BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G17140.1 Length=3088 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg480596 jgi|Araly1|480596|fgenesh2_kg.3__3297__AT2G17140.1 4599 0.0 > Ahg480596 jgi|Araly1|480596|fgenesh2_kg.3__3297__AT2G17140.1 Length=2890 Score = 4599 bits (2490), Expect = 0.0 Identities = 2765/2898 (95%), Gaps = 18/2898 (1%) Strand=Plus/Plus Query 2 GTAG-TTCTATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACGAACAATCCGAGA 60 |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1 GTAGTTTC-ATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACTAACAATCCGAGA 59 Query 61 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATATTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 120 |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 60 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATTTTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 119 Query 121 TCTTTAGATGCGACTCCTACAATCGCTCGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 180 ||||||| |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 120 TCTTTAGCTGCGACTCCTACCATGGCTTGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 179 Query 181 ATCCAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCTTCAATCCAAAAGACGAAACTTTCGTCT 240 ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| Sbjct 180 ATCGAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCGTCAATTCAAAAGACGAAACTTTCCTCT 239 Query 241 CTTCTCTCTGTTGTATCCATCTTCGCGAAATCGAATCACATTGATAAGGCGTTTCCGCAG 300 |||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||| Sbjct 240 CTTCTCTCTGTTGTCTCAATCTTTGCGAAATCGAATCACATTGACAAAGCGTTTCCGCAG 299 Query 301 TTTCAGTTAGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCTAGCG-TTTATCTGTATAATTT 359 ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| | Sbjct 300 TTTCAATTCGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCT-GGGATTTATCTGTATAATGT 358 Query 360 GTTGCTTGAAAGTTGCATAAAGGAACGACGTGTGGAGTTCGTTTCGTGGTTGTATAAAGA 419 ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 359 GTTGCTTGAAAGTTGTATAAGGGAACGACGTGTAGAGTTCGTTTCGTGGCTGTATAAAGA 418 Query 420 TATGGTTTTGTGTGGGATTGCTCCACAGACTTATACTTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 479 ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 419 TATGGTTTTGTGTGGGATTTCTCCAGAGACTTATACGTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 478 Query 480 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 539 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 479 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 538 Query 540 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 599 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 539 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 598 Query 600 GACTGATAAAGGGCTTGAA-TTGTTGAATGCAATGGAAAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 658 |||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 599 GACTGATAAAGGA-TTGGAGTTGTTGAATTCAATGGAGAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 657 Query 659 AAGTTATCTATAACACCATTGTTTCGAGCTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 718 ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 658 AAGTTGTGTATAACACCATTGTTTCGAGTTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 717 Query 719 AAAAGATGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTGGTGCCTGATATTGTCACTTTTAACT 778 ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| Sbjct 718 AAAAGCTGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTTGTTCCTGATATTGTAACTTTCAACT 777 Query 779 CTAGGATATCAGCGCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGATGCGTCTAGAATTTTCAGTG 838 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| Sbjct 778 CTAGGATATCAGCTCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGACGCGTCTAGAATTTTCAGTG 837 Query 839 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACATATAACTTGA 898 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| Sbjct 838 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACGTATAATTTGA 897 Query 899 TGTTGAAAGGTTTCTGTAAGGTAGGGTTGCTGGAAGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 958 |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 898 TGTTGAAAGGTTTCTGCAAGGTAGGGTTGCTGGAGGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 957 Query 959 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 958 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1017 Query 1019 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTGAAGCAAATGACTGATAAGGGAA 1078 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| Sbjct 1018 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTAAAGCAAATGATTGATAAGGGAA 1077 Query 1079 TAGGACCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1138 |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1078 TAGGGCCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1137 Query 1139 TATCCGATGCAAAAACTATTGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTGCCCGGATGCTG 1198 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1138 TATCCGATGCAAAAACTATCGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTCCCCGGATGCTG 1197 Query 1199 TAACTTATGGCTGCCTTCTTCATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1258 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1198 TAACTTATGGCTGCCTTCTACATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1257 Query 1259 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGTTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTT 1318 ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1258 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGCTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTC 1317 Query 1319 TGCTACATAGCCTTTGGAAGATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1378 |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1318 TGCTCCATAGCCTTTGGAATATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1377 Query 1379 TGAATGAGAAAGGTTATGGACTAGACACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1438 ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1378 TGAATGAAAAAGGTTATGGACTAGATACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1437 Query 1439 GTGGAAGCGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1498 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1438 GTGGAAGTGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1497 Query 1499 GTGCTGCTCTTGGTAACTTAGGCAATTCATATATCGGACTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1558 ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1498 GTGCTGCTCTTGGTAACCTAGGCAATTCATATATCGGCCTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1557 Query 1559 AGAACAACTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1618 ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1558 AGAACAATTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1617 Query 1619 CTGGAAGGTTTGCTGAAGCAAAAA-ATTTGTTTGCCGAGATGATGGGAGAGAAACTGCAA 1677 ||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 1618 CTGAAAGGTTTGCTGAAGCAAAAACATT-GTTTGCCGAGATGATGGGAGAAAAACTGCAA 1676 Query 1678 CCGGACTCGGTCGCATATAACATTTTCATTCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1737 |||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1677 CCGGACTCTGTCGCATACAACATTTTCATCCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1736 Query 1738 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1797 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1737 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1796 Query 1798 TATAACTCACTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1857 |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1797 TATAACTCTCTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1856 Query 1858 ATGGATGAGATGAAAGAAAAGGGCATTTCACCAAATATATGCACCTACAATACTGCAATC 1917 ||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| Sbjct 1857 ATGGATGAGATGAGAGAAAAAGGCATATCACCTAATATCTGCACCTACAATACTGCAATC 1916 Query 1918 CAGTATCTTTGTGAGGGAGAAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTTGATGAAATGATG 1977 ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 1917 CAGTATCTTTGTGAGGGAGGAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTGGATGAAATGATG 1976 Query 1978 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTGATTGAAGCGTTCTGTAAG 2037 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| Sbjct 1977 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTAATTGGAGCGTTCTGTAAG 2036 Query 2038 GTCCCTGATTTTGATATGGCCCAAGAAGTCTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACAG 2097 |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2037 GTCCCTGATTTTGACATGGCCCAAGAAGTGTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACA- 2095 Query 2098 AAAG-AAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTACTAAA 2156 |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 2096 AAAGGAAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTATTAAA 2155 Query 2157 GGCTACGGAGTTGCTCGAAGCTGTTTTAGATAGAGGTTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2216 ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2156 GGCTACGGAGTTGCTTGAAGCTGTTTTAGATAGAGGGTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2215 Query 2217 TAAAGATCTTGTTGAGAGCTTATGTAAGAAGGATGAACTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2276 |||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 2216 TAAAGATCTTGTTGTGAGCTTGTGTAAGAAGGATGAGCTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2275 Query 2277 GCATAAGATGATAGACAGAGGATATGGATTTGACCCTGCAGCATTGATGCCTGTGATAGA 2336 ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| Sbjct 2276 GCATAAGATGATAGACAAAGGATATGGGTTTGACCCTGCGGCATTAATGCCTGTGATAGA 2335 Query 2337 TGGCTTAGGTAAGATGGGAAACAAGAAAGAGGCAAACAGTTTTGCTGATAAGATGATGGA 2396 ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| ||||||||||| Sbjct 2336 TGGCTTAGGAAAGATGGGAAACAAGAAAGACGCAAATAATTTTGCTGAGAAGATGATGGA 2395 Query 2397 AATGGCTTCAGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAAGGGATATACACCA 2456 ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| Sbjct 2396 AATGGCTTCGGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAACGGATATACACCA 2455 Query 2457 GAAAAAGCATAATAAGAATGGTGGAAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2516 |||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2456 GAAAAAGCATAATAAGTATAGTGGTAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2515 Query 2517 TAGTGGAATTGCGTTAAGGTCTCTGTCAAGAGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2576 ||||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2516 TAGTGGAATTGCGCTAAAGTCTCTGTCAAGGGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2575 Query 2577 ATCAAGCTTTCAGCCTCCA-AGAGTTGACTACTTAGACTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2635 ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 2576 ATCAAGCTTTCAGCCTC-AGAGAGTTGACTACTTAGATTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2634 Query 2636 GAT-TTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGGCG--CAAGCAAGTT 2692 ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| Sbjct 2635 GATATTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGACGGTCAAGCAAGTT 2694 Query 2693 TTTGAGGTGCAGCTCATCAAGGATGACAGGTAAAGCTAAGCTGGTAGAACCAGACAAGAC 2752 |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||| Sbjct 2695 TTTGAG-TGCAGCTCATCAAGGATGATAGGTAAAGCTATGCTGGTAGAAGCAGACAAGAC 2753 Query 2753 GACATGGCTGGACAAATATATCCTTGTTAGAACGACGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2812 ||||||||||||| | |||| ||| | ||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 2754 TACATGGCTGGACACAGATATGCTTATAAGAACGAAGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2813 Query 2813 TTCATAAAGAATTTGA-GCCCAACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2871 || || | |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2814 TTAATCATGAATTTGAAGCC-AACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2872 Query 2872 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2889 |||||||||||||||||| Sbjct 2873 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2890 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 116632330190 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5