BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G13540.1
Length=2860
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480309 jgi|Araly1|480309|fgenesh2_kg.3__3010__AT2G13540.1 4425 0.0
> Ahg480309 jgi|Araly1|480309|fgenesh2_kg.3__3010__AT2G13540.1
Length=2681
Score = 4425 bits (2396), Expect = 0.0
Identities = 2596/2692 (96%), Gaps = 16/2692 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 167 AAGATGAGCAATTGGAAAACTCTTCTCCTTCGCATCGGCGAAAAGGGACCTGAGTACGGC 226
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 AAGATGAGCAATTGGAAAACTCTTCTCCTTCGCATCGGCGAAAAGGGTCCTGAGTACGGC 60
Query 227 ACTTCCTCCGACTACAAAGACCACATCGAGACTTGTTTCGGTGTCATTCGTAGAGAAATC 286
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 61 ACTTCCTCCGACTACAAAGACCATATCGAGACTTGTTTCGGTGTTATTCGCAGAGAAATC 120
Query 287 GAGCGTTCTGGAGATCAAGTTTTGCCTTTTCTACTACAATGTGCTGAACAATTGCCTCAT 346
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GAGCGTTCTGGAGATCAAGTTTTGCCTTTTATACTGCAATGTGCTGAACAATTGCCTCAT 180
Query 347 AAGATTCCTTTGTATGGGACTTTGATTGGTTTGTTGAACTTGGAGAATGAAGATTTTGTC 406
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 AAGATTCCTTTGTATGGGACTTTGATTGGTTTGTTGAACTTGGAGAATGAAGATTTTGTC 240
Query 407 CAGAAGCTAGTAGAAAGTGTCCACGCTAATTTCCAGGTCGCTTTAGATTCTGGCAACTGC 466
| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CGGAAGCTAGTAGAAAGTGTCCACGCTGATTTCCAGGTCGCTTTAGATTCTGGCAACTGC 300
Query 467 AACAGTATCCGTATATTGCTTCGCTTTATGACTTCCCTGTTGTGCAGTAAGGTTATTCAA 526
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AACAGTATCCGTATATTGCTTCGCTTTATGACGTCCCTGTTGTGCAGTAAGGTTATTCAA 360
Query 527 CCTGCTTCTTTGATTGTCGTCTTCGAAACATTGCTATCATCTGCTGCCACTACTGTGGAT 586
|||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 CCTGCTTCTTTGATTGTCGTGTTCGAAACATTGTTATCATCTGCTGCCACTACTGTGGAC 420
Query 587 GAAGAGAAAGGAAATCCATCATGGCAGCCACAAGCTGACTTTTACGTTATATGCATCTTG 646
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 GAAGAGAAAGGAAATACATCATGGCAGCCACAAGCTGACTTTTACGTCATATGCATCTTG 480
Query 647 TCCAGCCTCCCGTGGGGAGGATCAGAACTCGCTGAGCAAGTTCCTGATGAGATTGAAAGA 706
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TCCAGCCTCCCGTGGGGAGGATCAGAACTCGCTGAGCAAGTTCCTGATGAGATTGAAAGA 540
Query 707 GTGTTAGTTGGGATACAAGCTTATTTGAGCATCCGAAAGAATTCTTCCACCTCTGGGTTA 766
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 541 GTGTTAGTTGGGATACAAGCTTATTTGAGCATCCGAAAGAATTCTTCCACATCTGGGTTA 600
Query 767 AACTTTTTTCACAACGGAGAATTTGAAAGCAGCCTTGCAGAGAAGGATTTCGTGGAGGAT 826
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AACTTTTTTCACAACGGAGAATTTGAAAGCAGCCTTGCAGAGAAGGATTTCGTGGAGGAT 660
Query 827 CTATTGGATCGAATTCAGTCTCTGGCTTCCAATGGATGGAAACTTGAAAGCGTACCTAGG 886
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||
Sbjct 661 CTATTGGATCGAATACAGTCTCTGGCTTCCAATGGATGGAAACTTGATAGTGTTCCTAGG 720
Query 887 CCTCATCTCTCGTTT-GAAGCTCAACTCGTTGCTGGAAAGTTTCATGAGCTACGTCCCAT 945
||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 721 CCTCATCTCTC-TTTCGAAGCTCAACTCGTTGCTGGAAAGTTTCATGAGCTAGGCCCCAT 779
Query 946 TAAATGTATGGAACAACCGAGTCCACCTTCTGATCATTCGAGGGCATACAGTGGCAAGCA 1005
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 780 TAAATGTATGGAACAACCGAGTCCACCTTCTGATCATTCGAGAGCATACAGTGGCAAGCA 839
Query 1006 AAAGCATGATGCATTGACGAGATATCCCCAGAGAATTCGTAGGTTGAATATATTTCCAGC 1065
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 840 AAAGCATGATGCTTTGACGAGATATCCCCAGAGAATTCGTAGGTTGAATATCTTTCCAGC 899
Query 1066 TAATAAAATGGAGGATGTACAACCAATTGATCGTTTTGTCGTGGAGGAGTATTTGCTGGA 1125
|||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 TAATAAAATGGAGGATGTACAACCTATCGATCGCTTTGTCGTGGAGGAGTATTTGCTGGA 959
Query 1126 TGTGCTCTTCTATTTGAATGGATGTCGGAAGGAGTGTGCATCCTACATGGCTAATCTTCC 1185
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TGTGCTCTTCTATTTAAATGGATGTCGGAAGGAGTGTGCGTCCTACATGGCTAATCTTCC 1019
Query 1186 TGTTACATTTCGGTACGAGTATCTTATGGCAGAGACACTATTTTCTCAGATACTGCTGCT 1245
|||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 TGTTCCTTTTCGGTATGAGTATCTTATGGCAGAGACACTATTTTCTCAGATACTGCTGCT 1079
Query 1246 ACCCCAGCCACCATTCAAGACTCTTTATTATACACTCGTGATTATGGATCTTTGTAAGGC 1305
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 ACCACAACCACCATTCAAGACTCTTTATTATACACTCGTGATTATGGATCTTTGTAAGGC 1139
Query 1306 TCTTCCGGGTGCCTTTCCTGCTGTTGTTGCTGGCGCTGTTCGTGCACTATTTGAGAAAAT 1365
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TCTTCCGGGTGCCTTTCCTGCTGTTGTTGCTGGTGCTGTTCGTGCACTATTTGAGAAAAT 1199
Query 1366 ATCCGACTTAGACATGGAATCCAGGACGCGTCTTATCCTCTGGTTTTCTCACCACTTATC 1425
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1200 TTCCGACTTAGACATGGAATCCAGGACACGCCTTATCCTCTGGTTTTCTCACCACTTGTC 1259
Query 1426 CAACTTCCAATTCATCTGGCCGTGGGAAGAGTGGGCTTTTGTGTTGGATCTTCCCAAGTG 1485
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 1260 CAACTTCCAATTCATCTGGCCGTGGGAAGAGTGGGCTTATGTGTTGGACCTTCCCAAGTG 1319
Query 1486 GGCCCCTAAGCGTGTATTTGTTCAGGAGATTTTGCAAAGAGAAGTACGCTTGTCTTACTG 1545
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GGCCCCTAAGCGTGTATTTGTTCAGGAGATTTTGCAAAGAGAAGTACGCTTGTCTTACTG 1379
Query 1546 GGATAAAATTAAGCAGAGCATTGAGAATGCGA-CTGCCCTAGAAGAATTACTTCCTCCAA 1604
|||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1380 GGATAAAATTAAGCAGAGCATTGAGAATGCGAGC-GCCCTAGAAGAATTGCTTCCTCCAA 1438
Query 1605 AAGCTGGTCCGAATTTTATGTATTCCTTGGAAGAAGGTAAAGAGAAAACAGAAGAACAGC 1664
| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 AGGCTGGTCCGAATTTTATGTATTCCTTGGAAGAGGGTAAAGAGAAAACAGAAGAACAGC 1498
Query 1665 AATTGTCAGCCGAATTGAGCAGGAAGGTCAAGGAAAAACAAACCGCACGTGACATGATAG 1724
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1499 AATTGTCAGCCGAATTGAGCAGGAAGGTTAAGGAAAAACAAACTGCACGTGACATGATGG 1558
Query 1725 TGTGGATTGAAGAAACGATATATCCAGTTCATGGTTTTGAAGTTACTCTTACAATAGTTG 1784
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1559 TGTGGATTGAGGAAACGATATATCCAGTTCATGGTTTTGAAGTCACTCTTACAATAGTTG 1618
Query 1785 TACAGACCTTACTTGACATCGGATCAAAAAGTTTCACTCATTTGGTCACTGTCCTGGAGC 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1619 TACAGACCTTACTTGACATCGGATCAAAAAGTTTCACTCATTTGGTCACTGTCCTGGAGC 1678
Query 1845 GATATGGCCAAGTATTTTCAAAGCTTTGTCCTGATAACGATAAGCAGGTGATGCTATTAT 1904
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 GATATGGCCAAGTATTTTCAAAACTTTGTCCTGATAATGATAAGCAGGTGATGCTATTAT 1738
Query 1905 CTCAAGTGAGTACATACTGGAAAAACAATGTACAAATGACGGCGGTGGCAATTGATAGGA 1964
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1739 CTCAAGTGAGTACATACTGGAAAAACAATGTACAAATGACGGCGGTGGCAATCGATAGGA 1798
Query 1965 TGATGGGTTATAGACTAGTATCTAATCAGGCAATTGTTAGATGGGTGTTCTCTCCAGAAA 2024
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 TGATGGGTTATAGACTAGTATCTAATCAGGCAATTGTTAGATGGGTGTTCTCTCCAGAAA 1858
Query 2025 ATGTTGATCAGTTTCATGTGTCTGATCAGCCATGGGAGATACTTGGCAATGCTCTTAACA 2084
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ATGTTGATCAATTCCATGTGTCTGATCAGCCATGGGAGATACTTGGCAATGCTCTTAACA 1918
Query 2085 AGACTTATAACCGTATCTCTGATTTGAGGAAAGATATATCAAACATTACGAAAAATGTTT 2144
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 AGACTTATAACCGTATCTCTGATTTGAGGAAAGATATATCAAACATTACGAAAAATGTTT 1978
Query 2145 TGGTTGCTGAGAAAGCTTCAGCCAATGCACGAGTAGAGTTGGAGGCTGCTGAGAGCAAAC 2204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1979 TGGTTGCTGAGAAAGCTTCAGCCAATGCACGAGTAGAGTTGGAGGCTGCTGAGAGCAAAC 2038
Query 2205 TTTCCCTAGTGGAAGGTGAACCCGTTCTTGGTGAGAATCCAGCGAAGATGAAGCGTTTAA 2264
||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2039 TTTCCCTAGTGGAGGGTGAGCCCGTTCTTGGTGAGAATCCAGCGAAGATGAAGCGTTTAA 2098
Query 2265 AATCAACAGTGGAGAAGACAGGGGAAGCGGAGTTATCTCTTCGGGAGTCCCTAGAGGCAA 2324
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2099 AATCAACAGTGGAGAAGACAGGAGAAGCGGAGTTATCTCTTCGTGAGTCCCTAGAGGCAA 2158
Query 2325 AAGAGGCTCTTCTTAACAGAGCTCTCTCTGAGACCGAGGTTTTACTGCTCTTGCTGTTCC 2384
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2159 AAGAGGCTCTTCTTAACAGAGCTCTCTCTGAGACCGAGGTTCTACTGCTCTTGCTGTTCC 2218
Query 2385 AAAGTTTCTTAGGTGTACTGAAGGAACGGCTCCCAGATCCAACTAAAGTGAGATCAGTGC 2444
||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||
Sbjct 2219 AAAGTTTCTTAGGTGTATTGAAGGAACGTCTCCCAGATCCAACAAAAGTGATATCAGTGC 2278
Query 2445 AGGATCTAAAATCTATAGGTGCTGAAGATGACAAGCCATCTGCGATGGACGTGGACAGCG 2504
||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2279 AGGATCTAAAATCTATAGGAGCGGAAGATGACAAGCCATCTGCGATGGACGTGGACAGTG 2338
Query 2505 AGAATGGAAACCCAAAGAAGAGTTGCGAAGTCGGTGAGAGAGAACAGTGGTGCTTATCAA 2564
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2339 AGAATGGAAACCCAAAGAAGAGTTGTGAAGTCGGTGAGAGAGAACAGTGGTGCTTATCAA 2398
Query 2565 CACTTGGCTATCTCACGGCATTTACAAGGCAATATGCGAGCGAGATATGGCCTCACATGG 2624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2399 CACTTGGCTATCTCACGGCATTTACAAGGCAATATGCGAGCGAGATATGGCCTCACATGG 2458
Query 2625 AGAAGTTGGAGTCAGAAGTGTTCTCGGGTGAAGATGTGCATCCTCTCTTTCTCCAAGCCA 2684
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 2459 AGAAGTTGGAGTCGGAGGTGTTCTCGGGTGAAGATGTGCATCCTCTCTTTCTTCAAGCCA 2518
Query 2685 TATCTTCTGCACTTCAATTCCCATTACATTAATCTTCCTCTTTCAATCTCAATCAAACCT 2744
|||||||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| | | |
Sbjct 2519 TATCTTCTGCGCTTCAATTCCCATTACAATAATC--C-TCTTTCAATCTCAA--A--C-T 2570
Query 2745 G-TCTCTTTTGTTTTTTGTTATGAGATTCTGATTCTGACAT-CAAGTT-ATTAGGAAATT 2801
| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||
Sbjct 2571 GGTCTCTTTTGTTTTT-GTTATCAGATTCTGATTTTGACATTCAAGTTTATTAGGAAATC 2629
Query 2802 GAAAAGAGTCAAAAAACAAGAGTTTAAACTTTTAACACCAGTCTTGTTTCTG 2853
||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||
Sbjct 2630 GAAAAGAATCATAAAACAAGAGTTTAAACTTTAAACAGCAGTATTGTTTCTG 2681
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107947754330
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5