BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G15530.4
Length=2728
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg931278 jgi|Araly1|931278|scaffold_303735.1 3343 0.0
> Ahg931278 jgi|Araly1|931278|scaffold_303735.1
Length=2146
Score = 3343 bits (1810), Expect = 0.0
Identities = 2014/2111 (95%), Gaps = 19/2111 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 280 CTTGTGTTCTAGTTTAAGGTATGAATCCAATGCAAGGGCCACGCAG-TATTGGTGGTTCG 338
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||
Sbjct 1 CTTGTGTTCTAGTTAAAGGTATGAATCCAATGCAAGGGCCACG-AGCTACTGGTGCTTCG 59
Query 339 TCTACTGAAGTGAATCAAGTAGATGGTGAATCGATTTATTGCACAGAGA-CGTCTTTGAA 397
|||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||
Sbjct 60 TCTACTGACGTGAATCAGGCAGATGGTGAATCGATTTATTGCACAGAGACCG-CTATGAA 118
Query 398 T-ACCATGTTGAATCCAGCAGACACTGGATTTCCAAACAATAGTACACCTTCAGGACGAC 456
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 119 TGA-CATGTTGAATCCAGCAGACACTGGATTTCCAAACAATAGTACACCTTCAGGACGGC 177
Query 457 CAACTTATGCAAGTTCGAGTTCTCATGCTGCTCAAGATCATACCTGGTGGAGGTTTGGGG 516
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 178 CAACTTATGCAAGTTCGAGTTCTCATGCTGCTCAAGATCATAACTGGTGGAGGTTTGGGG 237
Query 517 AATCCAGCTCCATACCAGGTCCTTCTGATCAGGTCAATTCCATTGGAATAAAGACAAGTC 576
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 238 AATCCAGCTCCATATCTGGTCCTTCTGATCAGGTCAATTCCATTGGAATGAAGACAAGTC 297
Query 577 ACCAGCTGCCTCAAGATGGTACTCACCACTTTGTTGGCTATGGATCTGAGGGAAGGCAAA 636
|||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 298 ACCAGCTGCCTCAAGATGGTGCTCATCACTTTGTTGGCTATGGATCTGAGGGAAGGGAAT 357
Query 637 CAGGTCTGAATGGTATGATGGTAGATGGAGGGGTTCATGCTGGCAGTCACATCAGGAATG 696
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 358 TAGGTCTGAATGGTATGATGGTAGATGGAGGGGTTCATGCTGGCAGTCACATCAGGAATG 417
Query 697 TGCCGTCTTTCTTGCGCGGTTCAAGTTCTAATCCTATGCCACAGCATGTAGATATGAGTA 756
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 418 GGCCTTCTTTCTTGCGCGGTTCAAGCTCTAATCCTATGCCACAGCATGTAGATATGAGCA 477
Query 757 TGGACATGGACAGCGATAATTGTAATGCACAGACTTCCGGGGTAGTTATCCGTCATAATA 816
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 478 TGGACATGGACAGCGATAATTGTAGTGCACAGACTTCCGGGGTAGTTATCCGTCACAATA 537
Query 817 GCTATGGGAGTTCATTAGGAAGCTCAGTTCAGGCCGCTGGGGAGAGCAGCAGTGGTCCTG 876
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCTATGGGAGTTCATTAGGAAGCTCAATTCAGGCCGCAGGGGAGAGCAGCAGTGGTCCTG 597
Query 877 CTTCTCCATTTGGTGGTTGGGGTTCGTCTTGCAAAAGAAAGGCTCTTGAAGGATCCCCTA 936
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||
Sbjct 598 CTTCTCCGTTTGGTGGTTGGGGTTCGTCCTGCAAAAGAAAGACTCTCGAAGGATCCCCTG 657
Query 937 GTCATTATTTTTCTGGTGAAACTCCTAACCGCATTGTTCAGACTGAAAATAGTGCTTCGC 996
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GCCATTATTTTTCTGGTGAAACTCCTAACCGCATTGTTCAGACTGAAAATAGTGCTTCGC 717
Query 997 ATGCAAGTCTTTCTCAATATGGTGCTTCAAGTAGCTTAAGTTTGGCTACACCTTCACAAA 1056
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 718 ATGCAAGTCTTTCTCAATATGGTGCTTCAAGTAGCTTAAGTTTGGCTACACCCTCACAAA 777
Query 1057 GTTCTCCAAATGTTACTAATCATTTTGGCCGGACAGAACAAATGTTTGGATCTGGTGGTG 1116
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 778 GTTCTCCAAATGTTACTAATCATTTTGGCCGGACAGAACAAATGTTTGGATCTAGTGGTG 837
Query 1117 GAAGAGCAGTTGCAGCCAGTGCTTTTCATTCTACAAGAAACACTGACACCTTATCTAGAG 1176
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GAAGAGCAGTTGCAGCCAGTGCTTTTCATTCTGCAAGAAACACTGACACCTTATCTAGAG 897
Query 1177 CTGGCAGACGATTAAATCCCAGGCAGCCTCAAGAGTCTGTAGCATTCAGCGTATCACATG 1236
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 898 CTGGCAGACGATTAAATCCCAGGCAGCCTCAGGAGTCTGTAGCATTCAGCGTATCACA-G 956
Query 1237 G-TGGGACTTCTGTACGTCCCACTGGTTCTTTGCAACAGAACTTACCATTAAACTCTCCT 1295
| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 957 GCTGGAACTTCTGTGCATCCCACTGGTTCTTTGCAACAGAATTTACCATTGAACTCTCCC 1016
Query 1296 TTTGTAGATCCTCCAGATGTGAGATCATCATCAATTACTAGTGGCTCAAACACTGGTGAG 1355
||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1017 TTTGTAGATCCTCTAGATGTGAG------ATC-A--ACTAGTGGCTCAAGCACTGGTGAG 1067
Query 1356 AATCAGACAAATATAGTCCACCTCCCAGCTTTGACCAGGAATATACACCAATATGCTTGG 1415
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1068 AATCAGACAAATATAGTCCACCTCCCTGCTTTGACCAGGAATATACACCAATTTGCTTGG 1127
Query 1416 GATGCTTCTTTCAGTTCTAGAGCCAGTAATCCTTCGGGTATTGGGATGCCTGCAGAGCGA 1475
||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1128 GATGCTTCTTTCAGTTCCAGAGCCAGTAATTCGTCGGGTATTGGGATGCCTGCAGAGCGA 1187
Query 1476 TTAGGACCACAGTGGGAAACACCGAGAAGCAACCAAGAGCAGCCCTTGTTTGCACCTGCA 1535
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1188 TTAGGACCACAGTGGGAAACACCGAGAAGCAACCCAGAGCAGCCCATGTTTGCACCTGCA 1247
Query 1536 ACTGACATGAGACAGCCGGTGCATGATCTTTGGAATTTCGCACGTGGAAGCCCTGGTTCA 1595
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||
Sbjct 1248 ACTGACATGAGACAGCCGGTGCATGATCTTTGGAATTTCTCACATGGAAACCCTGGTTCA 1307
Query 1596 TCTGTAGATTCTCTCTTTGTTCCTCGAGCAGGGCCGAGTTCAGCTATTCATACGCCACAG 1655
||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1308 TCTATAGATTCTCCCTTTGTTCCTCGAGCAGGGCCGAGTTCAGCTATTCATGCGCCACAG 1367
Query 1656 CCTAATCCCACATGGATTCCTCCTCAGAATGCCCCACCACATAATCCATCGAGAACATCA 1715
||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 CCTAATCCCACATGGATTCCTCCCCAGAGTGCCCCAATACATAATCCATCGAGAACATCA 1427
Query 1716 GAACTTTCTCCTTGGTCTTTATTTCCTAGTATTGAATCTCCATCTGCTAGTCATGGTGGC 1775
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| ||
Sbjct 1428 GAACTTTCTCCTTGGTCTTTATTTCCTAGTATTGAATCTCAATCTGCTAGTCACGGT-GC 1486
Query 1776 C-CTCTTCCATTATTACCCGCAGGCCCTTCTGTTTCCTCAAATGAGGTGACAATGCCATC 1834
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1487 CTCTCTTCCATTATTACCCGCAGGCCCTTCTGTTTCCTCAAATGAGGTGGCAATGCCATC 1546
Query 1835 TAGTTCTAATAGCCGAAGCCATCGCTCACGGCATAGAAGATCAGGTTTGTTATTGGAGAG 1894
| ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1547 TGGTTCTAATAGCCGGAGCCATCGCTCACGGCAAAGAAGATCAGGGTTGTTATTGGAGAG 1606
Query 1895 ACAAAATGAACTTCTCCACTTGCGTCACATAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACGGTAATGG 1954
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1607 ACAAAATGAACTTCTCCACTTGCGTCACATAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACGGTAATGG 1666
Query 1955 AAGGAATCAAATCATTTCTGAGATACGTCAGGTGTTGCATGCCATGAGAAGAGGAGAAAA 2014
||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1667 AAGGAATCAAATCATCTCCGAGATACGTCAGGTGTTGCATGCCATGAGAAGAGGAGAAAA 1726
Query 2015 TCTACGGGTTGAGGATTACATGGTGTTCGATCCACTTATCTACCAGGGTATGACTGACAT 2074
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1727 TTTACGGGTTGAGGATTACATGGTGTTCGATCCACTTATCTACCAGGGTATGACTGACAT 1786
Query 2075 GCATGATAGGCATCGGGAAATGCGGCTTGATGTGGACAACATGTCGTATGAGGAGCTATT 2134
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1787 GCATGATAGGCATCGGGAAATGCGGCTTGATGTTGACAACATGTCGTATGAGGAGCTATT 1846
Query 2135 GGCACTTGGGGAACGCATAGGTGATGTGAGCACTGGCCTAAGTGAAGAGGTCATTTTGAA 2194
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1847 GGCACTTGGGGAACGCATAGGTGATGTGAGCACTGGCCTAAGTGAAGAGGTCATTTTGAA 1906
Query 2195 AGCAATGAAACAACACAAACATACATCTTCGTCTCCTTCTTCTGTTGAGTTGCATCAGAA 2254
|||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1907 AGCATTGAAACAGCACAAACATACATTTTCTTCTGCTTCTTCTGCTGAGTTGCATCAGAA 1966
Query 2255 CATAGAGCCATGCTGCATTTGTCAGGAAGAGTATGTAGAAGGTGATAATCTAGGAACCTT 2314
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1967 CATAGAGCCATGCTGCATTTGTCAGGAAGAGTATGTAGAAGGTGATAATCTTGGAACCTT 2026
Query 2315 GAAATGTGGACATGAATTCCACAAGGACTGTATCAAGCAATGGGTCATGATCAAGAATCT 2374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 GAAATGTGGACATGAATTCCACAAGGACTGTATCAAGCAATGGGTCATGATCAAGAATCT 2086
Query 2375 CTGCCCCATTT 2385
|||||||||||
Sbjct 2087 CTGCCCCATTT 2097
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 102919841990
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5