BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G06990.1
Length=3352
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480227 jgi|Araly1|480227|fgenesh2_kg.3__2928__AT2G06990.1 4793 0.0
> Ahg480227 jgi|Araly1|480227|fgenesh2_kg.3__2928__AT2G06990.1
Length=3120
Score = 4793 bits (2595), Expect = 0.0
Identities = 2910/3061 (95%), Gaps = 25/3061 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 140 TTGATTCCGATTTGTTAAAGATTTGCAGATTA-AAAGTTTTCTTTTTGAAGAAATCCATG 198
||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||
Sbjct 1 TTGATTCCGATTTGTGAAAGATTTGCAAATTACAAA-TTTTCTTGTTGGAGAAATCTATG 59
Query 199 AGTGCCCAAATGGAAGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGAATCTGAAAGTTCAAAA 258
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||
Sbjct 60 AGTGCCCAAATGGACGAACCAGAGACTCTCGGCAAAAGAAAAGTATCGGAAAGCTCAAAA 119
Query 259 CTTCGTTCTGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAAGAACGAAGCGTAGAAGTCTTAAACGT 318
| | ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||
Sbjct 120 C-T--TTCCGATGAAACTCCGACGCCAGAACCAACAACGAAGCGTCGAAGCCTTAAACGT 176
Query 319 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCTAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 378
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 177 GCTTGTGTACATGAAGTTGCTGTTCCCAATGATTACACACCAACGAAAGAAGAGACGATT 236
Query 379 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACTTATCCTTTTAAG 438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 237 CATGGGACGCTTGATAATCCTGTCTTCAATGGAGACATGGCCAAGACCTATCCTTTTAAG 296
Query 439 CTTGACCCTTTTCAAAGTGTATCTGTAGCTTGTTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTA 498
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 297 CTTGACCCTTTTCAGAGTGTATCTGTTGCTTGCTTAGAGAGAAAAGAATCGATTTTGGTT 356
Query 499 TCTGCTCATACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 558
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 TCTGCTCACACTTCAGCTGGTAAAACTGCTGTTGCTGAGTATGCTATTGCAATGGCGTTT 416
Query 559 AGAGATAAGCAGAGAGTTATTTACACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 618
|||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 417 AGAGATAAGCAGAGGGTTATATATACTTCTCCTTTGAAAGCTTTGAGTAATCAGAAGTAT 476
Query 619 AGAGAGTTGCAACATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 678
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AGAGAGTTGCAGCATGAGTTTAAAGATGTTGGTTTGATGACTGGTGATGTTACTCTTTCA 536
Query 679 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACTACTGAGATCTTGAGAGCTATGCTTTATAGAGGA 738
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 537 CCTAATGCTAGTTGTTTGGTTATGACAACTGAGATCTTGAGGGCGATGCTTTATAGAGGG 596
Query 739 TCTGAAGTGTTAAAGGAGGTCGCTTGGGTTATTTTTGATGAGATTCATTATATGAAGGAT 798
|||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 597 TCTGAAGTTTTGAAGGAGGTCGCTTGGGTAATTTTTGATGAGATTCATTACATGAAGGAT 656
Query 799 AGAGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCCTGCCTCCTGCTATTAAGATG 858
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
Sbjct 657 AGGGAAAGAGGAGTTGTTTGGGAAGAGAGTATTATTTTCTTGCCACCTGCTATTAAGATG 716
Query 859 GTATTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTTGCGGAATGGATATGTTATTTG 918
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 717 GTTTTCCTTTCTGCGACTATGTCGAATGCTACTGAATTCGCGGAATGGATATGTTATTTG 776
Query 919 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACACCTCTGCAGCATTAT 978
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 777 CACAAGCAGCCATGTCATGTTGTGTACACAGATTTTAGGCCAACTCCTCTGCAGCATTAT 836
Query 979 GCTTTTCCTATGGGTGGGGGTGGACTGTACCTTGTGGTTGATGATAATGAGCAGTTTCGG 1038
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 837 GCTTTTCCTATGGGTGGGAGTGGACTGTACCTCGTGGTTGATGATAATGAGCAATTTCGG 896
Query 1039 GAGGATAGTTTCGTTAAGATGCAGGATACTTTCCCCAAACCGAAATCTAATGATGGGAAA 1098
||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||
Sbjct 897 GAGGACAATTTCGTTAAGATGCAGGATACGTTCCCAAAACCGAAATCTGTTGATGGGAAA 956
Query 1099 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGAGGTGGCCCTGGTGAT 1158
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 957 AAGAGTGCGAATGGCAAATCTGGTGGTAGGGGTGCTAAAGGTGGCGGTGGCCCTGGTGAT 1016
Query 1159 TCTGATGTTTACAAAATTGTAAAGATGATCATGGAGAGAAAATTTGAACCAGTCATTATC 1218
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1017 TCTGATGTTTACAAAATTGTCAAGATGATCATGGATAGAAAATTTGAACCAGTTATCATC 1076
Query 1219 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1278
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1077 TTCAGCTTCAGTAGAAGAGAGTGTGAACAGCATGCATTGTCAATGTCAAAACTCGATTTT 1136
Query 1279 AATACAGATGAAGAGAAAGAAGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1338
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1137 AATACAGATGAAGAGAAAGAGGTTGTGGAACAGGTGTTTAATAATGCAATGCAGTGCTTG 1196
Query 1339 AATGAAGAGGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1398
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1197 AATGAAGAAGATAGATCCTTACCTGCCATTGAACTGATGTTGCCACTGCTCCAACGTGGT 1256
Query 1399 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1458
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1257 ATTGCTGTCCATCATTCTGGTCTTCTTCCTGTCATCAAGGAATTAGTGGAGCTTCTTTTT 1316
Query 1459 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAATATG 1518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1317 CAGGAAGGACTTGTGAAAGCGCTTTTTGCCACAGAAACCTTTGCTATGGGTTTGAACATG 1376
Query 1519 CCCGCCAAAACTGTAGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1578
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1377 CCCGCAAAAACTGTCGTGTTTACTGCTGTTAAGAAGTGGGATGGTGACAGCCATCGTTAC 1436
Query 1579 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGTCGTGGAAAGGACGAG 1638
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1437 ATTGGGTCTGGTGAATATATCCAGATGAGCGGCAGGGCTGGACGCCGTGGAAAGGATGAA 1496
Query 1639 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CGTGGCATCTGCATTATTATGATTGATGAACAGATGGAGATGAATACACTCAGGGACATG 1556
Query 1699 ATGTTGGGAAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1758
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1557 ATGTTGGGCAAACCAGCCCCTTTGCTTAGTACTTTTAGGCTGAGTTACTACACAATTTTG 1616
Query 1759 AATCTATTGAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1818
||| || | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 AATTTACTCAGTCGTGCCGAAGGACAATTTACTGCTGAGCATGTTATAAGGCACTCGTTC 1676
Query 1819 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAGGTGTCCAAACTTGAA 1878
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1677 CATCAATTCCAGCATGAAAAGGCTTTACCGGATATTGGGAATAAAGTGTCCAAACTTGAA 1736
Query 1879 GAGGAAGCTGCCATTCTTAACGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAATCTA 1938
|||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1737 GAGGAAGCTGCCATCCTTAATGCTTCTGGAGAGGCGGAGGTTGCTGAATACCATAAGCTA 1796
Query 1939 CAATTTGACATTGCTAAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATTAGGCCTGAAAGG 1998
||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1797 CAACTTGACATAGCTCAACATGAAAAGAAACTTATGTCAGAAATAATAAGGCCTGAAAGG 1856
Query 1999 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAAATAAGAGAAGGTGGAACGGATTGG 2058
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || || |||
Sbjct 1857 GTGCTTTGTTTTCTTGATACTGGTCGGCTGGTTAAGATAAGAGAAGGTGGCACAGAATGG 1916
Query 2059 GGCTGGGGAGTTGTCGTTAATGTTGT-AAAAAATTCTTCAGTTGGAACTGGTTCCGCCTC 2117
|||||||||||||| |||||||| | ||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1917 GGCTGGGGAGTTGTAGTTAATGTCATTAAAAAAT-CTTCAGTTGGAACTGGT---G---- 1968
Query 2118 TTCACATGGTGGCGGATATATAGTGGATACTCTACTTCATTGCTCTACTGGTTTTAGTGA 2177
| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1969 -------G----CGGATATATAGTAGATACTCTGCTTCATTGCTCTACTGGGTTTAGTGA 2017
Query 2178 AAATGGCGCAAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTGCTGGGGAAAAGGGTGAAATGCATGT 2237
|||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 2018 AAATGGTGCCAAGCCAAAGCCATGTCCTCCCCGTTCTGGGGAAAAGGGCGAGATGCATGT 2077
Query 2238 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2078 GGTTCCTGTTCAGCTACCCTTAATTTCTGCTTTGAGCAGACTAAGGATATCAGTTCCTTC 2137
Query 2298 TGATCTTCGGCCAGTGGAAGCAAGACAGAGTATACTACTTGCATTACAGGAGTTGTCAAG 2357
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2138 TGATCTTCGGCCAGTAGAAGCAAGACAGAGTATATTACTTGCAGTACAGGAGTTGTCAAG 2197
Query 2358 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGACAC 2417
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2198 TCGCTTCCCTCTAGGGTTCCCAAAACTCCATCCAGTCAAGGATATGAATATTCAAGATAC 2257
Query 2418 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATCGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2477
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2258 AGAGATAGTGGATCTGGTCAGCCAAATTGAAGAAGTTGAGCAGAAGTTACTTGCTCATCC 2317
Query 2478 GATGCACAAGTCTGAAGATGATCAACAAATCAAGAGTTTCCAGAGGAAAGCGGAGGTGAA 2537
||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2318 GATGCACAAGTCTCAAGATGATCAACAAATAAAGAGTTTCCAGAGGAAGGCGGAGGTGAA 2377
Query 2538 TTATGAAATTCAACAGCTAAAATCGAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2597
|||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2378 TTATGAAATTCAACAGCTCAAATCAAAAATGCGTGATTCCCAGCTCCAAAAGTTTCGAGA 2437
Query 2598 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATGCTGATGGTGT 2657
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| ||
Sbjct 2438 TGAGCTTAAGAACCGATCTCGGGTATTAAAGAAACTTGGACACATTGATACGGATGGCGT 2497
Query 2658 CGTCCAGGTAAAGGGACGAGCTGCGTGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2717
||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2498 CGTCCAGTTAAAGGGACGAGCTGCATGCTTGATAGACACAGGGGATGAATTGCTTGTCAC 2557
Query 2718 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2777
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2558 TGAACTGATGTTTAATGGTACTTTTAATGATCTGGATCATCACCAAGTAGCAGCCCTTGC 2617
Query 2778 AAGCTGTTTCATTCCTGTTGATAAATCAAACGAACAGGTAAATTTAAGGAATGAACTTAC 2837
|||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2618 AAGCTGTTTCATTCCTGTAGATAAATCAAATGAACAGGTCAATTTAAGGAATGAACTTAC 2677
Query 2838 CAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGTGCACGGAAAATAGCAGAGATACAACATGAATG 2897
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2678 TAAACCATTGCAGCAGCTCCAAGATAGCGCACGGAAAATTGCGGAGATACAACATGAATG 2737
Query 2898 CAAACTGGAAATTGACGTGGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2957
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2738 CAAACTGGAAATTGACGTTGAAGAGTATGTGGAATCCACCATCAGGCCTTTCCTGATGGA 2797
Query 2958 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCAAGCTTTGCAGAGATTATACAAATGACTGACAT 3017
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2798 TGTTATCTACTCTTGGTCAAAGGGCGCGAGCTTTGCAGAGATTATTCAAATGACTGACAT 2857
Query 3018 ATTCGAAGGTAGTATCATCAGAAGTGCTAGAAGACTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 3077
|||||| ||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2858 ATTCGAGGGTAGCATCATTAGGAGCGCTAGAAGGCTCGACGAGTTTTTGAACCAGCTTCG 2917
Query 3078 AGCTGCAGCAGAGGCAGTTGGTGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCAGCTGCTAGCGA 3137
||||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2918 AGCTGCAGCGGATGCAGTTGGAGAAAGCAGTTTAGAGAGCAAGTTTGCTGCTGCTAGCGA 2977
Query 3138 GAGCTTGCGACGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTTTACTTGTAAGTACTCTCTTGGAG 3197
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2978 GAGCTTGCGAAGAGGTATTATGTTTGCAAATTCGCTCTACTTGTAAGTGCTCTCTTGTAG 3037
Query 3198 A 3198
|
Sbjct 3038 A 3038
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 126541430225
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5