAGCAGAGCTTAAACATGGAAG 1763
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1683 ACAAGAAAAAGTGGTAAATTTTTCGTTCAATGGACAACCAGCAGAGCTTAAACATGGAAG 1742
Query 1764 TGTGGTGATTGCTGCAATCACAAGCTGTACTAATACATCAAATCCCAGCGTCATGCTTGG 1823
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1743 TGTGGTGATTGCTGCAATCACAAGCTGTACTAATACATCAAATCCCAGCGTCATGCTTGG 1802
Query 1824 TGCTGGTCTTGTTGCAAAGAAGGCTTGTGACCTTGGGCTACAGGTTAAGCCTTGGATAAA 1883
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1803 TGCTGGTCTTGTTGCAAAGAAGGCTTGTGACCTTGGACTACAGGTTAAGCCTTGGATAAA 1862
Query 1884 GACAAGTCTTGCTCCAGGCTCAGGAGTTGTTACAAAATACTTATTAAAGAGTGGATTGCA 1943
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1863 GACAAGTCTTGCGCCGGGCTCAGGAGTTGTTACAAAATACTTATTAAAGAGTGGACTGCA 1922
Query 1944 AGAATATCTGAATGAACAGGGTTTCAATATTGTCGGCTACGGGTGCACTACATGCATCGG 2003
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1923 AGAATATCTGAATGAACAGGGTTTCAATATTGTCGGCTACGGGTGCACTACATGCATTGG 1982
Query 2004 GAATTCTGGGGAAATTAATGAATCAGTGGGAGCTGCTATTACCGAAAATGACATTGTGGC 2063
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1983 GAATTCTGGAGAAATTAATGAATCAGTGGGAGCTGCTATTACCGAAAATGACATTGTGGC 2042
Query 2064 GGCTGCTGTGCTATCCGGTAACAGGAACTTTGAGGGGCGTGTTCATCCACTAACAAGAGC 2123
||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2043 GGCTGCTGTTCTTTCCGGGAACAGGAACTTTGAGGGGCGTGTTCATCCTCTAACAAGAGC 2102
Query 2124 CAATTACCTTGCATCTCCTCCGTTGGTGGTTGCCTATGCTCTTGCTGGCACGGTTAACAT 2183
||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2103 CAACTACCTTGCTTCTCCTCCTTTGGTGGTTGCCTATGCTCTTGCTGGCACGGTTAACAT 2162
Query 2184 TGACTTTGAAACGGAGCCTATTGGCAAAGGAAAGAATGGCAAGGACGTCTTCTTAAGAGA 2243
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2163 TGACTTTGAAACGGAGCCTATTGGCACTGGAAAGAATGGCAAGGATGTCTTCCTAAGAGA 2222
Query 2244 TATCTGGCCAACCACGGAAGAAATTGCTGAGGTTGTTCAATCCAGTGTTTTGCCTGACAT 2303
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2223 TATCTGGCCAACCACGGAAGAAATTGCTGAGGTTGTTCAATCCAGTGTTTTGCCTGACAT 2282
Query 2304 GTTCCGAGCAACGTACGAGTCAATCACCAAGGGTAACCCCATGTGGAATAAGCTGTCTGT 2363
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2283 GTTCCGAGCAACATACGAGTCAATCACCAAGGGTAACCCCATGTGGAATAAGCTGTCTGT 2342
Query 2364 TCCTGAGAATACCCTCTACTCATGGGATCCCAACTCAACTTACATTCACGAGCCTCCATA 2423
|||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2343 TCCTGAAAATACCCTTTACTCATGGGATCCCAACTCTACTTACATTCACGAGCCTCCATA 2402
Query 2424 CTTCAAGGACATGACCATGGATCCTCCTGGTCCACACAATGTGAAGGATGCTTACTGTTT 2483
||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2403 CTTTAAGGACATGACCATGGATCCTCCAGGGCCACACAATGTGAAGGATGCTTACTGTTT 2462
Query 2484 ACTCAATTTTGGGGACAGTATCACCACTGATCACATCTCACCAGCTGGAAACATCCAAAA 2543
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2463 GCTCAATTTTGGGGACAGTATCACCACTGATCACATTTCACCAGCTGGGAACATCCAAAA 2522
Query 2544 GGACAGTCCTGCTGCAAAGTTTCTCATGGAGCGTGGCGTTGACCGTAAGGACTTCAACTC 2603
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2523 GGACAGTCCTGCTGCAAAGTTTCTCATCGAGCGTGGCATTGACCGTAAGGACTTCAACTC 2582
Query 2604 ATATGGAAGTCGCCGTGGGAATGATGAAATAATGGCCAGAGGTACTTTTGCTAATATCCG 2663
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2583 ATATGGAAGTCGCCGTGGGAATGATGAAATAATGGCCAGAGGCACTTTTGCTAATATCCG 2642
Query 2664 TATCGTTAACAAGCTCATGAATGGTGAAGTTGGCCCTAAGACTGTTCACATTCCATCTGG 2723
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2643 TATCGTTAACAAGCTCATGAATGGTGAAGTTGGCCCTAAGACGGTTCACATTCCATCTGG 2702
Query 2724 AGAGAAGCTCTCAGTCTTTGACGCTGCCATGAGGTACAAGTCATCTGGTGAAGACACAAT 2783
|||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2703 AGAGAAGCTCTCAGTCTTCGATGCAGCCATGAGGTACAAGTCATCTGGTGAAGACACAAT 2762
Query 2784 TATTCTGGCTGGAGCTGAGTATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGGGCTGCCAAGGGACC 2843
|||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2763 TATTCTTGCTGGAGCTGAATATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGGGCTGCCAAGGGACC 2822
Query 2844 CATGCTACAGGGTGTTAAAGCGGTGATTGCAAAGAGTTTTGAGAGGATTCACCGAAGCAA 2903
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2823 CATGCTACAGGGCGTTAAAGCGGTGATTGCAAAGAGTTTTGAGAGGATTCACCGAAGCAA 2882
Query 2904 CTTGGTGGGAATGGGAATCAT-CCCATTGTGCTTTAAGTCCGGTGAAGACGCAGATACTC 2962
||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2883 CTTGGTGGGAATGGGAATCATTCCCCT-GTGCTTTAAGTCCGGGGAAGATGCAGATACTC 2941
Query 2963 TTGGATTGACTGGTCACGAACGCTACACGATCCATCTCCCAACCGATATCTCAGAGATAA 3022
|||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2942 TTGGATTGACTGGTCACGAACGCTACACAATCAATCTCCCAACCGATATCTCAGAGATAA 3001
Query 3023 GACCTGGCCAAGATGTTACCGTCACTACCGACAACGGAAAATCTTTCACTTGCACAGTCC 3082
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3002 GACCTGGCCAAGATGTTACTGTCACTACCGACAACGGGAAATCTTTCACTTGCACAGTCC 3061
Query 3083 GCTTCGACACAGAGGTGGAATTGGCATACTTTAACCATGGAGGCATACTTCCATATGTTA 3142
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3062 GCTTCGACACAGAGGTGGAATTGGCATACTTCAACCATGGAGGCATACTTCCATATGTTA 3121
Query 3143 TCAGAAACTTGAGCAAGCAATAGTGAAGGAAGCAATACACAAGTTATGGAGCAAAATAAA 3202
||||||||||||||||||||||| | | |||| |||||||||||||||||
Sbjct 3122 TCAGAAACTTGAGCAAGCAATAG--AC--A--CAAT-------TTATGGAGCAAAATAAA 3168
Query 3203 AGAGTGTTTGTTTCTGTTTTAAAAT-GTCTTTTTTAAAAGGCAGATAAGTCTGTCTAGGA 3261
|||| ||| ||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3169 AGAGA-TTT-TTTCTGTTT-AAAGTTGTCATTTTTAAAAGGCAGATAAGTCTGTCTAGGA 3225
Query 3262 TTAGGTTAAAAGGTGAGTGATCTCATGCAATAT-ATGAGTTTCAGTGGGTTATTCTTACA 3320
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||||| |||||| |||
Sbjct 3226 TTAGGTTAAAAGGTGAGTGATCTCATGCAATATGA-GAGTTGCAGTGTGTTATT---ACA 3281
Query 3321 CGCTTAGGCTCCCATGTTTCGCAACTTGCAAGAGTTGAATATTATTGTTTTTGAAAAGGA 3380
|| || |||||||| |||| ||||||||||| | | ||| |||||||||||| ||||||
Sbjct 3282 CGTTTGGGCTCCCAAGTTTTGCAACTTGCAACCGCTCAATGTTATTGTTTTTGGAAAGGA 3341
Query 3381 ATAAGAGAGCCTTCTTGCATATTCCCATTACTGACTCCCAAAGACCTCGCAATCTGTTGC 3440
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 3342 ATAAGAGAGCCTTCCTGCATATTCCCATTGCTGACTCCCAAATACCTCGCAATCCGTTGC 3401
Query 3441 ATTTCACAAGCGTATTCAGCAGCATCTATACCAATTCTCAGATCATGTTC 3490
||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||| ||||
Sbjct 3402 ATTTCACAAGCGTATTCAGCAGCTTCTATACCACTTCTCATATCAGGTTC 3451
Score = 65.8 bits (35), Expect = 2e-09
Identities = 39/41 (95%), Gaps = 0/41 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 CACGCAGCCCTAGGCATTTTCGTTTCGTCTCCACACGCctc 41
||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CACACAGACCTAGGCATTTTCGTTTCGTCTCCACACGCCTC 41
> Ahg891152 jgi|Araly1|891152|Al_scaffold_0007_3138
Length=2934
Score = 3360 bits (1819), Expect = 0.0
Identities = 2475/2796 (89%), Gaps = 28/2796 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 382 CACTCGAAACCATCTCCGTTTCGCTTCACCTCTCAGATCAGAGCTGTTTCTCCAGTCTTA 441
||||||||||| | ||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| || |||
Sbjct 151 CACTCGAAACCTTTTCCACTTCGCATCGGTTCTCAGATCAGAGCCGTTTCTCCTGTTTTA 210
Query 442 GATCGTCTCCAGAGAACCTTCTCTTCCATGGCGTCAGAGCATCCGTTTAAAGGGATCTTC 501
|| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 211 GACCGTCTCCAAAGAACTTTCTCTTCCATGGCTTCAGAGCATCCGTACAAAGGAATCTTC 270
Query 502 ACTACACTTCCTAAGCCTGGTGGTGGTGAATTCGGAAAGTTCTATAGCTTACCTGCTCTT 561
|| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 271 ACCACTCTTCCTAAGCCTGGTGGTGGCGAATTCGGAAAATTCTACAGCTTACCTGCTCTC 330
Query 562 AACGATCCACG-AGTTGATAAACTTCCTTACTCTATTAGGATTCTGCTTGAATCTGCGAT 620
|| ||||| || | ||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 331 AATGATCCTCGCA-TTGATAAGCTTCCTTACTCTATAAGGATTCTTCTTGAATCTGCGAT 389
Query 621 TCGTAATTGTGATAACTTTCAAGTTACTAAGGAAGATGTTGAGAAGATTATTGACTGGGA 680
|||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 390 TCGTAACTGTGATAACTTCCAAGTCACTAAGGAAGATGTTGAGAAGATTATTGATTGGGA 449
Query 681 AAAGACAT-CTCCTAAACAAGTAGAGATTCCTTTTAAACCAGCTCGTGTTCTTCTTCAGG 739
||| || | ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 450 AAATAC-TGCTCCTAAACTAGTCGAGATTCCTTTCAAACCTGCTCGTGTTCTTCTCCAGG 508
Query 740 ACTTTAC-GGGAGTCCCAGCTGTTGTTGACCTTGCTTGTATGCGTGATGCGATGAATAAG 798
||||||| ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 509 ACTTTACTGGG-GTACCAGCTGTTGTTGATCTTGCTTGTATGCGTGATGCTATGAATAAA 567
Query 799 CTGGGAAGTGATTCCAACAAAATCAATCCCTTGGTTCCGGTGGATCTTGTGATTGATCAC 858
||||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 568 CTGGGGAGTGATTCCAATAAGATCAATCCATTGGTTCCGGTGGATCTTGTAATTGATCAC 627
Query 859 TCGGTTCAAGTAGATGTAGCTCGATCAGAGAATGCAGTGCAAGCAAACATGGAGCTTGAG 918
|| |||||||| ||||| || |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 628 TCAGTTCAAGTTGATGTTGCAAGATCTGAGAATGCAGTTCAAGCCAACATGGAGCTTGAA 687
Query 919 TTCCAGAGGAACAAGGAGAGGTTTGCTTTCCTTAAATGGGGTTCTACTGCGTTCCAGAAC 978
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 688 TTCCAGAGGAATAAGGAGAGGTTCGCTTTCCTTAAATGGGGTTCTACTGCTTTTCAAAAC 747
Query 979 ATGCTTGTTGTGCCTCCTGGCTCTGGTATTGTGCATCAGGTCAATTTGGAATATCTTGGA 1038
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||
Sbjct 748 ATGCTTGTTGTGCCCCCTGGTTCTGGTATTGTGCATCAGGTTAACTTGGAATATCTGGGA 807
Query 1039 AGAGTTGTGTTCAATACCAAAGGCCTTCTCTACCCAGACAGCGTGGTTGGAACTGATTCA 1098
||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 808 AGAGTTGTGTTCAATACCAAAGGTCTTCTCTACCCGGACAGTGTGGTTGGAACTGACTCA 867
Query 1099 CATACAACTATGATTGATGGTTTGGGAGTTGCTGGATGGGGTGTTGGGGGTATTGAAGCT 1158
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||
Sbjct 868 CATACAACTATGATTGATGGGTTGGGAGTTGCTGGATGGGGGGTTGGAGGCATTGAAGCT 927
Query 1159 GAGGCAACAATGCTTGGCCAGCCCATGAGTATGGTATTGCCTGGTGTTGTTGGATTCAAA 1218
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 928 GAGGCGACAATGCTTGGCCAGCCCATGAGTATGGTATTGCCTGGTGTTGTTGGATTCAAT 987
Query 1219 CTTGCCGGAAAAATG-CGTAATGGTGTAACAGCTACTGATTTGGTTCTAACAGTGACTCA 1277
|| | ||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||| |||| ||||| ||
Sbjct 988 CT-GTCGGGAAAATTACGTAATGGTGTTACTGCTACTGATTTGGTTTTAACTGTGACCCA 1046
Query 1278 AATGCTGAGGAAGCATGGCGTTGTTGGAAAGTTTGTTGAGTTTTATGGTAATGGCATGAG 1337
||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||
Sbjct 1047 AATACTGAGGAAACATGGTGTTGTTGGCAAGTTTGTTGAGTTTTATGGTGATGGTATGAG 1106
Query 1338 TGGGCTGTCCCTAGCTGACAGGGCGACAATTGCCAATATGTCTCCCGAGTATGGTGCAAC 1397
|| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1107 TGAACTGTCCCTGGCTGACAGGGCCACAATTGCCAATATGTCTCCTGAGTATGGTGCAAC 1166
Query 1398 CATGGGCTTCTTCCCTGTGGATCATGTTACTCTACAATATCTCAAATTGACTGGAAGAAG 1457
|||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1167 CATGGGGTTCTTTCCTGTCGATCATGTTACTCTACAGTATCTTAAATTGACTGGAAGAAG 1226
Query 1458 CGATGAGACAGTGGCTATGATTGAAGCATATCTTCGGGCTAACAATATGTTTGTTGACTA 1517
|||||||| || || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1227 TGATGAGACGGTTGCCATGATTGAAGCATATCTTCGGGCAAATAATATGTTTGTTGACTA 1286
Query 1518 CAATGAGCCTCAGCAAGACCGGGTTTACTCGTCATATCTAGAACTGAATCTGGAT-GATG 1576
|| ||||||||||||||| || |||||||| || ||||| ||| | ||||||||| | ||
Sbjct 1287 CAGTGAGCCTCAGCAAGAGCGTGTTTACTCATCTTATCTGGAATTAAATCTGGATAG-TG 1345
Query 1577 TTGAACCTTGCATTTCTGGACCAAAGCGGCCACATGATCGTGTTACTTTGAAGGAAATGA 1636
|||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| || | || |||||||
Sbjct 1346 TTGAACCTTGCATTTCCGGACCTAAGAGGCCACATGATCGTGTTCCTCTAAAAGAAATGA 1405
Query 1637 AAGCTGACTGGCATTCATGTCTT-GACAGTAAAGTTGGGTTCAAGGGTTTTGCTATACCT 1695
||||||||||||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1406 AAGCTGACTGGCACTCATGT-TTAGACAGTAAAGTTGGGTTCAAGGGTTTCGCCATACCT 1464
Query 1696 AAAGAGGCACAAGAAAAAGTGGTAAATTTTTCGTTCGATGGACAACCAGCAGAGCTTAAA 1755
|| ||||| ||||| || || ||||| ||||| ||| |||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 1465 AAGGAGGCGCAAGAGAAGGTAGTAAAGTTTTCTTTCAATGGGCAACCTGCAGAGCTTAAA 1524
Query 1756 CATGGAAGTGTGGTGATTGCTGCAATCACAAGCTGTACTAATACATCAAATCCCAGCGTC 1815
||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1525 CATGGCAGTGTGGTCATTGCTGCGATCACAAGTTGCACTAATACATCAAACCCCAGTGTC 1584
Query 1816 ATGCTTGGTGCTGGTCTTGTTGC-AAAGAAGGCTTGTGACCTTGGGCTACAGGTTAAGCC 1874
||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1585 ATGCTTGGTGCTGCTCTTGTTGCCAAA-AAGGCCTGTGACCTTGGCCTACAGGTTAAGCC 1643
Query 1875 TTGGATAAAGACAAGTCTTGCTCCAGGCTCAGGAGTTGTTACAAAATACTTATTAAAGAG 1934
||||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1644 TTGGACAAAAACAAGTCTTGCACCAGGTTCAGGAGTTGTTACAAAATACTTACTAAAGAG 1703
Query 1935 TGGATTGCAAGAATATCTGAATGAACAGGGTTTCAATATTGTCGGCTACGGGTGCACTAC 1994
||| ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| || || || ||||||||
Sbjct 1704 TGGCCTGCAAAAATATCTGAACCAGCAGGGTTTCAATATTGTTGGTTATGGCTGCACTAC 1763
Query 1995 ATGCATCGGGAATTCTGGGGAAATTAATGAATCAGTGGGAGCTGCTATTACCGAAAATGA 2054
|||||| || || ||||| || || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 1764 ATGCATTGGCAACTCTGGAGAGATCGATGAATCAGTGGGAGCTGCCATTACAGAAAATGA 1823
Query 2055 CATTGTGGCGGCTGCTGTGCTATCCGGTAACAGGAACTTTGAGGGGCGTGTTCATCCACT 2114
||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||| |||||||||||| |
Sbjct 1824 CATTGTGGCTGCGGCTGTGCTTTCTGGGAACAGAAACTTTGAGGGCCGTGTTCATCCATT 1883
Query 2115 AACAAGAGCCAATTACCTTGCATCTCCTCCGTTGGTGGTTGCCTATGCTCTTGCTGGCAC 2174
|||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1884 AACAAGAGCCAACTACCTTGCATCTCCACCTTTGGTGGTTGCCTATGCTCTTGCTGGAAC 1943
Query 2175 GGTTAACATTGACTTTGAAACGGAGCCTATTGGCAAAGGA-AAGAATGGCAAGGACGTCT 2233
|||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||| |||||||| ||||| ||||
Sbjct 1944 GGTTAACATTGACTTTGAGACAGAGCCCATTGGCAA-GGACAAGAATGGTAAGGATGTCT 2002
Query 2234 TCTTAAGAGATATCTGGCCAACCACGGAAGAAATTGCTGAGGTTGTTCAATCCAGTGTTT 2293
|| | || ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |
Sbjct 2003 TCCTCAGGGATATCTGGCCCACCACAGAAGAAATTGCTCAGGTTGTTCAGTCCAGTGTGT 2062
Query 2294 TGCCTGACATGTTCCGAGCAACGTACGAGTCAATCACCAAGGGTAACCCCATGTGGAATA 2353
| ||||||||||||||||| || || || || ||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2063 TACCTGACATGTTCCGAGCTACTTATGAATCCATCACCAAGGGAAACCCGATGTGGAATC 2122
Query 2354 AGCTGTCTGTTCCTGAGAATACCCTCTACTCATGGGATCCCAACTCAACTTACATTCACG 2413
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||| | ||||
Sbjct 2123 AGCTGTCTGTTCCTGAAAATACTCTCTACTCATGGGATCCTAAGTCAACTTACGTACACG 2182
Query 2414 AGCCTCCATACTTCAAGGACATGACCATGGATCCTCCTGGTCC-ACACAATGTGAAGGAT 2472
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | || ||||||||||
Sbjct 2183 AGCCTCCATACTTCAAGGACATGACCATGGATCCTCCCGGGCCGAG-CAGTGTGAAGGAT 2241
Query 2473 GCTTACTGTTTACTCAATTTTGGGGACAGTATCACCACTGATCACATCTCACCAGCTGGA 2532
|| ||||||||||| || || || |||||||||||||| || ||||| || |||||||||
Sbjct 2242 GCATACTGTTTACTGAACTTAGGCGACAGTATCACCACAGACCACATATCTCCAGCTGGA 2301
Query 2533 AACATCCAAAAGGACAGTCCTGCTGCAAAGTTTCTCATGGAGCGTGGCGTTGACCGTAAG 2592
| |||||| ||||||||||| |||||||||| |||| | || || || |||||||| ||
Sbjct 2302 AGCATCCACAAGGACAGTCCCGCTGCAAAGTATCTCCTCGAACGGGGGGTTGACCGCAAA 2361
Query 2593 GACTTCAACTCATATGGAAGTCGCCGTGGGAATGATGAAATAATGGCCAGAGGTACTTTT 2652
|| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||| ||||| || || || |||
Sbjct 2362 GATTTCAACTCATATGGAAGTCGACGTGGAAACGATGAAATTATGGCTAGGGGAACATTT 2421
Query 2653 GCTAATATCCGTA-TCGTTAACAAGCTCATGAATGGTGAAGTTGGCCCTAAGACTGTTCA 2711
|| |||||| | | | ||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2422 GCAAATATCAG-ACTTGTTAATAAGCTGTTGAATGGAGAAGTTGGCCCTAAGACGGTTCA 2480
Query 2712 CATTCC-ATCTGGAGAGAAGCTCTCAGTCTTTGACGCTGCCATGAGGTACAA-GTCATCT 2769
|||||| | ||||||||||||| || ||||| || || |||||||| ||||| | || ||
Sbjct 2481 CATTCCTA-CTGGAGAGAAGCTATCTGTCTTCGATGCAGCCATGAGATACAAAG-CAGCT 2538
Query 2770 GGTGAAGACACAATTATTCTGGCTGGAGCTGAGTATGGAAGTGGTAGCTCACGTGATTGG 2829
||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
Sbjct 2539 GGTGAGGCCACCATTATTCTGGCTGGAGCTGAGTATGGTAGTGGTAGCTCCCGTGATTGG 2598
Query 2830 GCTGCCAAGGGACCCATGCTACAGGGTGTTAAAGCGGTGAT-TGCAAAGAGTTTTGAGAG 2888
|||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||| ||
Sbjct 2599 GCTGCCAAGGGACCCATGTTACAGGGCGTTAAAGCAGTGATCT-CAAAGAGTTTTGAAAG 2657
Query 2889 GATTCACCGAAGCAACTTGGTGGGAATGGGAATCATCCCATTGTGCTTTAAGTCCGGTGA 2948
||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||
Sbjct 2658 GATTCACCGGAGTAACTTGGTGGGAATGGGAATCATCCCACTGTGTTTTAAGTCTGGTGA 2717
Query 2949 AGACGCAGATACTCTTGGATTGACTGGTCACGAACGCTACACGATCCATCTCCCAACCGA 3008
|| ||||| || ||||||||||| ||| | || || ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2718 GGATGCAGACACCCTTGGATTGACAGGTAAGGAGCGTTACACCATCCATCTCCCAACCGA 2777
Query 3009 TATCTCAGAGATAAGACCTGGCCAAGATGTTACCGTCACTACCGACAAC-GGAAAATCTT 3067
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||| | ||||||||||
Sbjct 2778 TATCTCGGAGATAAGACCTGGGCAAGATGTTACTGTCACTACAGACA-CTGGAAAATCTT 2836
Query 3068 TCACTTGCACAGTCCGCTTCGACACAGAGGTGGAATTGGCATACTTTAACCATGGAGGCA 3127
|||| |||||||||||||| ||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 2837 TCACCTGCACAGTCCGCTTTGACACTGAGGTGGAACTGGCTTACTTCAACCACGGAGGCA 2896
Query 3128 TACTTCCATATGTTATCAGAAACTTGAGCAAGCAAT 3163
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2897 TACTTCCATATGTGATCAGAAACTTGAGCAAGCAAT 2932
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131907548018
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5