BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G06210.1
Length=3580
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480219 jgi|Araly1|480219|fgenesh2_kg.3__2920__AT2G06210.1 4482 0.0
> Ahg480219 jgi|Araly1|480219|fgenesh2_kg.3__2920__AT2G06210.1
Length=3424
Score = 4482 bits (2427), Expect = 0.0
Identities = 2678/2798 (96%), Gaps = 21/2798 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 775 CTAGATCCTGATAATGTTGAGGCTCTTGTGGCACTTGGGATTATGGATTTGCAAGCAAAT 834
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 633 CTAGATCCTGATAATGTTGAGGCTCTTGTGGCACTTGGGATCATGGATTTGCAAGCAAAT 692
Query 835 GATTCTATAGGAATGAGGAAAGGAATGGACAGAATGCAGCAGGCATTCGAGATTTATCCC 894
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 693 GATTCTATAGGAATGAGGAAAGGAATGGACAGAATGCAGCAAGCATTTGAGATTTATCCA 752
Query 895 TATTGCGCATCAGCCTTAAATTATTTGGCCAATCACttttttttCACCGGCCAGCACTTT 954
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 753 TATTGCGCATCAGCCCTAAATTATTTGGCCAATCACTTTTTTTTCACTGGCCAGCACTTT 812
Query 955 CTTGTTGAGCAGCTGACTGAAACAGCATTAGCCGTCACAACTCATGGGCCAACAAAGTCA 1014
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 813 CTTGTTGAGCAGCTGACTGAAACGGCATTAGCCGTCACAACTCATGGGCCAACAAAGTCA 872
Query 1015 CATTCTTTTTACAATTTAGCACGGTCATATCATAGCAAGGGGGACTTTGAAAAGGCTGGG 1074
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 873 CATTCTTTTTACAATTTAGCACGGTCATATCATAGCAAGGGGGACTATGAAAAGGCTGGG 932
Query 1075 ATGTACTATATGGCAGCCATCAAAGAAACTAATAATAACCCACACGAATTTGTATTTCCT 1134
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 933 ATGTACTATATGGCAGCCATCAAAGAAACTAATAATAAGCCACAAGAATTTGTATTTCCT 992
Query 1135 TACTTTGGTTTGGGTCAAGTACAACTAAAGTTGGGGGAGCTTAAAGGATCTGTATTTAAT 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 993 TACTTTGGTTTGGGTCAAGTACAACTAAAGTTGGGGGAGCTGAAAGGATCTGTATTTAAC 1052
Query 1195 TTTGAGAAAGTATTAGAAGTTTATCCTGACAACTGCGAGACTTTGAAGGCTCTCGGGCAC 1254
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1053 TTTGAGAAAGTATTAGAAGTCTATCCCGACAACTGTGAGACTCTGAAGGCTCTCGGGCAC 1112
Query 1255 TTATACACCCAGCTTGGACAAAATGAGAAGGCCCTTGAGTACATGCGAAAGGCCACAAAA 1314
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1113 TTATACACCCAGCTTGGACAAAATGATAAGGCCCTTGAGTACATGCGAAAGGCCACAAAA 1172
Query 1315 CTTGATCCACGTGATGCCCAGGCATTTGTTGGCCTTGGTGAGCTGCTGATATCATCTGAC 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 CTTGATCCACGTGATGCCCAGGCATTTGTTGGCCTTGGTGAGCTGCTGATATCATCTGAC 1232
Query 1375 AC-GGGAGCCGCCCTTGACGCCTTCAAAATGGCACGGACGCTCATGAAAAAAGGAGGGCA 1433
|| ||| || || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1233 ACAGGG-GCTGCACTTGACGCCTTCAAAATGGCACGGACACTCATGAAAAAGGGAGGGCA 1291
Query 1434 AGAAGTGCCTATAGAAGTCCTGAATGACATCGGTGCTTTACATTTTGAGAGAGAAGAATT 1493
||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1292 AGAGGTGCCGATAGAAGTCCTGAATGACATTGGTGCTTTACATTTTGAGAGAGAAGAATT 1351
Query 1494 TGAGTCTGCGCTTGAGAATTTTAAGGAGGCTCTGGGTGATGGAATATGGATTAGCTTCCT 1553
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1352 TGAGTCTGCGCTTGACAATTTTAAGGAGGCTCTGGGTGATGGAATATGGATTAGCTTCCT 1411
Query 1554 TGATGAAAAAGAAAATTTGGAACAGACAGGTGTATCTGTTCTCGGGTACAAGGACACGGG 1613
|||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||
Sbjct 1412 TGATGAGAAAGAAAATTTGGAACAAACAGGTGTATCTGTTCTAGGGTACAAGGATACGGG 1471
Query 1614 CATTTTCCATAGGCTGATTGAAAGTGGTCACTCTGTCGATGTACCTTGGAATAAAGTTAC 1673
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1472 CATTTTCCATAGGCTGATTGAAAGTGGTCACTCTGTCGATGTTCCTTGGAATAAAGTCAC 1531
Query 1674 AACTTTGTTTAACCTGGCTAGATTACTTGAACAGATACACAAAACAGAAGCAGCGACTTT 1733
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1532 AACTTTGTTTAACCTGGCTAGATTACTTGAGCAGTTACACAAAACAGAAGCAGCGACTTT 1591
Query 1734 TATGTATCGGTTGATACTTTTCAAGTATCCTGGCTACATAGATGCTTATTTGAGGCTTGC 1793
| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1592 TCTGTATCGATTGATACTTTTCAAGTATCCTGGCTACATAGATGCTTATTTGAGGCTTGC 1651
Query 1794 TGCAAGTGCAAAAGCTCAGAACAATCTTCCTCTGGCCATTGAACTGGTGAATGAAGCTCT 1853
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1652 TGCGAGTGCAAAAGCTCAGAACAATCTTCCTCTGGCCATTGAACTGGTGAATGAAGCTTT 1711
Query 1854 GAAAGTGGACGATAAAAATCCAAATGCTTTGTCTCTACTTGGTGAATTGGAGCTTAAGAA 1913
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1712 GAAAGTGGACGATAAAAATCCAAATGCGTTGTCTCTGCTTGGTGAATTGGAGCTTAAGAA 1771
Query 1914 CGATGACTGGGTTAAGGCAAAGGAAACCTTTCGAGCTGCTAATGATGCAACTGATGGGAA 1973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1772 TGATGACTGGGTTAAGGCAAAGGAAACCTTTCGAGCTGCTAATGATGCGACTGATGGGAA 1831
Query 1974 GGACTCATATGCTATTCTTTCTCTGGGGAACTGGAACTATTTTGCAGCAATGCGCAATGA 2033
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 1832 GGACTCATATGCTATTCTCTCTCTGGGGAACTGGAACTATTTCGCGGCAATGCGCAATGA 1891
Query 2034 GAAAAGAAATCCAAAATTAGAAGCTACACATCTGGAGAAGGCCAAGGAACTCTATACTAA 2093
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1892 GAAAAGAAATCCAAAATTAGAAGCTACACATCTGGAGAAGGCCAAGGAACTCTATACTAA 1951
Query 2094 AGTCCTGACTCAACATAATTCCAACATGTATGCTGCCAACGGTTCTGGCATTGTATTAGC 2153
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1952 AGTCCTGACTCAACATAATTCCAACATGTATGCTGCCAATGGTTCTGGCATTGTATTGGC 2011
Query 2154 AGAGAAAGGCCAATTTGATATTGCCAAGGATGTTTTTACTCAGGTTCAAGAAGCTGCGAG 2213
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2012 AGAGAAAGGCCAATTTGATATTGCCAAAGATGTTTTTACTCAGGTTCAAGAAGCTGCGAG 2071
Query 2214 CGGAAGTGTATTTCTTCAGATGCCTGATGTATGGGTGAATCTGGCTCATGTTTACTTTGC 2273
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2072 TGGAAGTGTATTTCTTCAGATGCCTGATGTATGGGTGAATCTGGCTCATGTTTACTTTGC 2131
Query 2274 TCAAGGGAATTTTGCCTTAACCGTGAAAATGTATCAAAACTGCTTGCGAAAGTTCTTTTA 2333
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 2132 TCAAGGGAATTTTGCCTTAGCCGTGAAAATGTATCAAAACTGCTTGCGGAAGTTCTTTAA 2191
Query 2334 CAACACAGACTCCCAAATCCTTCTTTACTTAGCCCGTACCCATTATGAGGCTGAGCAGTG 2393
|||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2192 CAACACAGACTCTCAAATTCTTCTTTACTTAGCCCGTACCCATTACGAGGCTGAGCAGTG 2251
Query 2394 GCAAGAGTGCAAAAAGACACTATTAAGGGCCATTCACTTGACTCCTTCAAATTACACATT 2453
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2252 GCAAGAGTGCAAAAAGACACTATTAAGGGCCATTCACTTGACTCCTTCAAATTACACATT 2311
Query 2454 CAGATTTGATTTGGGTGCTGTAATGCAAAAATCATCGTCTTCCACACTGCAAAAGaaaaa 2513
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2312 CAGATTTGATTTGGGTGCTGTAATGCAGAAATCATCGTCTTCCACACTGCAAAAGAAAAA 2371
Query 2514 aaGAACAGCTGATGAGGTGCGCTCAACAGTTGCAGAAGCAGAGAATGCTGTTCGTGTATT 2573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2372 AAGAACAGCTGATGAGGTGCGCTCAACAGTTGCAGAAGCTGAGAATGCTGTTCGTGTATT 2431
Query 2574 CACTCAATTGTCTGCTGCTTCAGACCTCCATGTTCATGGGTTTGATAGCAAGAAAATACA 2633
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2432 CACTCAATTGTCTGCTGCTTCAGACCTCCATGTTCATGGGTTTGATAGCAAGAAAATTCA 2491
Query 2634 AACCCATGTTCAGTATTGCTCGCACTTGCTGGAAGCAGCAAAAGTTCACCGTGAAGCTGC 2693
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2492 AACCCATGTTCAGTATTGCTCGCACTTGCTGGAAGCAGCAAAAGTTCACCGTGAAGCAGC 2551
Query 2694 TGAGCAG-GAGGAGCTGCAGAACCGACAGAGATTAGAAGTTGCTCGTCAGGCTGCTTTGG 2752
||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2552 TGAGC-GTGAGGAGCTGCAGAACCGACAGAGATTAGAAGTTGCTCGTCAGGCTGCTTTGG 2610
Query 2753 CAGAAGAAGCACGCCGTAAAGCTGAAGAACAGAGGAAATATCAGTTGGAGAAAAGAAAAC 2812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2611 CAGAAGAAGCACGCCGTAAAGCTGAAGAACAGAGGAAATATCAGTTGGAGAAAAGAAAAC 2670
Query 2813 AGGAGGAAGAGCTGAGACGCCTAAAGCAAGAAGAAGAAAAATTTCAGCGTATAAAGGAAC 2872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 2671 AGGAGGAAGAGCTGAGACGCCTAAAGCAAGAAGAAGAAAAAATTCAACGTATAAAGGAAC 2730
Query 2873 AATGGAAGAGCTCCACACCTGGATCTAATAAGCGGAAGGATAGAGTGGAAGATGATGATG 2932
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||| |
Sbjct 2731 AATGGAAGAGCTCCACACCTGGATCTCATAAGCGGAAAGATAGAGTGGATGATGATGACG 2790
Query 2933 GGGAAAGTAAGCCCAGTGAGCGGagaagaaagaagggtggaaagagaagaaagaagGACA 2992
||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2791 GGGAAGGTAAGCCCAGTGAGCGGAGAAGAAAGAAAGGCGGAAAGAGAAGAAAGAAGGACA 2850
Query 2993 AAAGCTCAAGGGCTCGACACTACGAGGACGATGAAGAAGAAGCTGCCACTATGGATGATC 3052
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2851 AAAGCTCAAGGGCTCGACACTACGAGGACGATGAAGAAGAAACTGCCACTATGGATGATC 2910
Query 3053 ATAATGAAGTGGAAGATGAAGACGCCAACACTAATTATAACAGGGAAGATGAGATGACTA 3112
|||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2911 ATAATGAAGTGGAAGATGAAGACGCCAATAATAATTATAACAGGGAAGATGAGATGACAA 2970
Query 3113 CTCAAGAAGCTGAGGAACCTGTGGATGATGATGCTCATGATCTTCTCGCTGCTGCTGGGC 3172
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2971 ATCAAGAAGCTGAGGAACCTGTGGATGATGATGCTCATGATCTTCTCGCTGCTGCTGGGC 3030
Query 3173 TCGAAGATCCTGATGTTGATGATGATGAGGTACCTACTTCGGGTGTAAGGCGAAGAAGGG 3232
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3031 TCGAAGATCCTGATGTTGATGATGATGAGGTACCTGCTTCGGGGGTAAGACGAAGAAGGG 3090
Query 3233 CGTTATCGTCATCAGACGAAGAAGGTGAATTAATGGAGGAGAGTCATCCAAATTCAA-GC 3291
|| |||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||
Sbjct 3091 CGCTATCATCATCAGATGAAGAAGGTGAATTGATGGAGGAGAGTCAGCCAAAT-CAAAGC 3149
Query 3292 CCCCAGAAAGAAAAAGAAGAGAGCAATGGGGAAGCTGGTGATCCTAACATGGAGGAAGAA 3351
|||| | ||| |||||||||||||| ||||||| | ||| |||||||||||||||||
Sbjct 3150 CCCCCCAGAGAGAAAGAAGAGAGCAACGGGGAAGGAGAAGATGCTAACATGGAGGAAGAA 3209
Query 3352 GA---G--GA--A-GAGGAAGAGGCCAATTGAGAGATATTTCATACATAACAACAGATAT 3403
|| | || | |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |
Sbjct 3210 GACTAGAAGAGGAAGAGGAAGAGGCCAATTGAGA--TCGTTCATACATAACAACAGATTT 3267
Query 3404 CTCTTGTGTGTTTGTAACTTTAGTGACAAAGAT-TTC-ATTGATTCAATTTCTCTAGTAG 3461
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 3268 CTCTTGTGTGTTTGTAACTTTAGTGACAAAGATATTCCATTGATTCAATTTTTCTAGAAG 3327
Query 3462 TCAGAGTGTGAAGACAA--TTTACATTCACAGGCCAAGGATGATCAGTTTGTATTTTGGG 3519
||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||
Sbjct 3328 TCAGAGTGTGAGGACAAAATTT-CATTCACAGGCCAAGGATAATCAGTTTGAACTTTGGG 3386
Query 3520 TTATTTGGATTGAGCCTTGTTTTTATTTGCTATTGTTA 3557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3387 TTATTTGGATTGAGCCTTGTTTTTATTTGCTATTGTTA 3424
Score = 957 bits (518), Expect = 0.0
Identities = 604/643 (94%), Gaps = 15/643 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 55 TGCAATTTCTTCTAGGGTTTCTGGTAATCCTCACTTAGCCGGGCAATGGCGAGTGTGTAC 114
||||||| |||||||||||| |||||||| | | | | ||||||||||||||||||
Sbjct 1 TGCAATTACTTCTAGGGTTTGTGGTAATCGT--C---G-C-TGCAATGGCGAGTGTGTAC 53
Query 115 ATACCGGTTCAGAATTCAGAAGAAGAAGTTAGGGTTGTTCTTGATCAGCTCCCTCGTGAC 174
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 54 ATACCGGTTCAGAATTCGGAAGAAGAAGTTAGGGTTGTTCTTGATCAGCTCCCTCGTGAC 113
Query 175 GCTTCTGATATACTTGATATTCTTAAAGCCGAACAAGCTCCTCTCGATCTCTGGCTCATC 234
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 GCTTCTGATATACTTGATATCCTTAAAGCCGAACAAGCTCCTCTCGATCTCTGGCTCATC 173
Query 235 ATCGCGAGGGAGTACTTCAAACAAGGAAAAATTGAACAGTTTCGACAAATATTGGAGGAA 294
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 ATCGCGAGGGAATACTTCAAGCAAGGAAAAATTGAACAGTTTCGACAAATATTGGAGGAA 233
Query 295 GGGTCAAGTTCTGACATTGACGAGTACTATGCCGATGTTAAGTACGAGAGAATAGCGATT 354
|| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 234 GGCTCAAGTTCTGACATTGATGAGTACTATGCTGATGTTAAGTACGAGAGAATAGCAATC 293
Query 355 TTGAATGCTCTAGGTGCGTATTATAGCTACCTT-GGTAAAACTGAGACCAAAA-ACAGAG 412
||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 294 TTGAACGCTCTAGGTGCGTATTACAGCTA-CTTGGGTAAAACTGAGA-CAAAACACAGAG 351
Query 413 AGAAAGAGGAGCAATTTATCTCT-GCCACACGATATTATAACAAAGCATCGAGAATCGAT 471
| |||||||||||||| |||| | || |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 352 AAAAAGAGGAGCAATTCATCT-TGGCAACACGATATTATAACAAAGCGTCGAGAATCGAT 410
Query 472 ATGCATGAACCTTCCACTTGGGTTGGGAAAGGTCAGCTCTTACTGGCTAAGGGTGAAATA 531
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 411 ATGCATGAGCCTTCCACTTGGGTTGGGAAAGGTCAGCTCTTACTGGCTAAGGGTGAAATA 470
Query 532 GATAATGCTCTTCAGGCATTTAAGATTGTGTTAGACACTGCCCCTGATAATGTTCCTGCT 591
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 471 GATAATGCACTTCAGGCATTTAAGATTGTGTTAGACACTGCCCCTGATAATGTTCCTGCT 530
Query 592 CTTCTGGGTCAGGCTTCTGTAGAATTTAATCGTGGACGATTTTCTGAGTCATTACAAC-T 650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |
Sbjct 531 CTTCTGGGTCAGGCTTCTGTAGAATTTAATCGTGGACGTTTTTCTGAGTCATTA-AACCT 589
Query 651 ATACAAGAGGGCCTTGCAAGTATTTCCCGGTTGTCCTGCAGCT 693
||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 590 ATACAAGAGGGCCTTGCAAGTATTTCCTGGGTGTCCTGCAGCT 632
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 135218556869
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5