BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G07690.1
Length=2462
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480240 jgi|Araly1|480240|fgenesh2_kg.3__2941__AT2G07690.1 4002 0.0
> Ahg480240 jgi|Araly1|480240|fgenesh2_kg.3__2941__AT2G07690.1
Length=2415
Score = 4002 bits (2167), Expect = 0.0
Identities = 2348/2433 (97%), Gaps = 21/2433 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 19 AGAGAGAAAGAGATAGAGAAATTCGTAACGGAGACGAAGC-AACGATGTCAGGATGGGAC 77
||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||
Sbjct 1 AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATTCGTAACGGAGACGAAGCGAA-GATGTCAGGTTGGGAC 59
Query 78 GAAGGAGCAGTTTACTACAGCGACCAGCCGCAGTTCCCGGAGGCCGGAGACGCCGCAACC 137
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 60 GAAGGAGCAGTTTACTACAGCGACCAGCCGCAGTTCCCGGAGGCCGGAGACGCCACCACC 119
Query 138 ATCAGTCCCCACGCCGTCTTAACCAAATTTAAGGAATTCATTCGAAACTTCGAGATCGAA 197
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 ATCAGCCCCCATGCCGTCTTAACCAAATTTAAGGAATTCATTCGAAATTTCGAGATCGAG 179
Query 198 CAGAATTGTTTCCCCTACAGAGAAGCTCTCCTCGATAACCCTAAGCGACTTGTTGTCCAC 257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 180 CAGAATTGTTTCCCCTACAGAGAAGCTCTCCTCGATAACCCTAAGAGACTTCTTGTCCAC 239
Query 258 CTCGAAGATCTCCTCTCCTTTGATTCCGATCTCCCCTCCTTAATCCGATCTGCTCCTGCC 317
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CTCGAAGATCTCCTCGCCTTTGATTCCGATCTCCCTTCTTTAATCCGATCTGCTCCTGCC 299
Query 318 GATTATCTCCCTGTGTTTGAGAAAGCAGCTGGTGAAGTGTTGACTGGATTGAAAATGAGG 377
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 300 GATTATCTCCCTGTGTTTGAGAAAGCAGCTGGTGAAGTGTTGACCGGATTGAAAATGAGG 359
Query 378 GAGGCTAATGAGGGAGGGGTAATGGAGGAACCTCTGACTAGAGATGTGCAGATTTTGCTC 437
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 360 GAGGCTAATGAGGGAGGGGAAATGGAGGAACCTCTGCCTAGAGATGTTCAGATTTTGCTG 419
Query 438 ACTTCAAGAGAGGATCCAGTATCAATGAGATTACTTGGGGCACAGTACATCTCAAAGTTG 497
||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 420 ACTTCAAGAGAGGATCCAGTATCTATGCGATTACTTGGGGCCCAGTACATCTCAAAGTTG 479
Query 498 GTGAAAATCTCTGGGATTAGTATTGCAGCTTCGAGAGTGAAAGCAAAGGCGACTTATGTG 557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 GTGAAAATCTCTGGGATTAGTATTGCAGCTTCGAGAGTGAAAGCAAAGGCGACTTATGTG 539
Query 558 TTTTTGGTATGTAAGAATTGTAAAAAGACAAGGGAAGTTCCATGTCGTCCGGGTCTTGGT 617
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 TTTTTGGTATGTAAGAATTGTAAAAAGACAAGGGAAGTTCCATGTCGTCCGGGTCTTGGT 599
Query 618 GGGGCAATTGTTCCTCGATCATGTGATAATATTCCACAGCCTGGAGAGGAGCCTTGCCCT 677
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 600 GGGGCAATTGTTCCTCGATCATGTGATAATATTCCACAGCCTGGAGAGGAACCTTGCCCT 659
Query 678 CTTGATCCTTGGATGGTGGTTCCTGATAGGAGCCAGTATGTTGATCAACAGACCTTAAAG 737
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 660 CTTGATCCATGGATGGTGGTTCCTGATAGGAGCCAGTATGTTGATCAACAGACGTTAAAG 719
Query 738 CTACAGGAGAATCCGGAGGATGTTCCTACTGGAGAGCTTCCAAGAAATATGCTTCTCTCA 797
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 CTACAGGAGAACCCGGAGGATGTTCCTACTGGAGAGCTTCCAAGAAATATGCTTCTCTCA 779
Query 798 GTTGATCGGCATCTTGTACAAACAATTGTACCTGGAACCAGACTGACAGTAATGGGTATC 857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 GTTGATCGGCATCTTGTACAAACAATTGTACCTGGAACCAGACTGACAGTAATGGGTATC 839
Query 858 TACAGCATTTTCCAAGCTTCGTCATCATCTAACTCGCATAAAGGAGCAGTTGCAATTCGC 917
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 TACAGCATTTTCCAAGCTTCATCATCATCTAACTCGCATAAAGGAGCAGTTGCAATTAGG 899
Query 918 CAGCCTTATATCCGAGTTGTTGGACTGGAAGACACAAATGAGGCCAGTTCCCGTGGCCCT 977
|||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 CAGCCTTATATCAGAGTTGTTGGATTGGAAGACACAAATGAGGCCAGTTCCCGTGGCCCT 959
Query 978 GCCAACTTCACTCCTGACGAAGAGGAAGAATTCAAAAAGTTTGCTGATAGTCAAGATGTA 1037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GCCAACTTCACTCCTGACGAAGAGGAAGAATTCAAAAAGTTTGCTGATAGTCAAGATGTA 1019
Query 1038 TACAAGAACATTTGCACCAAGATCGCTCCTTCTATATTTGGCCATGAGGATGTGAAGAGA 1097
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TACAAGAACATTTGCACCAAGATCGCTCCTTCTATATTTGGCCATGAGGATGTGAAGAGA 1079
Query 1098 GCAGCTGCGTGTCTTCTCTTTGGAGGATCCAGGAAGAGCCTGCCCGATGGAGTGAAACTA 1157
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1080 GCAGCTGCGTGTCTTCTCTTTGGAGGATCCAGGAAGAGCCTGCCGGATGGAGTGAAACTA 1139
Query 1158 AGAGGTGATATTAATGTTTTGCTTTTGGGAGACCCATCAACTGCAAAATCACAGTTTCTT 1217
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 AGAGGTGATATTAATGTTTTGCTTCTGGGAGACCCATCAACTGCAAAATCACAGTTTCTT 1199
Query 1218 AAGTTTGTGGAGAAGACGGCTCCAATTGCTGTTTATACATCTGGAAAGGGTTCATCGGCT 1277
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1200 AAGTTTGTGGAGAAGACGGCTCCAATTGCTGTTTATACATCTGGAAAGGGTTCATCCGCT 1259
Query 1278 GCTGGGCTCACAGCTTCGGTGATTCGAGATAGCAGCACTCGAGAGTTCTATCTTGAAGGT 1337
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 GCTGGGCTCACGGCTTCGGTGATTCGAGATAGCAGCACTCGAGAGTTCTATCTTGAAGGT 1319
Query 1338 GGTGCTATGGTTTTGGCTGATGGAGGTGTTGTGTGTATTGATGAATTTGACAAGATGAGA 1397
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGTGCTATGGTTTTGGCTGATGGAGGTGTTGTGTGTATTGATGAATTTGACAAGATGAGA 1379
Query 1398 CCGGAAGATAGGGTTGCTATTCATGAGGCAATGGAGCAGCAGACAATCTCCATTGCAAAA 1457
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 CCGGAAGATAGAGTTGCTATTCATGAGGCAATGGAGCAGCAGACAATCTCCATTGCAAAA 1439
Query 1458 GCTGGGATAACAACTGTCCTTAATTCTAGAACCTCGGTGCTTGCTGCTGCTAACCCGCCA 1517
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 GCTGGAATAACAACTGTCCTTAATTCTAGAACGTCGGTGCTTGCTGCTGCTAACCCGCCA 1499
Query 1518 TCTGGTCGATATGATGACCTTAAGACTGCTCAGGACAATATCGATCTGCAGACAACAATT 1577
|| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 1500 TCAGGTCGATATGATGACCTTAAGACTGCACAGGACAATATTGATTTGCAGACAACAATT 1559
Query 1578 CTTTCTAGATTTGATCTTATCTTCATTGTCAAGGACATCAGGAAGTATTCCCAAGACAAG 1637
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 CTTTCTAGATTTGATCTTATCTTCATTGTCAAGGACATCAGGAAGTATTCCCAAGACAAG 1619
Query 1638 GAAATAGCCAGCCATATTATAAGGGTTCATGCATCTGCAAACAAATTTTCGGATGAAAAC 1697
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 GAAATAGCCAGCCATATTATAAGGGTTCATGCATCTGCGAACAAATTTTCGGATGAAAAC 1679
Query 1698 ACAGATTCTAAAGAAGATAATTGGCTCAAAAGGTATATACAATACTGTCGAGCAAGGTGT 1757
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1680 ACAGATTCTAAAGAAGATAATTGGCTCAAAAGGTATGTACAATACTGTCGAGCAAGGTGT 1739
Query 1758 CATCCCCGTCTCTCAAAAGACGCTGCTGAGAACCTGCAGCGGAAATATGTCACAATCAGA 1817
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1740 CATCCCCGTCTCTCAAAAGACGCTGCTGAGAACCTGCAGCGAAAATATGTCACAATCAGA 1799
Query 1818 ATGGATATGAAGAGACGTGCACATGAAACAGGAGAGGCTGCTCCGATACCTATCACAGTG 1877
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1800 ATGGATATGAAGAGACGTGCACATGAAACAGGAGAGGCTGCTCCGATACCTATCACAGTG 1859
Query 1878 AGACAACTCGAAGCTATTGTCAGACTGAGTGAGTCACTTGCAAAAATGAGACTGTCACAC 1937
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1860 AGACAACTGGAAGCTATTGTCAGACTGAGTGAGTCACTTGCAAAAATGAGACTGTCACAT 1919
Query 1938 GAGGCCACACCAGATGATGTAGACAAAGCTTTTAAACTTTTTGATACCTCGACAATGGAT 1997
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1920 GAGGCCACGCCAGATGATGTAGACAAAGCTTTTAAACTTTTTGATACCTCAACCATGGAT 1979
Query 1998 GCAGCAAGATCAGGGATAAATCAACAGATAAACATAACAGGCGAGATGGCCAATGAAATC 2057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1980 GCAGCAAGATCAGGGATAAATCAACAGATAAACATAACAGGCGAGATGGCCAATGAAATC 2039
Query 2058 AAGCAAGCGGAAACACAGATAAAGAGAAGAATGGGGATCGGAGCTCGATTATCAGAGAGA 2117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2040 AAGCAAGCGGAAACACAGATAAAGAGAAGAATGGGGATCGGAGCTCGGTTATCAGAGAGA 2099
Query 2118 AGACTGATAGAGGATCTGGCTAGAATGGGAATGAACGATTCAATGGTGAGGAGAGCTTTG 2177
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2100 AGACTGATAGAGGATCTGGCTAGAATGGGAATGAACGATTCAATGGTGAGGAGGGCTTTG 2159
Query 2178 TTGATAATGCACCAGAGAGGTGAAGTTGAGTACCAGCGAGAGAGACGTTCTATTGTCCGC 2237
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2160 TTGATAATGCACCAGAGAGGTGAAGTTGAGTACCAGCGAGAGAGACGTTCTATTGTCCGC 2219
Query 2238 AAAGCTTGATCGTCTAGGCATGCAATCTCTCTTCTTTAGTAGCAGCGATGACCAAACAAA 2297
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | | ||| ||
Sbjct 2220 AAAGCTTGATCGTCTAGGCATGCAATCTCTCTTCTTTAGTA--A-C-A--A--AAA-AA- 2269
Query 2298 ACAAAATATTTAATATTATCAAGTTAATTTGTAGGCAAAAAGTAGAAAGAGAAGCTTATG 2357
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 2270 ------TATTTAGTATTATTAAGTTAATTTGTAGGCAAAAAAAAGAA-GAGAAGCTTATG 2322
Query 2358 TCATGTGTATTT--GATGAAGATTCTTAGTAAACTTTTACGCTTGCTTCAAACTAATGTA 2415
|||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2323 TCATGTGTATTTTTGATGAAGATTCTTGGTATACGTTTATGCTTGCTTCAAACTAATGTA 2382
Query 2416 TTCTCCACCTTTGTTGTCCTTAGTTAAAATGTC 2448
||||||||| ||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 2383 TTCTCCACCATTGTTGTCCTTTGTTAAAACGTC 2415
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92787836820
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5