BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G17790.1
Length=2743
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480677 jgi|Araly1|480677|fgenesh2_kg.3__3378__AT2G17790.1 4224 0.0
> Ahg480677 jgi|Araly1|480677|fgenesh2_kg.3__3378__AT2G17790.1
Length=2622
Score = 4224 bits (2287), Expect = 0.0
Identities = 2543/2660 (96%), Gaps = 43/2660 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGAAACCcagagatcgagattgagatttagagaagacgaagatcagaagatgatcgcag 60
||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GAGAAACCCAGAGATCGAGATTGAGATTT-----AGA-GAAGA--AGAAGATGATCGCAG 52
Query 61 acggatcagaagatgaagagaaATGGCTCGCCGCCGGTGCTGCTGCTTTCAAGCAAAACG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 53 ACGGATCAGAAGATGAAGAGAAATGGCTCGCCGCCGGTGCTGCTGCGTTCAAGCAAAACG 112
Query 121 CATTTTACATGCAACGCGCTATTGACTCGAATAATCTGAAAGATGCTCTCAAGTATTCGG 180
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 113 CATTCTACATGCAACGCGCTATTGACTCGAATAATCTGAAAGACGCTCTCAAGTATTCGG 172
Query 181 CTCAGATGCTAAGCGAGTTACGGACTTCGAAGCTATCACCTCACAAGTACTATGATCTAT 240
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 173 CTCAGATGCTTAGCGAGTTACGGACTTCGAAGCTATCACCTCACAAGTACTATGATCTCT 232
Query 241 ATATGAGAGCTTTTGATGAATTGAGGAAACTTGAGATTTTCTTTATGGAAGAAACTCGTC 300
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 233 ATATGCGAGCTTTTGATGAATTGAGGAAACTTGAGATTTTCTTTATGGAAGAAACTCGGC 292
Query 301 GTGGCTGCTCAGTCATTGAACTCTATGAGCTGGTTCAGCATGCTGGTAACATATTACCGC 360
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 293 GTGGCTGCTCGGTCATTGAACTCTATGAGCTGGTTCAGCATGCTGGTAACATATTACCAC 352
Query 361 GTTTGTATCTCCTATGTACAGCAGGATCCGTGTATATCAAAACCAAGGAAGCTCCTGCCA 420
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 353 GTTTGTATCTCCTATGTACAGCAGGATCCGTTTATATCAAAACCAAGGAAGCTCCTGCCA 412
Query 421 AGGAAATTCTTAAAGATCTTGTTGAGATGTGCCGTGGGATTCAGCATCCTCTACGTGGTC 480
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 413 AGGAAATTCTTAAAGATCTTGTTGAGATGTGTCGTGGGATTCAGCATCCTCTACGTGGTC 472
Query 481 TCTTCTTAAGAAGTTACCTTGCGCAGATTAGTCGAGATAAATTACCTGACATTGGTTCTG 540
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 473 TCTTCTTGAGAAGTTACCTTGCGCAGATTAGTCGAGATAAATTACCTGACATTGGTTCTG 532
Query 541 AGTATGAAGGAGATGCTGATACAGTCATAGATGCTGTGGAGTTTGTACTACTGAACTTTA 600
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 533 AGTATGAAGGAGATGCTGATACAGTCACAGATGCTGTGGAGTTTGTTCTACTGAACTTTA 592
Query 601 CTGAGATGAATAAACTCTGGGTCAGAATGCAACATCAGGGACCTGCTCGAGAAAAGGAGA 660
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 593 CTGAGATGAATAAACTCTGGGTCAGAATGCAACATCAGGGACCTGCTCGAGAAAAGGAGA 652
Query 661 GACGGGAGAAAGAGAGGGGCGAGCTTCGTGACCTTGTTGGAAAGAACCTTCACGTGCTGA 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 653 GACGGGAGAAAGAGAGGGGCGAGCTTCGTGACCTTGTTGGAAAGAACCTTCACGTGCTGA 712
Query 721 GTCAGTTAGAAGGTGTGGACCTTGATATGTACAGAGATACAGTTCTTCCTAGAGTCTTAG 780
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 713 GTCAGTTAGAAGGTGTGGACCTTGATATGTACAGAGATACAGTTCTTCCTAGAGTCTTAG 772
Query 781 AGCAGATTGTGAACTGCAGAGATGAGATTGCCCAATATTACCTAATAGACTGTATAATTC 840
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 773 AGCAGATAGTGAACTGCAGAGATGAGATTGCCCAATATTACCTAATAGACTGTATCATTC 832
Query 841 AAGTTTTTCCTGACGAGTATCACTTGCAGACTCTAGATGTACTTCTTGGGGCGTGTCCTC 900
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 833 AAGTTTTTCCTGACGAGTATCACTTGCAGACTCTAGATGTACTTCTTGGGGCGTGTCCAC 892
Query 901 AACTTCAGGCATCAGTTGACATCATGACAGTGCTTTCCCGTTTAATGGAGAGGCTGTCAA 960
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 893 AACTTCAGCCATCAGTTGACATCATGACAGTGCTTTCCCGTTTAATGGAGAGGCTATCAA 952
Query 961 ATTATGCTGCCTTAAATGCGGAAGTATTACCTTATTTCCTGCAAGTGGAAGCTTTCTCAA 1020
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 953 ATTATGCTGCCTTAAATGCTGAAGTATTACCTTACTTCCTGCAAGTGGAAGCTTTCTCAA 1012
Query 1021 AGTTGAATAATGCAATTGGAAAGGTGATAGAAGCACAAGAAGACATGCCTATTCTGAGTG 1080
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1013 AGTTGAATAATGCAATTGGAAAGGTGATAGAAGCACAAGAAGACATGCCTATTCTGAGTG 1072
Query 1081 CAGTAACCCTATATTCCTCCCTTCTCAAGTTTACTCTTCACGTTCACCCTGATCGGCTTG 1140
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1073 CAGTAACCCTATATTCCTCCCTTCTCAAGTTTACTCTTCATGTTCACCCTGATCGGCTTG 1132
Query 1141 ATTATGCGGACCAAGTGTTGGGATCATGTGTTAAGCAACTGTCCGGAAAAGGAAAGATTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 ATTATGCGGACCAAGTGTTGGGATCATGTGTTAAGCAACTGTCCGGAAAAGGAAAGATTG 1192
Query 1201 ATGACACTCGTGCAACAAAGGAGCTTGTCTCGCTTTTAAGTGCTCCCTTAGAGAAGTATA 1260
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ATGACACTCGTGCAACAAAGGAGCTTGTCTCGCTTTTGAGTGCTCCCTTAGAGAAGTATA 1252
Query 1261 ATGATGTTGTCACCGCCCTTAAACTAACTAACTATCCCCTCGTGGTGGAGTACCTTGATA 1320
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||
Sbjct 1253 ATGATGTTGTCACCGCCCTTAAATTAACTAACTATCCCCTTGTAGTGGAGTACCTTGATA 1312
Query 1321 CCGAAACAAAGAGAATAATGGCTACTGTTATAGTTCGAAGCATTATGAAAAACAATACTC 1380
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 CCGAAACAAAGAGAATAATGGCTACTGTTATAATTCGAAGCATTATGAAAAACAATACTC 1372
Query 1381 TTATTACTACAGCGGAGAAGGTTGAAGCATTGTTTGAACTGATTAAAGGAATTATCAACG 1440
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1373 TTATTACTACAGCGGAGAAGGTTGAAGCATTGTTTGAACTGATTAAAGGACTTATCAACG 1432
Query 1441 ATTTGGATGAGCCGCAAGGTCTTGAGGTTGATGAAGATGATTTTCAGGAGGAGCAGAATT 1500
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1433 ATTTGGATGAGCCGCAAGGTCTTGAGGTTGATGAAGATGATTTTGAGGAGGAGCAGAATT 1492
Query 1501 CTGTTGCGCTTCTCATTCATATGTTATATAATGATGACCCAGAAGAGATGTTTAAGATAG 1560
||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1493 CTGTTGCGCGTCTCATTCACATGTTATATAATGATGACCCAGAAGAGATGTTTAAGATAG 1552
Query 1561 TCAATGTCCTGAAGAAGCATTTCCTGACAGGAGGGCCAAAGCGCTTAAAATTCACCATTC 1620
||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1553 TCAGTATCCTGAAGAAGCATTTCCTGACAGGAGGGCCAAAGCGCTTAAAGTTCACCATTC 1612
Query 1621 CTCCCCTTGTTGTTTCTACTCTAAAGCTAATCAGGCGATTGCCAGTGGAAGGAGACAATC 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1613 CTCCCCTTGTTGTTTCTACTCTAAAGCTAATCAGGCGATTGCCAGTGGAAGGAGACAATC 1672
Query 1681 CTTTTGGAAAAGAGGCTTCCGTTACTGCTACTAAAATATTCCAATTTCTAAATCAGATTA 1740
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 CTTTTGGAAAAGAGGCTTCCGTTACTGCTACTAAAATATTCCAATTTCTAAATCAGATTA 1732
Query 1741 TCGAAGCGCTACCTAATGTTCCATCACCTGACCTGGCATTCCGGTTGTACTTGCAATGTG 1800
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 TCGAAGCGCTACCTAATGTTCCATCACCTGACCTAGCATTCCGGTTGTACTTGCAATGTG 1792
Query 1801 CTGAGGCTGCGGATAAGTGTGATGAAGAACCAATTGCATACGAATTTTTCACCCAGGCAT 1860
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1793 CTGAGGCTGCGAATAAGTGTGATGAAGAACCAATTGCATACGAATTTTTCACCCAGGCAT 1852
Query 1861 ACATCTTATACGAAGAAGAAATTTCGGACTCAAAGGCCCAGGTGACTGCGTTACAACTTA 1920
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 1853 ACATCTTATACGAAGAAGAAATTTCGGACTCAAAGGCCCAAGTGACCGCGTTACAACTTA 1912
Query 1921 TAATTGGAACTCTGCAGAGGATGCAAGTATTTGGTGTTGAGAATAGAGATACATTAACGC 1980
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 TAATTGGAACTCTGCAAAGGATGCACGTATTTGGTGTTGAGAATAGAGATACATTAACGC 1972
Query 1981 ACAAGGCTACGGGGTATGCAGCGAAACTTCTAAAGAAACCTGATCAATGTCGAGCTGTTT 2040
|||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1973 ACAAGGCTACAGGGTATTCAGCGAAACTTCTAAAGAAACCTGATCAATGTCGAGCTGTCT 2032
Query 2041 ATGCCTGTTCTCATTTGTTCTGGCTGGAAGATCGTGAGACCATACAAGATGGAGAAAGGG 2100
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 ATGCCTGTTCACATTTGTTCTGGCTGGAAGATCGTGAGACCATACAAGATGGAGAAAGGG 2092
Query 2101 TTCTACTTTGTCTGAAACGAGCGCTTAAAATTGCAAATTCGGCTCAACAAGTGGCCAACA 2160
||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2093 TTCTACTATCTCTGAAACGAGCGCTTAAAATTGCAAATTCGGCTCAACAAATGGCCAACA 2152
Query 2161 CAGCTCGGGGTAGTACAGGGTCTGTTACCCTCTTCATCGAGATACTAAACAAGTACCTCT 2220
||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2153 AAGCACGGGGTAGTACAGGATCTGTTACCCTCTTCATCGAGATACTAAACAAGTACCTTT 2212
Query 2221 ATTTCTATGAGAAAGGGGTTCCACAGATAACAGTTGAATCAGTAGAAAGCCTGATAAAAC 2280
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 2213 ATTTCTATCAGAAAGGGGTTCCACAGATAACAGTTGAATCAGTGGGAAGCCTGATAAAAC 2272
Query 2281 TGATCAAGAACGAAGAATCGATGCCCTCTGATCCATCTGCTGAATCATTCTTTGCAACTA 2340
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||
Sbjct 2273 TAATCAAGAACGAAGAATCGATGCCATCTGATCCATCTGCTGAATCGTTCTTTGCAAGTA 2332
Query 2341 CGCTTGAGTTCATGGAGTTCCAAAAGCAGAAAGAGGGTGCCATTGGTGAGAGATACCAGG 2400
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2333 CGCTTCAGTTCATGGAGTTCGAAAAGCAGAAAGAGGGTGCCATTGGTGAAAGATACCAGG 2392
Query 2401 CGATCAAAGTATAGAATCTCATGTTGGTCAAAAGAAGTCGGTTTGTTTTTATTaaaaaaa 2460
|||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||
Sbjct 2393 AGATCAAAGTATAGAATCTCATGTTGGTCAAAA-AA--------------A--AAAAAAA 2435
Query 2461 aaaaaaGCTTTGCTTTGAGTC-GTTTGAGAATC-GGAAAGGGACTGATATTGTGTTGCTT 2518
| ||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||| | |||||| ||
Sbjct 2436 GA----GCTTTGCTTTGAGTCAGTTTGAGAATCAGGAA-GGGACT--T---GTGTTGATT 2485
Query 2519 GCTGCTCGAAATGTAAACCCGGGTTTAGGTCTAGTTTT-ATTCCTCGGATTTTCAAGGCG 2577
|||||| |||||||||||| || ||||||||| ||||| || |||||||| |||||||||
Sbjct 2486 GCTGCTGGAAATGTAAACCTGG-TTTAGGTCTGGTTTTTATACCTCGGATATTCAAGGCG 2544
Query 2578 GTTCATGGTCTGTAACTTGTGGAGTTTG--ATGTGTGTTTATACGAATCTTTAGTATTCT 2635
||||||||| |||| ||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||| | | ||
Sbjct 2545 GTTCATGGTTTGTATCTTGTGGAGTTTGCTATGTTTGTTTATATGAATCTTTA-T-TGCT 2602
Query 2636 GAGTTTAACATTGGATATTA 2655
||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 GAGTTTAACATTGGATATTA 2622
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103491195665
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5