BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G17200.1
Length=2058
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480602 jgi|Araly1|480602|fgenesh2_kg.3__3303__AT2G17200.1 2726 0.0
Ahg480601 jgi|Araly1|480601|fgenesh2_kg.3__3302__AT2G17190.1 1301 0.0
Ahg942149 jgi|Araly1|942149|scaffold_602693.1 233 3e-60
> Ahg480602 jgi|Araly1|480602|fgenesh2_kg.3__3303__AT2G17200.1
Length=1947
Score = 2726 bits (1476), Expect = 0.0
Identities = 1826/1985 (92%), Gaps = 63/1985 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 27 TCTACCGAACCGACTCAGAGCTTTTGAGTCTTCTAAATCTCT-ATCGAATTTTTCTAGGG 85
||||||||||||||| ||||||||| | ||||||||| | || ||||||||||||||
Sbjct 1 TCTACCGAACCGACTTAGAGCTTTT--G---TCTAAATCT-TGATTGAATTTTTCTAGGG 54
Query 86 TTAGGGCTCCTGATCGATTTCGCGAGCTCTGCGATTATTTTAAGTATTAGGATCCGAAAT 145
||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||
Sbjct 55 TTAGGGCTCCTGATCGATTTCGCGA-----GC--------------TTAGGATCCGAAAT 95
Query 146 TAGAAATGGGTGGAGA--G-GGAGATTCAAGTCAGCCGCAGAGTGGTGAAGGAGAAGCTG 202
||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 96 TAG-AATGGGTGGAGAGGGAGGAGATTCGAGTCAGCCGCAGACTGGAGAAGGAGAAGCTG 154
Query 203 TGGCTGTGAACATCAGGTGCTCTAATGGCACGAAATTTAGTGTGAAGACGAGTCTCGATT 262
| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 155 TCTCCGTGAACATCAGGTGCTCAAATGGCACGAAATTTAGTGTGAAGACGAGCCTTGATT 214
Query 263 CAACGGTGGAGTCTTTCAAAGAGTTGGTGGCTCAGAGCAGCGATGTTCCAGCTAATCAGC 322
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 215 CGACGGTGGAGTCTTTCAAAGAGTTGGTGGCTCAGAGCAGCGATGTTCCAGCCAATCAGC 274
Query 323 AGCGCTTGATTTACAAGGGTCGTATCCTCAAGGACGATCAAACTCTCCTCAGCTATGGTT 382
| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 275 AACGCTTGATTTATAAGGGTCGGATCCTCAAGGACGATCAAACTCTCCTCAGCTATGGTT 334
Query 383 TGCAGGCTGATCACACCATTCATATGGTTAGAGGCTCTGCACCTTCTTCAGCACCACCTC 442
|||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 335 TGCAGGCTGATCACACAATTCATATGGTTCGAGGCTCTGCACCTTCTTCAGCACCACCTT 394
Query 443 CTGCTCCGGC--C----GC---AAGCCAAACCACTGCACCTAGTGTTACTCGAGGGGTTG 493
|||||||||| | || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 395 CTGCTCCGGCTGCGAATGCTGGAAACCAAACCACTGCACCTAGTGTTACTCGAGGGGTTG 454
Query 494 GTTCAGATAATAGCTCGAATCTAGGAGGAGCGAGTCCTGGGGAATCTTTGTTCCCTGGGC 553
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 455 GTTCAGATAATAGCTCGAATCTAGGAGGAGCGGGTCCTGGGGAATCTTTGTTCCCTGGGC 514
Query 554 TTGGATTTAATCCTCTGGGTGGTGGAAATGCTATGTCTGGGTTATTTGGAGCTGGTCTTC 613
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 515 TTGGATTTAATCCTTTGGGTGGTGGAAATGCTATGGCTGGGTTATTTGGAGCTGGTCTTC 574
Query 614 CGGATCTTGTGCAGACACAGCAACAACTAGCTCAAAACCCTAACATGATTAGAGATATGA 673
||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 575 CGGATCTTGAGCAGGCACAGCAACAACTAGCTCAAAACCCTAATATGATTAGAGATATGA 634
Query 674 TGAATACTCCAGCCATCCAGAACCTTATGAACAACCCAGAGTTTATGAGGAGTATGATTA 733
||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 635 TGAATACACCAGCCATCCAGAATCTTATGAATAACCCAGAATTTATGAGGAGTATGATTA 694
Query 734 TGAATAACCCTCAAATGCGTGAGCTTGTAGATCGCAATCCTGAGCTTGGTCATGTGCTCA 793
||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 695 TGAGTAACCCACAAATGCGTGAGCTTGTAGATCGCAATCCTGAGCTTGGCCATGTGCTCA 754
Query 794 ATGACCCAAGCATCCTTCGTCAAACTCTAGAAGCGGCAAGAAACCCAGAGCTTATGCGTG 853
||||||||||||||||||| |||||| |||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 755 ATGACCCAAGCATCCTTCGGCAAACTTTAGAGGCAGCGAGAAACCCAGAGCTTATGCGTG 814
Query 854 AAATGATGCGGAATACTGATAGGGCTATGAGTAATATTGAGTCTATGCCTGAGGGATTTA 913
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 815 AAATGATGCGGAATACCGATAGGGCTATGAGTAATATTGAGTCTATGCCTGAGGGATTTA 874
Query 914 ACATGCTTAGGCGTATGTATGAAAATGTCCAGGAACCGTTAATGAATGCTACCACTATGT 973
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||
Sbjct 875 ACATGCTTAGGCGTATGTATGAAAATGTCCAGGAACCTTTCTTGAATGCTACTACTATGT 934
Query 974 CCGGGAATGCTGGAAACAATACAG-GCTCCAATCCATTTGCTGCTCTGTTGGGAAACCAG 1032
| |||||||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 935 CAGGGAATGCTGGAAACAATAC-GAGCTCCAATCCGTTTGCTGCTCTCCTGGGAAACCAG 993
Query 1033 GGGGTCACTACGCAAGGAAGTGATGCTTCTAATAATTCTTCGACACCAAATGCTGGAACG 1092
||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||| ||| ||||| ||||||||
Sbjct 994 GGGGTTACTACTCAAGGAAGTGTTGCTTCTAATAACTCTTCCACAACAAATACTGGAACG 1053
Query 1093 GGGACTATTCCGAATGCAAATCCACTTCCTAATCCTTGGGGTGCTACAGGTGGTCAGACA 1152
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1054 GGGACTATTCCGAATGCAAATCCACTTCCTAATCCTTGGGGTGCTACGGGTGGCCAGACA 1113
Query 1153 ACTGCCCCTGGAAGGACAAATGTTGGTGGGGATGCGAGGAGCCCTGGACTTGGTGGCCTT 1212
|||| |||||||||||| ||| || |||||||||||| |||||||| ||||| |||| |
Sbjct 1114 ACTGTCCCTGGAAGGACCGATGCTGCTGGGGATGCGAGAAGCCCTGGCCTTGGCGGCC-T 1172
Query 1213 GGTGGTCTTGGAAGCCTTGGAGGCCTTGGTGGACTCGGTATGCTTGGAGCGGATTCACCT 1272
||| || | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1173 --TGG----GG--GTCTTGGAGGCCTCGGTGGACTTGGTATGCTTGGAGCGGATTCACCT 1224
Query 1273 CTTGGTGCGACTCCAGATGCTTCTCAATTGAGCCAGTTATTGCAAAACCCAGCCATATCG 1332
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1225 CTTGGTGCCACTCCAGATGCTTCTCAATTGAGCCAGTTATTGCAAAACCCAGCCATGTCG 1284
Query 1333 CAGATGATGCAAAGCGTATTTTCCAATCCACAATACATGAATCAGCTTATGAGTCTTAAC 1392
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1285 CAGATGATGCAAAGCGTATTTTCCAATCCACAATACATGAATCAGCTTATGAATCTTAAC 1344
Query 1393 CCACAACTCCGAAGCATGCTAGATTCGAATCCTCAGTTGAGGGAAATGATGCAGAACCCA 1452
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1345 CCACAACTCCGAAGTATGCTAGATTCGAATCCTCAGTTGAGGGAAATGATGCAGAATCCA 1404
Query 1453 GATTTCCTTCGTCAGTTTAGTTCTCCGGAGATGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGCAA 1512
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GATTTCCTTCGTCAGTTTAGTTCTCCGGAGATGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGCAA 1464
Query 1513 TCACT---ATCTCAGAATAGAAATACAGCCAGCCAGGATGCGGGGCAAACTGGTGCTGCC 1569
||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 TCACTTTTATCTCAGAATAGAAACGCAGCCAGCCAGGATGCGGGGCAAACTGGTGCTGCC 1524
Query 1570 ACAGG-A--AA---TAACGGGGGGCTGGATTTATTGATGAATATGTTTGGCAGTCTTGGT 1623
||||| | || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1525 ACAGGGACGAACAATAACGGGGGGCTGGATTTATTAATGAATATGTTTGGCAGTCTTGGT 1584
Query 1624 GCTGGCGGCCTGAGTGGCACGAACCAATCCAATGTTCCTCCTGAAGAGCGGTACGCTACT 1683
|||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| || ||||| || ||||||
Sbjct 1585 GCTGGCGGCCTGAGTGGCACAAACCAACCCAATGTTCCTCCCGAGGAGCGCTATGCTACT 1644
Query 1684 CAATTGCAACAGTTGCAGGAAATGGGATTCTATGACAGAGCAGAGAACATTAGGGCGTTG 1743
|| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||
Sbjct 1645 CAGTTGCAACAGTTACAGGAAATGGGATTCTACGACAGAGCAGAGAACATAAGAGCATTG 1704
Query 1744 CTTGCAACCAATGGTAACGTTAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATCGGACAG 1803
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1705 CTTGCAACCAATGGTAACGTTAATGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATCGGACAG 1764
Query 1804 TAGCATACAGGTTCATGAACTGATGTCTCTCCATCTGGCTTCTCAGTTATAGAATAAACA 1863
||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 TAGCATACAGGTTGGTGAACTGAGGTTTCTCCATCTGGCTTCTCAGTTATAGAATAAACA 1824
Query 1864 GCTTGAATGTGTGTTTTTCAGTAATGA-TATATTCATCGAATTCATAAAAATTTA-TATA 1921
||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||| |||| ||||
Sbjct 1825 GCTTGAATGTGTGTTTT-CAGTAATGAATATATTCATGGAATTCTTAAAA-TTTAATATA 1882
Query 1922 TGATAGGATCGTGAACTTTGTTGATAGAAAAGCCGCATCAATACGGTATTTGTTATCAGT 1981
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1883 TGATAGGATCGTGAACTTTGTGGATAGAAAAGCCGCATCAATACGGTATTTGTTTTCAGT 1942
Query 1982 GGTCA 1986
|||||
Sbjct 1943 GGTCA 1947
> Ahg480601 jgi|Araly1|480601|fgenesh2_kg.3__3302__AT2G17190.1
Length=2156
Score = 1301 bits (704), Expect = 0.0
Identities = 1069/1236 (86%), Gaps = 61/1236 (5%)
Strand=Plus/Plus
Query 9 ATCCATTTCGTCAAGCAA--TCTACCGAACCGACTCAGAGCT--TTTGAGTCTTCT-AAA 63
|||| |||| ||| | || |||| ||||||||| |||||| || |||||| || |||
Sbjct 95 ATCCCTTTCCTCACGAAATCTCTAAAGAACCGACTTAGAGCTGGTTCGAGTCTCCTCAAA 154
Query 64 TC-TC-T-ATCGA--ATTTTTCTAGGGTTAGGGCTCCTGATCGAT-TTCG--CGAGCTCT 115
|| || | |||| ||||||||||||||| | | | | | | | || ||| ||
Sbjct 155 TCTTCTTCTTCGATTTTTTTTCTAGGGTTAGAGAT-TTTA-AG-TCTCCGATCGATTTC- 210
Query 116 GCGATTATTTTAAGTATTAGGATCCGAAATTAGAAATGGGTGGAGAGGGAGATTCAAGTC 175
|||||| | || | | ||||||| |||||||| ||||||||| || | |||||| ||||
Sbjct 211 GCGATT-TGTT--GAACTAGGATCTGAAATTAG-AATGGGTGGTGAAGCAGATTCGAGTC 266
Query 176 AGCCGCAGAGTGGTGAAGGAGAAGCTGTGGCTGTGAACATCAGGTGCTCTAATGGCACGA 235
|||||| || || ||||||||||||||| || |||||| || |||| || |||||| |||
Sbjct 267 AGCCGCTGACTGCTGAAGGAGAAGCTGTTGCCGTGAACGTCCGGTGTTCCAATGGCTCGA 326
Query 236 AATTTAGTGTGAAGACGAGTCTCGATTCAACGGTGGAGTCTTTCAAAGAGTTGGTGGCTC 295
|||||||||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| | || |
Sbjct 327 AATTTAGTGTGACGACGAGTCTCGATTCGACGGTCGAGTCTTTCAAAGAGTTGATTGCGC 386
Query 296 AGAGCAGCGATGTTCCAGCTAATCAGCAGCGCTTGATTTACAAGGGTCGTATCCTCAAGG 355
||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 387 AGAACAGCGATGTGCCAGCTAATCAGCAGCGTTTGATTTACAAGGGACGTATCCTCAAGG 446
Query 356 ACGATCAAACTCTCCTCAGCTATGGTTTGCAGGCTGATCACACCATTCATATGGTTAGAG 415
||||||| || || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 447 ACGATCAGACGCTTCTCAGCTATGGTTTGCAGGCTGATCACACCGTTCATATGGTTCGAG 506
Query 416 GCTCTGCACCTTCTTCAGCACCACCTCCTGCTCCGGCCGC-AA-GC--CAAACCACTGCA 471
| | || ||||||| | ||| ||||||| || || || || |||||| |
Sbjct 507 GTTTTGTGCCTTCTT------CTCCTTCTGCTCCCGCTGCAAATGCTGGAAACCA---AA 557
Query 472 CCTAGTGTTACTCGAGGGGTTGGTTCAGATAATAGCTCGAATCTAGGAGGAGCGAGTCCT 531
|| | || | | | || |||| ||||| || ||| ||| || || |||| ||
Sbjct 558 CC-ACTGCTCCGCAAGCGGTTAGTTCAAATGATACCTCAAACCT---CGGAG-GA----- 607
Query 532 GGGGAATCTTTGTTCCCTGGGCTTGGATTTAATCCTCTGGGTGGTGGAAATGCTATGTCT 591
||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 608 GGGGAGTCTTTGTTCCCTGGGCTTGGATTTAATCCTTTGGGTGGTGGAAATGCTATGGCT 667
Query 592 GGGTTATTTGGAGCTGGTCTTCCGGATCTTGTGCAGACACAGCAACAACTAGCTCAAAAC 651
|||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 668 GGGTTATTTGGATCTGGTCTTCCTGATCTTGAGCAGGCACAGCAACAACTAGCTCAAAAC 727
Query 652 CCTAACATGATTAGAGATATGATGAATACTCCAGCCATCCAGAACCTTATGAACAACCCA 711
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 728 CCTAACATGATTAGAGATATGATGAATACTCCAGCCATCCAGAATCTTATGAACAACCCA 787
Query 712 GAGTTTATGAGGAGTATGATTATGAATAACCCTCAAATGCGTGAGCTTGTAGATCGCAAT 771
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 788 GAATTTATGAGGAGTATGATTATGAATAACCCTCAAATGCGTGAGCTTGTGGATCGCAAT 847
Query 772 CCTGAGCTTGGTCATGTGCTCAATGACCCAAGCATCCTTCGTCAAACTCTAGAAGCGGCA 831
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 848 CCTGAGCTTGGTCATGTGCTCAATGACCCAAGCATCCTTCGTCAAACTCTAGAAGCGGCA 907
Query 832 AGAAACCCAGAGCTTATGCGTGAAATGATGCGGAATACTGATAGGGCTATGAGTAATATT 891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 908 AGAAACCCAGAGCTTATGCGTGAAATGATGCGGAATACCGATAGGGCTATGAGTAATATT 967
Query 892 GAGTCTATGCCTGAGGGATTTAACATGCTTAGGCGTATGTATGAAAATGTCCAGGAACCG 951
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 968 GAGTCTATGCCTGAGGGATTTAACATGCTTAGGCGTATGTATGAAAATGTTCAAGAACCG 1027
Query 952 TTAATGAATGCTACCACTATGTCCGGGAATGCTGGAAACAATACAGGCTCCAATCCATTT 1011
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
Sbjct 1028 TTAATGAATGCTACCACTATGTCCGGGAATGCTGGAAGCAATACAGGCTCTAATCCATTT 1087
Query 1012 GCTGCTCTGT-TGGGAAACCAGGGGGTCACTACGCAAGGAAGTGATG-CTTCTAATAATT 1069
|||||||| | |||||||||||||||||||||| |||||||| || | || ||||||||
Sbjct 1088 GCTGCTCT-TCTGGGAAACCAGGGGGTCACTACACAAGGAAGCGACGTCT-CTAATAATA 1145
Query 1070 CTTCGACACCAAATGCTGGAACGGGGACTATTCCGAATGCAAATCCACTTCCTAATCCTT 1129
|||||||||| ||||||| |||||| || | || ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1146 CTTCGACACCGAATGCTGAAACGGGTAC-A--CCTAATGCAAATCCACTTCCTAATCCAT 1202
Query 1130 GGGGTGCTACAGG-TGGTCAGACAACTGCCCCTGGAAGGACAAATGTTGGTGG-GGATGC 1187
|||||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |
Sbjct 1203 GGGGTGCTAC-GGCTGGCCAAACAACTGCCCCTGGAAGGACAAATGCTGGTGGTGGA--C 1259
Query 1188 GAGGAGCCCTGGACTTGGTGGCCTTGGTGGTCTTGG 1223
|| ||| ||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1260 TTGG-----TGGTCTTGGTGGCCTTGCTGGTCTTGG 1290
Score = 752 bits (407), Expect = 0.0
Identities = 553/623 (89%), Gaps = 11/623 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1212 TGGTGGTCTTGGAAGCCTTGGAGGCCTTGGTGGACTCGGTATGCTTGGAGCGGATTCACC 1271
|||||| ||||| | ||||| ||||||| ||| || |||||||| ||||| || |||||
Sbjct 1252 TGGTGGACTTGGTGGTCTTGGTGGCCTTGCTGGTCTTGGTATGCTGGGAGCAGACTCACC 1311
Query 1272 TCTTGGTGCGACTCCAGATGCTTCTCAATTGAGCCAGTTATTGCAAAACCCAGCCATATC 1331
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||| || ||
Sbjct 1312 TCTTGGTGCGACTCCAGATGCTTCTCAGTTGAGCCAAATACTGCAAAACCCAGCTATGTC 1371
Query 1332 GCAGATGATGCAAAGCGTATTTTCCAATCCACAATACATGAATCAGCTTATGAGTCTTAA 1391
||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1372 GCAGATGATGCAAAGTGTACTTTCCAATCCACAATACATGAATCAGCTTATGAGTCTCAA 1431
Query 1392 CCCACAACTCCGAAGCATGCTAGAT-TCGAATCCTCAGTTGAGGGAAATGATGCAGAACC 1450
||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 CCCGCAACTCCGAAGCATGCTAGATAT-GAATCCTCAGTTGAGGGAAATGATGCAGAACC 1490
Query 1451 CAGATTTCCTTCGTCAGTTTAGTTCTCCGGAGATGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGC 1510
| || |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 1491 CTGAATTCCTTCGCCAGTTTAGCTCTCCAGAGATGATGCAGCAAATGATGTCTCTACAAC 1550
Query 1511 AATCAC---TATCTCAGAATAGAAATACAGCCAGCCAGGATGCGGGGCAAACTGGTGCTG 1567
|||||| | ||||||||||| || || | |||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1551 AATCACTTTTCTCTCAGAATAGGAACACGGTTGGCCAGGATCCAACGCAAACTGGTGCTG 1610
Query 1568 CCACA-GG--A---AATAACGGGGGGCTGGATTTATTGATGAATATGTTTGGCAGTCTTG 1621
| ||| || | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1611 CGACAGGGACAGCCAATAACGGAGGGCTGGATTTATTGATGAATATGTTTGGCAGTCTTG 1670
Query 1622 GTGCTGGCGGCCTGAGTGGCACGAACCAATCCAATGTTCCTCCTGAAGAGCGGTACGCTA 1681
|||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| || || |
Sbjct 1671 GTGCTGGCGGCCTGAGTGGCACAAACCAACCCAATGTTCCTCCTGAAGAGCGATATGCGA 1730
Query 1682 CTCAATTGCAACAGTTGCAGGAAATGGGATTCTATGACAGAGCAGAGAACATTAGGGCGT 1741
|||| ||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 1731 CTCAGTTGCAGCAGTTGCAAGAAATGGGATTCTACGACAGAGCAGAGAACATAAGAGCGT 1790
Query 1742 TGCTTGCAACCAATGGTAACGTTAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATCGGAC 1801
|||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
Sbjct 1791 TGCTTGCAACTAATGGCAATGTTAACGCTGCTGTAGAACGACTCTTGGGGAGTATTGGCC 1850
Query 1802 AGTAGCATACAGGTTCATGAACT 1824
||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1851 AGTAGCATACAGGATCGTGAACT 1873
> Ahg942149 jgi|Araly1|942149|scaffold_602693.1
Length=1570
Score = 233 bits (126), Expect = 3e-60
Identities = 144/152 (95%), Gaps = 3/152 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1396 CAACTCCGAAGCATGCTAGATTCGAATCCTCAGTTGAGGGAAATGATGCAGAACCCAGAT 1455
||| |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 75 CAATTCCGAAGCATGCTAGATTTGAATCCTCAGTTAAGGGAAATGATGCAGAATCCAGAT 134
Query 1456 TTCCTTCGTCAGTTTAGTTCTCCGGAGATGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGCAATCA 1515
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 135 TTCCTTCGTCAGTTTAGTTCTCCGGAGATGATGCAGCAAATGATGACTCTACAGCAATCA 194
Query 1516 CT---ATCTCAGAATAGAAATACAGCCAGCCA 1544
|| ||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 195 CTTTTATCTCAGAATAGAAACACAGCCAGCCA 226
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77399377840
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5