BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G07170.1
Length=2758
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg319369 jgi|Araly1|319369|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002385 2104 0.0
> Ahg319369 jgi|Araly1|319369|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002385
Length=2403
Score = 2104 bits (1139), Expect = 0.0
Identities = 1262/1323 (95%), Gaps = 2/1323 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 220 CTAATACACAACAAGTGATTTTTGAGCTGAAGAAGAAGGTTGTTATTGCATTAAACAAGT 279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 8 CTAATACACAACAAGTGATTTTTGAGCTGAAGAAGAAGGTTGTTACTGCATTAAACAAGT 67
Query 280 TAGCAGATAGAGATACATATCAGAGAGGAGTTGATGAGCTTGAGAAAACTGTTGAGCATT 339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 68 TAGCAGATAGAGATACATATCAGAGAGGAGTTGATGAGCTTGAGAAAACTGTTGAGCATT 127
Query 340 TGGCACCGGATAAGGTTTCATGTTTTCTCTCTTGTATTTTGGATACTGATTCTGAGCAGA 399
|||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 128 TGGCACCGGATAAGATTTCGTGTTTTCTCTCTTGTATATTGGATACTGATTCTGAGCAGA 187
Query 400 AGAGTGCTGTGAGGAAAGAGTGTATTAGGTTGATGGGGACTTTAGCTAGGTTTCATGAGG 459
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 188 AGAGTGCTGTTCGGAAAGAGTGTATTAGGTTGATGGGTACTTTAGCTAGGTTTCATGAGG 247
Query 460 GACTTGTTGGTCCATATCTTGGTAAGATGGTTTCTAGTATTGTTAAGCGGCTTAAGGATC 519
| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 248 GGCTTGTTGGTCCATATCTTGCTAAGATGGTTTCGAGTATTGTTAAGCGGCTTAAGGATC 307
Query 520 CTGATTCTGTTGTGAGAGATGCGTGTATTGAGACAATGGGTGTTTTGGCTTCCAAGATGA 579
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 308 CAGATTCTGTTGTGAGAGATGCGTGTATTGAGACAATGGGTGTTTTGGCTTCGAAGATGA 367
Query 580 GTTGTTATGAAGACCAGAACTTTGGTGTTTTTGTTTCCTTGGTGAAACCTCTTTTTGAAG 639
|||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 368 GTTGCTATGAAGACCAGAACTATGGGGTGTTTGTTTCCTTGGTTAAACCGCTTTTTGAAG 427
Query 640 CTATTGGTGATCAGAATAAGTATGTGCAGTCTGGTGCTGCCTTATGCTTGGCGAGAGTTA 699
| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 428 CCATTGGTGATCAGAATAAGTATGTGCAGTCAGGTGCTGCCTTATGCTTGGCCAGAGTTA 487
Query 700 TTGATAGTAGTCCTGAAGCTCCAGTTGCGATTATACAACGCATGTTGATGAGGACAGTAA 759
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 488 TTGATAGCAGTCCTGAAGCTCCAGTTGCGATTATACAACGCATGTTAATGCGGACAGTAA 547
Query 760 AGCTGCTTAATAACTCGCATTTTATCGCAAAGCCAGCGGTTATTGAGCTTAATAGAAGTA 819
||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 548 AGCTGCTCAATAACTCACATTTCATCGCAAAGCCAGCAGTTATTGAGCTTAATAGAAGTA 607
Query 820 TCATCCTGGCTGGTGGGGCAACGTCGAAGAGTGTGTTGTCCTCAGCAATGTCTAGCTTTC 879
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 608 TCATCCTGGCTGGTGGGGCAACGCCGAAGAGTGTGTTGTCCTCAGCAATGTCTAGCTTTC 667
Query 880 AAGATGCCCTTAAAAATAAGGACTGGACTACTCGTAAGGCAGCTTCTGTAGCACTTATGG 939
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 AAGATGCCCTTAAAAATAAGGACTGGACTACTCGTAAGGCAGCTTCTGTAGCACTTATGG 727
Query 940 AGATAGCTGCTACTGGTGAAAAGTTTCTTGGACCTCTGAAGGCGTCCTGCATCTGCTCTC 999
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 728 AAATAGCTGCTACTGGTGAAAAGTTTCTTGGACCTCTGAAGGCTTCCTGCATCTGCTCTC 787
Query 1000 TTGAATCATGTCGCTTTGATAAAGTGAAACCAGTGAGGGACTCAGTTATCCTTGCCTTAA 1059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TTGAATCATGTCGCTTTGATAAAGTGAAACCAGTGAGGGACTCAGTTATCCTTGCCTTGC 847
Query 1060 AATATTGGAAAGGTGTCCCTGGGTCTGATAGTCCAGAGCCATCTGAAACTGAATCCTCTG 1119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 848 AATATTGGAAAGGTGTCCCTGGGTCTGATAGTCCAGAGCCATCTGAAACTGGATCCTCTG 907
Query 1120 TAAAAGAAAGTTATAATGGAGCTCGAGAGAGTAGTGAACTTTTCAGCACCAGTGACTTTA 1179
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 908 TAAAAGAAAGTTATAATGGAGCTCGAGAGAGTAGTGAACTTTTCAGCACCAGTGACTCTA 967
Query 1180 AAGTGAAGGATGGTATGTCTATCAAATATGTAACGGATGTGACAAGGAAAAAGGTTCCGG 1239
|||||||||||| || |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 968 AAGTGAAGGATGCTACGTCTATCAAATATGTAACGGATTTGGCAAGGAAAAAGGTTCCGG 1027
Query 1240 TCTCTGCCAGGCAACCACCTACACGTTACAATGACGACCCTCGAAAGAGTAACCAAGATG 1299
| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 1028 TTTCTGCCAGGCAAGCACCTACACGTTACAATGACGACCCTCGAAAGTCTAAACAAGATA 1087
Query 1300 ATTGGCATATTGAAATTGCAGTCCCAGAATCTTCTTTTGTCTCCAAGGTTGATCTTTACA 1359
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1088 ATTGGCATATTGACATTGCAGTCCCAGAATCTTCTATTGTCTCCAAGGTTGATCTTCACA 1147
Query 1360 ATGAAGAATCAGAGGGCAGTTGCATCACCAAGACGTTTGCAGAAACGACAAACACGCCAG 1419
|||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| || |||||
Sbjct 1148 ATGAAGAATCTGAAGGCAGTTGCATCACCAAGACGTTTGCAGAAGCGACAACCATGCCAG 1207
Query 1420 AAGTGACATATGAGTACATTCCAAT-GAAGGATAAAGCAGATAGCTATGTAACAGGCGGA 1478
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1208 GAGTGACATATGAGTACATTCCAATAGA-GGATAAAGCAGATTGCTATGTAACAGGCGGA 1266
Query 1479 GTCAATGAAAACGATGATATCAAGTCTATTACAGTTTCATCAAGCAGTTTCCGGGCAAGT 1538
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 1267 GTCAATGAAAGTGATGATATCAAGTCTATTACAGTTTCATCATGCAGTTTCAGGGCAAGT 1326
Query 1539 GGT 1541
|||
Sbjct 1327 GGT 1329
Score = 795 bits (430), Expect = 0.0
Identities = 478/502 (95%), Gaps = 0/502 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2116 AGGACATTTGGAACAACATTGGACAGGGAAGACAAACATTGATCCAGACCCGGACATCTT 2175
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1832 AGGACATTTGGAACAACATTGGACAGGGAAGACAAACATTGATCCAGACCCGGACATCTT 1891
Query 2176 CTGATTCAATTCAAAGCATTAGACAACAGTATGCAGAGGTGATGAGTGGAACAAGGAAAC 2235
||||||||||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| ||||
Sbjct 1892 CTGATTCAATTCAAAGCATAAGACAACCTTATGCGGAGGTGATGAGTGGATCAAGAAAAC 1951
Query 2236 CAGTGACAGGTGTTTCTTGTGAAGATGTGGTTGAATCAGAGTATCTACAAGTGCTTTCTT 2295
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||
Sbjct 1952 CGGTGACAGGTGTTTCTTGTGAAGAAGTGGTTGAATCAGAGTATCTAGATGTGCTTTCTT 2011
Query 2296 CCGGTGATGAGCTTGCACTTGTTGAGCTTCTTGACAGAACAGGCCCGGTGCTGGAGAGTA 2355
| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 2012 CTGGTGATGAGCTAGCACTTGTTGAGCTTCTTGACAGAACTGGCCCTGTGCTGGAGAGTA 2071
Query 2356 TGTCATCACAGACCATAAATGAAATTCTCAGTATTCTATTGTCATACCTCCTAGAACGAA 2415
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 2072 TGTCATCACAGACCATAAATGAAATTCTCAGTATTCTCCTGTCATACCTCCTCGAACGAA 2131
Query 2416 GATTCATGAATTCAATACTTCCTTGGCTGCATCAGGTCGCTGACTTGAGTACTACAAATG 2475
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2132 GATTCATGAATTCAATACTTCCTTGGTTGCATCAGGTCGCTGACTTGAGCACTACAAATG 2191
Query 2476 GAGCTAATTATCTTATTCCATCTGCGAGAAAGAGAGCTCAAGTGTTGTCTGCAATTCAGG 2535
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2192 TAGCAAACTATCTTATTCCATCTGCGAGAAAGAGAGCTCAAGTGTTGTCTGCAATTCAGG 2251
Query 2536 AGGCTTCAGGCATGGACTTTTCAAATCTTGCTGAGAGGAGAGCAGTTACTCAAATAGCTA 2595
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2252 AGGCTTCAGGCATGGACTTTTCGAATCTTGCTGAGAGGAGAGCAGTTACTCAAATAGCAA 2311
Query 2596 TGAAGTTGCGCAAACTATGGGG 2617
||||||||||||||||||||||
Sbjct 2312 TGAAGTTGCGCAAACTATGGGG 2333
Score = 747 bits (404), Expect = 0.0
Identities = 471/503 (94%), Gaps = 6/503 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1580 TGAAGAAACTGATTTGGAAGAGCAGCCATTCTCAACCCAAGTGAAGGATCGTACAAGCCT 1639
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1329 TGAAGAAACTGATTCGGAAGAGCAGCCATTCTCAACAAAAGTGAAGGATCGTACAAGCCT 1388
Query 1640 TGACTCTTTTGTAACAGTGTCGAGCTCTCAAATTAATCATGACTGCTGTGCTAAGATTGC 1699
|||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1389 TGACTCTTCTGTAACAGTGTCAAGCTCTCAAATCAATCATGACTGCTGTGCTAAGATTGC 1448
Query 1700 AAATGAAATGGCTTCTGTACGTAAACAACTCTCAGATATTGAAAATAAACAGTCACGTTT 1759
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1449 AAATGAAATGGCTTCTGTACGTAAACAACTCTCAGATATTGAGGATAAACAGTCACGTTT 1508
Query 1760 GATAGATCAGCTACAGGTCTTTTCAACAGGAATAATGAACAACTTTTCGGTTCTTCAATC 1819
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1509 GATAGATCAGCTACAGGCCTTTTCAACAGGAATAATGAACAACTTTTCGGTTCTTCAATC 1568
Query 1820 CAAGGTATCAAGCTTAGAGTATGCAGTGGAGGGGATAGCTCAGAACGCTGCCTTGCATTC 1879
||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 1569 TAAGGTGTCAAGCTTAGAATATGCAGTTGAGGGGATAGCTCAGAACGTTGTCTTGCATTC 1628
Query 1880 AGATATATCAAACTCCAATTTTGTGAAGCACAACCAAGGTAGTACCATATCACCGAGGCT 1939
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1629 AGATATATCAAACTCCAATTTTGTGAAGCACAACCAAGGTAGTACCCTGTCACCGAGGCT 1688
Query 1940 GTCTAGCTGTACGTCAAGAACTTCGACGGATATCCGCAATCGACAATCTACACTATCCAC 1999
||||| || || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 1689 CTCTAGTTGCACTTCAAGAACTTCTACGGATATCCGCAATCGGCAATCTACATTATCCAC 1748
Query 2000 TTCCAAGTACTCAA-GG---G--AGAACAAAACACATGTAAGAAGCAGACTAAATGAATC 2053
|||||||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1749 TTCCAAGTACTCAATGGCAAGGGAGAACAAAACACATATAAGAAGCAGACTAAATGAATC 1808
Query 2054 ACAGGGCATGGAGAAGACACGGA 2076
||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1809 ACATGGCATGGAGAAGACACGGA 1831
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 104062549340
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5