BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G13600.1
Length=2094
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg931103 jgi|Araly1|931103|scaffold_303560.1 3247 0.0
> Ahg931103 jgi|Araly1|931103|scaffold_303560.1
Length=2138
Score = 3247 bits (1758), Expect = 0.0
Identities = 1986/2098 (95%), Gaps = 8/2098 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCAACAAAATCATTTCTCAAACTCGCTGCTGATCTCTCTTCTTTCACCGATTCTTCA 60
||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 25 ATGGCAAGACAATCATTTCTCAAACTCGCTGGTGATCTCTCTTCTTTCACTGTTTCTTCA 84
Query 61 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAATC-CAAGTTATCAGCAATCT-ACGTCC 118
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| || | |||| |
Sbjct 85 CCATTCGCAAAGCTTCTTGATTCATGCATCAAA-CTCAAGTTATCAGCCAT-TGACGTTC 142
Query 119 GTTATGTCCATGCTTCTGTCATCAAATCAGGTTTCTCCAATGAAATATTTATACAGAATC 178
| | ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||
Sbjct 143 GGTGTGTTCATGCTTCTGTCATCAAATCCGGTTTCTCCAATGAGGTCTTTATACAGAATC 202
Query 179 GGCTCATCGACGCTTATTCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAAGTGTTCGACA 238
|||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 203 GGCTTATCGATGCATATGCGAAATGTGGGTCACTCGAGGATGGTCGCCAATTGTTCGACA 262
Query 239 AAATGCCTCAACGAAATATCTACACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACAAAGTTAG 298
||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 263 AAATGCCTCAACGAAATGTTTTCACTTGGAACTCTGTTGTGACGGGTTTGACCAAGTTAG 322
Query 299 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTATTCAGGTCAATGCCTGAACGTGATCAATGTACTT 358
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 323 GATTTTTAGATGAAGCTGATTCTTTGTTCCGGTCAATGCCTGAACGCGATCAGTGTACTT 382
Query 359 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAACATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTGTTATT 418
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 383 GGAATTCTATGGTTTCGGGTTTTGCGCAGCATGATAGGTGTGAAGAGGCTTTGTATTATT 442
Query 419 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATAGTTTTGCTAGTGTTCTTA 478
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 443 TTGCTATGATGCATAAGGAAGGGTTTGTGCTTAATGAATATACATTTGCTAGTGGTCTTA 502
Query 479 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAAGGGTGTACAAGTACATTCTTTGATTGCGA 538
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |
Sbjct 503 GTGCTTGTTCTGGTTTGAATGATATGAATAGGGGTGTACAAATACATTCTTTGATTGCAA 562
Query 539 AATCGCCTTTTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 598
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 563 AATCGCCTTGTTTGTCAGATGTGTATATAGGTTCTGCTCTTGTTGACATGTATTCCAAAT 622
Query 599 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAG-AGGGTTTTTGATGAGATGGGTGATAGAAATGTTGTT 657
||||||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 623 GCGGTAATGTAAATGATGCTCAGCA-GGTTTTTGATAAGATGGGTGATAGAAATGTTGTC 681
Query 658 TCTTGGAATAGTTTGATTACATGTTTTGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCGAT 717
||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 682 TCTTGGAATTGTTTGATTACATGTTACGAACAAAATGGTCCTGCGGTGGAAGCTCTCAAG 741
Query 718 GTTTTTCAAATGATGTTAGAATCTAGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCTAGTGTG 777
||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 742 GTTTTTCAAGTGATGTTAGAATCTTGGGTTGAGCCAGATGAGGTTACTTTAGCAAGTGTG 801
Query 778 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTGTCGGCGATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCATGGCCGTGTT 837
|||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||
Sbjct 802 ATTAGTGCCTGTGCAAGCTTATCGGCAATTAAGGTTGGTCAGGAAGTTCACGCCCGTGTT 861
Query 838 GTTAAAAACGATAAGTTGAGGAATGATATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 897
||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 862 GTTAAAATGGATAAGTTAAGGAATGACATAATTCTAAGCAATGCGTTTGTGGATATGTAT 921
Query 898 GCAAAGTGCAGCAGGATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATCAGAAAT 957
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 922 GCAAAGTGCAGCAGAATAAAAGAAGCTAGGTTTATATTTGATAGCATGCCTATTAGAAAT 981
Query 958 GTTATTGCAGAAACCTCCATGATCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCGGCT 1017
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 982 GTTATCGCAGAAACCTCCATGGTCAGTGGGTACGCAATGGCTGCAAGCACTAAGGCTGCT 1041
Query 1018 AGACTCATGTTTACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1077
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1042 AGACTCATGTTCACCAAAATGGCGGAGAGGAATGTTGTTTCATGGAATGCGCTTATTGCT 1101
Query 1078 GGCTATACGCAGAACGGAGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1137
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1102 GGCTATACGCAGAACGGGGAAAACGAAGAAGCACTTAGTCTCTTTTGTCTCTTGAAGAGG 1161
Query 1138 GAATCAGTATGCCCAACTCACTATTCCTTTGCTAATATCCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1197
||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1162 GAATCAGTATGCCCAACCCACTATACCTTTGCAAATATTCTCAAGGCATGTGCAGATCTT 1221
Query 1198 GCAGAGTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGCTTTAAGTTT 1257
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1222 GCAGACTTACATCTCGGTATGCAGGCTCACGTGCATGTCTTGAAGCATGGGTTCAAGTTT 1281
Query 1258 CAATCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGTGAAA 1317
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1282 CAGTCTGGTGAAGAAGATGATATATTTGTTGGCAATTCCTTGATAGATATGTATGT-AAA 1340
Query 1318 -TGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTCAGGAAGATGATGGAAAGAGATTGTGT 1376
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||
Sbjct 1341 GTGTGGTTGTGTAGAAGAGGGTTATCTTGTATTTAGGAAAATGATGGAAAGAGATTGCGT 1400
Query 1377 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 TTCCTGGAACGCGATGATTATTGGATTTGCACAAAATGGTTATGGAAATGAGGCTCTTGA 1460
Query 1437 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGAGTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1496
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 GTTGTTCAGAGAAATGCTTGATTCTGGAGAAAAACCAGATCACATTACCATGATTGGTGT 1520
Query 1497 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTTGTTGAAGAAGGGCGGCACTACTTTTCTTCTAT 1556
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1521 TCTTTCTGCATGCGGGCATGCTGGATTCGTTGAAGAAGGGCGGCATTACTTTTCTTCTAT 1580
Query 1557 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACTTGCATGGTCGATTTGCT 1616
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 1581 GACCAGAGATTTTGGTGTGGCTCCGCTTAGGGATCACTATACGTGCATGGTCGATTTACT 1640
Query 1617 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATGATTGAGGAGATGCCTATGCAACC 1676
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1641 TGGTCGAGCTGGATTTCTCGAAGAAGCAAAGAGCATAATTGAGGAGATGCCTGTGCAACC 1700
Query 1677 AGATTCTGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATTACGTT 1736
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 1701 AGATTCCGTTATATGGGGTTCTTTGCTTGCTGCTTGTAAAGTACATAGGAACATCACCTT 1760
Query 1737 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTAGAAGTAGAGCCGTCAAATTCAGGACCATATGT 1796
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1761 AGGTAAATACGTTGCAGAGAAGCTTTTTGAAGTAGAGACGTCAAATTCAGGACCATATGT 1820
Query 1797 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGAGGATGTGATGAATGTACGAAA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 1821 TCTTCTTTCTAACATGTACGCTGAGCTCGGAAAATGGGGGGATGCAATGAATGTACGAAA 1880
Query 1857 GTCGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGGTGTAGTTGGATAAAGATACAAGG 1916
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| ||
Sbjct 1881 GTTGATGAGGAAAGAGGGAGTCACAAAGCAGCCAGGTTGCAGTTGGATAAAGATACCTGG 1940
Query 1917 ACATGATCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGAAAAAAGCAGATACACTC 1976
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1941 ACATGCTCATGTTTTCATGGTTAAAGATAAAAGCCATCCTCGGAAAAAGCAGATACACTC 2000
Query 1977 GCTTCTTGATATTTTAATAGCCGAGATGAGACCGGAACAAGATCATACTGAAATAGGATC 2036
||||||||||||| ||||||| |||||||||| | ||||||||||| | |||| ||||||
Sbjct 2001 GCTTCTTGATATTCTAATAGCAGAGATGAGACAGAAACAAGATCATGCCGAAACAGGATC 2060
Query 2037 ACTCTCGTCCGAGGAAATGGATTATTCATCTAATCTTCTTTGGGACAACGCCATGTAA 2094
||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2061 ACTCTCGTCTGAGGAAATGGATTATTCATCTAGTCTTTTTTGGGACAACGCCATGTAA 2118
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 78770626660
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5