BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G16250.1
Length=2748
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480795 jgi|Araly1|480795|fgenesh2_kg.3__3496__AT2G16250.1 4145 0.0
> Ahg480795 jgi|Araly1|480795|fgenesh2_kg.3__3496__AT2G16250.1
Length=2724
Score = 4145 bits (2244), Expect = 0.0
Identities = 2589/2753 (94%), Gaps = 34/2753 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGTTGATCAAAGAAGAAGCGCAttgggttttgtcttgttgttgttgtgtttggtactg 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTTGATCAAAGAAGAAGCGCATTGGGTTTTGTCTTCTTGATGTTGTGTTTGGTACTG 60
Query 61 ttcttcgactgtgttgttgttgGTCAAACACAGAGTCGATTCAGTGAGAAACTCATTTTG 120
||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ---TTCGACTCTGTTGTTGTTGGTCAAACACAGACTCGATTCAGTGAGAAACTCATTTTG 117
Query 121 CTTAATCTCAGGTCTTCTTTAGGGTTAAGAGGAACAGATTGGCCAATTAAAGGTGACCCT 180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CTTAATCTCAGGTCTTCTTTAGGGTTAAGAGGAACAGATTGGCCAATTAAAGGTGACCCT 177
Query 181 TGTGTTGATTGGAGAGGTATACAATGTGAGAATGGTAGTATCATTGGGATCAATATCTCT 240
||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 178 TGTGTTGTTTGGAGAGGAATACAATGTGAGAATGGTAGTATCATTGGGATCAATATTTCT 237
Query 241 GGGTTTAGGAGAACAAGAATTGGTAAGCTAAACCCACAATTCTCTGTTGATCCTCTTCGT 300
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 238 GGGTTTAGGAGAACAAGAATTGGTAAGCAAAACCCACAATTCGCTGTTGATCCTCTTCGT 297
Query 301 AATCTAACTCGTTTGTCGTATTTTAACGCGTCCGGGTTAGCGTTACCGGGGACTATACCT 360
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 298 AATCTTACCCGTTTGTCGTATTTTAACGCGTCCGGGTTAGCGTTACCGGGGACTATACCT 357
Query 361 GAGTGGTTTGGTGTTAGTTTGTTGGCATTGGAAGTATTGGATCTTAGTTCGTGTTCTGTT 420
|||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||||
Sbjct 358 GAGTGGTTTGGTGTTAGTTTGTTGGCATTGCAAGTGTTGGATCTTAGTTCTTGCTCTGTT 417
Query 421 AACGGTGTTGTTCCTTTTACTCTTGGTAATCTCACTAGTTTAAGAACTTTGAATCTGTCT 480
| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 418 AGTGGTGTTATTCCTTTTACTCTTGGTAATCTCACTAGTTTAAGGACTTTGAATCTGTCT 477
Query 481 CAGAACAGTCTTACTAGTTTAGTTCCTAGCAGTTTAGGACAGTTGTTGAATCTATCACAG 540
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 478 CAGAACAGTCTTACAAGTTTAGTTCCTAGTAGTTTAGGACAGTTGTTGAATTTATCAGAG 537
Query 541 CTTGATCTCTCTAGGAACTCATTCACTGGTGTTCTTCCTCAATCTTTTAGCTCTCTGAAG 600
||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 CTTGATCTCTCTAGGAATTCACTCACTGGAATTCTTCCTCAATCTTTTAGCTCTCTGAAG 597
Query 601 AATCTGTTGACTCTTGATGTTTCTTCCAATTACCTTACTGGACCTATCCCTCCTGGTTTA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 598 AATCTGTTGACTCTTGATGTTTCTTCCAATTACCTTACTGGACCTATCCCTCCTGGTTTA 657
Query 661 GGAGCGTTATCAAAGCTTATCCATCTGAACTTTTCAAGCAATAGTTTCTCGTCTCCGATT 720
||| ||||||| |||||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 GGAACGTTATCGAAGCTTCTTCATTTGAATTTTTCAAGCAATAGTTTCTCGTCTCCGATT 717
Query 721 CCTTCAGAGCTTGGTGATCTTGTCAATCTGGTTGACTTTGATCTCAGCATCAATTCATTG 780
||| ||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 CCTCCAGAGCTCGGTGATCTTGTCAATTTAGTTGACTTTGATCTCAGCATCAATTCATTG 777
Query 781 TCTGGTTCAGTTCCTCAGGAGCTAAGAAAGTTAAGTAAGTTGCAGCTAATGGCGATTGGC 840
||||||||||||||||||||| | ||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TCTGGTTCAGTTCCTCAGGAGTTGAGAAAGTTAAGGAATTTGCAGCTAATGGCGATTGGC 837
Query 841 GATAACCTTTTGAGTGGTACTTTACCAGTAGATTTGTTTAGTGCTGAGAGCCAACTGCAA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 GATAACCTTTTGAGTGGTACTTTACCAGTAGATTTGTTTAGTGCTGAGAGCCAACTGCAA 897
Query 901 ACTTTAGTTTTGAGGGAAAATGGTTTCTCTGGTAGTCTACCTGATGTGTGCTGGTCGTTG 960
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 898 ACTTTAGTTTTGAGGGAAAACGGTTTCTCCGGTAGTCTACCTGATGTGTGTTGGTCATTG 957
Query 961 CCAAAATTGCGGATTCTTGACATTGCTAAGAACAACTTCACAGGACTGCTGCCATATTCT 1020
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 958 CCGAAATTGCGGATTCTTGACATTGCTAAGAACAACTTCACAGGAATGCTGCCAAATTCT 1017
Query 1021 AGTTATGATTCAGACCAGATAGCTGAAATGGTTGATATCTCTTCGAACACATTCTATGGA 1080
|||| | || |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1018 AGTTCTTATCCAGACCAGTTAGCTGAAATGGTTGATATCTCATCGAACACATTCTATGGA 1077
Query 1081 GAGCTCACACCGATTCTTAGACGGTTCA-GGATAATGGACCTCTCTGGTAATTATTTCGA 1139
||||||||||||||||||||| |||||| ||| | |||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1078 GAGCTCACACCGATTCTTAGAAGGTTCAGGGA-AGTGGACCTCTCTGGTAACTATTTCGA 1136
Query 1140 AGGTAAGCTTCCTGATTATGTGACCGGGGAAAATGTGTCTGTTACAAGCAATTGCCTTCG 1199
|||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1137 GGGTAAGGTTCCGGATTATGTGACCGGGGAAAATGTGTCTGTTACTAGCAATTGTCTTC- 1195
Query 1200 A-AATGAGAGGAGACAGAAGCCGTCAGCAATATGTGCAGCATTCTATAAGTCTAGAGGAT 1258
| |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1196 AGAATGAGAGGAGACAGAAGCCATCAGCAATATGTTCAGCATTCTATAAATCTAGAGGAT 1255
Query 1259 TAGATTTTGATGATTTCGGACGTCCTAATT-TGACACAACCGACATCGAAAAATGCTTCT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 TAGATTTTGATGATTTCGGACGTCCTAATTCT-ACACAACCGACATCGAAAAATGCTTCT 1314
Query 1318 TCAGGGATAAGCCGCAGAACAGTAATTATATTGGCAGCAGTGGGTGGTGGAGTTGCTTTT 1377
||||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1315 TCAGGGATAAGCCACAGGACAGTAATTATATT-G--GCAGTGGCTGGTGGAGTTGGTTTT 1371
Query 1378 ATTCTTCTTTTTGTTATCTTGCCAATTATTCTGGTTCTATGCATGCGCCATAGACGCAGA 1437
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1372 ATTCTGATTTTTGTTATCTTGCCAATTATTCTGGTTCTATGCATACGCCATAGACGCAGA 1431
Query 1438 GCGGCACAAAGAGGAAATAACGACAGGCCAAAACCTGCCGGGGAAGCTTCACAACAACCA 1497
|| || ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GCAGCTCAAAGAGGAAATAACGACAGGCCTAAGCCTGCCGGGGAAGCTTCACAACAACCA 1491
Query 1498 CCTAAAGGAGCACAAACCTTTGATTTGTCACGTCTTGGAAATGCATTTTCTTATGAGCAG 1557
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1492 CCTAAAGGAGCACAGACCTTTGATTTGTCACGGCTTGGAAATGCATTTTCATATGAGCAG 1551
Query 1558 CTTCTTCAGGCAACAGAGGAATTCAATGATGCTAATCTGATAAAACGTGGTCATTC-GGG 1616
||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| |||
Sbjct 1552 CTTCTCCAAGCAACAGAGGAATTTAATGATGCCAATCTGATAAAACATGGCCATTCTGGG 1611
Query 1617 GAATCTGTTTCGTGGTTTCTTGGAAAATGGTATACCCGTTGTTATAAAAAAGATCGATGT 1676
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 G-ATTTGTTTCGTGGTTTCTTGGAAAATGGTATACCCGTTGTTATAAAAAAGATCGATGT 1670
Query 1677 GCGGGAAGGTAAAAGTGAAGGCTATATATCAGAACTGGAGTTGTTTAGTAAGGCTGGACA 1736
||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1671 GCGGGAAAGTAAAAGTGAAGGCTATATATCAGAACTTGAGTTGTTTAGTAAGGCTGGACA 1730
Query 1737 CCAGAGGCTGGTTCCCTTTTTGGGACACTGCTTGGAGAATGAGAGCCAAAAGTTCTTGGT 1796
||||||||||||||| ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1731 CCAGAGGCTGGTTCCATTTCTGGGACACTGCTTAGAGAATGAGAGCCAAAAGTTCTTGGT 1790
Query 1797 ATACAAGTTTATGAGACACGGTGATTTGGCTAGCTCTTTGTTCAGGAAATCCGAAAACGA 1856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1791 CTACAAGTTTATGAGACACGGTGATTTGGCTAGCTCTTTGTTCAGGAAATCCGAAAACGA 1850
Query 1857 AGGTGATGGATTGAAGTCTTTGGATTGGATAACAAGGTTGAAAATTGCTCTTGGTGCAGC 1916
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1851 AGGTGATGGATTGAAGTCTTTGGATTGGATAACAAGGTTGAAAATTGCTCTTGGTGCAGC 1910
Query 1917 TGAGGGACTCTCTTATTTGCATCATGAGTGTTCACCGCCTCTAGTTCATAGGGATGTACA 1976
|||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1911 AGAGGGACTATCTTATTTGCATCACGAGTGTTCGCCACCTCTAGTTCATAGGGATGTACA 1970
Query 1977 AGCAAGTAGCATACTTCTTGATGATAAATTTGAGGTACGTCTTGGAAGCCTAAGCGAGGC 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1971 AGCAAGTAGCATACTTCTTGATGATAAATTTGAGGTACGGCTAGGAAGCCTAAGCGAGGT 2030
Query 2037 ATATGCTCAAGGTGATGCTTATCAAAGCAGAATTTCTCGTTTACTTCGATTACCGCAATC 2096
|||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2031 ATATGCTCAAGGCGATGCTTATCAAAGCAGGATTTCTCGTTTACTTCGGTTACCACAATC 2090
Query 2097 GAGTGAACCATCTTCTTCAGGTGTAACAAATGCAATATGTTCGTATGATGTCTACTGCTT 2156
|| |||||| || || ||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2091 GACTGAACCTTCCTCGTCAGGTGCAACAAATGCAACATGTTCCTATGATGTCTACTGCTT 2150
Query 2157 TGGCAAAGTGTTACTTGAGCTAGTAACGGGGAAGCTCGGGATTAGCTCGCCAGACAACGC 2216
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 2151 TGGCAAAGTGTTACTTGAGCTAGTAACGGGGAAACTCGGGATCAGTTCGCCAGACAACGC 2210
Query 2217 ACTTGCAAAAGAGTACATGGAAGAAGCTTTGCCATACATCAGCACAAACGAGAAAGAACT 2276
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2211 ACTTGCAAAAGAGTACATGGAAGAAGCTTTGGCATACATCAGCACAAATGAGAAGGAACT 2270
Query 2277 AGTAACCAAGATCTTAGACCCGTCATTAATGGTGGACGAAGACCTTCTAGAAGAAGTATG 2336
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2271 AGTAACAAAGATCTTAGACCCGTCATTAATGGTGGACGAAGACCTTCTAGAAGAAGTATG 2330
Query 2337 GGCAATGGCTATCATTGCAAAGTCATGCCTAAACCCAAAACCAACAAGAAGACCATTAAT 2396
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2331 GGCAATGGCTATAATTGCAAAGTCATGCCTAAACCCAAAACCAACAAGAAGACCATTAAT 2390
Query 2397 GAGACACATTGTGAACGCACTTGAGAACCCACTGAAAGTAGTAAGAGAAGATACCAACTC 2456
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2391 GAGACACATTGTGAACGCACTTGAGAACCCACTGAAAGTAGTGAGAGAAGATACCAACTC 2450
Query 2457 GGGTTCAGGCTCTTCCCGGTTAAGAACAAACTCGTCGAGAGGGTCTTGGAACGCTGCTAT 2516
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2451 GGGTTCAGGCTCTTCCCGGTTGAGAACAAACTCGTCGAGAGGGTCTTGGAACGCTGCTAT 2510
Query 2517 ATTTGGGAGCTGGAGGCAGAGTGCGTCGGATGTAACAGCTGTTCAAGCGGGAGCAACAAC 2576
||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2511 ATTTGGGAGCTGGAGGCAGAGCGCATCGGATGTAACAGCGGTTCAAGCGGGAGCAACAAC 2570
Query 2577 AAGCggtggtggtggtggtggtggtggtAATGGTTTGAGAAACTCGGGGTCGCAAGGA-A 2635
||| ||||||||||||| || |||||||| ||||||||||| | | |
Sbjct 2571 AAG---TGGTGGTGGTGGT---------AACGGTTTGAGGAACTCGGGGTC--ATCGTCA 2616
Query 2636 GTAGCGGAAGGAACAATAACAACAACGGGAATTCATCGTCGTCGAGAAGACGGCAATCTA 2695
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2617 --AGCGGAAGAAACAATAACAACAACGGGAATTCATCGTCA---AGAAGACGGCAATCTA 2671
Query 2696 GTGAGATTGTACCGGAACCTGCTGCTTATGGAGTAGTAGAGGATAATTTATGA 2748
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2672 GTGAGATTGTACCGGAACCTGCTGCTTATGGAGTAGTAGAGGATAATTTATGA 2724
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103681646890
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5