BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G16440.1
Length=2743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg906774 jgi|Araly1|906774|Al_scaffold_0003_3902 4156 0.0
> Ahg906774 jgi|Araly1|906774|Al_scaffold_0003_3902
Length=2544
Score = 4156 bits (2250), Expect = 0.0
Identities = 2452/2550 (96%), Gaps = 12/2550 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 21 ATGGCTTCTGATTCTTCTCTCGGCAACACC-AACGA--C-GGTCC-TCCTTCTCCCGGAG 75
|||||||| |||||||||| ||||||| || ||||| | ||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1 ATGGCTTCCGATTCTTCTCCCGGCAAC-CCTAACGACGCAGGTCCGTCC-TCTCCCGGAG 58
Query 76 AAAACGTTTCAAGCCCTATCGAAAACACATACTCTTCCCCCGCCGCACTTCACCGTCGCC 135
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 59 AAAACGTTTCAAGCCCTATCGAAAACACATACTCTTCCCCCGCCGCACTCCACCGTCGCC 118
Query 136 GGCGAGGAAGATCCTCTACTCCCACGCAATTCGCAACTCCTCCACCACCGCCTTCACGTC 195
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 119 GGCGAGGAAGATCCTCTACTCCCACGCAATTCGCAACTCCTCCACCACCGCCTTCAAGTC 178
Query 196 TCGCATCATCCAATTCCACTCCTCCAACATCTCGTCCTTCCGCCGCCAGATCTAAAGGAA 255
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 179 TCGCATCATCCAATTCCACTCCTCCAACATCTCGTCCTTCCGCCGCCAGATCTAATGGAA 238
Query 256 GAAATGGACACGGAGGTGGCGGTGGTGGCGGTGGTGGCGGAGACCCAGGGACGCCAATGT 315
|||||| || ||| || ||||| |||||||| ||| |||||||||||||| ||| |||
Sbjct 239 GAAATGAACGCGGTGGCGGCGGAGGTGGCGGCGGT---GGAGACCCAGGGACACCACTGT 295
Query 316 CCACTGACGAGCCACTGCCTTCTTCCGATGACGGTGAAGAAGACGGAGGC-GACGATACT 374
| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||
Sbjct 296 CTACTGACGAACCACTGCCTTCTTCCGATGACGGTGAAGACGACGG-CGCTGATGATACT 354
Query 375 ACTCCGACTTTCGTTTGGGGAACTAACATCAGTGTGCAAGATGTTAAATCTGCGATTGAA 434
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 ACTCCGACTTTCGTCTGGGGCACTAACATCAGTGTGCAAGATGTTAAATCTGCGATTGAA 414
Query 435 ATGTTTGTTAAGCATTTCAGAGAAGCTAGAGAGAATAGTGATGATTTGTTTAGAGAAGGG 494
|||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 415 ATGTTTGTTAAGAATTTTAGAGAAGCTAGAGAGAATAGTGAGGATTTGTTTAGAGAAGGG 474
Query 495 AAGTATATGGTTTCGATAAGGAAGGTGATTGAGATTGAAGGAGAATGGATTGATGTTGAT 554
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 AAGTATATGGTTTCGATAAGGAAGGTGATTGAAATTGAAGGAGAATGGATTGATGTTGAT 534
Query 555 GCGTTTGATGTGTTTGATTATGATCCTGATTTGTATAACAAGATGGTTCGTTATCCTTTG 614
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 535 GCGTTTGATGTGTTTGATTATGATCCTGATTTGTATAACAAGATGGTTCGGTATCCGTTG 594
Query 615 GAAGTTCTCGCTATCTTCGATATTGTGCTGATGGATATTGTTTCCACGATTAATCGTTTG 674
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 595 GAAGTTCTCGCTATCTTCGATATTGTGCTGATGGATATTGTTTCCACCATTAATCGTTTG 654
Query 675 TTCGAGAAACATGTTCAAGTTAGGATTTTTAACCTCAGGACATCTACTTCCATGAGAAAT 734
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 655 TTCGAGAAACATGTTCAAGTGAGGATTTTTAACCTCAGGACTTCCACTTCCATGAGAAAT 714
Query 735 CTCAATCCATCTGATATCGAGAAGATGATCTCTTTGAAAGGTATGATAATTCGGAGTAGC 794
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 CTCAATCCATCTGATATCGAGAAGATGATCTCTTTGAAAGGTATGATAATTCGGAGTAGC 774
Query 795 TCTATCATTCCTGAAATAAGGGAAGCTGTGTTTAGATGCCTTGTTTGTGGTTACTTCTCT 854
||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 775 TCTATCATTCCTGAAATCAGAGAAGCTGTGTTTAGATGCCTCGTTTGTGGATACTTCTCT 834
Query 855 GACCCCATCATCGTTGATAGAGGGAAAATAAGTGAGCCTCCTACTTGCTTGAAACAAGAG 914
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 GACCCCATTATCGTTGATAGAGGGAAAATAAGTGAGCCTCCTACTTGCTTGAAACAAGAG 894
Query 915 TGCATGACCAAGAACTCCATGACACTAGTGCACAACCGATGCAGGTTTGCTGATAAGCAG 974
|||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 TGCATGGCTAAGAACTCCATGACACTAGTGCACAACCGATGCAGGTTTGCTGATAAGCAG 954
Query 975 ATTGTGAGGCTTCAGGAAACACCTGATGAGATTCCAGAAGGAGGAACACCTCACACAGTT 1034
|||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 955 ATTGTGAGGCTTCAAGAAACGCCTGATGAGATTCCAGAAGGAGGAACACCTCACACAGTT 1014
Query 1035 AGCTTGTTGCTGCATGATAAGCTAGTTGATAATGGGAAGCCTGGTGATAGAATTGAGGTC 1094
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1015 AGCTTGTTGCTGCATGATAAGCTAGTTGATAATGGGAAACCTGGTGATAGAATTGAGGTC 1074
Query 1095 ACCGGAATTTACAGAGCAATGACTGTCCGAGTGGGACCTGCTCACAGGACTGTGAAATCT 1154
||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1075 ACCGGAATTTACAGAGCAATGACCGTTCGAGTGGGGCCTGCTCATAGGACTGTGAAATCT 1134
Query 1155 GTGTTTAAGACCTATATCGATTGCCTTCACATAAAGAAAGCAAGTAAGTTAAGAATGTCT 1214
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1135 GTGTTTAAGACCTACATCGATTGCCTTCACATAAAGAAAGCAAGTAAGTTAAGAATGTCT 1194
Query 1215 GCTGAGGATCCTATGGATGTTGACAATAGTCTGCGTAGAGTTGATGAAGATGTCGAGTTA 1274
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||
Sbjct 1195 GCTGAGGATCCTATGGATGTTGACAATAGTCTGCGTAGAGTCGATGAAGATGTCGAGCTA 1254
Query 1275 GATGAGGAGAAGCTGAGGAAGTTTCAGGAACTCTCTAAACAACCAGATATATATGAGAGG 1334
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 GATGAAGAGAAGCTGAGGAAGTTTCAGGAACTCTCCAAACAACCAGATATATATGAGAGG 1314
Query 1335 CTTAGTAGATCACTAGCACCAAACATCTGGGAGTTGGATGATGTTAAAAAGGGTCTTCTA 1394
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 CTTAGTAGATCACTAGCACCAAACATCTGGGAGTTGGATGATGTTAAAAAGGGTCTTCTG 1374
Query 1395 TGCCAGCTTTTTGGAGGGAATGCTTTGAACTTAGCATCTGGTGCTAATTTTCGTGGTGAC 1454
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 TGCCAGCTTTTTGGAGGGAATGCTTTGAACTTGGCATCTGGTGCTAATTTTCGTGGTGAT 1434
Query 1455 ATCAACATCTTACTTGTTGGTGACCCTGGTACGAGCAAGTCCCAGCTGCTCCAGTACATT 1514
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1435 ATTAACATCTTACTTGTTGGTGACCCTGGTACGAGCAAGTCCCAGCTGCTCCAGTACATT 1494
Query 1515 CATAAGCTTTCACCCCGTGGCATTTACACAAGTGGGCGAGGGAGCTCAGCTGTTGGTTTA 1574
|||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1495 CATAAGCTTTCACCCCGTGGAATTTATACTAGTAGGCGAGGGAGCTCAGCTGTTGGTTTG 1554
Query 1575 ACAGCTTATGTAGCTAAAGATCCTGAGACAGGAGAAACTGTTTTGGAGAGTGGAGCTCTT 1634
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1555 ACAGCTTATGTTGCTAAAGATCCTGAGACTGGAGAAACTGTTTTGGAGAGTGGAGCTCTT 1614
Query 1635 GTTCTTAGTGACCGAGGTATCTGCTGTATTGATGAATTTGACAAAATGTCTGACAGTGCG 1694
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1615 GTTCTTAGTGACCGAGGTATCTGCTGTATTGATGAATTTGACAAAATGTCTGAAAGTGCG 1674
Query 1695 AGGAGCATGCTACACGAGGTGATGGAACAGCAGACTGTTTCAATAGCAAAGGCTGGTATT 1754
||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGGAGCATGCTGCATGAGGTGATGGAACAGCAGACTGTTTCAATAGCAAAGGCTGGTATT 1734
Query 1755 ATTGCATCTCTAAATGCCAGAACCTCTGTGTTGGCTTGTGCAAATCCTAGTGGCTCACGT 1814
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 ATTGCATCTCTAAATGCCAGAACCTCTGTGTTGGCTTGTGCAAATCCTAGTGGCTCACGC 1794
Query 1815 TATAATCCCCGGCTTTCTGTTATTGAGAATATTCACCTTCCTCCAACCTTGCTATCTAGA 1874
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1795 TATAATCCCCGGCTTTCTGTTATCGAGAATATTCACCTTCCTCCGACCTTGCTTTCTAGA 1854
Query 1875 TTCGATTTGATCTACTTGATTCTTGACAAGCCCGATGAGCAGACTGACCGAAGGCTTGCA 1934
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1855 TTCGATTTGATCTACTTGATTCTTGACAAGCCCGATGAGCAGACTGACCGAAGGCTTGCA 1914
Query 1935 AAGCATATTGTGGCCCTTCACTTTGAGAACGCTGAGAGTGCTCAGGAGGAAGCTATAGAT 1994
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1915 AAGCATATTGTGGCCCTTCATTTTGAGAACGCCGAGAGTGCTCAGGAGGAAGCTATAGAT 1974
Query 1995 ATTACTACACTGACAACTTATGTTAGCTATGCCCGCAAGAACATTCATCCTAAACTGTCA 2054
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 1975 ATTACTACACTGACAACTTATGTTAGCTATGCCCGCAAGAACATTCATCCTAAATTATCA 2034
Query 2055 GATGAAGCTGCAGAGGAGTTGACCCGAGGATATGTTGAGCTGAGAAAAGCAGGGAAGTTT 2114
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2035 GATGAAGCTGCAGAGGAGTTGACCCGAGGATATGTTGAGATGAGAAAAGCAGGGAAGTTT 2094
Query 2115 GCTGGCAGTAGCAAAAAGGTCATAACAGCAACTCCTAGGCAGATTGAAAGTTTGATCAGA 2174
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2095 GCCGGTAGTAGCAAAAAGGTCATAACAGCAACTCCTAGGCAGATTGAAAGTTTGATCAGA 2154
Query 2175 CTTAGTGAGGCCTTGGCTCGGATGCGCTTCTCCGAATGGGTTGAAAAGCATGACGTGGAC 2234
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2155 CTTAGTGAGGCCTTGGCTCGGATGCGCTTCTCCGAATGGGTTGAAAAACATGACGTGGAC 2214
Query 2235 GAGGCATTTCGACTTCTCAGAGTTGCAATGCAGCAATCAGCAACGGATCACGCCACAGGG 2294
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2215 GAGGCATTTCGACTTCTCAGAGTTGCAATGCAGCAATCAGCAACCGATCACGCCACAGGG 2274
Query 2295 ACCATTGACATGGACCTGATAAATACTGGAGTGTCAGCAAGTGAACGAATGAGGCGGGAT 2354
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2275 ACCATTGACATGGACCTGATAAATACCGGAGTGTCAGCAAGTGAACGAATGAGACGGGAT 2334
Query 2355 ACCTTTGCGTCGTCAATTAGAGACATAGCTCTGGAGAAGATGCAAATTGGAGGATCATCA 2414
||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2335 ACCTTTGTGTCGTCAATTCGAGACATAGCTCTGGAGAAGATGCAAATTGGAGGATCATCA 2394
Query 2415 ATGCGCTTATCCGAGTTACTTGAAGAACTGAAGAAGCATGGAGGCAACATAAACACCGAA 2474
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2395 ATGCGCTTATCAGAGTTACTTGAAGAACTGAAGAAGCATGGAGGCAACATAAACACCGAA 2454
Query 2475 ATTCATCTTCATGATGTTAGAAAAGCAGTCGCGACGCTAGCGAGTGAAGGATTTCTGGTA 2534
||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2455 ATTCATCTTCATGATGTAAGAAAAGCGGTCGCAACGCTAGCGAGTGAAGGATTTCTGGCA 2514
Query 2535 GCTGAAGGTGATAGAATCAAGAGAGTATAA 2564
| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2515 GTTGAAGGTGATAGAATCAAGAGAGTATAA 2544
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103491195665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5