BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G15530.4 Length=2728 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg931278 jgi|Araly1|931278|scaffold_303735.1 3343 0.0 > Ahg931278 jgi|Araly1|931278|scaffold_303735.1 Length=2146 Score = 3343 bits (1810), Expect = 0.0 Identities = 2014/2111 (95%), Gaps = 19/2111 (1%) Strand=Plus/Plus Query 280 CTTGTGTTCTAGTTTAAGGTATGAATCCAATGCAAGGGCCACGCAG-TATTGGTGGTTCG 338 |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||| Sbjct 1 CTTGTGTTCTAGTTAAAGGTATGAATCCAATGCAAGGGCCACG-AGCTACTGGTGCTTCG 59 Query 339 TCTACTGAAGTGAATCAAGTAGATGGTGAATCGATTTATTGCACAGAGA-CGTCTTTGAA 397 |||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| Sbjct 60 TCTACTGACGTGAATCAGGCAGATGGTGAATCGATTTATTGCACAGAGACCG-CTATGAA 118 Query 398 T-ACCATGTTGAATCCAGCAGACACTGGATTTCCAAACAATAGTACACCTTCAGGACGAC 456 | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 119 TGA-CATGTTGAATCCAGCAGACACTGGATTTCCAAACAATAGTACACCTTCAGGACGGC 177 Query 457 CAACTTATGCAAGTTCGAGTTCTCATGCTGCTCAAGATCATACCTGGTGGAGGTTTGGGG 516 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| Sbjct 178 CAACTTATGCAAGTTCGAGTTCTCATGCTGCTCAAGATCATAACTGGTGGAGGTTTGGGG 237 Query 517 AATCCAGCTCCATACCAGGTCCTTCTGATCAGGTCAATTCCATTGGAATAAAGACAAGTC 576 |||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 238 AATCCAGCTCCATATCTGGTCCTTCTGATCAGGTCAATTCCATTGGAATGAAGACAAGTC 297 Query 577 ACCAGCTGCCTCAAGATGGTACTCACCACTTTGTTGGCTATGGATCTGAGGGAAGGCAAA 636 |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 298 ACCAGCTGCCTCAAGATGGTGCTCATCACTTTGTTGGCTATGGATCTGAGGGAAGGGAAT 357 Query 637 CAGGTCTGAATGGTATGATGGTAGATGGAGGGGTTCATGCTGGCAGTCACATCAGGAATG 696 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 358 TAGGTCTGAATGGTATGATGGTAGATGGAGGGGTTCATGCTGGCAGTCACATCAGGAATG 417 Query 697 TGCCGTCTTTCTTGCGCGGTTCAAGTTCTAATCCTATGCCACAGCATGTAGATATGAGTA 756 ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 418 GGCCTTCTTTCTTGCGCGGTTCAAGCTCTAATCCTATGCCACAGCATGTAGATATGAGCA 477 Query 757 TGGACATGGACAGCGATAATTGTAATGCACAGACTTCCGGGGTAGTTATCCGTCATAATA 816 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 478 TGGACATGGACAGCGATAATTGTAGTGCACAGACTTCCGGGGTAGTTATCCGTCACAATA 537 Query 817 GCTATGGGAGTTCATTAGGAAGCTCAGTTCAGGCCGCTGGGGAGAGCAGCAGTGGTCCTG 876 |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 538 GCTATGGGAGTTCATTAGGAAGCTCAATTCAGGCCGCAGGGGAGAGCAGCAGTGGTCCTG 597 Query 877 CTTCTCCATTTGGTGGTTGGGGTTCGTCTTGCAAAAGAAAGGCTCTTGAAGGATCCCCTA 936 ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||| Sbjct 598 CTTCTCCGTTTGGTGGTTGGGGTTCGTCCTGCAAAAGAAAGACTCTCGAAGGATCCCCTG 657 Query 937 GTCATTATTTTTCTGGTGAAACTCCTAACCGCATTGTTCAGACTGAAAATAGTGCTTCGC 996 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 GCCATTATTTTTCTGGTGAAACTCCTAACCGCATTGTTCAGACTGAAAATAGTGCTTCGC 717 Query 997 ATGCAAGTCTTTCTCAATATGGTGCTTCAAGTAGCTTAAGTTTGGCTACACCTTCACAAA 1056 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 718 ATGCAAGTCTTTCTCAATATGGTGCTTCAAGTAGCTTAAGTTTGGCTACACCCTCACAAA 777 Query 1057 GTTCTCCAAATGTTACTAATCATTTTGGCCGGACAGAACAAATGTTTGGATCTGGTGGTG 1116 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| Sbjct 778 GTTCTCCAAATGTTACTAATCATTTTGGCCGGACAGAACAAATGTTTGGATCTAGTGGTG 837 Query 1117 GAAGAGCAGTTGCAGCCAGTGCTTTTCATTCTACAAGAAACACTGACACCTTATCTAGAG 1176 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 838 GAAGAGCAGTTGCAGCCAGTGCTTTTCATTCTGCAAGAAACACTGACACCTTATCTAGAG 897 Query 1177 CTGGCAGACGATTAAATCCCAGGCAGCCTCAAGAGTCTGTAGCATTCAGCGTATCACATG 1236 ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | Sbjct 898 CTGGCAGACGATTAAATCCCAGGCAGCCTCAGGAGTCTGTAGCATTCAGCGTATCACA-G 956 Query 1237 G-TGGGACTTCTGTACGTCCCACTGGTTCTTTGCAACAGAACTTACCATTAAACTCTCCT 1295 | ||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| Sbjct 957 GCTGGAACTTCTGTGCATCCCACTGGTTCTTTGCAACAGAATTTACCATTGAACTCTCCC 1016 Query 1296 TTTGTAGATCCTCCAGATGTGAGATCATCATCAATTACTAGTGGCTCAAACACTGGTGAG 1355 ||||||||||||| ||||||||| ||| | ||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1017 TTTGTAGATCCTCTAGATGTGAG------ATC-A--ACTAGTGGCTCAAGCACTGGTGAG 1067 Query 1356 AATCAGACAAATATAGTCCACCTCCCAGCTTTGACCAGGAATATACACCAATATGCTTGG 1415 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||| Sbjct 1068 AATCAGACAAATATAGTCCACCTCCCTGCTTTGACCAGGAATATACACCAATTTGCTTGG 1127 Query 1416 GATGCTTCTTTCAGTTCTAGAGCCAGTAATCCTTCGGGTATTGGGATGCCTGCAGAGCGA 1475 ||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1128 GATGCTTCTTTCAGTTCCAGAGCCAGTAATTCGTCGGGTATTGGGATGCCTGCAGAGCGA 1187 Query 1476 TTAGGACCACAGTGGGAAACACCGAGAAGCAACCAAGAGCAGCCCTTGTTTGCACCTGCA 1535 |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1188 TTAGGACCACAGTGGGAAACACCGAGAAGCAACCCAGAGCAGCCCATGTTTGCACCTGCA 1247 Query 1536 ACTGACATGAGACAGCCGGTGCATGATCTTTGGAATTTCGCACGTGGAAGCCCTGGTTCA 1595 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||| Sbjct 1248 ACTGACATGAGACAGCCGGTGCATGATCTTTGGAATTTCTCACATGGAAACCCTGGTTCA 1307 Query 1596 TCTGTAGATTCTCTCTTTGTTCCTCGAGCAGGGCCGAGTTCAGCTATTCATACGCCACAG 1655 ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1308 TCTATAGATTCTCCCTTTGTTCCTCGAGCAGGGCCGAGTTCAGCTATTCATGCGCCACAG 1367 Query 1656 CCTAATCCCACATGGATTCCTCCTCAGAATGCCCCACCACATAATCCATCGAGAACATCA 1715 ||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1368 CCTAATCCCACATGGATTCCTCCCCAGAGTGCCCCAATACATAATCCATCGAGAACATCA 1427 Query 1716 GAACTTTCTCCTTGGTCTTTATTTCCTAGTATTGAATCTCCATCTGCTAGTCATGGTGGC 1775 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || Sbjct 1428 GAACTTTCTCCTTGGTCTTTATTTCCTAGTATTGAATCTCAATCTGCTAGTCACGGT-GC 1486 Query 1776 C-CTCTTCCATTATTACCCGCAGGCCCTTCTGTTTCCTCAAATGAGGTGACAATGCCATC 1834 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 1487 CTCTCTTCCATTATTACCCGCAGGCCCTTCTGTTTCCTCAAATGAGGTGGCAATGCCATC 1546 Query 1835 TAGTTCTAATAGCCGAAGCCATCGCTCACGGCATAGAAGATCAGGTTTGTTATTGGAGAG 1894 | ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1547 TGGTTCTAATAGCCGGAGCCATCGCTCACGGCAAAGAAGATCAGGGTTGTTATTGGAGAG 1606 Query 1895 ACAAAATGAACTTCTCCACTTGCGTCACATAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACGGTAATGG 1954 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1607 ACAAAATGAACTTCTCCACTTGCGTCACATAGGGAGGAGCTTAGCTGCTGACGGTAATGG 1666 Query 1955 AAGGAATCAAATCATTTCTGAGATACGTCAGGTGTTGCATGCCATGAGAAGAGGAGAAAA 2014 ||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1667 AAGGAATCAAATCATCTCCGAGATACGTCAGGTGTTGCATGCCATGAGAAGAGGAGAAAA 1726 Query 2015 TCTACGGGTTGAGGATTACATGGTGTTCGATCCACTTATCTACCAGGGTATGACTGACAT 2074 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1727 TTTACGGGTTGAGGATTACATGGTGTTCGATCCACTTATCTACCAGGGTATGACTGACAT 1786 Query 2075 GCATGATAGGCATCGGGAAATGCGGCTTGATGTGGACAACATGTCGTATGAGGAGCTATT 2134 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1787 GCATGATAGGCATCGGGAAATGCGGCTTGATGTTGACAACATGTCGTATGAGGAGCTATT 1846 Query 2135 GGCACTTGGGGAACGCATAGGTGATGTGAGCACTGGCCTAAGTGAAGAGGTCATTTTGAA 2194 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1847 GGCACTTGGGGAACGCATAGGTGATGTGAGCACTGGCCTAAGTGAAGAGGTCATTTTGAA 1906 Query 2195 AGCAATGAAACAACACAAACATACATCTTCGTCTCCTTCTTCTGTTGAGTTGCATCAGAA 2254 |||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 1907 AGCATTGAAACAGCACAAACATACATTTTCTTCTGCTTCTTCTGCTGAGTTGCATCAGAA 1966 Query 2255 CATAGAGCCATGCTGCATTTGTCAGGAAGAGTATGTAGAAGGTGATAATCTAGGAACCTT 2314 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1967 CATAGAGCCATGCTGCATTTGTCAGGAAGAGTATGTAGAAGGTGATAATCTTGGAACCTT 2026 Query 2315 GAAATGTGGACATGAATTCCACAAGGACTGTATCAAGCAATGGGTCATGATCAAGAATCT 2374 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2027 GAAATGTGGACATGAATTCCACAAGGACTGTATCAAGCAATGGGTCATGATCAAGAATCT 2086 Query 2375 CTGCCCCATTT 2385 ||||||||||| Sbjct 2087 CTGCCCCATTT 2097 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 102919841990 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5