BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18180.1
Length=1677
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg931702 jgi|Araly1|931702|scaffold_304159.1 2687 0.0
Ahg944233 jgi|Araly1|944233|scaffold_700462.1 1615 0.0
> Ahg931702 jgi|Araly1|931702|scaffold_304159.1
Length=1708
Score = 2687 bits (1455), Expect = 0.0
Identities = 1611/1683 (96%), Gaps = 23/1683 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCTCTCAACGTTGATCTTGACGTATGTGTTTTGGAGAGACCCAATGTGTGTTCTTTT 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 23 ATGTCTCTCAACGTTGATCTTGACGTATGTGTTTTGGAGAGACCCAATGTGTGTTCTTTT 82
Query 61 AAAAAGAGGAGTTGCTCCAAGTTGAGTTGTTCCTTGACGAAGAAGAGAAGAAGTAGCAAG 120
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 83 AAAAAGAGGAGTTGCTCCAAGTTGAGTTGTTCCTTGACGAAGAAGAGAAGAAGTAGCAAA 142
Query 121 GTGATGTCCGTGGAGATCTTCGAGGATGAGCATGACGCGGAGGAGTTAAAGGTGGTTGAT 180
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||
Sbjct 143 GTGATGTCCGTGGAGATCTTTGAGGATGAGCATGACGCGGAGGAGGTAAAGGCGGTTGAT 202
Query 181 GCATTCCGCCAAGTGCTTATTCTCGATGAACTACTTCCGGACAAACATGATGATTACCAT 240
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 203 GCATTCCGCCAAGCGCTTATTCTCGATGAACTACTCCCGGACAAACATGATGATTACCAT 262
Query 241 ATGATGCTTAGGTTTTTGAAGGCTAGAAAATTTGATCTTGAGAAAAC-AAATCAAATGTG 299
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||
Sbjct 263 ATGATGCTTAGGTTTTTGAAGGCTAGAAAATTTGATCTTGAGAAAACCAAA-CAAATGTG 321
Query 300 GTCTGACATGCTCCGATGGAGGAAGGAGTTTGGTGCTGACACAGTTATGGAGGATTTTGA 359
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 GTCTGACATGCTCCGATGGAGGAAGGAGTTTGGTGCTGACACAGTTATGGAGGATTTTGA 381
Query 360 ATTTAAGGAAATTGATGAAGTGTTGAAATACTACCCTCAAGGACACCATGGAGTCGACAA 419
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 382 ATTTAAGGAAATAGATGAAGTGTTGAAATACTACCCTCAAGGACACCATGGAGTCGACAA 441
Query 420 GGAAGGAAGACCGGTGTACATTGAGAGGCTAGGTCAAGTAGACTCTACCAAGTTGATGCA 479
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 442 GGAAGGAAGACCGGTGTACATCGAGAGGCTAGGTCAAGTAGACTCTACCAAGTTGATGCA 501
Query 480 AGTCACAACCATGGATAGATATGTGAACTACCATGTGATGGAGTTTGAGAGGACTTTCAA 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 502 AGTCACAACCATGGATAGATATGTGAACTACCATGTGATGGAGTTTGAGAGGACTTTCAA 561
Query 540 TGTTAAGTTCCCAGCATGCTCCATCGCGGCAAAGAAGCACATTGATCAAAGTACAACAAT 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 562 TGTTAAGTTCCCAGCATGCTCCATCGCGGCAAAGAAGCACATTGATCAAAGTACAACAAT 621
Query 600 TCTTGATGTCCAAGGAGTGGGGCTGAAAAACTTCAACAAGGCAGCAAGGGATTTGATTAC 659
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 622 TCTTGATGTCCAAGGAGTGGGGCTCAAAAACTTCAACAAGGCAGCAAGGGATTTGATTAC 681
Query 660 GCGTCTTCAAAAGGTCGATGGTGACAACTATCCAGAGACCTTGAACAGGATGTTTATCAT 719
||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 682 GCGCCTTCAAAAGGTCGATGGCGACAACTATCCAGAGACCTTGAACAGGATGTTTATCAT 741
Query 720 CAATGCTGGCTCAGGATTCAGGATGTTGTGGAACACGGTTAAGTCTTTCCTTGACCCAAA 779
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 742 CAATGCTGGCTCAGGATTCAGGATGTTGTGGAACACGGTTAAGTCTTTTCTTGACCCAAA 801
Query 780 GACTACAGCAAAGATCCATGTTCTTGGCAACAAGTACCAAAGCAAGTTGCTTGAAATAAT 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 802 GACTACAGCAAAGATCCATGTTCTTGGCAACAAGTACCAAAGCAAGTTGCTTGAAATAAT 861
Query 840 TGATGCTAGTGAGCTGCCTGAGTT-CTTGGGAGGTTCTTGTACTTGTGCTGACAATGGGG 898
|||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 862 TGATGCTAGTGAGCTGCCTGAGTTTCT-GGGAGGTTCTTGTACTTGTGCTGACAATGGAG 920
Query 899 GTTGCATGCGCTCGGACAAAGGACCATGGAACAATCCAGATATTATGAAGAGAGTTAATA 958
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 921 GCTGCATGCGCTCGGACAAAGGGCCATGGAACAATCTAGATATTATGAAGAGAGTTAATA 980
Query 959 ATGGTGACCACATATGCTCAAAGAGATCTCAAGCTGATAATGCTGGAGAGAATATTATC- 1017
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| || ||| |||| | |
Sbjct 981 ATGGTGACCACAAATGCTCAAAGAGATCTCAAGCTGAAAATGTTGCAGATAATACCA-CA 1039
Query 1018 TCTC-AGG--------GG-AATAACTCTGCAGTTGAGGAAGCTCCTGAAACTGACCAGTC 1067
|| | ||| || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1040 TC-CGAGGAAAACATTGGGAATGACTCTGCAGTTGAGGAAGCTCCTGAAACTGACCAGTC 1098
Query 1068 ACAGCCCTCTCCTTGTCAAAATGTCGTGGTTGCTCATCCAGCTTGGAACATACCAGAAGC 1127
| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1099 ATTGCTCTCTCCTTGTCAAAATGTCGTGGTTGCTCATCCAGCTTGGAACATACCAGAAGC 1158
Query 1128 TCACAAATTTTCCCTCTCAAAAAGGGATGTTTACGCCATTCAAGAAGCTTGCAAAGCTAC 1187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 TCACAAATTTTCCCTCTCAAAAAGGGATGTTTACGCTATTCAAGAAGCTTGCAAAGCTAC 1218
Query 1188 AAATGAAAGTGGAAGGTCTCCTATTTTCACTGGAGTCATGGCTTTTGTAATGGGTGTAGT 1247
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 AAATGAAAGTGGGAGGTCTCCTATTTTCACTGGAGTCATGGCTTTTGTAATGGGTGTAGT 1278
Query 1248 CACCATGATTAGAGTGACTAAAAACGTTCCAAGGAAGCTAACCGAGTCAACTATATACTC 1307
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
Sbjct 1279 CACCATGATTAGAGTGACTAAAAACGTTCCAAGGAAGCTCACCGAGTCAACCATATACTC 1338
Query 1308 TAGCCCGGTTTACTGCGACGAAAACTCGATGAACAAGAGCTCGATGCATG-GGAAGAAAA 1366
||| || |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | || |||||
Sbjct 1339 TAGTCCAGTTTACTGCGACGAAAACTCCATGAACAAAAGCTCGATGCAGGCGGG-GAAAA 1397
Query 1367 TGGCAACAACAACCATCTCAGGGGAAGATTTCATGGCGGTCATGAAACGAATGGCTGAGC 1426
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 TGGCAACAACAACCATCTCAGGGGATGATTTCATGGCGGTCATGAAACGAATGGCTGAGC 1457
Query 1427 TTGAGCAGAAAGTCACAAACTTGAGTGCACAGCCAGCAACTATGCCTCCTGAAAAGGAAG 1486
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1458 TTGAGCAGAAAGTCACAATCTTGAGTGCACAGCCAATAACTATGCCTCCTGAAAAGGAAG 1517
Query 1487 AGATGCTTAATGCTGCCATTAGCCGAGCCGATTTCTTGGAACAAGAACTTGCTGCAACCA 1546
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1518 AGATGCTTAATGATGCCATTAGCCGAGCCGATTTCTTGGAACAAGAACTCGCTGCAACCA 1577
Query 1547 AGAAGGCTCTTGATGATTCTCTTACCCGACAAGAGGACCTTGTGGCATACGTTGagagaa 1606
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1578 AGAAGGCTCTTGATGATTCTCTTGGCCGACAAGAGGACCTTGTGGCATACGTTGAGAGAA 1637
Query 1607 agaagaagaagaagaagCTGGTCCGCT-TTCAAATCAATGCCTA--CTTAACTAATTTTT 1663
|||||||||||||||||||||| || | |||||||||||| || ||||||||| ||||
Sbjct 1638 AGAAGAAGAAGAAGAAGCTGGTTCG-TGTTCAAATCAATGGTTATACTTAACTAAATTTT 1696
Query 1664 GTT 1666
|||
Sbjct 1697 GTT 1699
> Ahg944233 jgi|Araly1|944233|scaffold_700462.1
Length=1672
Score = 1615 bits (874), Expect = 0.0
Identities = 1375/1612 (85%), Gaps = 54/1612 (3%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 CCAATG-TGTGTTCTTTTAAAAAGAGGAGTTGCTCCAAG---TTGAGTTGTTCCTTGACG 99
|||| | || |||||||||| |||||||| | ||| ||| ||||| | ||| ||||
Sbjct 51 CCAAGGATGGGTTCTTTTAAGAAGAGGAGCTCCTCTAAGAATTTGAGGTATTCAATGACA 110
Query 100 AAGAAG-AGAAGAAGTAGCAAGGTGATGTCCGTGGAGATCTTCGAGGATGAGCATGACGC 158
||| || || ||||||||||| |||||||| | ||||||| |||| |||| |||||||||
Sbjct 111 AAG-AGAAGGAGAAGTAGCAAAGTGATGTCTGCGGAGATCATCGAAGATGTGCATGACGC 169
Query 159 GGAGGAGTT-AAAGGTGGTTGATGCATTCCGCCAAGT-GCTTATTCTCGATGAACTACTT 216
|||||||| ||| | |||||||| || |||||| | ||||||||||||||| |||||
Sbjct 170 CGAGGAGTTGAAA-GCCGTTGATGCCTTTCGCCAA-TCGCTTATTCTCGATGAGCTACTC 227
Query 217 CCGGACAAACATGATGATTACCATATGATGCTTAGGTTTTTGAAGGCTAGAAAATTTGAT 276
||||| ||||| || || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 228 CCGGAGAAACACGACGACTACCATATGATGCTTAGATTTTTGAAGGCAAGAAAATTTGAT 287
Query 277 CTTGAGAAAA-CAAATCAAATGTGGTCTGACATGCTCCGATGGAGGAAGGAGTTTGGTGC 335
|||||||||| |||| || |||||| |||| ||||| |||||||||| || ||||||||
Sbjct 288 CTTGAGAAAACCAAA-CAGATGTGGACTGAAATGCTTAGATGGAGGAAAGAATTTGGTGC 346
Query 336 TGACACAGTTATGGAGGATTTTGAATTT-AAGGAAATTGATGAAGTGTTGAAATACTACC 394
|||||| || |||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 347 TGACACTGTCATGGAGGAGTTTG-ATTTCAAGGAAATTGATGAAGTGTTGAAATACTACC 405
Query 395 CTCAAGGACACCATGGAGTCGACAAGGAAGGAAGACCGGTGTACATTGAGAGGCTAGGTC 454
||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||
Sbjct 406 CTCAAGGACACCATGGAGTTGACAAGGAAGGACGACCTGTGTACATTGAGAGGCTTGGTT 465
Query 455 AAGTAGACTCTACCAAGTTGATGCAAGTCACAACCATGGATAGATATGTGAACTACCATG 514
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 466 TAGTAGACTCTACCAAGTTGATGCAAGTCACAACCATGGATAGGTATGTTAACTACCATG 525
Query 515 TGATGGAGTTTGAGAGGACTTTCAATGTTAAGTTCCCAGCATGCTCCATCGCGGCAAAGA 574
| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||
Sbjct 526 TTATGGAGTTTGAGAGGACCTTCAATGTTAAGTTCCCAGCGTGCTCTATCGCCGCAAAGA 585
Query 575 AGCACATTGATCAAAGTACAACAATTCTTGATGTCCAAGGAGTGGGGCTGAAAAACTTCA 634
|||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 586 AGCATATTGATCAAAGCACAACTATTCTTGATGTCCAAGGAGTGGGACTCAAAAACTTCA 645
Query 635 ACAAGGCAGCAAGGGATTTGATTACGCGTCTTCAAAAGGTCGATGGTGACAACTATCCAG 694
||||||| ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 646 ACAAGGCTGCAAGAGACTTGATTACTCGTCTTCAAAAGGTCGATGGTGACAACTATCCTG 705
Query 695 AGACCTTGAACAGGATGTTTATCATCAATGCTGGCTCAGGATTCAGGATGTTGTGGAACA 754
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 706 AGACCTTGAACAGGATGTTTATCATCAATGCTGGCTCAGGATTCAGAATGTTGTGGAACA 765
Query 755 CGGTTAAGTCTTTCCTTGACCCAAAGACTACAGCAAAGATCCATGTTCTTGGCAACAAGT 814
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 766 CGGTTAAGTCCTTCCTTGACCCAAAGACTACAGCAAAGATCCATGTTCTTGGCAACAAGT 825
Query 815 ACCAAAGCAAGTTGCTTGAAATAATTGATGCTAGTGAGCTGCCTGAGTT-CTTGGGAGGT 873
||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| || ||||| || ||||| ||||
Sbjct 826 ACCAAAGCAAGTTGCTTGAGATCATTGATGATAGTGAACTTCCTGAATTTCTTGG-AGGT 884
Query 874 TCTTGTACTTGTGCTGACAATGGGGGTTGCATGCGCTCGGACAAAGGACCATGGAACAAT 933
|| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||| |||
Sbjct 885 TCATGTACATGTGCTGACAATGGTGGCTGCATGCGCTCTGACAAAGGCCCATGGAAAAAT 944
Query 934 CCAGATATTATGAAGAGAGTTAATAATGGTGACCACATATGCTCAAAGAG-ATCTCAA-G 991
||||| || |||||||||||| | |||||||| |||| ||||||||| || ||| ||| |
Sbjct 945 CCAGAGATCATGAAGAGAGTTCACAATGGTGATCACAAATGCTCAAA-AGGATC-CAAAG 1002
Query 992 CTGATAA-TGCTGGAGAGAATATTATCTCTCAGGGGAATAACTCTGCAGTTGAGGAAGCT 1050
|||| || | ||| |||||| | ||| || ||| ||| |||| || ||| |||
Sbjct 1003 CTGAAAACT-CTGCAGAGAAGACCATCCCTGAGGAAAATGCCTCTACAACAGAGCCGGCT 1061
Query 1051 CCTGAA-ACTGACCAGTCACAGCCCTCTC-CTT-G-TCAAAAT-GTCGTGGTTGCTCATC 1105
||||| | || | | || | || | | | || |||| ||| | ||||| |
Sbjct 1062 TCTGAAGAG-GA--A---A-AGGCTTC-CACAGAGGTCGAAATTGTCCCAGCCGCTCACC 1113
Query 1106 CAGCTTGGAACATACCAGAAGCTCACAAATTTTCCCTCTCAAA-AAGGGATGTTTACGCC 1164
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || | | |||||||||
Sbjct 1114 CAGCTTGGAACATGCCAGAAGCTCACAAATTTTCCCTCTCAAAGAAAGAA-GTTTACGCC 1172
Query 1165 ATTCAAGAAGCTTGCAA-A--GCTACAA-ATGAAAGTGGAAGGTCTCCTATTTTCACTGG 1220
|||||||| || ||||| | ||||||| | ||| | || ||||| || |||||||||||
Sbjct 1173 ATTCAAGAGGCGTGCAACAACGCTACAACA-GAAGGAGGGAGGTCACCCATTTTCACTGG 1231
Query 1221 AGTCATGGCTTTTGTAATGGGTGTAGTCACCATGATTAGAGTGACTAAAAACGTTCCAAG 1280
||||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1232 GGTCATGGCTCTTGTGATGGGTGTTGTCACCATGATTAGAGTGACTAAAAACGTCCCAAG 1291
Query 1281 GAAGCTAACCGAGTCAACTATATACTCTAGCCCGGTTTACTGCGACGAAAAC-TCGATGA 1339
||| |||||||||||||| ||||||| ||||| || |||||||| || | || ||||
Sbjct 1292 GAAACTAACCGAGTCAACCCTATACTCGAGCCCCGTGTACTGCGATGATG-CGTCAATGA 1350
Query 1340 ACAAGAGCT-CGATGCA-TGGGAAGAAAATGGCAACAACAACCATCTCAGGGGAAGATTT 1397
||||||| | ||||||| | || ||||||| | | || | |||||||||||||||||
Sbjct 1351 ACAAGAG-TGCGATGCAGTCAGA-GAAAATGACTGTACCAGCAATCTCAGGGGAAGATTT 1408
Query 1398 CATGGCGGTCATGAAACGAATGGCTGAGCTTG-AGCAGAAAGTCACAAACTTGAGTGCAC 1456
|||||| |||||||||||||||||||| ||| | |||||||| || ||| || || |
Sbjct 1409 CATGGCCATCATGAAACGAATGGCTGAG-TTGGAACAGAAAGTGACCGTCTTAAGCGCGC 1467
Query 1457 AGCCAGCAACTATGCCTCCTGAAAAGGAAGAGATGCTTAATGCTGCCATTAGCCGAG-CC 1515
||||| || ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||
Sbjct 1468 AGCCAACAGTTATGCCTCCGGATAAGGAAGAGATGCTTAACGCTGCCATTAGCCG-GTCC 1526
Query 1516 GATTTCTTGGAACAAGAACTTGCTGCAACCAAGAAGGCTCTTG-ATGATTCTCTTACCCG 1574
|| | ||||| ||||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||| ||
Sbjct 1527 AATGTATTGGAGCAAGAGCTTGCTGCCACCAAGAAGGCT-TTGGATGATTCTCTTGGTCG 1585
Query 1575 ACAAGAGGACCTTGTGGCATACGTTGagagaaagaagaagaagaagaagCTG 1626
|| ||||| || ||||| ||| | |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1586 TCAGGAGGAGCTCGTGGCGTACATCGAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGCTG 1637
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 62886994495
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5