BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18760.1
Length=3564
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg906831 jgi|Araly1|906831|Al_scaffold_0003_3959 5637 0.0
> Ahg906831 jgi|Araly1|906831|Al_scaffold_0003_3959
Length=3546
Score = 5637 bits (3052), Expect = 0.0
Identities = 3402/3567 (95%), Gaps = 39/3567 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 GAGGATCAGTTTTTGTTGAGTAGCTTAGGTGTGACATCGGCCAATCCTGAAGATCTAGAA 72
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 4 GAGGATCAGTTTTTGTTGACTAGCTTAGGTGTGACATCGGCCAATCCTGAAGATCTTGAA 63
Query 73 CAGAAGATACTCGATGAGGCGACGAAGAAACCAGACAACGATGAGGGTGGGAGTGTGGAG 132
||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 64 CAGTCGATACTCGATGAGGCGACGAAGAAACTAGATAACGATGAGGGTGGGAGTGTGGA- 122
Query 133 GAGAAGTCTACACAGCTTGAAGGAACCAATCTGCTTTCATCTAGCCAAAACGAGCTTTTG 192
| | || | |||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||
Sbjct 123 G-G-AG-----A-AGCTTGAAGGAAGCAATCTGCTTTCATCCAGCCAGAACGAGCTTTTG 174
Query 193 AATAAATTGAGGGCTGTAAAGTTTGAAATAGATGCTGTTGCATCAACTGTTGAGAACGTC 252
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 175 AATAAATTGAGGGCTGTGAAGTTTGAAATAGATGCTGTTGCATCAACTGTTGAGCATGTG 234
Query 253 GACGAGATTGCAGCAGAAAAGGGCTTAAAG---AAAGATGATGAATCAG-ATTTACAAGG 308
|||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||| | || || ||
Sbjct 235 GACGAGATTGCAGCAGAAAACGGCTCAAAGAATAAAGATGATGAATCAGAAGTT-CATGG 293
Query 309 GTTGCATAGTGGTTCTGCTCTTCAGCATGCCCTTGCCACAGACCGGCTAAGAAGTCTTAA 368
||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 294 GTTACATAGTGGTTCTGCACTCCAGCATGCCCTTGCCACAGACCGTCTAAGAAGTCTTAA 353
Query 369 GAAGAGAAAAATTCAACTTGAAAAGGAACTTACTGGTCTTCATGGTCAGAGTGCGTCTAG 428
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 354 GAAGAGAAAAATTCAACTTGAAAAGGAACTTACTGGTCTACATGGTCAGATTGCGTCTAG 413
Query 429 TAGTGCTGATCACGGTAATCTACTGCGAGATTTGGTGAAGGAGAAGCCTAGTCTTAAGAG 488
|||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 414 TAGTGCTGATCACGATAATCTACTGCGAGATCTGGTGAAGGAGAAGCCTAGTCTTAAGAG 473
Query 489 AAAATTGAAAGAGATTCGGAAACCAAGCAGAAGAGATGGGAAGAAGGTGAAAGTAGTCTC 548
|||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 474 AAAATTGAAAGAGACTCGGAAACCAAGTAGAAGAGAAGGGAAGAAGGTGAAAGTAGTTTC 533
Query 549 CTTTCGTGAGGACACAGATTTTGATGCTGTTTTTGATGGAGCTTCAGCTGGTTTTGTTGA 608
|||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 534 ATTTCGTGAAGACACAGATTTTGATGCTGTTTTCGATGCTGCTTCAGCAGGTTTTGTTGA 593
Query 609 AACGGAAAGAGATGAACTGGTGAGAAAAGGAATTTTAACTCCATTTCACAAGCTCGATGG 668
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 594 AACGGAAAGAGATGAATTGGTGAGAAAAGGAATTTTAACTCCGTTTCACAAGCTCGATGG 653
Query 669 TTTTGAACGCCGACTTCAACAACCTGGACCGTCAAACTCACGCAACCTACCTGAAGGAGA 728
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 654 TTTTGAACGCCGACTTCAACAACCTGGACCGTCAAACTCGCGCAACCTACCTGAAGGAGA 713
Query 729 CGAC------G--AAAA-TGAGGACTCCAGCATTATTGATAGAGCTGTCCAATCTATGTC 779
|||| | |||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 714 CGACGAAAATGACAAAAGTGAGGACTCCAACAGTATTGATAGAGCTGTCCAATCAATGTC 773
Query 780 GCTGGCTGCAAAGGCTCGTCCC-ACAACCAAGCTACTTGATGCAGAAGACTTGCCAAAGC 838
| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 GTTGGCTGCAAAGGCTCG-CCCTACAACCAAGCTACTTGATGCAGAAGACTTGCCAAAGC 832
Query 839 TTGAACCGCCCACTGCTCCTTTTAGAAGGCTGAGAAAGCTTTACAAGACTCCTAATTCTC 898
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||
Sbjct 833 TTGAACCGCCCACTGCTCCTTTTAGAAGGCTAAGAAAGCTTTACAAGACGCCTGATTCTC 892
Query 899 CGGATAATGAAGCAAAGAAACGTAAAGCTGGGAAGAAGAGCAAAAAGACGCGGCCTTTGC 958
|||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 893 CGGATAATGAAGTAAAGAAAAGTAAAGCTGGGAAGAAGAGCAAAAAGAAGCGGCCTTTGC 952
Query 959 CTGAAAAGAAATGGAGAAAGCGAATCTCTCGTGAAGACTCTAGTCTTCAAGGAAGTGGAG 1018
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 953 CTGAAAAGATATGGAGAAAGCGAATCTCTCGTGAAGACTCTAGTCTTCAAGAAAGTGGAG 1012
Query 1019 ATGGAAGGAGAATCTTGACCACTTCCAGTTGCGAGGAAGAAGAGCTAGATGATTTTGATG 1078
||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1013 ATGAAAGGAGAATCTTGACCACTTCCAGTTGTGAGGAAGAAGAGCTAGCTGATTTTGATG 1072
Query 1079 ATGCAGATGACAACGAAAGATCTTCTGTACAGCTTGAAGGTGGATTAAACATTCCTGAAT 1138
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1073 ATGCAGATGACAACGAAACATCTTCTGTACAGCTTGAAGGTGGATTAAACATTCCTGAAT 1132
Query 1139 GCATCTTTCGTAAACTTTTTGACTACCAAAGAGTTGGGGTGCAATGGCTTTGGGAACTTC 1198
|||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1133 GCATATTTCGTAAACTTTTTGAGTACCAAAGAGTTGGGGTGCAATGGCTTTGGGAACTTC 1192
Query 1199 ATTGCCAAAGGGCTGGTGGCATTATCGGGGACGAGATGGGTCTTGGTAAAACTATACAGG 1258
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1193 ATTGCCAAAGGGCTGGTGGCATTATCGGGGACGAGATGGGTCTTGGTAAAACTATACAGG 1252
Query 1259 TCTTATCTTTTCTCGGATCCTTGCATTTCAGTAAGATGTACAAACCGAGTATTATCATAT 1318
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1253 TCTTATCTTTTCTCGGATCCTTGCATTTCAGTAAGATGTACAAACCGAGTATTATCATAT 1312
Query 1319 GTCCTGTTACACTCTTGCGTCAATGGAGAAGAGAAGCACAGAAATGGTACCCAGATTTTC 1378
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1313 GTCCTGTTACACTTTTGCGTCAATGGAGAAGAGAAGCACAGAAATGGTACCCAGATTTTC 1372
Query 1379 ACGTGGAAATACTCCATGACTCAGCACAAGATTCTGGGCACGGCAAAGGTCAAGGCAAGG 1438
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||
Sbjct 1373 ACGTGGAAATACTCCATGACTCAGCACAAGATTCTGGGCATGGCAAAGGACAAAGCAAGG 1432
Query 1439 CCTCTGAAAGTGATTACGACAGTGAGAGTTCCGTTGATAGTGATCATGAGCCAAAGTCTA 1498
|| |||||| ||||| ||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1433 CCAATGAAAGCGATTATGACAGTGAGTGTTCAGTTGATAGTGATCATGAGCAAAAGTCTA 1492
Query 1499 AGAACACCAAGAAGTGGGATTCTTTGTTAAACCGGGTTCTAAATTCTGAGTCAGGGCTCC 1558
||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1493 AGAACACCAAGAAATGGGATTCTTTGATAAACCGGGTTCTAAATTCTGAGTCGGGGCTCC 1552
Query 1559 TCATCACCACATATGAGCAATTGAGGTTGCAGGGTGAGAAGCTGCTCAATATTGAGTGGG 1618
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1553 TCATCACCACATATGAGCAATTGAGGCTGCAGGGTGAGAAGCTACTCAATATTGAGTGGG 1612
Query 1619 GTTATGCAGTACTGGACGAAGGCCATCGGATCCGGAACCCAAATTCTGACATTACTTTGG 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1613 GTTATGCAGTACTGGACGAAGGCCATCGGATCCGGAACCCAAATTCTGATATTACTTTGG 1672
Query 1679 TGTGCAAACAGTTACAGACCGTCCATCGAATTATTATGACTGGGGCACCAATCCAGAATA 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1673 TGTGCAAACAGTTACAGACCGTCCATCGAATTATTATGACTGGGGCACCAATCCAGAATA 1732
Query 1739 AACTAACAGAACTCTGGTCCTTGTTCGATTTTGTTTTCCCGGGAAAACTGGGGGTCCTGC 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1733 AACTAACAGAACTCTGGTCCTTGTTCGATTTTGTTTTCCCGGGAAAACTGGGGGTCCTGC 1792
Query 1799 CTGTGTTTGAGGCAGAATTTTCTGTTCCCATAACTGTGGGTGGTTATGCCAATGCTTCTC 1858
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1793 CTGTGTTTGAGGCAGAGTTTTCTGTTCCCATAACTGTGGGTGGCTATGCCAATGCTTCTC 1852
Query 1859 CTTTACAAGTGTCGACTGCCTATAGGTGTGCTGTTGTTCTCCGTGATTTGATTATGCCGT 1918
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1853 CTTTACAAGTGTCGACTGCCTATCGGTGTGCTGTTGTTCTTCGTGATTTGATCATGCCGT 1912
Query 1919 ACCTCCTCCGCCGTATGAAGGCCGATGTAAACGCACATCTTACAAAAAAGACTGAACACG 1978
|||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1913 ACCTTCTCCGCCGTATGAAGGCTGATGTGAACGCACATCTTACAAAAAAGACTGAACACG 1972
Query 1979 TTCTCTTTTGCAGTCTCACTGTGGAGCAGCGATCTACCTACAGGGCATTCCTTGCAAGCT 2038
||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1973 TTCTCTTTTGCAGCCTAACTGTGGAGCAGCGATCTACCTACAGGGCATTCCTTGCGAGCT 2032
Query 2039 CCGAAGTAGAACAGATTTTTGATGGCAACAGGAATTCGCTTTATGGGATTGATGTGATGC 2098
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2033 CCGAAGTAGAACAGATTTTGGATGGCAACAGGAATTCGCTTTATGGGATTGATGTGATGC 2092
Query 2099 GTAAGATATGCAACCACCCTGATCTACTTGAGAGAGAACATTCTCACCAGAACCCAGATT 2158
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2093 GTAAGATATGCAACCACCCTGATCTACTTGAGAGAGAACATTCTCACCAGAACCCAGATT 2152
Query 2159 ATGGAAACCCAGAACGCAGTGGGAAGATGAAGGTTGTTGCAGAAGTGCTCAAGGTCTGGA 2218
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2153 ATGGGAACCCGGAACGCAGTGGGAAGATGAAGGTTGTTGCAGAAGTGCTCAAGGTCTGGA 2212
Query 2219 AACAGCAAGGACACCGTGTACTTCTGTTTTCACAGACTCAGCAAATGCTTGACATCCTCG 2278
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2213 AGCAGCAAGGACACCGTGTACTTCTGTTTTCACAGACTCAGCAAATGCTTGACATCCTCG 2272
Query 2279 AGAGCTTCTTGGTTGCAAATGAGTATAGTTACCGGAGGATGGATGGTCTTACTCCAGTGA 2338
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 2273 AGAGCTTCTTGGTTGCAAATGAGTATAGTTACCGGAGGATGGATGGTCTTACACCCGTGA 2332
Query 2339 AACAGAGAATGGCTTTAATTGATGAGTTTAATAATTCAGAAGACATGTTTGTTTTCGTTC 2398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||
Sbjct 2333 AACAGAGAATGGCTTTAATTGATGAGTTTAATAATTCAGATGATGTGTTTGTTTTCGTTC 2392
Query 2399 TGACGACGAAGGTTGGTGGTTTGGGAACAAATTTGACTGGTGCGAACAGGGTCATTATCT 2458
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2393 TGACGACGAAGGTGGGTGGTTTGGGAACAAATTTGACTGGTGCGAACAGGGTCATTATCT 2452
Query 2459 TTGACCCGGATTGGAACCCCTCAAATGATATGCAGGCAAGGGAACGTGCATGGCGTATTG 2518
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2453 TTGACCCGGATTGGAACCCCTCAAATGATATGCAGGCAAGGGAACGAGCATGGCGTATTG 2512
Query 2519 GGCAGAAGAAGGATGTTACCGTTTACAGATTGATCACTCGTGGCACAATTGAGGAGAAGG 2578
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2513 GGCAGAAGAAGGATGTTACCGTTTACAGATTGATCACTCGAGGCACAATTGAGGAGAAGG 2572
Query 2579 TATATCATAGACAGATTTATAAACATTTTCTCACCAATAAGATCTTGAAGAATCCACAAC 2638
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2573 TATATCATAGACAGATTTATAAACATTTTCTCACCAATAAGATCTTGAAGAATCCACAAC 2632
Query 2639 AGAGAAGATTCTTCAAAGCTCGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTGAAAGATGATGGCG 2698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2633 AGAGAAGATTCTTCAAAGCTCGGGATATGAAAGATCTTTTCATCCTGAAAGATGATGGCG 2692
Query 2699 ATAGCAACGCCTCCACGGAAACCTCTAACATCTTCAGTCAGCTGGCGGAAGAGATAAACA 2758
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2693 ATAGCAACGCCTCCACGGAAACCTCTAACATTTTCAGTCAGCTGGCTGAAGAGATAAACA 2752
Query 2759 TCGTAGGAGTTCAATCAGATAAAAAACCTGAATCCGATACACAACTTGCTCTTCACAAAA 2818
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 2753 TCGTAGGAGCTCAATCAGATAAAAAACCTGAATCCGCTACACAACTCGCTCTTCACAATA 2812
Query 2819 CTGCAGAGGGATCCTCAGAGCAAACAGATGTGGAAATGACTGATAAAACTGGTGAAGCCA 2878
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2813 CTGCAGAGGGATCCTCGGAGCAAACAGATGTGGAAACGACTGATAAAACTGGTGAAGCCA 2872
Query 2879 TGGATGAAGAGACAAATATCTTAAAGAGTCTCTTTGATGCGCATGGAATACATAGTGCTG 2938
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2873 TGGATGAAGAGACAAATATCTTAAAGAGTCTCTTTGACGCACATGGAATACATAGTGCTG 2932
Query 2939 TGAATCACGACGCCATAATGAATGCAAACGACGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAACACC 2998
|||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2933 TGAATCACGACGCCATTATGAATGCAAACGATGAGGAAGAGAAGATGAGACTTGAACACC 2992
Query 2999 AAGCATCTCAAGTGGCACA-AAGAGCTGCGGAAGCATTGCGCCAATCACGAATGCTGCGT 3057
||||||||||||||||| | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2993 AAGCATCTCAAGTGGCA-AGAAGAGCTGCAGAAGCATTGCGCGAATCACGAATGCTGCGT 3051
Query 3058 AGCCGCGAAAGCATCTCAGTGCCTACATGGACGGGAAGATCTGGTTGTGCAGGTGCACCA 3117
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3052 AGCCGCGAAAGCATCTCAGTGCCCACATGGACGGGAAGATCTGGTTGTGCAGGTGCACCA 3111
Query 3118 TCATCTGTACGGAGGAGATTTGGATCAACTGTCAATTCCCGGTTAACCCAGACTGGAGAC 3177
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3112 TCATCTGTACGGAGGAGATTTGGATCAACTGTCAATTCCCGGTTAACCCAGAGTGGAGAC 3171
Query 3178 AAACCATCAGCGATTAAGAATGGAATCAGTGCGGGTCTATCTTCAGGCAAAGCACCATCT 3237
|||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3172 AAACCATCAGTGATCAAGAACGGAATCAGTGCGGGTCTATCTTCAGGCAAAGCACCATCT 3231
Query 3238 TCCGCAGAGCTTCTCAACAGAATCCGCGGAAGCAGAGAACAAGCCATTGGCGTTGGGCTT 3297
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
Sbjct 3232 TCCGCAGAGCTTCTCAACAGAATACGCGGAAGCAGAGAACAAGCCATTGGTGTTGGCCTT 3291
Query 3298 GAGCAGCCACAGTCTTCATTCCCTTCTTCTTCGGGTTCAAGCAGCAGAGTAGGTTCGTTG 3357
||||||| | | || | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3292 GAGCAGC-----T----A--CCGT-CTTCTTCGGCTTCAAGCAGCAGAGTAGGTTCGTTG 3339
Query 3358 CAGCCCGAGGTCCTGATCCGAAAGATATGCAGCTTTGTACAGCAAAAAGGTGGAAGTGCA 3417
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3340 CAGCCCGAGGTCCTGATCCGAAAGATATGCAGCTTTGTACAGCAAAAAGGTGGAAGTGCG 3399
Query 3418 GACACGACCAGCATCGTCAACCATTTCAGGGACATAGTTTCTTTTAATGACAAGCAGTTG 3477
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3400 GACACGACCAGCATCGTCAACCATTTCAGGGACATAGTTTCTTTTAATGACAAGCCGTTG 3459
Query 3478 TTTAAGAATCTCTTGAAAGAGATTGCCACGCTTGAGAAGGATCAAAATAGATCGTTTTGG 3537
|||||||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3460 TTTAAGAATCTCTTGAGAGAGATTGCAACGCTTAAGAAGGATCAAAATAGATCGTTTTGG 3519
Query 3538 GTCCTCAAATCAGAGTATAAAGACTAA 3564
||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 3520 GTCCTCAAATCAGAGTATAAAGATTAA 3546
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 134609635701
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5