BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G16920.1
Length=3665
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480572 jgi|Araly1|480572|fgenesh2_kg.3__3273__AT2G16920.1 5217 0.0
> Ahg480572 jgi|Araly1|480572|fgenesh2_kg.3__3273__AT2G16920.1
Length=3600
Score = 5217 bits (2825), Expect = 0.0
Identities = 3399/3663 (93%), Gaps = 92/3663 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 24 ATGGAGCATGAGCAAGATGACCCTGGT--A-CATCAACAAATGTAGGGGTTGACTCGTCA 80
||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||| ||
Sbjct 1 ATGGAGCATGAGCAACATGACCCTGGTACATCATCAACAAATGTTGGGGTTGACTCGCCA 60
Query 81 --G----TTGATGATTCAA-TGGCAAGTCTCTCTA--TATG-TGATTCAGAGCATCCTAA 130
| |||||||||||| | | | || | || | || ||||||||||||||||||
Sbjct 61 CCGCCACTTGATGATTCAACT-GTGA-TC-C-ATAGGTCTGATGATTCAGAGCATCCTAA 116
Query 131 TATTTATCGACAAGATATTGTCAAAAACAAAAAGACCGGTAGTGTTGGTGTTGTCAGCGA 190
|||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||| |||| |||||||||||
Sbjct 117 TATTTATCGACAAGATATTGTCAAAAACAATAGGACCGGTAGTATTGGGGTTGTCAGCGA 176
Query 191 AGTAGCTGGTGATTCTGACTCtgatagtgatattagtgatgaggaagaagatgatgatga 250
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | || ||||| |
Sbjct 177 AGTAGCTGGTGATTCTGACTCTGAGAGTGATATTAGTGAT------G-AG--GATGA--A 225
Query 251 tgacgaagataatgatgatgatgatgaggatgTAGAGGAAGGGAAAAAGGCTAGTGAAGA 310
||| || || || | |||||| |||| | | | | || ||||||| ||||||||
Sbjct 226 -GAC-AA-CGAA-GA--A-GATGAT---GATG-A-A-G-A-GG-AAAAGGCCAGTGAAGA 269
Query 311 AAATGTTGTTAATGGAGATGGCGAGAAAAAAGCTGATGGGAATTATAAATGTGGTGCACT 370
|||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 270 AAATGTTGGTGATGGAGATGGCGAGAAAAAACCCGATGGGAACTACAAATGTGGTGCCCT 329
Query 371 TGAGGGAGATCAGATTCGTGTGCTTTGGATGGATAACACTGAGCCTGTTCAAGATATTAA 430
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 330 TGACGGAGATCAGATTCGTGTGCTTTGGATGGATAACACTGAGCCTGTTCAAGATATTAA 389
Query 431 TGATGTAACTGTTATAGACCGTGGTTTCTTACATGGTGATTATGTTGCTTCTGCTTCTGA 490
||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||
Sbjct 390 TGATGTAACCGTTGTAGACCGTGGTTTCTTACATGGAGATTATGTTGCTTCGGCTTATGA 449
Query 491 GCCTACTGGTCAGGTGGGAGTTGTTGTGGATGTTAACATATCAGTTGATTTGTTGGCTCC 550
||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 450 GCCGACTGGCCAGGTGGGAGTTGTAGTGGATGTGAACATATCTGTTGATTTGTTGGCTCC 509
Query 551 TGATGGTTCTATTCACAAGGACATCTCTACCAAGAATTTGAAACGCGTCAGGGATTTTGC 610
|||||||||||| ||||||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 510 TGATGGTTCTATCCACAAGGACATATCAACTAAGAATTTGAAACGCGTCAGGGATTTTGC 569
Query 611 TGTTGGTGATTATGTGGTTCATGGTCCATGGCTAGGTAGAATCGATGATGTGTTGGACAA 670
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 570 TGTTGGTGATTATGTGGTTCATGGACCATGGCTAGGTAGAATCGATGATGTATTGGACAA 629
Query 671 TGTGACTGTCTTATTTGATGATGGTTCCATGTGTAAAGTTCTACGTGTTGAACCTCTTCG 730
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 630 TGTGACTGTCTTGTTTGATGATGGTTCCATGTGTAAAGTTCTACGTGTTGAACCCCTTCG 689
Query 731 ACTTAAACCTATTCCGAAGAATAATCTTGAAGAAGATGCTAATTTTCCTTATTACCCAGG 790
||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 690 ACTAAAACCTATTCCCAAGAATAATCTTGAAGAAGATGCTAATTTTCCTTATTATCCAGG 749
Query 791 GCAGCGGGTTAAAGCAAGCTCCTCTTCGGTTTTTAAGAATTCGCGGTGGTTATCTGGACT 850
||||| |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 750 CCAGCGTGTTAGAGCAAGCTCCTCGTCGATTTTTAAGAATTCCCGGTGGTTATCTGGACT 809
Query 851 GTGGAAGCCTAATCGTTTAGAAGGTACGGTGACCAAAGTTACTGCGGGATCAATTTTTGT 910
||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 810 GTGGAAGCCCAATCGTTTAGAAGGTACTGTGACCAAAGTTACTGCTGGATCTATTTTTGT 869
Query 911 CTACTGGATTGCCTCAGCTGGCTTTGGTCCAGATTCTTCTGTTTCCCCACCTGAGGAGCA 970
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 870 CTACTGGATTGCCTCAGCTGGCTTTGGCCCAGATTCTTCTGTTTCCCCACCTGAGGAGCA 929
Query 971 GAATCCAAGTAATTTGACATTGTTGTCATGTTTCACTCATGCCAATTGGCAAGTGGGTGA 1030
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 930 GAATCCAAGTAATTTGACATTGTTGTCATGTTTCACTCATGCCAATTGGCAAGTGGGTGA 989
Query 1031 CTGGTGCCTTCTTCCATCTCTGAATCAATCTGCTACAATCCCCTTACACAAGCATGTATC 1090
||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 990 CTGGTGCCTTCTTCCGTCGGTGAATCAATCTGCTACGATCCCCTTACACAAGCATGTATC 1049
Query 1091 TAAATTAAGACTTTATGATTC-C---C-AA----GCTGATCGGCAACAGAAAATTGGGCG 1141
||| ||| || |||||||||| | | || ||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1050 TAAGTTACGAATTTATGATTCTCAAGCAAACTGTGCTGATCGGCAACAGAAAAGTGGGTG 1109
Query 1142 TGATTTAGAAGATGTGCAAGATGAAGTAAGTGGAAAAGTTGAACCAGCTGGTATTACTGC 1201
|||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1110 CGATTTAGAAGATGTGCAAGATGGGGTAAGCGGAAAAG-T--------TGGTATTACTGC 1160
Query 1202 TGAAGCTTTGCCAAAAGTAACTAGTGACGATCCTCCTCAAAGAAATCCTTCTGTTTCAAA 1261
|||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1161 TGAAGCTTTGCCAAAAGTGACTAGTGAAGATCCTTCTCAAAGAAATCCTTCTATTTCAAA 1220
Query 1262 GGAGCCTGTTCATGAGCCTTGGCCTCTCCATCGGAAGAAGATTCGCAAACTTGTTATCAG 1321
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1221 GGAGCCTGTTCATGAGCCTTGGCCTCTCCATCGTAAGAAGATTCGCAAACTTGTTATCAG 1280
Query 1322 AAAGGACAAAAAGGTTAAGAAAAAAGAGGAAAGCTTTGAACAAGCTCTTTTGGTAGTTAA 1381
||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1281 AAAGGACAAAAAGGTGAAGAAAAAAGAGGAAACCTTTGAACGAGCTCTTTTGGTAGTTAA 1340
Query 1382 TAGCAGAACACGCGTTGATGTATCCTGGCAGGATGGTACAATAGAATGTAGACGGGAAGC 1441
|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1341 TAGCAGAACATGCGTTGATGTAGCCTGGCAGGATGGTACAATAGAATGTAGACGGGAAGC 1400
Query 1442 GATAACATTGATTCCAATTGAGACTCCTGGTGATCATGAATTTGTCTCTGAGCAGTATGT 1501
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1401 GACAACATTGATTCCAATTGAGACTCCTGGTGATCATGAATTTGTCTCTGAGCAGTATGT 1460
Query 1502 GGTAGAGAAGACCTCTGATGATGGTGATAACACAACTGAACCTAGACGTGCTGGCGTTGT 1561
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1461 GGTAGAGAAGACCTCTGATGATGGTGATAACACAAATGAACCTAGACGTGCTGGCGTTGT 1520
Query 1562 AAAAAATGTCAATGCAAAAGATCGTACTGCTTCTGTGAGGTGGCTAAATCCACTTCGAAG 1621
|||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||
Sbjct 1521 GAAAAGTGTCAATGCAAAAGAACGTACCGCTTCTGTGAGGTGGCTAAAGCCACTTCTAAG 1580
Query 1622 GGCAGAAGAACCCCGTGAGTTTGAAAAGGAAGAAATTGTCAGTGTGTATGAGCTAGAGGG 1681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1581 GGCAGAAGAACCCCGTGAGTTTGAAAAGGAAGAAATTGTCAGTGTGTATGAGCTAGAGGG 1640
Query 1682 CCATCCAGATTATGACTACTGTTATGGGGATGTTGTTGTTCGCTTATCACCTATTGCCGT 1741
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1641 CCATCCAGATTATGACTACTGTTATGGGGATGTTGTTGTTCGCTTATCACCTGTTACCGT 1700
Query 1742 TGCGTTACCAGCATCTTCTCCCGGAAACTCTTTTGAGGAGGCAACACAGCAAGACAATGG 1801
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1701 TGCGTTACCAGCATCTTCTCCCGGAAACTCTTTAGAGGAGGCAACACAGCAAGACAATGG 1760
Query 1802 ATACCAAGATTCAGAATCCCATCAAGAAGCTAAAATCCTTGTGGATAAGGAAGAAAACGA 1861
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||
Sbjct 1761 ATACCAAGATTCAGAATTCCATCAAGAAGCTAAAATCCGTAAGGATACTGAAGAAAACGA 1820
Query 1862 GCCTAGTACGGACCTTTCAAAGCTCTCATGGGTTGGAAATATTACTGGCCTCAAGGATGG 1921
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1821 ATCTAATACGGACCTTTCAAAGCTCTCATGGGTTGGAAATATTACTGGCCTCAAGGATGG 1880
Query 1922 TGATATTGAAGTAACATGGGCCGATGGAACAATATCAACGGTTGGCCCTCATGCAGTTTA 1981
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1881 TGATATTGAAGTAACATGGGCCGATGGAACAGTATCAACGGTTGGCCCTCATGCAGTTTA 1940
Query 1982 TGTAGTTGGACGCGATGATGATGATGAATC-AGTTGCTGGAGAAAGTGAAACAAGTGATG 2040
|||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1941 TGTAGTTGGACGGGATGATGATGATGAATCGA-TTGCTGGAGAAAGTGAAGCAAGTGATG 1999
Query 2041 CTGCTAGTTGGGAAACTTTAAACGATGATGATAGGGGTGCTCCTGAGATTCCTGAAGAGG 2100
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2000 CTGCTAGTTGGGAAACTTTAAACGATGATGATAGGGGTGCTCCTGAGATTCCTGAAGAGG 2059
Query 2101 ACCTTGGAAGGAGTAGTTCCATTGAGGGAAACTCTGATGCAGATATCTACGCTGAGAATG 2160
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | ||||||| |
Sbjct 2060 AGCTTGGAAGGAGTAGTTCCATTGAGGGAAACTCTGATGCAGATGTCAATTCTGAGAACG 2119
Query 2161 ATTCTGGGAGGAACGGTGCCCTAGCTCTTCCTCTGGCTGCAATCGAATTTGTGACTCGAC 2220
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2120 ATTCTGGGAGGAACGGTGCCCTAGCTCTTCCGCTGGCTGCAATCGAATTTGTGACTCGAC 2179
Query 2221 TGGCTAGTGGAATCTTTTCGCGTGCAAGGAAATCTGTAGATTCTTCCAGTTCTGATTACA 2280
||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2180 TGGCTAGTGGAATCTTTTCCCGTGCCAGGAAATCTGTAGATTCTTCCAGTTCTGATTACA 2239
Query 2281 CGGTTGAAAATGTATATAAGCAAGCTGAATCGACCAACCCGTCCGATGAAACAGATTC-- 2338
||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||| | || ||||||| |||||
Sbjct 2240 CGGGGGAAAATGTATATATGCAAGCTGAGTTGACCAACTCTTCTGATGAAAGAGATTGTT 2299
Query 2339 -CCTTGATGACCCTAGTCCTTCAAAAGTTAATGTGACTGATAATTGCGAGTCAAAGGGCA 2397
|||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2300 TCCTTGATGACCCTAGTCCTTCAAAGGTCAATGTGACTGATAATTGTGAGTCAAAGGGCA 2359
Query 2398 CTCAAGCAAATGCCAAGAATATTTTGAGCGGGGAAACCTCTACATTTTTAGAAGATGAAG 2457
||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |
Sbjct 2360 CTCAAGCAAATGCTGAGAATATTTTGAGTGGGGAAACCTCTACACTTTTAGAAGATGA-G 2418
Query 2458 ATAAGCCAGTACCTTCTGAAGGTGATAGTTGCAGTTTCAGACGCTTTGATATATCACAAG 2517
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2419 -----CCAGTACCTTCTGATGGTGATAGCTGCAGTTTCAGACGCTTTGATATATCACAAG 2473
Query 2518 ATCCTCTGGACCACCATTTCCTTGGCGTAGATGGGCAGAAAACCAAAGAAAGACAGTGGT 2577
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2474 ATCCTCTGGACCACCATTTCCTTGGCGTAGATGGGCAGAAAACCAAAGAAAGACAGTGGT 2533
Query 2578 TCAAGAAGGTTGATCAAGACTGGAAAATACTTCAGAACAATCTTCCAGATGGAATCTTTG 2637
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2534 TCAAGAAGGTTGATCAAGACTGGAAAATACTTCAGAACAATCTTCCGGATGGAATCTTTG 2593
Query 2638 TTCGAGCTTACGAAGATAGAATGGATCTCTTGAGGGCAGTAATAGTCGGGGCATTTGGAA 2697
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||||
Sbjct 2594 TTCGAGCTTACGAAGATAGAATGGATCTCTTGAGGGCCGTAATAGTTGGGGCATATGGAA 2653
Query 2698 CACCATACCAAGATGGTCTCTTCTTTTTTGATTTTCACCTTCCATCTGACTACCCTAGTG 2757
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2654 CACCATACCAAGATGGTCTCTTCTTTTTCGATTTTCACCTTCCATCTGACTACCCTAGTG 2713
Query 2758 TGCCACCGTCGGCATATTATCATTCTGGTGGATGGAGGTTAAACCCCAATCTGTACGAAG 2817
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2714 TGCCACCGTCAGCATATTATCATTCTGGTGGATGGAGGTTAAACCCCAATCTGTATGAAG 2773
Query 2818 AAGGCAAAGTCTGTCTTAGCCTTCTCAATACCTGGACAGGCAGGGGAAATGAAGTCTGGG 2877
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2774 AAGGCAAGGTCTGTCTTAGCCTTCTCAATACCTGGACAGGCAGGGGAAATGAAGTCTGGG 2833
Query 2878 ATCCCAAATCATCTAGCATCCTTCAAGTTCTTGTTTCACTCCAGGGATTGGTGTTGAATT 2937
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2834 ATCCCAAATCATCTAGCATCCTTCAAGTTCTTGTTTCACTCCAGGGATTGGTGTTGAATT 2893
Query 2938 CAAAGCCTTATTTCAATGAAGCCGGGTATGATAAGCAGGTCGGAACTGCGGAAGGAGaaa 2997
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2894 CAAAGCCTTATTTCAATGAAGCCGGGTATGATAAGCAGGTCGGAACTGCGGAAGGAGAAA 2953
Query 2998 aaaaCTCACTGGGATACAACGAGAATACTTTCTTGCTAAATTGTAAAACCATGATGTATC 3057
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2954 AAAACTCACTGGGATACAACGAGAATACTTTCTTGCTAAATTGTAAAACCATGATGTATC 3013
Query 3058 TTATGCGGAAACCACCAAAGGATTTTGAAGAACTCATCAAAGATCATTTCAGAAAACGCG 3117
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3014 TTATGCGGAAACCACCAAAGGATTTTGAAGAACTCATCAAAGACCATTTCAGAAAACGCG 3073
Query 3118 GATATTACATTTTGAAGGCATGTGACGCCTACATGAAAGGATATCTCATAGGTTCCCTCA 3177
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3074 GCTATTACATTTTGAAGGCATGTGACGCCTACATGAAAGGATATCTCATAGGTTCCCTCA 3133
Query 3178 CCAAAGATGCCTCGGTTATCGATGAACGCAGCAGCGCTAATTCAACTTCAGTTGGTTTTA 3237
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 3134 CCAAAGATGCCTCGGTTATCGATGAACGCAGCAGTGCTAATTCCACTTCGGTTGGTTTTA 3193
Query 3238 AGCTTATGCTGGCTAAGATAGCACCAAAGCTTTTCTCAGCACTGAGCGAGGTAGGAGCTG 3297
|||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3194 AGCTTATGTTGGCTAAGATAGCGCCAAAGCTTTTCTCAGCACTGAGCGAGGTAGGAGCTG 3253
Query 3298 ACTGCAATGAATTCCAGCATCTGCAGCAGCAATAACACAATCCTAAAAGGAGCTGGATAC 3357
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||| |||
Sbjct 3254 ACTGCAATGAATTCAAGCATCTGCAGCAGCAATAACTTAAGCCTCAAAGGAGCTGGGTAC 3313
Query 3358 ACCGATCGTTGCCAATGAACCAAGTGAAGGTTTGCGGCTTCTTTACTATTACAAGTTTCA 3417
||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3314 ACCAACCATTGCCAATGAACCAAGTGAAGGTTTGCGGCTTCTTTACTGTTACAAGTTTCA 3373
Query 3418 AATTCAGATATTTCTGAAACGTGTGTAGTAGAGtt-ttttt--GGAGTTATACAAGAATT 3474
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 3374 AATTCAGATATTTCTGAAATGTGTGTAATAGAGTTATTTTTTTGGAGTTATACAAGAATT 3433
Query 3475 AAGCGATACTAAGTTGTAACCCCATCTGGTCGAACAATATCGACAAATGAATTTGTTTTG 3534
| ||| | |||||||||||||||||| | || |||||||||| ||| || || |||
Sbjct 3434 ACGCGTTGCTAAGTTGTAACCCCATCCGCTCCAACAATATCGGCAA-TG-----GTCTTG 3487
Query 3535 GTTGGTCATGTTTTGGGGCCTACTTAAAAGTTTTAGGGGTGCACTTCAACACCTGTTTCT 3594
|| || | || | ||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 3488 TTT--TC--G----GGA-C-TACTTAACAGTTTTAGGGATGCACTTCAACACTTGTTTCT 3537
Query 3595 TTTGTCATGGGTTGTCAAATTACTTTTCTAACAAAGATTATTTAAGTAAAGTTGTTTCGC 3654
| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 3538 TGTGTCATGGGTTGTCAAATTACTTCTCTAACAAAGATTATTTAAGTGAAGTTGTTTCGC 3597
Query 3655 TTT 3657
|||
Sbjct 3598 TTT 3600
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 138453450574
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5