BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G13440.1
Length=2382
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480308 jgi|Araly1|480308|fgenesh2_kg.3__3009__AT2G13440.1 3735 0.0
> Ahg480308 jgi|Araly1|480308|fgenesh2_kg.3__3009__AT2G13440.1
Length=2352
Score = 3735 bits (2022), Expect = 0.0
Identities = 2243/2347 (96%), Gaps = 26/2347 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 7 GCCGCCGCCGCCGCCACCGCCACCGTGAGTCTTCGACATTTCCGCAGCTTCCCTACTATT 66
||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||| || |
Sbjct 13 GCCGCCGCCTCCGCCACCGCCACCTTGAGTCTTCGGCATTTCCGCAGCTTCCCTAGTAGT 72
Query 67 GTCCCAtctcttctc-t-t-ctcctcctcctcctccataccttttcactccccccgtctc 123
||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||
Sbjct 73 GTCCCATCTCTTCTCTTCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTACCTCTTCACTCTCCCCGTCTC 132
Query 124 tgcgtc-t--t------c--c-tccgccctcGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCACTCGCC 171
|||||| | | | | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 133 TGCGTCTTCCTCCGCCGCAACTTCCGCCCTCGCCAACTCTTCCTTAACCGTCCCCTCGCC 192
Query 172 GCAAGTTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACCTCTGATTCGACCTACGACGTTATTGTT 231
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 193 GCAAGCTTCAGTTCCTCTTCATCAGGTGCTACGTCTGATTCGACCTACGACGTGATTGTG 252
Query 232 GTTGGTGCCGGACACGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 291
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 253 GTTGGTGCGGGACATGCTGGATGCGAAGCGGCTTTAGCCTCTGCTCGATTAGGAGCTAGT 312
Query 292 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCGTGTAATCCAGCAGTA 351
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 313 ACTCTGCTTCTCACATTAAACCTCGATCGAATAGCTTGGCAGCCATGTAATCCAGCAGTT 372
Query 352 GGTGGACCAGCTAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGC 411
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 373 GGTGGACCAGCAAAATCACAATTAGTACATGAAGTTGATGCACTTGGTGGTGATATTGGG 432
Query 412 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTGAATGTCTCAAGGGGTCCTGCT 471
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 433 AAAGTTGCTGACAGATGCTATTTACAGAAGCGTATTTTAAATGTATCAAGGGGTCCTGCT 492
Query 472 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGAGAATATGCTACGGAGATGAAAAAGATA 531
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 493 GTAAGATCGTTACGTGCTCAGACTGACAAAAGGGAATATGCTATGGAGATGAAAAAGATA 552
Query 532 GTGGACAGCACCGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 591
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 553 GTGGACAGCACTGAAAATCTCTGTATTAGAGAGGCAATGGTAACAGATATCATAGTTGGG 612
Query 592 AAGAATGACAACGTGGAAGGCGTGGCCACATTTTTCGGGATGAACTTTTATGCACCTTCT 651
||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 613 AAGAATGACAATGTGGAAGGAGTGGCCACCTTTTTCGGGATGAACTTCTATGCACCTTCT 672
Query 652 GTTATTCTTACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 711
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 673 GTTATTCTCACCACTGGAACCTTTATGAGTGGGAAGATTTGGGTCGGTAAAAAGTCTATG 732
Query 712 CCAGCAGGAAGAGCTGGCGAGTCAGCTTCACAAGGACTGACAGAGAATTTGCAGAAACTT 771
||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||
Sbjct 733 CCAGCTGGAAGAGCTGGTGAGTCAGCTTCACAAGGATTAACAGAGAACTTGCAGAAACTT 792
Query 772 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACTGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 831
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 793 GGATTTGAAACTGATCGCTTAAAGACGGGTACTCCAGCGCGTGTGGATCGCCGGACTATA 852
Query 832 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 891
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 853 GACTTTTCCAATTTGGAGGCTCAACATGGAGACGAAGAGGTCAGCTGGTTTAGTTTCGAC 912
Query 892 CCAGATTTTCACATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACAACAAAGATT 951
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 913 CCAGATTTTCATATTGAGAGAGAGCAAATGTGCTGCTACCTAACTCGCACGACAAAGATT 972
Query 952 ACACACCAATTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1011
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 ACACACCAACTGATCAGAGATAATTTGCATGAGACCCCAACTTATGGTGGATGGGTTGAA 1032
Query 1012 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATTGAAGACAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1071
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1033 GCAAAAGGTCCTAGGTACTGCCCTTCCATCGAAGATAAGATTGTTAGGTTCAAAGACAAA 1092
Query 1072 GAGTCTCATCAAATATTCCTCGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATCTATGTGCAG 1131
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1093 GAGTCCCATCAAATATTCCTGGAACCAGAGGGCCGAGATGTTCCTGAGATTTATGTGCAG 1152
Query 1132 GGATTTTCAACTGGCCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1191
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1153 GGATTTTCAACTGGTCTGCCAGAGAATCTCCAGTTGCCACTTCTAAGAAGCTTGCCAGGA 1212
Query 1192 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1251
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1213 CTTGAAAATTGCTCCATGCTTAGGCCTGCCTATGCTGTTGAGTATGATTATTTGCCAGCT 1272
Query 1252 CATCAGTGTTCCAGGTCCCTTATGACGAAGAAGATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGACAG 1311
||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1273 CATCAGTGTTCTAGGTCCCTTATGACAAAGAAAATTGAAGGTCTTTTCTTCTCTGGTCAG 1332
Query 1312 ATCAACGGCACAACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1371
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1333 ATCAACGGCACTACTGGTTATGAAGAGGCTGCTGCACAGGGTATTATATCTGGAATCAAT 1392
Query 1372 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1431
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1393 GCTGCCAGACATGCAGACGGTAAGAAACACGTTGTTCTTGAGAGGGAAAGCAGTTATATA 1452
Query 1432 GGTACGTTGATTGATGATTTAGTCACAAAGGATCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1491
|||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1453 GGTACGTTGATTGACGATTTAGTCACAAAAGACCTCAGAGAGCCATACCGCATGCTAACA 1512
Query 1492 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTTGATAATGCGGATAGTCGACTAACGCCT 1551
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1513 AGCCGTTCAGAACATCGGCTTCTTCTTCGATTCGATAATGCGGATAGTCGACTCACGCCT 1572
Query 1552 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1611
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1573 CTGGGGCGTGAACTTGGATTGATAGATGATAGACGATGGAAGTTATACCAAGAGAAGCAA 1632
Query 1612 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1671
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1633 GCAAGGATTTCAGAAGAGAAGAAGAGACTGAAAACTGTCAAGATTTCAGTTGCAGTAGGT 1692
Query 1672 GATTTGGCTGCCGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCGACACTA 1731
||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1693 GATTTGGCTTCTGAAGTTTCTAGTGTGTCTTCTCAGCCAGTCAAAGAATCAGCAACACTA 1752
Query 1732 GAGAGTCTCCTAAAGAAACCACATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1791
|||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1753 GAGAGTCTACTAAAGAAACCCCATATCCACTACAAGCTTCTTGAGAAGCATGGCTTTGGA 1812
Query 1792 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1851
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1813 AATGAAACATTATCTAGAATGGAGAAAGACTGTGTAGAGATCGATATAAAATATGAAGGT 1872
Query 1852 TTCATTGTTCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAACAACATAGACGACTT 1911
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1873 TTCATTGTGCGCCAGCAAAACCAACTGCAGCAGATGGTCCACCAGCAACATAGACGACTT 1932
Query 1912 CCAGACGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1971
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1933 CCAGATGATTTGGATTACTATTCGATGACAACTCTATCCCATGAAGGGCGTGAAAAACTT 1992
Query 1972 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGTGGAGTCAGTCCTGCC 2031
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1993 TCAAAGGTGAGACCAGAGACGATCGGGCAGGCAAGCAGAGTGGGCGGAGTCAGTCCTGCC 2052
Query 2032 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCAAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2091
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2053 GACATAACAGCTCTGCTCATAACACTTGAATCGAACCGAAGAAGAACTCAAGATGTGAAG 2112
Query 2092 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGG 2151
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2113 AGAGGGAAAATATTGGAACATGCCTTGGCAGAATCCAATCCACAGTGGGTAGAAGATAGA 2172
Query 2152 GAGCATGTGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCGTACAGTGTAGCATCAACTCTCCAATGAT 2211
|||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |||
Sbjct 2173 GAGCATATGGTTAATGAGTGATTAAGAAGTCTTACAGTGTAGCGTCAACTCTCCAA-GAT 2231
Query 2212 TTTGATCAACCTTGC-AT-G-CATT-CTCTCGAATGGCaaaaaaaaaGTGGCTATTGTTG 2267
| | | |||||||| | | |||| |||| ||||||||||||| |||||| || |||
Sbjct 2232 TGT-A--AACCTTGCGACCGACATTTCTCTTGAATGGCAAAAAA---GTGGCTGTTCTTG 2285
Query 2268 CGAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTGCTTGTGTGTAACCGTATCGCTG 2327
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 2286 CCAAAATACAAGTCACCCAAACAAAAGAGAAATACTTTCTTGTGTGTAACCACATCGCTC 2345
Query 2328 TTATTTT 2334
|||||||
Sbjct 2346 TTATTTT 2352
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89740617220
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5