BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G13540.1 Length=2860 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg480309 jgi|Araly1|480309|fgenesh2_kg.3__3010__AT2G13540.1 4425 0.0 > Ahg480309 jgi|Araly1|480309|fgenesh2_kg.3__3010__AT2G13540.1 Length=2681 Score = 4425 bits (2396), Expect = 0.0 Identities = 2596/2692 (96%), Gaps = 16/2692 (1%) Strand=Plus/Plus Query 167 AAGATGAGCAATTGGAAAACTCTTCTCCTTCGCATCGGCGAAAAGGGACCTGAGTACGGC 226 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 AAGATGAGCAATTGGAAAACTCTTCTCCTTCGCATCGGCGAAAAGGGTCCTGAGTACGGC 60 Query 227 ACTTCCTCCGACTACAAAGACCACATCGAGACTTGTTTCGGTGTCATTCGTAGAGAAATC 286 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| Sbjct 61 ACTTCCTCCGACTACAAAGACCATATCGAGACTTGTTTCGGTGTTATTCGCAGAGAAATC 120 Query 287 GAGCGTTCTGGAGATCAAGTTTTGCCTTTTCTACTACAATGTGCTGAACAATTGCCTCAT 346 |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 121 GAGCGTTCTGGAGATCAAGTTTTGCCTTTTATACTGCAATGTGCTGAACAATTGCCTCAT 180 Query 347 AAGATTCCTTTGTATGGGACTTTGATTGGTTTGTTGAACTTGGAGAATGAAGATTTTGTC 406 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 181 AAGATTCCTTTGTATGGGACTTTGATTGGTTTGTTGAACTTGGAGAATGAAGATTTTGTC 240 Query 407 CAGAAGCTAGTAGAAAGTGTCCACGCTAATTTCCAGGTCGCTTTAGATTCTGGCAACTGC 466 | ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 241 CGGAAGCTAGTAGAAAGTGTCCACGCTGATTTCCAGGTCGCTTTAGATTCTGGCAACTGC 300 Query 467 AACAGTATCCGTATATTGCTTCGCTTTATGACTTCCCTGTTGTGCAGTAAGGTTATTCAA 526 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 301 AACAGTATCCGTATATTGCTTCGCTTTATGACGTCCCTGTTGTGCAGTAAGGTTATTCAA 360 Query 527 CCTGCTTCTTTGATTGTCGTCTTCGAAACATTGCTATCATCTGCTGCCACTACTGTGGAT 586 |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 361 CCTGCTTCTTTGATTGTCGTGTTCGAAACATTGTTATCATCTGCTGCCACTACTGTGGAC 420 Query 587 GAAGAGAAAGGAAATCCATCATGGCAGCCACAAGCTGACTTTTACGTTATATGCATCTTG 646 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 421 GAAGAGAAAGGAAATACATCATGGCAGCCACAAGCTGACTTTTACGTCATATGCATCTTG 480 Query 647 TCCAGCCTCCCGTGGGGAGGATCAGAACTCGCTGAGCAAGTTCCTGATGAGATTGAAAGA 706 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 481 TCCAGCCTCCCGTGGGGAGGATCAGAACTCGCTGAGCAAGTTCCTGATGAGATTGAAAGA 540 Query 707 GTGTTAGTTGGGATACAAGCTTATTTGAGCATCCGAAAGAATTCTTCCACCTCTGGGTTA 766 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 541 GTGTTAGTTGGGATACAAGCTTATTTGAGCATCCGAAAGAATTCTTCCACATCTGGGTTA 600 Query 767 AACTTTTTTCACAACGGAGAATTTGAAAGCAGCCTTGCAGAGAAGGATTTCGTGGAGGAT 826 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 601 AACTTTTTTCACAACGGAGAATTTGAAAGCAGCCTTGCAGAGAAGGATTTCGTGGAGGAT 660 Query 827 CTATTGGATCGAATTCAGTCTCTGGCTTCCAATGGATGGAAACTTGAAAGCGTACCTAGG 886 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||| Sbjct 661 CTATTGGATCGAATACAGTCTCTGGCTTCCAATGGATGGAAACTTGATAGTGTTCCTAGG 720 Query 887 CCTCATCTCTCGTTT-GAAGCTCAACTCGTTGCTGGAAAGTTTCATGAGCTACGTCCCAT 945 ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| Sbjct 721 CCTCATCTCTC-TTTCGAAGCTCAACTCGTTGCTGGAAAGTTTCATGAGCTAGGCCCCAT 779 Query 946 TAAATGTATGGAACAACCGAGTCCACCTTCTGATCATTCGAGGGCATACAGTGGCAAGCA 1005 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 780 TAAATGTATGGAACAACCGAGTCCACCTTCTGATCATTCGAGAGCATACAGTGGCAAGCA 839 Query 1006 AAAGCATGATGCATTGACGAGATATCCCCAGAGAATTCGTAGGTTGAATATATTTCCAGC 1065 |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 840 AAAGCATGATGCTTTGACGAGATATCCCCAGAGAATTCGTAGGTTGAATATCTTTCCAGC 899 Query 1066 TAATAAAATGGAGGATGTACAACCAATTGATCGTTTTGTCGTGGAGGAGTATTTGCTGGA 1125 |||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 900 TAATAAAATGGAGGATGTACAACCTATCGATCGCTTTGTCGTGGAGGAGTATTTGCTGGA 959 Query 1126 TGTGCTCTTCTATTTGAATGGATGTCGGAAGGAGTGTGCATCCTACATGGCTAATCTTCC 1185 ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 960 TGTGCTCTTCTATTTAAATGGATGTCGGAAGGAGTGTGCGTCCTACATGGCTAATCTTCC 1019 Query 1186 TGTTACATTTCGGTACGAGTATCTTATGGCAGAGACACTATTTTCTCAGATACTGCTGCT 1245 |||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1020 TGTTCCTTTTCGGTATGAGTATCTTATGGCAGAGACACTATTTTCTCAGATACTGCTGCT 1079 Query 1246 ACCCCAGCCACCATTCAAGACTCTTTATTATACACTCGTGATTATGGATCTTTGTAAGGC 1305 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1080 ACCACAACCACCATTCAAGACTCTTTATTATACACTCGTGATTATGGATCTTTGTAAGGC 1139 Query 1306 TCTTCCGGGTGCCTTTCCTGCTGTTGTTGCTGGCGCTGTTCGTGCACTATTTGAGAAAAT 1365 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1140 TCTTCCGGGTGCCTTTCCTGCTGTTGTTGCTGGTGCTGTTCGTGCACTATTTGAGAAAAT 1199 Query 1366 ATCCGACTTAGACATGGAATCCAGGACGCGTCTTATCCTCTGGTTTTCTCACCACTTATC 1425 |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1200 TTCCGACTTAGACATGGAATCCAGGACACGCCTTATCCTCTGGTTTTCTCACCACTTGTC 1259 Query 1426 CAACTTCCAATTCATCTGGCCGTGGGAAGAGTGGGCTTTTGTGTTGGATCTTCCCAAGTG 1485 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| Sbjct 1260 CAACTTCCAATTCATCTGGCCGTGGGAAGAGTGGGCTTATGTGTTGGACCTTCCCAAGTG 1319 Query 1486 GGCCCCTAAGCGTGTATTTGTTCAGGAGATTTTGCAAAGAGAAGTACGCTTGTCTTACTG 1545 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1320 GGCCCCTAAGCGTGTATTTGTTCAGGAGATTTTGCAAAGAGAAGTACGCTTGTCTTACTG 1379 Query 1546 GGATAAAATTAAGCAGAGCATTGAGAATGCGA-CTGCCCTAGAAGAATTACTTCCTCCAA 1604 |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1380 GGATAAAATTAAGCAGAGCATTGAGAATGCGAGC-GCCCTAGAAGAATTGCTTCCTCCAA 1438 Query 1605 AAGCTGGTCCGAATTTTATGTATTCCTTGGAAGAAGGTAAAGAGAAAACAGAAGAACAGC 1664 | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1439 AGGCTGGTCCGAATTTTATGTATTCCTTGGAAGAGGGTAAAGAGAAAACAGAAGAACAGC 1498 Query 1665 AATTGTCAGCCGAATTGAGCAGGAAGGTCAAGGAAAAACAAACCGCACGTGACATGATAG 1724 |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | Sbjct 1499 AATTGTCAGCCGAATTGAGCAGGAAGGTTAAGGAAAAACAAACTGCACGTGACATGATGG 1558 Query 1725 TGTGGATTGAAGAAACGATATATCCAGTTCATGGTTTTGAAGTTACTCTTACAATAGTTG 1784 |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1559 TGTGGATTGAGGAAACGATATATCCAGTTCATGGTTTTGAAGTCACTCTTACAATAGTTG 1618 Query 1785 TACAGACCTTACTTGACATCGGATCAAAAAGTTTCACTCATTTGGTCACTGTCCTGGAGC 1844 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1619 TACAGACCTTACTTGACATCGGATCAAAAAGTTTCACTCATTTGGTCACTGTCCTGGAGC 1678 Query 1845 GATATGGCCAAGTATTTTCAAAGCTTTGTCCTGATAACGATAAGCAGGTGATGCTATTAT 1904 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1679 GATATGGCCAAGTATTTTCAAAACTTTGTCCTGATAATGATAAGCAGGTGATGCTATTAT 1738 Query 1905 CTCAAGTGAGTACATACTGGAAAAACAATGTACAAATGACGGCGGTGGCAATTGATAGGA 1964 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1739 CTCAAGTGAGTACATACTGGAAAAACAATGTACAAATGACGGCGGTGGCAATCGATAGGA 1798 Query 1965 TGATGGGTTATAGACTAGTATCTAATCAGGCAATTGTTAGATGGGTGTTCTCTCCAGAAA 2024 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1799 TGATGGGTTATAGACTAGTATCTAATCAGGCAATTGTTAGATGGGTGTTCTCTCCAGAAA 1858 Query 2025 ATGTTGATCAGTTTCATGTGTCTGATCAGCCATGGGAGATACTTGGCAATGCTCTTAACA 2084 |||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1859 ATGTTGATCAATTCCATGTGTCTGATCAGCCATGGGAGATACTTGGCAATGCTCTTAACA 1918 Query 2085 AGACTTATAACCGTATCTCTGATTTGAGGAAAGATATATCAAACATTACGAAAAATGTTT 2144 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1919 AGACTTATAACCGTATCTCTGATTTGAGGAAAGATATATCAAACATTACGAAAAATGTTT 1978 Query 2145 TGGTTGCTGAGAAAGCTTCAGCCAATGCACGAGTAGAGTTGGAGGCTGCTGAGAGCAAAC 2204 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1979 TGGTTGCTGAGAAAGCTTCAGCCAATGCACGAGTAGAGTTGGAGGCTGCTGAGAGCAAAC 2038 Query 2205 TTTCCCTAGTGGAAGGTGAACCCGTTCTTGGTGAGAATCCAGCGAAGATGAAGCGTTTAA 2264 ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2039 TTTCCCTAGTGGAGGGTGAGCCCGTTCTTGGTGAGAATCCAGCGAAGATGAAGCGTTTAA 2098 Query 2265 AATCAACAGTGGAGAAGACAGGGGAAGCGGAGTTATCTCTTCGGGAGTCCCTAGAGGCAA 2324 |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 2099 AATCAACAGTGGAGAAGACAGGAGAAGCGGAGTTATCTCTTCGTGAGTCCCTAGAGGCAA 2158 Query 2325 AAGAGGCTCTTCTTAACAGAGCTCTCTCTGAGACCGAGGTTTTACTGCTCTTGCTGTTCC 2384 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 2159 AAGAGGCTCTTCTTAACAGAGCTCTCTCTGAGACCGAGGTTCTACTGCTCTTGCTGTTCC 2218 Query 2385 AAAGTTTCTTAGGTGTACTGAAGGAACGGCTCCCAGATCCAACTAAAGTGAGATCAGTGC 2444 ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| Sbjct 2219 AAAGTTTCTTAGGTGTATTGAAGGAACGTCTCCCAGATCCAACAAAAGTGATATCAGTGC 2278 Query 2445 AGGATCTAAAATCTATAGGTGCTGAAGATGACAAGCCATCTGCGATGGACGTGGACAGCG 2504 ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 2279 AGGATCTAAAATCTATAGGAGCGGAAGATGACAAGCCATCTGCGATGGACGTGGACAGTG 2338 Query 2505 AGAATGGAAACCCAAAGAAGAGTTGCGAAGTCGGTGAGAGAGAACAGTGGTGCTTATCAA 2564 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2339 AGAATGGAAACCCAAAGAAGAGTTGTGAAGTCGGTGAGAGAGAACAGTGGTGCTTATCAA 2398 Query 2565 CACTTGGCTATCTCACGGCATTTACAAGGCAATATGCGAGCGAGATATGGCCTCACATGG 2624 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2399 CACTTGGCTATCTCACGGCATTTACAAGGCAATATGCGAGCGAGATATGGCCTCACATGG 2458 Query 2625 AGAAGTTGGAGTCAGAAGTGTTCTCGGGTGAAGATGTGCATCCTCTCTTTCTCCAAGCCA 2684 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 2459 AGAAGTTGGAGTCGGAGGTGTTCTCGGGTGAAGATGTGCATCCTCTCTTTCTTCAAGCCA 2518 Query 2685 TATCTTCTGCACTTCAATTCCCATTACATTAATCTTCCTCTTTCAATCTCAATCAAACCT 2744 |||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| | | | Sbjct 2519 TATCTTCTGCGCTTCAATTCCCATTACAATAATC--C-TCTTTCAATCTCAA--A--C-T 2570 Query 2745 G-TCTCTTTTGTTTTTTGTTATGAGATTCTGATTCTGACAT-CAAGTT-ATTAGGAAATT 2801 | |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| Sbjct 2571 GGTCTCTTTTGTTTTT-GTTATCAGATTCTGATTTTGACATTCAAGTTTATTAGGAAATC 2629 Query 2802 GAAAAGAGTCAAAAAACAAGAGTTTAAACTTTTAACACCAGTCTTGTTTCTG 2853 ||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||| ||||||||| Sbjct 2630 GAAAAGAATCATAAAACAAGAGTTTAAACTTTAAACAGCAGTATTGTTTCTG 2681 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 107947754330 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5