BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G13600.1 Length=2094 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg931103 jgi|Araly1|931103|scaffold_303560.1 3247 0.0 > Ahg931103 jgi|Araly1|931103|scaffold_303560.1 Length=2138 Score = 3247 bits (1758), Expect = 0.0 Identities = 1986/2098 (95%), Gaps = 8/2098 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 ATGGCAACAAAATCATTTCTCAAACTCGCTGCTGATCTCTCTTCTTTCACCGATTCTTCA 60 ||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 25 ATGGCAAGACAATCATTTCTCAAACTCGCTGGTGATCTCTCTTCTTTCACTGTTTCTTCA 84 Query 61 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAATC-CAAGTTATCAGCAATCT-ACGTCC 118 ||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |||| | Sbjct 85 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAA-CTCAAGTTATCAGCCAT-TGACGTTC 142 Query 119 GTTATGTCCATGCTTCTGTCATCAAATCAGGTTTCTCCAATGAAATATTTATACAGAATC 178 | | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||| Sbjct 143 GGTGTGTTCATGCTTCTGTCATCAAATCCGGTTTCTCCAATGAGGTCTTTATACAGAATC 202 Query 179 GGCTCATCGACGCTTATTCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAAGTGTTCGACA 238 |||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 203 GGCTTATCGATGCATATGCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAATTGTTCGACA 262 Query 239 AAATGCCTCAACGAAATATCTACACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACAAAGTTAG 298 ||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 263 AAATGCCTCAACGAAATGTTTTCACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACCAAGTTAG 322 Query 299 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTATTCAGGTCAATGCCTGAACGTGATCAATGTACTT 358 ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| ||||||| Sbjct 323 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTGTTCCGGTCAATGCCTGAACGCGATCAGTGTACTT 382 Query 359 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAACATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTGTTATT 418 |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 383 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAGCATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTATTATT 442 Query 419 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATAGTTTTGCTAGTGTTCTTA 478 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 443 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATACATTTGCTAGTGGTCTTA 502 Query 479 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAAGGGTGTACAAGTACATTCTTTGATTGCGA 538 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| | Sbjct 503 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAGGGGTGTACAAATACATTCTTTGATTGCAA 562 Query 539 AATCGCCTTTTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 598 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 563 AATCGCCTTGTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 622 Query 599 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAG-AGGGTTTTTGATGAGATGGGTGATAGAAATGTTGTT 657 ||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 623 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAGCA-GGTTTTTGATAAGATGGGTGATAGAAATGTTGTC 681 Query 658 TCTTGGAATAGTTTGATTACATGTTTTGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCGAT 717 ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 682 TCTTGGAATTGTTTGATTACATGTTACGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCAAG 741 Query 718 GTTTTTCAAATGATGTTAGAATCTAGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCTAGTGTG 777 ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 742 GTTTTTCAAGTGATGTTAGAATCTTGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCAAGTGTG 801 Query 778 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTGTCGGCGATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCATGGCCGTGTT 837 |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||| Sbjct 802 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTATCGGCAATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCACGCCCGTGTT 861 Query 838 GTTAAAAACGATAAGTTGAGGAATGATATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 897 ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 862 GTTAAAATGGATAAGTTAAGGAATGACATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 921 Query 898 GCAAAGTGCAGCAGGATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATCAGAAAT 957 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 922 GCAAAGTGCAGCAGAATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATTAGAAAT 981 Query 958 GTTATTGCAGAAACCTCCATGATCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCGGCT 1017 ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 982 GTTATCGCAGAAACCTCCATGGTCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCTGCT 1041 Query 1018 AGACTCATGTTTACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1077 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1042 AGACTCATGTTCACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1101 Query 1078 GGCTATACGCAGAACGGAGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1137 ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1102 GGCTATACGCAGAACGGGGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1161 Query 1138 GAATCAGTATGCCCAACTCACTATTCCTTTGCTAATATCCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1197 ||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1162 GAATCAGTATGCCCAACCCACTATACCTTTGCAAATATTCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1221 Query 1198 GCAGAGTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGCTTTAAGTTT 1257 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| Sbjct 1222 GCAGACTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGGTTCAAGTTT 1281 Query 1258 CAATCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGTGAAA 1317 || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 1282 CAGTCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGT-AAA 1340 Query 1318 -TGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTCAGGAAGATGATGGAAAGAGATTGTGT 1376 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || Sbjct 1341 GTGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTTAGGAAAATGATGGAAAGAGATTGCGT 1400 Query 1377 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1436 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1401 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1460 Query 1437 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGAGTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1496 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1461 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGATTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1520 Query 1497 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTTGTTGAAGAAGGGCGGCACTACTTTTCTTCTAT 1556 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1521 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTCGTTGAAGAAGGGCGGCATTACTTTTCTTCTAT 1580 Query 1557 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACTTGCATGGTCGATTTGCT 1616 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || Sbjct 1581 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACGTGCATGGTCGATTTACT 1640 Query 1617 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATGATTGAGGAGATGCCTATGCAACC 1676 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1641 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATAATTGAGGAGATGCCTGTGCAACC 1700 Query 1677 AGATTCTGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATTACGTT 1736 |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || Sbjct 1701 AGATTCCGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATCACCTT 1760 Query 1737 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTAGAAGTAGAGCCGTCAAATTCAGGACCATATGT 1796 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1761 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTTGAAGTAGAGACGTCAAATTCAGGACCATATGT 1820 Query 1797 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGAGGATGTGATGAATGTACGAAA 1856 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 1821 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGGGGATGCAATGAATGTACGAAA 1880 Query 1857 GTCGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGGTGTAGTTGGATAAAGATACAAGG 1916 || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| || Sbjct 1881 GTTGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGTTGCAGTTGGATAAAGATACCTGG 1940 Query 1917 ACATGATCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGAAAAAAGCAGATACACTC 1976 ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 1941 ACATGCTCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGGAAAAAGCAGATACACTC 2000 Query 1977 GCTTCTTGATATTTTAATAGCCGAGATGAGACCGGAACAAGATCATACTGAAATAGGATC 2036 ||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||| |||||| Sbjct 2001 GCTTCTTGATATTCTAATAGCAGAGATGAGACAGAAACAAGATCATGCCGAAACAGGATC 2060 Query 2037 ACTCTCGTCCGAGGAAATGGATTATTCATCTAATCTTCTTTGGGACAACGCCATGTAA 2094 ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| Sbjct 2061 ACTCTCGTCTGAGGAAATGGATTATTCATCTAGTCTTTTTTGGGACAACGCCATGTAA 2118 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 78770626660 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5