BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18700.1
Length=2800
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857 4261 0.0
> Ahg906729 jgi|Araly1|906729|Al_scaffold_0003_3857
Length=2616
Score = 4261 bits (2307), Expect = 0.0
Identities = 2518/2617 (96%), Gaps = 25/2617 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGTCGCCGGAATCTTGGAAAGACCAGCTTAGTCTGGTTTCGGCTGATGATTATCGGATC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCGCCGGAATCTTGGAAAGACCAGCTTAGTCTGGTTTCCGCTGATGATTATCGGATC 60
Query 61 ATGGGTCGAAATCGGATCCCCAATGCCGTCACGAAGCTTTCCGGTCTCG--A---A--AC 113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | | ||
Sbjct 61 ATGGGTCGAAATCGGATCCCCAATGCCGTCACGAAGCTTTCTGGTCTCGAAACCGACGAC 120
Query 114 -----C----G--ACGATCCTAACGGCGGCGCGTGGGTTACGAAA-CCGAAACGAATCGT 161
| | |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||
Sbjct 121 GGAGACGGAAGCAACGATCCTAACGGCGGCGCGTGGGTTAC-AAAGCCGAAACGAATCGT 179
Query 162 GGTTTCGAATCAGCTTCCTCTTCGTGCTCACAGAGACATTTCGTCGAACAAGTGGTGCTT 221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GGTTTCGAATCAGCTTCCTCTTCGTGCTCACAGAGACATTTCGTCGAACAAGTGGTGCTT 239
Query 222 TGAATTCGACAATGACAGTCTTTACTTACAACTCAAAGATGGGTTTCCTCCGGAGACGGA 281
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 CGAATTCGACAATGACAGTCTTTACTTACAACTCAAAGATGGGTTTCCTCCGGAGACGGA 299
Query 282 AGTCGTCTACGTCGGATCTTTAAACGCCGACGTCTTACCTTCAGAGCAAGAGGACGTCTC 341
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||
Sbjct 300 AGTCGTCTACGTCGGATCTTTAAACGCCGACGTTTTACCCTCAGAGCAAGAAGATGTCTC 359
Query 342 TCAGTTCTTGCTTGAGAAGTTTCAGTGTGTTCCTACTTTCTTACCTAGTGACTTGCTCAA 401
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TCAGTTCTTGCTTGAGAAGTTTCAATGTGTTCCTACTTTCTTACCTAGTGACTTGCTCAG 419
Query 402 CAAGTATTACCATGGTTTCTGTAAACACTATCTCTGGCCCATTTTTCACTATCTTCTTCC 461
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 420 CAAGTATTATCATGGTTTCTGTAAACACTATCTCTGGCCGATTTTTCATTATCTTCTTCC 479
Query 462 TATGACGCAAGCTCAAGGCTCTCTCTTTGATCGTTCGAATTGGAGAGCGTACACGACTGT 521
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TATGACGCAAGCTCAAGGCTCTCTCTTTGATCGATCGAATTGGAGAGCGTACACGACTGT 539
Query 522 TAACAAGATCTTCGCTGATAAGATCTTCGAAGTGCTAAACCCGGATGATGATTACGTCTG 581
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 540 TAACAAGATCTTCGCTGATAAGATCTTCGAAGTGCTAAACCCAGATGATGATTACGTCTG 599
Query 582 GATTCATGATTATCACCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCATCGGAT 641
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 GATTCATGATTATCATCTCATGATTTTGCCCACTTTTTTGAGGAACAGGTTTCATCGGAT 659
Query 642 AAAGCTTGGGATTTTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCGTCGGAGATTTACCGTACTCTTCC 701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 660 AAAGCTTGGGATTTTCCTCCATAGTCCCTTTCCTTCATCGGAGATTTACCGTACTCTTCC 719
Query 702 TGTGAGAGACGAGATTCTCAAAGGGTTTCTGAATTGCGATTTGGTTGGTTTCCACACGTT 761
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 720 TGTGAGAGACGAGATTCTCAAAGGGTTTCTGAATTGTGATTTGGTTGGATTCCACACATT 779
Query 762 TGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTCTTGATTACGAATC 821
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 780 CGATTACGCTAGGCATTTCTTGTCTTGTTGTAGTAGGATGCTTGGTCTTGATTATGAATC 839
Query 822 TAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATATTTTGGAAGAACGGTGAGCATCAAGATATTGCC 881
|||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||
Sbjct 840 GAAAAGAGGCTACATTGGTCTTGAATACTTCGGAAGAACTGTGAGCATCAAGATTTTGCC 899
Query 882 CGTTGGGATTCATATGGGGCAGATTGAATCGATAAAGGCTTCGG-AGAAAACTGCAGAGA 940
|||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||
Sbjct 900 GGTTGGGATCCATATGGGCCAGATTGAATCGATAAAGGCTTCGGAAG-AAACTGCAGAGA 958
Query 941 AAGTGAAGAGATTGAGAGAAAGGTTCAAGGGGAACATTGTGATGTTAGGTGTGGATGATT 1000
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 959 AAGTGAAGGGATTGAGAGAAAGGTTCAAGGGGAACATTGTGATGTTGGGTGTGGATGATT 1018
Query 1001 TGGATATGTTCAAAGGTATTAGCTTGAAGTTTTGGGCGATGGGTCAGCTTCTTGAACAGA 1060
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1019 TGGATATGTTCAAAGGTATTAGCTTGAAGTTTTGGGCGATGGGTCAGCTTCTTGAACAGA 1078
Query 1061 ACGAAGAGCTTCGTGGGAAAGTGGTTCTCGTGCAGATTACTAATCCTGCTCGTAGTTCAG 1120
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1079 ACCAAGAGCTTCGTGGGAAAGTGGTTCTCGTGCAGATTACTAATCCTGCTCGGAGTTCAG 1138
Query 1121 GTAAGGATGTTCAAGATGTAGAGAAACAGATAAATTTGATTGCTGATGAGATCAATTCTA 1180
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 GTAAGGATGTTCAAGATGTAGAGAAACAGATAAATTTGATTGCTGATGAGATCAATTCTA 1198
Query 1181 AATTTGGGAGACCTGGTGGTTATAAGCCTATTGTGTTTATCAATGGACCTGTTAGTACTT 1240
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||
Sbjct 1199 AATTTGGGAGACCTGGTGGTTATAAGCCTATTGTGTTTGTCAATGGACCTGTCAGTACTT 1258
Query 1241 TGGATAAAGTTGCTTATTACGCGATCTCGGAGTGTGTTGTCGTGAATGCTGTGAGAGATG 1300
|||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TGGAAAAAGTTGCTTATTATGCGATCTCGGAGTGTGTTGTGGTGAATGCTGTGAGAGATG 1318
Query 1301 GGATGAATTTGGTGCCTTATAAGTACACAGTGACTCGGCAAGGGAGCCCTGCTTTGGATG 1360
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 GGATGAATTTGGTGCCTTACAAGTACACAGTGACTAGGCAAGGGAGCCCTGCTTTGGATG 1378
Query 1361 CA-GCTTTAGGTTTTGGGGAGGATGATGTTAGGAAGAGTGTGATTATTGTTTCTGAGTTC 1419
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 -AGGCTTTAGGTTTTGGGGAGGATGATGTTAGGAAGAGTGTGATTATTGTTTCTGAGTTC 1437
Query 1420 ATCGGTTGTTCTCCATCTCTGAGTGGTGCGATCCGTGTTAATCCGTGGAACATCGATGCA 1479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1438 ATCGGTTGTTCTCCATCTCTGAGTGGTGCGATCCGTGTTAATCCCTGGAACATCGATGCA 1497
Query 1480 GTCACTAACGCCATGAGCTCTGCAATGACGATGTCCGACAAAGAGAAAAATCTGCGCCAC 1539
|||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GTCACTGACGCGATGAGCTCTGCAATGACGATGTCTGACAAAGAGAAAAATCTGCGCCAC 1557
Query 1540 CAGAAGCATCATAAGTACATAAGCTCTCACAATGTTGCCTATTGGGCGCGGAGTTATGAC 1599
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CAGAAGCATCACAAGTACATAAGCTCTCACAATGTGGCCTATTGGGCGCGGAGTTATGAC 1617
Query 1600 CAAGATCTTCAAAGGGCGTGCAAAGATCATTACAACAAGAGATTCTGGGGAGTCGGATTC 1659
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1618 CAAGATCTTCAAAGGGCGTGCAAAGATCATTTCAACAAGAGATTCTGGGGAGTTGGATTC 1677
Query 1660 GGTCtttttttCAAGGTTGTTGCGTTAGATCCGAATTTCAGAAGGCTCTGTGGTGAAACC 1719
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1678 GGTCTTTTTTTCAAGGTAGTTGCGTTAGATCCGAATTTCAGAAGGCTCTGTGCTGAAACC 1737
Query 1720 ATAGTCCCCGCGTATAGGAGATCAAGCAGTAGGTTGATCCTATTGGACTATGATGGGACA 1779
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1738 ATAGTCCCTGCGTATAGGAGAACAAGCAGTAGGTTGATCCTATTGGACTATGATGGGACA 1797
Query 1780 ATGATGGATCAGGATACTCTGGATAAAAGGCCAAGTGATGATCTTATCTCGCTTCTCAAT 1839
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1798 ATGATGGATCAGGATACTCTGGATAAAAGGCCAAGTGATGATCTCATCTCGCTTCTCAAT 1857
Query 1840 CGCTTATGTGACGACCCCAGCAATCTAGTCTTTATTGTTAGTGGTCGAGGTAAGGACCCT 1899
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1858 CGCTTGTGTGACGACCCCAACAATCTAGTCTTTATTGTTAGTGGTCGAGGTAAGGACCCT 1917
Query 1900 CTCAGCAAATGGTTTGACTCTTGCCCAAATCTTGGTATCTCAGCTGAACATGGTTATTTC 1959
||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1918 CTCAGCAAATGGTTTGACTCTTGTCCAAATCTCGGTATCTCAGCTGAACATGGTTATTTC 1977
Query 1960 ACTAGATGGAACTCAAATTCCCCTTGGGAAACAAGTGAATTGCCTGCGGATTTAAGCTGG 2019
|||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1978 ACTAGATGGAACTCTAATTCCCCATGGGAGACAAGTGAATTGCCTGCGGATTTAAGCTGG 2037
Query 2020 AAGAAAATAGCTAAACCAGTGATGAATCACTATATGGAAGCGACTGATGGATCATTCATA 2079
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2038 AAGAAGATAGCTAAACCAGTGATGAATCACTATATGGAAGCGACTGATGGATCATTCATA 2097
Query 2080 GAGGAGAAAGAGAGTGCTATGGTGTGGCACCACCAAGAAGCTGACCATTCATTTGGTTCT 2139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GAGGAGAAAGAGAGTGCTATGGTGTGGCACCACCAAGAAGCTGACCATTCATTTGGTTCT 2157
Query 2140 TGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGATCATCTAGAGAGTGTTCTCACCAATGAGCCTGTTGTT 2199
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||
Sbjct 2158 TGGCAAGCTAAGGAGCTTCTTGATCATCTAGAGAGCGTGCTCACCAATGAGCCCGTTGTT 2217
Query 2200 GTCAAGAGAGGCCAGCACATAGTAGAAGTTAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTG 2259
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2218 GTCAAGAGAGGCCAGCACATAGTAGAAGTTAAACCTCAGGGAGTAAGCAAAGGAAAGGTG 2277
Query 2260 GTGGAGCATTTGATAGCAACGATGAGGAACACCAAAGGGAAGAGACCGGACTTTTTGTTG 2319
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2278 GTGGAGTATTTGATAGCAACGATGAGGAACACCAAAGGGAAGAGATCGGACTTTTTGTTG 2337
Query 2320 TGCATAGGTGATGACCGGTCTGATGAAGACATGTTTGATAGCATAGTGAAGCACCAAGAT 2379
||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TGCATTGGTGATGACCGGTCTGATGAGGACATGTTTGATAGCATAGTGAAGCACCAAGAT 2397
Query 2380 GTTTCCTCTATTGGTCTCGAAGAGGTCTTTGCGTGCACAGTTGGTCAGAAACCGAGCAAG 2439
|| |||||||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2398 GTCTCCTCTATTGGTCTCGCAGAGGTGTTTGCGTGCACAGTGGGTCAGAAACCGAGCAAG 2457
Query 2440 GCCAAGTACTATCTCGATGATACCCCAAGTGTTATCAAGATGCTTGAATGGTTGGCCTCA 2499
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2458 GCCAAGTACTATCTCGATGATACCCCAAGTGTTATCAAGATGCTTGAATGGTTGGCCTCA 2517
Query 2500 GCTTCAGATGGATCAAAGCATGAGCAACAGAAGAAACAGAGCAAGTTCACTTTTCAACAG 2559
||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2518 GCTTCAGATGGATCAAAGCATGAACAACAGCAGAAACAGAGCAAGTTCACTTTTCAACAG 2577
Query 2560 CCTATGGGACAATGTCGAAA-GAAAGCATAGATCTTT 2595
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2578 CCTATGGGACAATGTCGAAACGAAAGCATAGATCTTT 2614
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 105662339630
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5