BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G16910.1
Length=1893
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480571 jgi|Araly1|480571|fgenesh2_kg.3__3272__AT2G16910.1 3090 0.0
> Ahg480571 jgi|Araly1|480571|fgenesh2_kg.3__3272__AT2G16910.1
Length=1882
Score = 3090 bits (1673), Expect = 0.0
Identities = 1816/1885 (96%), Gaps = 9/1885 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGAGAGTAATATGCAAAACTTGTTGGAGAAATTGAGGCCTCTTGTGGGTGCAAGGGCT 60
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 1 ATGGAGAGTAATATGCAAAACTTGTTGGAGAAATTGAGACCTCTTGTGGGTGCAAGAGCT 60
Query 61 TGGGATTATTGTGTTCTTTGGAGACTAAACGAAGACCAAAGGTTTGTGAAGTGGATGGGA 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TGGGATTATTGTGTTCTTTGGAGACTAAACGAAGACCAAAGGTTTGTGAAGTGGATGGGA 120
Query 121 TGTTGTTGTGGTGGGACAGAACTCATAGCGGAGAATGGAACAGAAGAGTTTAGCTACGGA 180
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TGTTGTTGCGGTGGGACAGAACTCATAGCGGAGAATGGAACAGAAGAGTTTAGCTACGGA 180
Query 181 GGTTGTAGGGATGTTATGTTTCATCATCCTCGGACCAAATCTTGTGAATTTCTTTCCCAT 240
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 181 GGTTGTCGGGATGTTATGTTTCATCATCCTCGGACCAAATCTTGTGAATTTCTTTCTCAT 240
Query 241 CTTCCAGCTTCCATACCTCTTGATTCCGGGATATATGCGGAGACTCTTCTGACTAACCAG 300
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 CTTCCAGCTTCCATACCTCTCGATTCCGGGATATACGCGGAGACTCTTCTGACTAACCAG 300
Query 301 ACTGGTTGGTTGAGTGAGAGCTCAGAACCAAGTTTTATGCAGGAAACAATCTGTACTAGG 360
|| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 ACCGGTTGGTTGAGCGAGAGCTCAGAGCCAAGTTTTATGCAGGAAACAATCTGTACTAGG 360
Query 361 GTTTTGATTCCTATACCGGGAGGACTAGTGGAGCTCTTTGCGACCAGACATGTCGCTGAA 420
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTTTTGATTCCTATACCGGGAGGACTAGTTGAGCTCTTTGCGACCAGACATGTCGCTGAA 420
Query 421 GATCAGAACGTGGTGGATTTTGTAATGGGACATTGCAACATGTTGATGGACGATTCTGTA 480
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 421 GATCAGAACGTGGTGGATTTTGTAATGGGACATTGCAACATGTTGATGGATGATTCTGTA 480
Query 481 ACGATAAACATGATGGTAGCAGACGAGGTCGAATCGAAGCCGTACGGGATGTTATCCGGT 540
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 481 ACGATCAACATGATGGTAGCAGACGAAGTCGAATCGAAGCCATACGGGATTTTATCCGGT 540
Query 541 GACATCCAGCAAAAGGGTTCCAAAGAAGAAGATATGATGAATCTCCCTTCGTCTTACGAT 600
|| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 541 GATATCCAGCAAAAGGGTTCTAAGGAAGAAGAAATGATGAATCTCCCCTCGTCTTACGAT 600
Query 601 ATCTCTGCTGATCAGATCCGACTCAATTTCTTGCCTCAGATGAGTGATTACGAGACACAA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 ATCTCTGCTGATCAGATCCGACTCAATTTCTTGCCTCAGATGAGTGATTACGAGACACAA 660
Query 661 CACTTGAAGATGAAGAGTGATTATCATCATCAAGCCTTGGGGTATCTCCCAGAGAATGGT 720
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 661 CACTTGAAGATGAAGAGTGATTATCATCATCAAGCCTTAGGGTATCTCTCAGAGAATGGT 720
Query 721 AACAAGGAAATGATGGGTATGAACCCATTTAACACGGTGGAAGAAGATGGGATTCCAGTG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||
Sbjct 721 AACAAGGAAATGATGGGTATGAACCCATTTAACGCGGTGGCAGAAGATGGGATTCCGGTG 780
Query 781 ATTGGAGAGCCTAGCTTGCTTGTGAATGAACAGCAAGTTGTTAACGATAAGGATATGAAT 840
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 781 ATCGGCGAGCCTAGCTTGCTTGTGAATGAACAGCAAGTTGTTAACGATAAGGAAATGAAT 840
Query 841 GAGAACGGTAGGGTGGATTCAGGGTCGGATTGCAGCGACCAGATTGATGATGAAGATGAT 900
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 GAGAACGGTAGGGTGGATTCAGGATCGGATTGCAGCGACCAGATTGATGATGAAGATGAT 900
Query 901 CCAAAGTACAAGAAGAAGTCAGGAAAAGGATCTCAAGCCAAGAACCTGATGGCTGAGAGA 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 CCAAAGTACAAGAAGAAGTCAGGAAAAGGATCTCAAGCCAAGAACCTGATGGCTGAGAGA 960
Query 961 CGGAGGAGGAAGAAGCTAAACGATAGGCTTTATGCTCTCCGGTCGCTTGTTCCCAGGATA 1020
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 961 CGGAGGAGGAAGAAGCTAAACGATAGGCTTTATAAACTCCGGTCGCTTGTTCCCACGATA 1020
Query 1021 ACCAAGTTGGACAGGGCGTCGATTCTTGGCGATGCAATCAACTACGTTAAGGAGTTGCAG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1021 ACCAAGTTGGACAGGGCGTCGATTCTTGGCGATGCAATCAACTACGTTAAGGAGTTGCAG 1080
Query 1081 AATGAGGCAAAGGAGCTTCAAGACGAGCTTGAAGAGAACTCAGAGACTGAGGATGGATCT 1140
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 AATGAGGCAAAGGAACTTCAAGACGAGCTTGAAGAGAACTCAGAGACTGAGGATGGATCT 1140
Query 1141 AATAGGCCA-CAAGGAGGGATGAGCCTGAACGGGACAGTGGTCACTGGGTTTCACCCGGG 1199
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1141 AATAGG-CAGCAAGGAGGGATGAGCCTGAACGGGACAGTGGTCACTGGGTTTCACCCGGG 1199
Query 1200 GCTTTCATGTAACTCCAACGTTCCTAGCGTGAAGCAAGATGTTGATCTTGAGAATTCCAA 1259
| |||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 GATTTCATGTAACTCCAACGTTCCTAACGCGAAACAAGATGTTGATCTTGAGAATTCCAA 1259
Query 1260 TGATAAAGGACAAGAAATGGAGCCACAGGTGGACGTGGCTCAGTTAGATGGCAGAGAGTT 1319
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 TGATAAAGGACAAGAAATGGAGCCACAGGTGGACGTGGCTCAGTTAGATGGCAGAGAGTT 1319
Query 1320 TTTCGTAAAGGTGATTTGCGAATACAAACCAGGAGGCTTCACAAGGCTAATGGAGGCACT 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1320 TTTCGTAAAGGTGATTTGCGAATACAAACCAGGGGGCTTCACTAGGCTAATGGAGGCACT 1379
Query 1380 GGATTCTCTTGGACTAGAAGTCACAAATGCTAACACGACTCGCTACCTCAGCCTGGTCTC 1439
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1380 GGATTCTCTGGGACTAGAGGTCACAAATGCTAACACAACTCGCTTCCTCAGCCTTGTCTC 1439
Query 1440 CAATGTCTTCAAAGTCGAGAAAAATGATAACGAGATGGTCCAAGCTGAACACGTAAGGAA 1499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1440 CAATGTCTTCAAAGTCGAGAAAAATGATAACGAGATGGTGCAAGCTGAACACGTAAGGAA 1499
Query 1500 CTCGTTGCTGGAAATAACCCGGAACACATCTAGAGGATGGCAAGATGATCAGATGGCTAC 1559
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1500 CTCGTTGCTAGAAATAACCCGGAACACATCTAGAGGATGGCAAGATGATCAGATGGCTAC 1559
Query 1560 AGGCTCTATGCAAAACGAAAAGAACGAAGTTGATTATCAACACTATGATGATCACCAGCA 1619
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1560 AGGCTCTATGCAAAACGAAAAGAACGAAGTTGATTATCAACACTATGATGATCACCAGCA 1619
Query 1620 TCACAATGGTCATCATCACCCATTTGATCACCAGATGAATCAGAGCGCTCATCATCATCA 1679
|||||| |||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1620 TCACAACAGTCATCATCACCCATTCGATCATCAGATGAATCAGAGCGCTCATCATCATCA 1679
Query 1680 CCACCACCAACACATCAACCATTACCACAACCAATAAGGACCAATTCCCCAAAGCTATAA 1739
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1680 CCACCACCAACACATCAACCATTACCACAACCAATAAGGACCAATTCCGCAAAGCTATAA 1739
Query 1740 AGATGTCTGCTTTACAAGCAAAAGAAACATT--C-T--GCATCAACAAACTTTGAAGATC 1794
||||||||||||||||||| ||||||||||| | | |||| || ||||||||||||||
Sbjct 1740 AGATGTCTGCTTTACAAGCGAAAGAAACATTAACATCTGCATAAATAAACTTTGAAGATC 1799
Query 1795 TTTTCATTTCAAGATATATAAGGATAAAAGGAATGTCAGTTCGAGAACAGTTCCTGTATC 1854
|||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1800 TTTTCATTTCAAGA-A-ATAAGAAAAAAAGGAATGTCAGTTTGAGAACAGTTCCTGTATC 1857
Query 1855 CAATACCAGGAATAAACCAAAGCGA 1879
||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1858 CAATACCAGGAATAAACCATAGCGA 1882
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71114487415
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5