BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G17140.1
Length=3088
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480596 jgi|Araly1|480596|fgenesh2_kg.3__3297__AT2G17140.1 4599 0.0
> Ahg480596 jgi|Araly1|480596|fgenesh2_kg.3__3297__AT2G17140.1
Length=2890
Score = 4599 bits (2490), Expect = 0.0
Identities = 2765/2898 (95%), Gaps = 18/2898 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 2 GTAG-TTCTATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACGAACAATCCGAGA 60
|||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1 GTAGTTTC-ATGGAACAATCTCTTGTGAAGGCTTTGTTGAAGAACACTAACAATCCGAGA 59
Query 61 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATATTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 120
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTAGCATGGAGAATCTTCAAGAGGATTTTCTCTTCTCCTTCAGAAGAAAGCCATGGCATT 119
Query 121 TCTTTAGATGCGACTCCTACAATCGCTCGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 180
||||||| |||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 TCTTTAGCTGCGACTCCTACCATGGCTTGTATCCTGGTTCGAGCCAAAATGCACGAAGAA 179
Query 181 ATCCAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCTTCAATCCAAAAGACGAAACTTTCGTCT 240
||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 180 ATCGAAGAGCTTCACAATCTTATACTCTCTTCGTCAATTCAAAAGACGAAACTTTCCTCT 239
Query 241 CTTCTCTCTGTTGTATCCATCTTCGCGAAATCGAATCACATTGATAAGGCGTTTCCGCAG 300
|||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 240 CTTCTCTCTGTTGTCTCAATCTTTGCGAAATCGAATCACATTGACAAAGCGTTTCCGCAG 299
Query 301 TTTCAGTTAGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCTAGCG-TTTATCTGTATAATTT 359
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||| |
Sbjct 300 TTTCAATTCGTACGGTCGCGGTTTCCTGAGAACAAACCT-GGGATTTATCTGTATAATGT 358
Query 360 GTTGCTTGAAAGTTGCATAAAGGAACGACGTGTGGAGTTCGTTTCGTGGTTGTATAAAGA 419
||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 359 GTTGCTTGAAAGTTGTATAAGGGAACGACGTGTAGAGTTCGTTTCGTGGCTGTATAAAGA 418
Query 420 TATGGTTTTGTGTGGGATTGCTCCACAGACTTATACTTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 479
||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 TATGGTTTTGTGTGGGATTTCTCCAGAGACTTATACGTTTAATCTCTTGATACGTGCTTT 478
Query 480 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 GTGTGATTCAAGTTGTGTTGATGCTGCTCGAGAGTTGTTCGACGAAATGCCTGAGAAAGG 538
Query 540 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 539 TTGTAAGCCAAATGAGTTTACTTTTGGGATTTTGGTTCGTGGGTATTGTAAAGCTGGTTT 598
Query 600 GACTGATAAAGGGCTTGAA-TTGTTGAATGCAATGGAAAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 658
|||||||||||| ||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 GACTGATAAAGGA-TTGGAGTTGTTGAATTCAATGGAGAGTTTTGGGGTTTTGCCTAATA 657
Query 659 AAGTTATCTATAACACCATTGTTTCGAGCTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 718
||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 AAGTTGTGTATAACACCATTGTTTCGAGTTTCTGTAGAGAAGGTAGGAATGATGATTCTG 717
Query 719 AAAAGATGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTGGTGCCTGATATTGTCACTTTTAACT 778
||||| |||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 718 AAAAGCTGGTGGAGAAGATGCGGGAGGAAGGTTTTGTTCCTGATATTGTAACTTTCAACT 777
Query 779 CTAGGATATCAGCGCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGATGCGTCTAGAATTTTCAGTG 838
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 778 CTAGGATATCAGCTCTTTGTAAAGAAGGAAAGGTTTTGGACGCGTCTAGAATTTTCAGTG 837
Query 839 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACATATAACTTGA 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 838 ATATGGAGCTAGATGAGTATCTGGGTCTTCCTCGTCCCAATAGTATAACGTATAATTTGA 897
Query 899 TGTTGAAAGGTTTCTGTAAGGTAGGGTTGCTGGAAGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 958
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 898 TGTTGAAAGGTTTCTGCAAGGTAGGGTTGCTGGAGGATGCCAAGACCCTCTTTGAGTCGA 957
Query 959 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TTAGAGAAAATGATGATCTCGCTAGCTTGCAGAGTTACAATATTTGGCTGCAGGGTTTGG 1017
Query 1019 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTGAAGCAAATGACTGATAAGGGAA 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
Sbjct 1018 TCAGACATGGGAAGTTTATAGAGGCTGAAACAGTCCTAAAGCAAATGATTGATAAGGGAA 1077
Query 1079 TAGGACCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1138
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TAGGGCCAAGTATTTATTCTTACAATATCTTGATGGATGGATTGTGTAAATTGGGCATGC 1137
Query 1139 TATCCGATGCAAAAACTATTGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTGCCCGGATGCTG 1198
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1138 TATCCGATGCAAAAACTATCGTTGGTTTGATGAAAAGAAATGGTGTTTCCCCGGATGCTG 1197
Query 1199 TAACTTATGGCTGCCTTCTTCATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1258
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 TAACTTATGGCTGCCTTCTACATGGTTATTGCAGTGTTGGGAAAGTCGATGCAGCTAAAA 1257
Query 1259 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGTTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GCTTGTTGCAGGAGATGATGAGGAATAATTGCTTACCAAATGCTTATACTTGCAATATTC 1317
Query 1319 TGCTACATAGCCTTTGGAAGATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1378
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 TGCTCCATAGCCTTTGGAATATGGGGAGAATATCTGAAGCGGAAGAGTTGCTGCGAAAGA 1377
Query 1379 TGAATGAGAAAGGTTATGGACTAGACACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1438
||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1378 TGAATGAAAAAGGTTATGGACTAGATACTGTCACCTGCAACATTATCGTTGACGGACTCT 1437
Query 1439 GTGGAAGCGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1498
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1438 GTGGAAGTGGGGAATTAGATAAAGCTATTGAGATAGTTAAGGGAATGCGGGTGCATGGAA 1497
Query 1499 GTGCTGCTCTTGGTAACTTAGGCAATTCATATATCGGACTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1558
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTGCTGCTCTTGGTAACCTAGGCAATTCATATATCGGCCTGGTGGATGATAGCTTGATCG 1557
Query 1559 AGAACAACTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1618
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 AGAACAATTGTTTGCCTGACCTGATCACGTATTCAACTTTACTTAATGGTTTGTGCAAAG 1617
Query 1619 CTGGAAGGTTTGCTGAAGCAAAAA-ATTTGTTTGCCGAGATGATGGGAGAGAAACTGCAA 1677
||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1618 CTGAAAGGTTTGCTGAAGCAAAAACATT-GTTTGCCGAGATGATGGGAGAAAAACTGCAA 1676
Query 1678 CCGGACTCGGTCGCATATAACATTTTCATTCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1737
|||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 CCGGACTCTGTCGCATACAACATTTTCATCCATCATTTCTGCAAACAGGGGAAAATATCA 1736
Query 1738 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1737 TCTGCATTTCGCGTTCTCAAAGACATGGAGAAGAAAGGTTGTCATAAGAGCCTAGAGACT 1796
Query 1798 TATAACTCACTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1857
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1797 TATAACTCTCTGATCCTGGGCTTAGGCATAAAAAACCAGATTTTTGAAATTCATGGACTG 1856
Query 1858 ATGGATGAGATGAAAGAAAAGGGCATTTCACCAAATATATGCACCTACAATACTGCAATC 1917
||||||||||||| |||||| ||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1857 ATGGATGAGATGAGAGAAAAAGGCATATCACCTAATATCTGCACCTACAATACTGCAATC 1916
Query 1918 CAGTATCTTTGTGAGGGAGAAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTTGATGAAATGATG 1977
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1917 CAGTATCTTTGTGAGGGAGGAAAAGTTGAAGATGCAACTAACCTCCTGGATGAAATGATG 1976
Query 1978 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTGATTGAAGCGTTCTGTAAG 2037
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1977 CAAAAGAACATAGCCCCAAATGTATTTTCCTTCAAATATTTAATTGGAGCGTTCTGTAAG 2036
Query 2038 GTCCCTGATTTTGATATGGCCCAAGAAGTCTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACAG 2097
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2037 GTCCCTGATTTTGACATGGCCCAAGAAGTGTTTGAGACTGCTGTAAGTATCTGTGGACA- 2095
Query 2098 AAAG-AAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTACTAAA 2156
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2096 AAAGGAAGGCCTGTACAGCTTGATGTTCAATGAGTTGCTTGCTGCAGGGCAACTATTAAA 2155
Query 2157 GGCTACGGAGTTGCTCGAAGCTGTTTTAGATAGAGGTTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2216
||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2156 GGCTACGGAGTTGCTTGAAGCTGTTTTAGATAGAGGGTTTGAGTTGGGGACTTTTCTTTA 2215
Query 2217 TAAAGATCTTGTTGAGAGCTTATGTAAGAAGGATGAACTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2276
|||||||||||||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2216 TAAAGATCTTGTTGTGAGCTTGTGTAAGAAGGATGAGCTAGAAGTAGCTAGTGGAATTTT 2275
Query 2277 GCATAAGATGATAGACAGAGGATATGGATTTGACCCTGCAGCATTGATGCCTGTGATAGA 2336
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2276 GCATAAGATGATAGACAAAGGATATGGGTTTGACCCTGCGGCATTAATGCCTGTGATAGA 2335
Query 2337 TGGCTTAGGTAAGATGGGAAACAAGAAAGAGGCAAACAGTTTTGCTGATAAGATGATGGA 2396
||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||
Sbjct 2336 TGGCTTAGGAAAGATGGGAAACAAGAAAGACGCAAATAATTTTGCTGAGAAGATGATGGA 2395
Query 2397 AATGGCTTCAGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAAGGGATATACACCA 2456
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2396 AATGGCTTCGGTTGGTGAAGTAGCAAACAAAGTCGATCCAAATGCAACGGATATACACCA 2455
Query 2457 GAAAAAGCATAATAAGAATGGTGGAAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2516
|||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2456 GAAAAAGCATAATAAGTATAGTGGTAACAACTGGCAGAATATATTACACAGAGATGACGG 2515
Query 2517 TAGTGGAATTGCGTTAAGGTCTCTGTCAAGAGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2576
||||||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2516 TAGTGGAATTGCGCTAAAGTCTCTGTCAAGGGTTAAAAAAGGATGGGGTCAAGGGGATAT 2575
Query 2577 ATCAAGCTTTCAGCCTCCA-AGAGTTGACTACTTAGACTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2635
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2576 ATCAAGCTTTCAGCCTC-AGAGAGTTGACTACTTAGATTACTGGGAGGACGATGGTTAAG 2634
Query 2636 GAT-TTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGGCG--CAAGCAAGTT 2692
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 2635 GATATTGCATGACTCTGTTTTCTTTCTGATGGGAAAGTTCAGATGACGGTCAAGCAAGTT 2694
Query 2693 TTTGAGGTGCAGCTCATCAAGGATGACAGGTAAAGCTAAGCTGGTAGAACCAGACAAGAC 2752
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 2695 TTTGAG-TGCAGCTCATCAAGGATGATAGGTAAAGCTATGCTGGTAGAAGCAGACAAGAC 2753
Query 2753 GACATGGCTGGACAAATATATCCTTGTTAGAACGACGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2812
||||||||||||| | |||| ||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2754 TACATGGCTGGACACAGATATGCTTATAAGAACGAAGTTTAAACATAAGAGCTGCCTGCT 2813
Query 2813 TTCATAAAGAATTTGA-GCCCAACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2871
|| || | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2814 TTAATCATGAATTTGAAGCC-AACTTTGAATTTTGGGTGGGAGGAACACAATCTACATTA 2872
Query 2872 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2889
||||||||||||||||||
Sbjct 2873 TTGGAGAAAATGTAAGCT 2890
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 116632330190
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5