BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G07050.1
Length=2839
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480231 jgi|Araly1|480231|fgenesh2_kg.3__2932__AT2G07050.1 4078 0.0
> Ahg480231 jgi|Araly1|480231|fgenesh2_kg.3__2932__AT2G07050.1
Length=2616
Score = 4078 bits (2208), Expect = 0.0
Identities = 2441/2550 (96%), Gaps = 29/2550 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 175 GAGCGATAATGTGGAAACTGAAGATCGCGGAAGGAGGTAGTCCATGGCTTAGAACCACCA 234
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GAGCGACAATGTGGAAACTGAAGATCGCGGAAGGAGGTAGTCCATGGCTTAGAACCACCA 60
Query 235 ATAATCACGTCGGAAGACAGTTTTGGGAGTTCGATCCGAATCTCGGTACTCCTGAGGATC 294
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATAATCACGTCGGAAGACAGTTTTGGGAGTTCGATCCGAATCTCGGTACTCCTGAGGATC 120
Query 295 TCGCCGCCGTCGAAGAAGCTAGGAAGTCTTTTTCGGATAATCGATTCGTGCAGAAACATA 354
||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCGCCGCCGTCGAGGAAGCTAGGAAGTCTTTTTCAGATAACCGATTCGTGCAGAAACATA 180
Query 355 GCGCCGATCTGCTTATGCGCCTTCAGTTTTCAAGAGAAAATTTGATTAGCCCAGTTTTAC 414
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCTCCGATCTGCTTATGCGCCTTCAGTTTTCAAGAGAAAATTTGATTAGCCCAGTTTTAC 240
Query 415 CTCAAGTCAAAATCGAAGACACTGATGATGTTACAGAGGAGATGGTGGAAACCACGTTAA 474
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||
Sbjct 241 CTCAAGTCAAAATCGAAGATACTGATGATGTTACAGAGGATATGGTGGAAAACACGTTAA 300
Query 475 AGAGGGGTCTAGATTTCTATTCAACTATACAGGCACACGACGGGCACTGGCCAGGTGATT 534
|||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AGAGGGGTGTAGATTTCTATTCAACAATACAGGCGCACGACGGGCACTGGCCAGGTGATT 360
Query 535 ATGGTGGTCCTATGTTTCTTCTCCCAGGACTGATAATTACACTCTCCATAACTGGAGCAC 594
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 ATGGTGGTCCTATGTTTCTTCTCCCAGGACTGATAATTACACTCTCCATAACTGGAGCAC 420
Query 595 TGAATACAGTATTGTCGGAACAACATAAACAAGAAATGCGCCGTTATCTCTATAATCACC 654
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 421 TGAATACAGTATTGTCGGAACAACATAAACAAGAAATGCGCCGTTATCTCTTTAATCACC 480
Query 655 AGAATGAGGACGGAGGTTGGGGTTTACATATTGAGGGCCCTAGCACCATGTTTGGGTCTG 714
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 AGAATGAGGACGGAGGTTGGGGTTTACATATTGAGGGCCCTAGCACCATGTTTGGGTCTG 540
Query 715 TGTTGAACTATGTTACTCTAAGGTTGCTTGGAGAAGGACCTAACGATGGAGATGGAGATA 774
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 541 TGTTGAACTATGTTACTCTAAGGTTGCTTGGAGAAGGACCTAACGATGGAGATGGAGCTA 600
Query 775 TGGAGAAAGGACGAGACTGGATACTAAATCATGGTGGTGCTACCAATATTACATCTTGGG 834
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 601 TGGAGAAAGGGCGAGACTGGATACTAAATCATGGTGGTGCTACCAATATCACATCTTGGG 660
Query 835 GGAAAATGTGGCTATCGGTACTTGGAGCTTTTGAATGGTCCGGAAATAACCCACTGCCAC 894
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGAAAATGTGGCTATCGGTACTTGGAGCTTTTGAATGGTCTGGAAATAACCCACTGCCAC 720
Query 895 CTGAGATATGGCTTCTCCCATATTTCCTGCCAATACATCCAGGAAGGATGTGGTGCCATT 954
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 CTGAGATATGGCTTCTTCCATATTTCCTGCCAATTCATCCAGGAAGGATGTGGTGCCATT 780
Query 955 GTCGAATGGTGTACTTGCCGATGTCGTATTTGTATGGAAAAAGGTTTGTGGGTCCCATAA 1014
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GTCGGATGGTGTACTTGCCAATGTCGTATTTGTATGGAAAAAGGTTTGTGGGTCCCATAA 840
Query 1015 CGTCCACTGTTTTATCACTGAGAAAGGAGCTTTTCACAGTACCATATCATGAAGTCAACT 1074
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 CGTCCACTATTTTATCACTGAGAAAGGAGCTTTTCACTGTACCATATCATGAAGTCAACT 900
Query 1075 GGAATGAAGCACGCAACCTTTGCGCAAAGGAGGATTTATACTACCCACATCCACTTGTGC 1134
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 901 GGAATGAAGCACGCAACCTTTGCGCAAAGGAGGATTTATACTACCCACACCCACTTGTGC 960
Query 1135 AAGATATTCTTTGGGCATCACTTCATAAGATTGTTGAGCCTGTTCTGATGCGATGGCCTG 1194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 961 AAGATATTCTTTGGGCATCACTTCATAAGATTGTTGAGCCTGTTCTGATGCGATGGCCTG 1020
Query 1195 GTGCAAATTTGAGAGAAAAGGCTATAAGAACCGCAATAGAACATATTCATTATGAAGATG 1254
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 GTGCAAATTTGAGAGAAAAGGCTATAAGAACCGCAATAGAACATATTCATTATGAAGATG 1080
Query 1255 AGAATACTAGGTACATCTGCATAGGTCCCGTGAACAAGGTATTAAATATGCTTTGCTGTT 1314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AGAATACTAGGTACATCTGCATAGGTCCCGTGAACAAGGTATTAAATATGCTTTGCTGTT 1140
Query 1315 GGGTAGAAGACCCAAACTCAGAGGCTTTCAAGTTGCACCTACCAAGAATCCATGACTTTC 1374
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 GGGTAGAGGACCCAAACTCAGAGGCTTTCAAGTTGCACCTACCAAGAATCCATGACTTTC 1200
Query 1375 TCTGGTTAGCTGAAGATGGAATGAAGATGCAGGGTTATAACGGAAGCCAGCTATGGGATA 1434
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1201 TCTGGCTAGCTGAAGATGGAATGAAGATGCAGGGTTATAACGGAAGTCAGCTATGGGATA 1260
Query 1435 CAGGTTTTGCTATTCAAGCGATTTTGGCAACTAACCTCGTCGAAGAATATGGGCCCGTTT 1494
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CAAGTTTTGCTATTCAAGCGATTTTGGCAACAAACCTTGTCGAAGAATATGGGCCCGTTT 1320
Query 1495 TGGAAAAAGCACATTCATTTGTCAAGAATTCCCAGGTGTTAGAAGACTGCCCTGGAGATC 1554
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1321 TGAAAAAAGCACATTCATTTGTCAAGAATTCTCAGGTGTTAGAAGACTGTCCTGGAGATC 1380
Query 1555 TGAATTACTGGTATCGCCACATTTCTAAAGGGGCTTGGCCTTTCTCAACTGCAGATCACG 1614
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 TGAATTACTGGTACCGCCACATTTCTAAAGGGGCTTGGCCTTTCTCAACTGCAGATCACG 1440
Query 1615 GTTGGCCCATCTCTGACTGCACCGCAGAAGGACTGAAAGCTGCTCTTTTGCTATCCAAAG 1674
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 1441 GTTGGCCCATCTCCGACTGCACCGCAGAAGGACTGAAAGCTGCTCTTTTGTTATCCGAAG 1500
Query 1675 TTCCCAAGGCGATTGTTGGTGAACCAATAGATGCAAAACGGTTATATGAAGCTGTTAATG 1734
||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1501 TTCCCAAAGAGATTGTTGGTGAACCAATAGATGCAAAACGGTTATATGATGCTGTTAATG 1560
Query 1735 TTATCATTTCTTTACAGAATGCAGATGGAGGCCTCGCAACATATGAGCTCACCAGGTCAT 1794
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1561 TTATCATTTCATTACAGAATGCAGATGGAGGCCTCGCAACATATGAGCTCACCAGGTCAT 1620
Query 1795 ACCCTTGGTTAGAGCTAATCAACCCAGCAGAAACCTTTGGCGATATTGTTATTGATTATC 1854
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1621 ACCCTTGGTTGGAGCTAATCAACCCAGCAGAAACCTTTGGCGATATTGTTATTGATTATC 1680
Query 1855 CTTACGTGGAATGTACATCAGCTGCTATCCAAGCTTTGATATCATTTCGAAAGCTGTATC 1914
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1681 CTTACGTGGAATGTACATCAGCTGCTATCCAAGCTTTGATATCATTCCGAAAGCTGTATC 1740
Query 1915 CTGGTCATCGAAAGAAGGAAGTAGATGAGTGCATTGAGAAGGCGGTTAAGTTCATTGAAT 1974
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1741 CTGGTCATCGGAAGAAGGAAGTAGATGAGTGCATTGAGAAGGCGGTTAAGTTCATTGAAT 1800
Query 1975 CCATTCAAGCAGCAGATGGCTCATGGTATGGATCATGGGCTGTTTGCTTCACGTATGGTA 2034
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1801 CTATTCAAGCAGCAGATGGCTCATGGTATGGATCATGGGCTGTTTGCTTCACATATGGTA 1860
Query 2035 CGTGGTTTGGAGTGAAAGGGCTGGTAGCTGTTGGAAAAACATTGAAAAACTCTCCACATG 2094
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1861 CGTGGTTTGGAGTGAAAGGGCTGGTAGCTGTTGGAAAAACATTGAAAAACTCTTCACATG 1920
Query 2095 TTGCTAAAGCTTGTGAATTTCTATTGTCGAAACAACAACCTTCGGGCGGCTGGGGAGAAA 2154
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1921 TTGCCAAAGCTTGCGAATTTCTATTGTCGAAACAACAACCTTCGGGCGGATGGGGAGAAA 1980
Query 2155 GCTATCTTTCATGTCAAGACAAGGTCTATTCAAACCTTGATGGCAACAGATCTCACGTCG 2214
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |
Sbjct 1981 GCTATCTTTCATGTCAAGACAAGGTCTATTCAAACCTTGAAGGCAACAGGTCTCATGTTG 2040
Query 2215 TGAATACAGCATGGGCTATGCTCGCACTCATTGGTGCTGGGCAAGCTGAGGTAGACCGGA 2274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 2041 TGAATACAGCATGGGCTATGCTCGCACTCATTGGTGCTGGGCAAGCTGAGGTAGATCAAA 2100
Query 2275 AACCACTACACCGGGCTGCAAGATACTTGATTAATGCTCAAATGGAGAATGGTGATTTTC 2334
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2101 AACCACTAGACCGGGCTGCAAGATACTTGATTAATGCTCAGATGGAGAATGGTGATTTTC 2160
Query 2335 CACAACAGGAAATAATGGGAGTCTTCAATAGGAACTGCATGATAACATATGCCGCGTATC 2394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2161 CACAACAGGAAATAATGGGAGTCTTCAATAGGAACTGCATGATAACATATGCTGCATATC 2220
Query 2395 GAAACATTTTTCCGATATGGGCTTTGGGGGAGTACCGTTGTCAGGTATTATTGCAACAAG 2454
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2221 GAAACATTTTTCCGATATGGGCATTGGGGGAGTACCGTTGCCAGGTATTATTGCAACAAG 2280
Query 2455 GAGAATGAATTAAGTGTTCAAATTAGTTATTTCTCTAGGGAAGGAACTGTGTAGCTTCCA 2514
|||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 2281 GAGAATGAATGAAGTGTTCAAAGGAATTATTTCTCTAGGGAAGGAACTGTGT---TTAC- 2336
Query 2515 TGCTTTACTCTTTCCAAAGTTGTGTTATCCGTAA-T-GGATCTGCTCTGATGGTTACGTG 2572
| ||| | || ||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2337 T--TTT-C-CT----AAAGTTGTGTTATCCGTAACTCGGATCTGCTCTGATGCTTTCGTG 2388
Query 2573 AACCAATCTTTGTGTAATTGT--TTCAAACTCAAATCTTGGTTGCAGATTTTGTTGGGTT 2630
||||||||| | ||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2389 AACCAATCTCTCTGTAATT-TACTT-AAACTCAAATCTTGGTTGCAGATTTTGTTGGGTT 2446
Query 2631 CTCTTGAATACC------CC-ATTTTAGGATAATGTCTTGTTTTGTGAAAACAGACATTT 2683
|||||||||| || |||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| |
Sbjct 2447 CTCTTGAATAGTTGAATACCGATTTTAGGATAATGTCTT-TTT-GTGAAAACAGACACAT 2504
Query 2684 TTCTTGTATTTGtttttttAATTCATGTTT 2713
| |||||||| | ||| ||| |||||||
Sbjct 2505 T-CTTGTATTCGGCTTTCAAAT-CATGTTT 2532
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107147859185
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5