BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18750.1
Length=2228
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg931886 jgi|Araly1|931886|scaffold_304343.1 3184 0.0
> Ahg931886 jgi|Araly1|931886|scaffold_304343.1
Length=1906
Score = 3184 bits (1724), Expect = 0.0
Identities = 1849/1910 (97%), Gaps = 5/1910 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 83 AGCTTCTAGCAGCGTAAAAAATGCAGACGAGGTATATGGAGAGGACTAATAGTATGAGAG 142
||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AGCTTCTTGTAGCGTAAAAAATGCAGACAAGGTATATGGAGAGGACTAATAGTATGAGAG 60
Query 143 AGAAGAGAAAATTGGAGGAAGATGATAATCAGCAGCAGCAGCAACAGCCTGAGCGTAAAA 202
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 AGAAGAGAAAATTGGATGAAGATGATAATCAGCAGCAGCAGCAACAGCCTGAGCGTAAAA 120
Query 203 GGCCAGCTCTTGCAAGTGTAATTGTGGAAGCCTTGAAGATGGATAGTTTACAGAGGCTTT 262
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GGCCAGCTCTTGCAAGTGTAATTGTGGAAGCCTTGAAGATGGATAGTTTACAGAGGCTTT 180
Query 263 GTTCTTCTTTGGAACCGATTCTTCGCCGAGTGGTAAGTGAAGAGGTGGAGCGGGCATTGG 322
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GTTCGTCTTTGGAACCGATTCTTCGCCGAGTGGTAAGTGAAGAGGTGGAGCGGGCATTGG 240
Query 323 C-AAAGCTTGGCCCTGCAAGACTTAGTGAAAGGTCGTCTCCAAAACGAATTGAAGGTATC 381
| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 241 CGAAA-CTTGGCCCTGCAAGACTTAGTGAAAGGTCGTCTCCGAAACAAATTGAAGGTATC 299
Query 382 GGTGGAAGGAATTTGCAGCTACAATTCAGGTCTAGATTGTCTGTTCCTTTGTTTACTGGA 441
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 300 GGTGGAAGGAATTTGCAGCTGCAATTCAGGTCTAGATTGTCTGTTCCTTTGTTTACTGGA 359
Query 442 GGGAAGATAGAAGGGGAGCAAGGTGCTGCAATCCATGTTGTACTGTTGGATATGACAACT 501
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 GGGAAGATAGAAGGGGAGCAAGGTGCTGCGATCCATGTTGTACTGTTGGATATGACAACT 419
Query 502 GGACATGTTTTGACAGTAGGACCTGAAGCTTCTGCAAAGCTTGATGTTGTTGTGCTTGAT 561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 420 GGACATGTTTTGACAGTAGGACCTGAAGCTTCTGCAAAGCTTGATGTTGTTGTACTTGAC 479
Query 562 GGTGATTTTAACACTGAAGATGATGATGGTTGGAGTGGAGAAGAGTTTGAGGGTCATTTG 621
|||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 480 GGTGATTTCAACACTGAAGATGATGAAGGTTGGAGTGGAGAAGAATTTGAGGGTCATTTG 539
Query 622 GTGAAAGAACGTCAAGGGAAGAGGCCTCTCTTGACTGGTGATGTGCAGGTCACGTTGAAA 681
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 540 GTGAAAGAACGTCAAGGAAAGAGGCCTCTCTTGACTGGTGATGTGCAGGTGACGTTGAAA 599
Query 682 GAAGGTGTGGGAACATTAGGGGAACTTATCTTTACGGACAACTCAAGTTGGATTAGATGC 741
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||
Sbjct 600 GAAGGTGTGGGAACATTAGGGGAACTTATCTTTACAGACAACTCGAGTTGGATAAGATGC 659
Query 742 AGAAAATTCAGGCTGGGTTTAAGGGTCTCTTCGGGTTACTGTGAGGGAATGCGTGTACGC 801
|||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 660 AGAAAATTCAGGCTGGGTGTAAAGGTCTCTTCTGGTTACTGTGAGGGGATGCGTGTACGC 719
Query 802 GAGGCAAAAACAGAAGCTTTTACCGTGAAGGACCATCGTGGAGAGTTGTACAAGAAACAT 861
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GAGGCAAAGACAGAAGCTTTTACCGTGAAGGACCATCGTGGAGAGTTGTACAAGAAACAT 779
Query 862 TACCCACCTGCTTTGGATGATGAGGTCTGGAGGTTGGAAAAGATTGGAAAGGACGGGGCT 921
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TACCCACCTGCTTTGGATGATGAGGTCTGGAGGTTGGAAAAGATTGGAAAGGACGGGGCT 839
Query 922 TTCCATAAGAAACTCAATAAAGCAGGAATCTACAATGTTAAAGAATTCCTGCGTCTTATG 981
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TTCCATAAGAAACTCAATAAAGCAGGAATCTACAATGTTAAAGAATTCCTGCGTCTTATG 899
Query 982 GTCAAAGACTCTCAGAAACTAAGGACTATTCTTGGAAGTGGCATGTCAAACAGGATGTGG 1041
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 900 GTCAAAGACTCTCAGAAACTAAGGACTATTCTTGGAAGTGGCATGTCAAACAGGATGTGG 959
Query 1042 GAGACACTTGCAGAGCATTCCAAGACATGTGTATTGAGTGAAATGCTTTACGTCTACTAT 1101
|||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 GAGACACTTGCAGAGCATTCGAAGACATGTGTCTTGAGTGAAATGCTTTACGTCTACTAT 1019
Query 1102 CCCGAGGACTCAGTTGGTGTTGTTTTCAACAATATATACGAGTTTAGTGGTCTTATATCA 1161
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 CCCGAGGACTCAGTTGGTGTTGTTTTTAACAATATATACGAGTTTAGTGGTCTTATATCG 1079
Query 1162 GGAAAGCAGTATTATCCTGCTGATTCTCTTTCTGACAATCAAAAGGGTTACGTCGATGGA 1221
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 GGAAAGCAGTATTATCCTGCTGATTCTCTTTCTGACAATCAAAAGGGTTACGTCGATGGA 1139
Query 1222 CTGGTGAGGAAAGCCTATGAAAACTGGGAACAGGTTATTGAGTATGACAGCAAGTCACTT 1281
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 CTGGTGAGGAAAGCCTATGAAAACTGGGATCAGGTTATTGAGTATGACAGCAAGTCACTT 1199
Query 1282 ATGAACTTCAATCAAGTTAGCAAAACAGATGATATTGATTACTCTATGCCAGTTTCAGTT 1341
||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1200 ATGAACTTCAATCAAGTTAGCAAAACAGATGCTATAGATTATTCTATGCCAGTTTCAGTT 1259
Query 1342 CCAAGCCAACCATCTACATCTTATTCAGACGTAACTGTTGAAGCATACAACCAGAGTCCG 1401
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1260 CCAAGCCAACCGTCTACATCTTATTCAGACGTAACTGTTGAAGCATACAACCAGAGTCCG 1319
Query 1402 GCTTCAAGTTTCCCGGGTCAATCTCAGCTAGCTGATACTACATACATGCACTTTGGAAAC 1461
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 GCTTCAAGTTTCCCGGGTCAATCTCAGCTAGCTGATACTACATACATGCACTTTGGAAAC 1379
Query 1462 TCTTCATTTGCACCGCAAGACCAGCTAGTTAACAACACTCATGAATCACAAAGCATGATC 1521
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1380 TCGTCATTTGCACCGCAAGACCAGCTAGTTAACAACACTCATGAATCACAAAGCATGATC 1439
Query 1522 AATAGCAACGGTGGTGTGAGATTGGCACTGGGTCCAGCAACAGGATCTCAAAACCAAGAA 1581
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1440 AATAGCAACGGTGGTGTGAGATTGGCGCTGGGTCCAGCAACAGGATCCCAAAACCAA--- 1496
Query 1582 CAACTTGTTCATCCTCCTCCTGAGATTAACTCTTACAATGATTGGTCAAATACATGCAAC 1641
||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1497 CAACTGGTTCAGCCTCCTCCTGAGATTAACTCTTACAACGATTGGTCAAATACATGCAAC 1556
Query 1642 AGAGGAGTTGATGGGTTTTTATCAGAGGAAGAGATTAGGGCTAGAAGTAACGAAATGCTC 1701
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1557 AGAGGAGTTGATGGGTTTTTATCAGAGGAAGAGATTAGGGCTAGAAGTAATGAAATGCTG 1616
Query 1702 GAGAACGACGATATGCAGCAACTGTTGAGACTGTTTAGCATGAATGGTGGTGACCAGCAA 1761
|||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1617 GAGAACGATGATATGCAGCAACTATTGAGACTCTTTAGCATGAATGGTGGTGACCAGCAA 1676
Query 1762 ACTCCATTGAACATGGGAGAAGATAGTTTTGGGTTCCATTCTTTTGGTCAGACGTCAATG 1821
|||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1677 ACTCCAATGAACATGGGAGAAGATGGGTTTGGGTTCCATTCTTTTGGTCAGACGGCAATG 1736
Query 1822 GCTGATTACGAAGAAGACCGTTCAAACTCGGGCAAGGCTGTTGTAGGATGGCTAAAGATC 1881
|||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1737 GCTGATTACGAAGAGGACCGTTCAAACTCGGGAAAGGCTGTTGTGGGATGGCTAAAGATC 1796
Query 1882 AAAGCAGCCATGAGATGGGGCTTCTTCATCAGAAGGAAAGCTGCTCAGAGACGGGCTCAG 1941
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1797 AAAGCAGCCATGAGATGGGGATTCTTCATCAGAAGGAAAGCCGCTCAGAGACGGGCACAG 1856
Query 1942 ATTGTTCAACTTGATGAAGATGACGAATAGGTTGAAGAAGAAGGAAGAAA 1991
||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1857 ATTGTTCAACTTGATGATGATGACGAATAGGTTTAAGAAGAAGGAAGAAA 1906
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83874719490
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5