BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G17510.2
Length=3196
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480636 jgi|Araly1|480636|fgenesh2_kg.3__3337__AT2G17510.1 2158 0.0
> Ahg480636 jgi|Araly1|480636|fgenesh2_kg.3__3337__AT2G17510.1
Length=3024
Score = 2158 bits (1168), Expect = 0.0
Identities = 1300/1364 (95%), Gaps = 7/1364 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 170 TCCGTTCTGACGACTGAAATCTTCTTCACCGGCGAAATCGAAAAGTTTTCCAGCAAGAAA 229
||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||||||||||
Sbjct 2 TCCGTTCTGACGACTGAAAACTTCTTCACCGGCGAACTCG-AAATTTTTCCAGCAAGAAA 60
Query 230 TTGAAGATGTTGCAGAGCAAAGTTTTCAATAAGAAAACCAGAGGAGGAAGAATCCAAAAG 289
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTGAAGATGTTGCAGAGCAAAGTTTTCAATAAGAAAACCAGAGGAGGAAGAATCCAAAAG 120
Query 290 CAAGTAAGAGAGGTTTATCTACGAGATGACATATACTGTGGAGCTTTCTCTTGCAAGTCT 349
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CAAGTAAGAGAGGTTTATCTAAGAGATGACATATACTGTGGAGCTTTTTCTTGCAAGTCT 180
Query 350 TGTGATTCTTCAGCTGCTCGTTTGTCTTCCTCTAAGATAATCGTTGTTGATACCAACGTC 409
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| || |||||||||
Sbjct 181 TGTGATTCTTCAGCTGCTCGTTTGTCTTCCCCTAAGATTCTTGTTGTAGACACCAACGTC 240
Query 410 GTTCTTCACCAAATTGATTTGTTGGAAAAT-AAGGCTATAGACACTGTTGTTGTTCTGTC 468
|||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 241 GTTCTTCACCAAATTGATTTGTTGGAAAATCAAG-CTATAGACAGTGTTGTTGTTCTGTC 299
Query 469 TGTGGTGTTGGACGAAGTTAAGAACAGGAATAGATCGGTTTACAATAGAATCAGA-CTTC 527
||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||| || |
Sbjct 300 TGTGGTGCTGGACGAGGTTAAGAACAGGAATAGATCTGTTTACAACAGAATTAGAGCT-C 358
Query 528 TCTGCAGCAATCCAGCGAGACAATTCTATGTTTTCTCCAATCATGTCCACAAGGATACTT 587
|||||||||||||| | ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 TCTGCAGCAATCCAACCAGACAGTTCTATGTTTTTTCCAATCATGTCCACAAGGATACTT 418
Query 588 ATGTGCAAGCCATGGAGAAAGAGAGTGCAAATGACCACAACGATAGAGCTATTCGCGTCG 647
||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ATGTGCAGGCCATGGAGAAAGAGAGTGCCAATGACCACAACGATAGAGCTATTCGCGTCG 478
Query 648 CTACTCTATGGTACCAGAAGCATCTAGGGGATACATCTCAGGTGTTGCTTGTAACTAATG 707
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTACGCTATGGTACCAGAAGCATCTAGGGGATACATCTCAGGTGTTGCTTGTAACTAATG 538
Query 708 ATAGGGAAAATAAACGGAAGGCCACTGAAGAGGGAATATCTGCGGAGACAATTGAGGCTT 767
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 539 ATAGGGAAAATAAAAGGAAGGCCACTGAAGAGGGAATATCTGCAGAGACAATTGAGGCTT 598
Query 768 ATGTTAAATCACTTGGACAACCTGAATTGCTGGATCTGCTTGCCCAACCAACCAATGAAG 827
| ||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 599 ACGTTAAATCAATTGGACAACCTGAATTATTGGATCTGCTTGCCCAACCAACCAATGAAG 658
Query 828 ACATAACTATGGAAGATGCAGATGATTCTAGACCTTCGAAGAGGAAACTTATATACCAAG 887
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 ACGTAACTATGGAAGATGCAGATGATTCTAGACCTTCGAAGAGGAAACTTATATACCAAG 718
Query 888 AGCATAAGCCCATGTCTGAGATTACTGCTGGCTTACACCGTGGAATATATCATCAAGGAA 947
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 AGCATAAGCCCATGTCTGAGATTACTGCTGGCTTACACCGTGGAATATATCATCAAGGAA 778
Query 948 AACTCCGGGTCAATCGTTTCAATCCTTACGAAGCTTATGTTGGAAGCGAGAGCATTGGTG 1007
||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 779 AACTCCGTGTCAATCGTTTCAATCCTTTCGAAGCGTATGTTGGAAGTGAGAGCATTGGCG 838
Query 1008 AAGAGATAATTATCTATGGGCGCAGCAACATGAACAGGGCTTTTGATGGTGATATTGTTG 1067
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 839 AAGAAATAATTATCTATGGGCGCAGCAACATGAACAGGGCTTTCGATGGTGATATTGTTG 898
Query 1068 CAGTCGAACTCTTGCCTCGGGATCAATGGCAAGATGAGAAGGCATTATCTATAGCTGAAG 1127
| ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 899 CGGTCGAACTCTTGCCTCGCGATCAATGGCAAGAGGAAAAGGCATTATCTATAGCTGAAG 958
Query 1128 AAGATGATGAAGAGGATGATACTGTTCATTTGGCTCCCGACAATGTTGATGATGCTCCTA 1187
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||
Sbjct 959 AAGATGATGAAGAGGACGATACTGTTCATTTGGCTCCCAACAGTGCTGATGATGCTCCTA 1018
Query 1188 GAACCTCAAATTTATCCCATGAAACTTCTGGGGATAAAAATGC-AGCCCCTGTTCGTCCA 1246
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||
Sbjct 1019 GAACCTCAAATTTATCCCAGGAAACTTCTGGGGATAAAAATGCTA-CCCCTGCTCGTCCA 1077
Query 1247 TCAGGCCGTGTAGTCGGTGTTATCCGTAGAAATTGGCACTCCTATTGTGGATCTCTTGAA 1306
|| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 TCGGGTCGTGTAGTCGGTGTTATCCGTAGAAATTGGCACTCCTATTGTGGATCTCTTGAA 1137
Query 1307 CCGATGTCACTACCTGCTGGTAGTGGTGGAACGGCACATGCTTTATTTGTCTCTAAAGAT 1366
|| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 CCAATGTCACTACCGGCTGGTAGTGGTGGAACGGCGCATGCTTTATTTGTCTCTAAAGAT 1197
Query 1367 CGCAGAATTCCCAAGATCCGCATTAATACTCGACAGCTGCAGAACCTTTTGGATATGAGG 1426
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1198 CGCAGAATTCCCAAGATTCGCATTAATACTCGACAGCTGCAGAACCTTTTGGATATGAGG 1257
Query 1427 ATAGTAGTGGCAGTTGATTCCTGGGACCGTCAATCTCGATATCCTTCTGGTCATTACGTA 1486
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1258 ATAGTAGTGGCAGTTGATTCTTGGGACCGTCAATCTCGATATCCTTCTGGTCATTATGTA 1317
Query 1487 CGACCAATCGGCAAAATAGGTGACAAGGAAACTGAAACAGAGGT 1530
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CGACCAATCGGCAAAATAGGTGACAGGGAAACTGAAACAGAGGT 1361
Score = 2087 bits (1130), Expect = 0.0
Identities = 1261/1324 (95%), Gaps = 10/1324 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1857 ACATTGCTGATGTAACGAATTTTGTTCACCCTGGTACTCCTTTGGATGATGAGGCATCAA 1916
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 ACATTGCTGATGTAACAAATTTTGTTCACCCTGGTACTCCTTTGGATGATGAGGCATCAA 1645
Query 1917 AAAGAGGCACATCTGTCTACCTTGTTGAGCGCCGTATTGACATGCTTCCCAAACCTTTAA 1976
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1646 AAAGAGGCACATCTGTCTACCTTGTTGAGCGTCGTATTGACATGCTTCCCAAGCCTTTAA 1705
Query 1977 CTGAAGATATTTGCTCTCTTAGAGCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCGGTTATTTGGG 2036
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1706 CTGAAGATATTTGCTCGCTTAGAGCTGATGTGGAAAGGCTTGCATTCTCGGTTATTTGGG 1765
Query 2037 AAATGAGCCCTGACGCTGAGATTATCTCAACGAGATTCACAAAGAGTATTATCAAGTCTT 2096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1766 AAATGAGCCCTGACGCTGAGATTATCTCAACGAGATTCACAAAGAGTATAATCAAGTCTT 1825
Query 2097 CTGCAGCATTGTCCTATATTGAAGCTCAGGCTCGGATGGATGACAGCCGATTGACAGACT 2156
||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1826 CTGCAGCATTGTCTTATGTTGAAGCTCAGGCTCGGATGGATGACAGCCGATTGACAGACT 1885
Query 2157 CCCTGACTACAGATCTGAGGAATATGAATACCTTGGCAAAGATAATGAGGCAAAGGCGTA 2216
|||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1886 CCCTGACTACAGATCTGAGGAACATGAATACTTTGGCAAAGATAATGAGGCAAAGGCGTA 1945
Query 2217 TCGATAGGGGAGCCTTAACTCTTGCTTCTGCGGAAGTCAAATTTGATATTGAT-CCGGAG 2275
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||| ||| ||
Sbjct 1946 TCGATAGGGGAGCCTTAACTCTTGCTTCTGCTGAAGTCAAATTTCAGATTGATACCG-AG 2004
Query 2276 AATCATGATCCTCTTAACATTGGTATGTATCAGATTC-TCGAAGCAAACCAAATGGTTGA 2334
| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||
Sbjct 2005 ACTCATGATCCTCTCGACATTGGCATGTATCAGATTCGT-GAAGCAAATCAAATGGTTGA 2063
Query 2335 GGAATTCATGCTTGCTGCAAATGTTTCCGTCGCTGGACAGATCCTGAAACTATTCCCTTC 2394
||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 2064 GGAATTCATGCTTGCTGCAAATGTTTCAGTGGCTGGACAAATCCTTAAACTATTCCCTTC 2123
Query 2395 TTGTTCACTATTAAGGCGTCATCCTACTCCAACAAGAGAAATGCTTGAACCACTACTGCG 2454
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2124 TTGTTCACTATTAAGGCGTCATCCTACTCCAACAAGAGAAATGCTTGAACCACTGCTGCG 2183
Query 2455 TACTGCTGCAGCTATTGGGCTT-ACCTTAGATGTCTCTTCATCTAAAGCTTTGGCTGATT 2513
|||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2184 TACTGCTGCAGCTATTGGA-TTGACCTTAGATGTCTCTTCATCTAAAGCTTTGGCTGATT 2242
Query 2514 CACTGGACCGAGCTGTGGGTGAGGATCCATATTTCAACAAGTTGATCAGGATATTGGCAA 2573
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2243 CACTGGACCGAGCTGTGGGTGAGGATCCATATTTCAACAAGCTGATCAGGATATTGGCAA 2302
Query 2574 CTAGGTGCATGACGCAGGCTGTGTACTTCTGTAGTGGGGATCTCAGTCCTCCCGAATATC 2633
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 2303 CTAGGTGCATGACACAGGCTGTGTACTTCTGTAGTGGGGATCTCACTCCTCCAGAATATC 2362
Query 2634 ATCATTATGGGCTTGCAGCACCCCTGTATACTCATTTTACATCCCCTATCCGTAGATATG 2693
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 2363 ATCATTATGGACTTGCAGCACCCCTGTATACTCATTTTACATCCCCGATCCGGAGATATG 2422
Query 2694 CCGATGTCTTTGTGCACAGGTTACTTGCTGCGTCA-TTAGGAATATACAAGCTTCCAACG 2752
|||||||||||||||||||| ||||||| || ||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 CCGATGTCTTTGTGCACAGGCTACTTGCCGCTTCACTT-GGAATATACAAGCTTCCAACA 2481
Query 2753 GTGTTCCAAGACAGACCTCAACTTACTAGTGTTGCTGATAATTTGAACTATCGACATAGG 2812
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2482 GTGTTCCAAGATAGACCTCAACTTACTAGTGTTGCTGATAATTTGAACTATCGGCATAGG 2541
Query 2813 AATGCCCAGATGGCAGGTCGAGCTTCAGTAGAGCTGT-ACGTTCTCATTTACTTCAGAAC 2871
||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | || |||||| ||||||||||
Sbjct 2542 AATGCCCAGATGGCAAGTCGAGCTTCAGTAGAGCT-TCACACTCTCATCTACTTCAGAAA 2600
Query 2872 CCGACCCACAGATGAAGAGGCGAGAGTTGTGAAGATAAGATCCAATGGTTTTATAGTATT 2931
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2601 CCGACCCACAGATGCAGAGGCGAGAGTTGTGAAGATAAGATCCAATGGTTTTATAGTATT 2660
Query 2932 TGTCCCCAAGTATGGAATCGAAGGCCCTGTTTATTTAACAGGAAAGGGAGAGAAAGGAGC 2991
||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2661 CGTCCCGAAGTATGGAATCGAAGGCCCTGTTTACTTAACTGGAAAGGGAGAGAAAGGAGC 2720
Query 2992 TGGTGATTGGTATGTTGATGAGGAGAAGCAAAAGATTGTTAAGATGGATGGAAGTTTATC 3051
|||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2721 TGGTGAATGGTATGTAGATGAGGAGAAGCAGAAGATTGTTAAGATGGATGGAAGTTTATC 2780
Query 3052 TTACAGTGTCTTGCAAACAGTGAAGATCCACATGGAGGTAGTAGAGCCTCAGCCTAACCG 3111
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2781 TTACAGTGTCTTGCAAACAGTGAAGATTCACATGGAGGTAGTAGAGCCTCAGCCCAACCG 2840
Query 3112 ACCGAAACTCCAACTCACTCTCTTGTAAAACTCTTAAACCTTGTAGTTTCACTTTCCCTT 3171
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2841 ACCGAAACTCCAACTCACTCTCTTGTAAAACTCTTCAACCTTGTAGTTTCACTTTCACTT 2900
Query 3172 GTGT 3175
||||
Sbjct 2901 GTGT 2904
Score = 368 bits (199), Expect = 1e-100
Identities = 218/227 (96%), Gaps = 2/227 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1595 GTTGTGTTGATAGAGAATGATGTTGACTACTCGCCGTTCTCTTCTCAAGTTCTGGCATGC 1654
||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1360 GTTGTATTGATAGAGAATGATGTTGACTACTCGCCATTCTCTTCTCAAGTTCTGGCATGC 1419
Query 1655 TTGCCACCCTTACCTTGGTCTGTATCCT-CTGAAGACGTATCCAATCCTGTTAGGCAAGA 1713
|||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1420 TTGCCACCCTTACCCTGGTCTGTAT-CTCCTGAAGACGTATCCAATCCTATCAGGCAAGA 1478
Query 1714 CTTACGACATTTGCTTGTCTTTAGTGTGGACCCTCCGGGTTGCAAGGATATTGATGATGC 1773
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1479 CTTACGACATTTGCTTGTCTTTAGTGTGGACCCTCCGGGTTGCAAGGATATTGATGATGC 1538
Query 1774 ATTGCACTGTACATCGCTTCCAAACGGGAACTTTGAACTTGGAGTCC 1820
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1539 ACTACACTGTACATCGCTTCCAAACGGGAACTTTGAACTTGGAGTCC 1585
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120746076650
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5