BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18790.1
Length=3996
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480851 jgi|Araly1|480851|fgenesh2_kg.3__3552__AT2G18790.1 6078 0.0
> Ahg480851 jgi|Araly1|480851|fgenesh2_kg.3__3552__AT2G18790.1
Length=3848
Score = 6078 bits (3291), Expect = 0.0
Identities = 3598/3747 (96%), Gaps = 17/3747 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 225 CGGTGGCCGTGGCGGTGGCCGTGGCGGAGAAGAAGAACCGTCGTCAAGTCACACTCCTAA 284
||||| | | || ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 114 CGGTGTCGGCGGTGGTGGCCGTGGCGGAGAAGCAGAACCGTCGTCAAGTCACACTACTAA 173
Query 285 TAACCGAAGAGGAGGAGAACAAGCTCAATCGTCGGGAACGAAATCTCTCAGACCAAGAAG 344
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 174 TAACCGAAGAGGAGGAGAACAAGCTCAATCTTCAGGAACAAAATCTCTCAGACC----A- 228
Query 345 CAACACTGAATCAATGAGCAAAGCAATTCAACAGTACACCGTCGACGCAAGACTCCACGC 404
| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 229 C--GA--GAATCAATGAGCAAAGCAATTCAACAGTACACCGTCGACGCAAGACTCCACGC 284
Query 405 CGTTTTCGAACAATCCGGCGAATCAGGGAAATCATTCGACTACTCACAATCACTCAAAAC 464
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 285 CGTTTTCGAACAATCCGGCGAATCAGGGAAATCATTCGACTACTCACAATCACTCAAAAC 344
Query 465 GACGACGTACGGTTCCTCTGTACCTGAGCAACAGATCACAGCTTATCTCTCTCGAATCCA 524
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 345 GACGACGTACGGTTCCTCTGTACCTGAGCAACAGATCACTGCTTATCTCTCTCGAATCCA 404
Query 525 GCGAGGTGGTTACATTCAGCCTTTCGGATGTATGATCGCCGTCGATGAATCCAGTTTCCG 584
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 405 GCGAGGTGGTTACATTCAGCCTTTCGGATGTATGATCGCCGTCGATGAATCAAGTTTTCG 464
Query 585 GATCATCGGTTACAGTGAAAACGCCAGAGAAATGTTAGGGATTATGCCTCAATCTGTTCC 644
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 465 AATCATCGGTTACAGCGAAAACGCCAGAGAAATGTTAGGGCTTATGCCTCAATCTGTTCC 524
Query 645 TACTCTTGAGAAACCTGAGATTCTAGCTATGGGAACTGATGTGAGATCTTTGTTCACTTC 704
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 525 TACTCTTGAGAAACCTGAGATTCTAGCTATGGGAACTGATGTGAGATCTTTGTTCACTTC 584
Query 705 TTCGAGCTCGATTCTACTCGAGCGTGCTTTCGTTGCTCGAGAGATTACCTTGTTAAATCC 764
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 585 TTCGAGCTCGATTTTACTCGAGCGTGCTTTCGTTGCTCGAGAGATTACCTTGTTGAATCC 644
Query 765 GGTTTGGATCCATTCCAAGAATACTGGTAAACCGTTTTACGCCATTCTTCATAGGATTGA 824
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 645 TGTTTGGATCCATTCCAAGAATACTGGTAAACCGTTTTACGCCATTCTTCATAGGATTGA 704
Query 825 TGTTGGTGTTGTTATTGATTTAGAGCCAGCTAGAACTGAAGATCCTGCGCTTTCTATTGC 884
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 705 TGTTGGTGTTGTTATTGATTTAGAGCCAGCTAGAACTGAAGATCCTGCGCTTTCTATTGC 764
Query 885 TGGTGCTGTTCAATCGCAGAAACTCGCGGTTCGTGCGATTTCTCAGTTACAGGCTCTTCC 944
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
Sbjct 765 TGGTGCGGTTCAATCGCAGAAACTCGCGGTTCGTGCGATTTCGCAGTTACAGTCTCTTCC 824
Query 945 TGGTGGAGATATTAAGCTTTTGTGTGACACTGTCGTGGAAAGTGTGAGGGACTTGACTGG 1004
|| || |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 825 CGGGGGTGATATTAAGCTTTTGTGTGATACTGTTGTGGAAAGTGTGAGGGACTTGACTGG 884
Query 1005 TTATGATCGTGTTATGGTTTATAAGTTTCATGAAGATGAGCATGGAGAAGTTGTAGCTGA 1064
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 885 GTATGATCGTGTTATGGTTTATAAGTTTCATGAAGATGAGCATGGAGAAGTTGTAGCTGA 944
Query 1065 GAGTAAACGAGATGATTTAGAGCCTTATATTGGACTGCATTATCCTGCTACTGATATTCC 1124
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 945 GAGTAAGCGAGATGATTTAGAGCCTTATATTGGACTGCATTATCCTGCTACTGATCTTCC 1004
Query 1125 TCAAGCGTCAAGGTTCTTGTTTAAGCAGAACCGTGTCCGAATGATAGTAGATTGCAATGC 1184
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1005 TCAAGCGTCACGGTTCTTGTTTAAGCAGAACCGTGTCCGAATGATAGTAGATTGCAATGC 1064
Query 1185 CACACCTGTTCTTGTGGTCCAGGACGATAGGCTAACTCAGTCTATGTGCTTGGTTGGTTC 1244
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1065 CACACCCGTTCTTGTGGTCCAGGACGATAGGCTAACTCAATCTATGTGCTTGGTTGGTTC 1124
Query 1245 TACTCTTAGGGCTCCTCATGGTTGTCACTCTCAGTATATGGCTAACATGGGATCTATTGC 1304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1125 TACTCTTAGGGCTCCTCATGGTTGTCACTCTCAGTATATGGCTAACATGGGATCTATTGC 1184
Query 1305 GTCTTTAGCAATGGCGGTTATAATCAATGGAAATGAAGATGATGGGAGCAATGTAGCTAG 1364
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1185 TTCTTTAGCTATGGCGGTTATAATAAATGGAAATGAAGAAGATGGGAGCAATGTAGCTAG 1244
Query 1365 TGGAAGAAGCTCGATGAGGCTTTGGGGTTTGGTTGTTTGCCATCACACTTCTTCTCGCTG 1424
||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1245 TGGGAGAAGCTCGATGAGGCTTTGGGGTTTGGTCGTTTGCCATCACACTTCTTCTCGCTG 1304
Query 1425 CATACCGTTTCCGCTAAGGTATGCTTGTGAGTTTTTGATGCAGGCTTTCGGTTTACAGTT 1484
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1305 TATACCGTTTCCGCTAAGGTATGCTTGTGAGTTTTTGATGCAGGCTTTCGGTTTACAGTT 1364
Query 1485 AAACATGGAATTGCAGTTAGCTTTGCAAATGTCAGAGAAACGCGTTTTGAGAACGCAGAC 1544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1365 AAACATGGAATTGCAGTTAGCTTTGCAAATGTCAGAGAAACGCGTTTTGAGAACGCAGAC 1424
Query 1545 ACTGTTATGTGATATGCTTCTGCGTGACTCGCCTGCTGGAATTGTTACACAGAGTCCCAG 1604
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1425 GCTGTTATGCGATATGCTTCTGCGTGACTCGCCTGCTGGAATTGTTACACAGAGTCCTAG 1484
Query 1605 TATCATGGACTTAGTGAAATGTGACGGTGCAGCATTTCTTTACCACGGGAAGTATTACCC 1664
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1485 TATCATGGACTTAGTTAAATGTGACGGTGCAGCATTTCTTTACCACGGGAAGTATTACCC 1544
Query 1665 GTTGGGTGTTGCTCCTAGTGAAGTTCAGATAAAAGATGTTGTGGAGTGGTTGCTTGCGAA 1724
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1545 GTTGGGTGTTGCTCCTAGTGAAGTTCAGATAAAAGATGTTGTGGAGTGGTTGCTTGCGAA 1604
Query 1725 TCATGCGGATTCAACCGGATTAAGCACTGATAGTTTAGGCGATGCGGGGTATCCCGGTGC 1784
||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1605 TCACGCGGATTCAACTGGATTAAGCACTGATAGCTTAGGCGATGCGGGGTATCCTGGTGC 1664
Query 1785 AGCTGCGTTAGGGGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTTGCATATATCACAAAAAGAGACTT 1844
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1665 AGCTGCGTTAGGGGATGCTGTGTGCGGTATGGCAGTTGCATATATCACAAAAAGAGACTT 1724
Query 1845 TCTTTTTTGGTTTCGATCTCACACTGCGAAAGAAATCAAATGGGGAGGCGCTAAGCATCA 1904
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1725 TCTTTTTTGGTTTCGATCTCACACTGCGAAAGAAATCAAATGGGGAGGCGCGAAGCATCA 1784
Query 1905 TCCGGAGGATAAAGATGATGGGCAACGAATGCATCCTCGTTCGTCCTTTCAGGCTTTTCT 1964
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1785 TCCCGAGGATAAAGATGATGGGCAACGAATGCATCCTCGTTTGTCCTTTCAGGCTTTTCT 1844
Query 1965 TGAAGTTGTTAAGAGCCGGAGTCAGCCATGGGAAACTGCGGAAATGGATGCGATTCACTC 2024
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1845 TGAAGTTGTTAAGAGCCGGAGTCAGCCATGGGAAACTGCGGAAATGGATGCGATACACTC 1904
Query 2025 GCTCCAGCTTATTCTGAGAGACTCTTTTAAAGAATCTGAGGCGGCTATGAACTCTAAAGT 2084
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1905 GCTCCAGCTTATTCTGAGAGACTCTTTTAAAGAATCTGAGGCGGCTATGAACTCTAAAGC 1964
Query 2085 TGTGGATGGTGTGGTTCAGCCATGTAGGGATATGGCGGGGGAACAGGGGATTGATGAGTT 2144
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 1965 TGTGGATGGTGCGGTTCAGCCATGTAGGGATATGGCGGGAGAGCAGGGGATTGATGAGTT 2024
Query 2145 AGGTGCAGTTGCAAGAGAGATGGTTAGGCTCATTGAGACTGCAACTGTTCCTATATTCGC 2204
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2025 AGGTGCAGTTGCAAGAGAGATGGTTAGGCTCATTGAGACCGCAACTGTTCCTATATTCGC 2084
Query 2205 TGTGGATGCCGGAGGCTGCATCAATGGATGGAACGCTAAGATTGCAGAGTTGACAGGTCT 2264
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2085 TGTGGATGCCGGAGGCTGCATCAATGGATGGAACGCTAAGATTGCAGAGTTGACAGGTCT 2144
Query 2265 CTCAGTTGAAGAAGCTATGGGGAAGTCTCTGGTTTCTGATTTAATATACAAAGAGAATGA 2324
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 2145 CTCAGTTGAAGAAGCTATGGGAAAGTCTCTGGTTTCTGATCTGATATACAAAGAGAATGA 2204
Query 2325 AGCAACTGTCAATAAGCTTCTTTCTCGTGCTTTGAGAGGGGACGAGGAAAAGAATGTGGA 2384
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2205 AGAAACTGTCAATAAGCTTCTTTCTCGTGCTTTGAGAGGGGACGAGGAAAAGAATGTGGA 2264
Query 2385 GGTTAAGCTGAAAACTTTCAGCCCCGAACTACAAGGGAAAGCAGTTTTTGTGGTTGTGAA 2444
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2265 GGTTAAGCTGAAAACTTTCAGCCCCGAACTTCAAGGGAACGCGGTTTTTGTGGTTGTGAA 2324
Query 2445 TGCTTGTTCCAGCAAGGACTACTTGAACAACATTGTCGGCGTTTGTTTTGTTGGACAAGA 2504
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||
Sbjct 2325 TGCTTGTTCCAGCAAAGACTACTTGAACAACATTGTCGGCGTCTGCTTTGTTGGACAGGA 2384
Query 2505 CGTTACTAGTCAGAAAATCGTAATGGATAAGTTCATCAACATACAAGGAGATTACAAGGC 2564
||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2385 CGTTACTGGTCAGAAGATAGTAATGGATAAGTTCATCAACATACAAGGAGATTACAAGGC 2444
Query 2565 TATTGTACATAGCCCAAACCCTCTAATCCCGCCAATTTTTGCTGCTGACGAGAACACGTG 2624
|||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2445 TATTGTCCATAGCCCAAACCCGCTAATCCCGCCAATTTTTGCTGCTGATGAGAACACGTG 2504
Query 2625 CTGCCTGGAATGGAACATGGCGATGGAAAAGCTTACGGGTTGGTCTCGCAGTGAAGTGAT 2684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2505 CTGCCTGGAATGGAACATGGCGATGGAAAAGCTTACGGGTTGGTCTCGTAGTGAAGTGAT 2564
Query 2685 TGGGAAAATGATTGTCGGGGAAGTGTTTGGGAGCTGTTGCATGCTAAAGGGTCCTGATGC 2744
|||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2565 TGGGAAAATGCTTGTCGGGGAAGTGTTTGGTAGCTGTTGCATGCTAAAGGGTCCTGATGC 2624
Query 2745 TTTAACCAAGTTCATGATTGTATTGCATAATGCGATTGGTGGCCAAGATACGGATAAGTT 2804
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2625 TTTAACCAAGTTCATGATTGTATTGCATAATGCGATTGGTGGCCAAGAGACGGATAAGTT 2684
Query 2805 CCCTTTCCCATTCTTTGACCGCAATGGGAAGTTTGTTCAGGCTCTATTGACTGCAAACAA 2864
|||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2685 CCCTTTTCCGTTCTTTGACCGCAATGGGAAGTTTGTTCAGGCTCTATTGACTGCAAACAA 2744
Query 2865 GCGGGTTAGCCTCGAGGGAAAGGTTATTGGGGCTTTCTGTTTCTTGCAAATCCCGAGCCC 2924
|||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 2745 GCGGGTCAGCCTCGACGGAAAGGTTATTGGGGCATTCTGTTTCTTGCAGATCCCGAGTCC 2804
Query 2925 TGAGCTGCAGCAAGCTTTAGCAGTCCAACGGAGGCAGGACACAGAGTGTTTCACGAAGGC 2984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2805 TGAGCTGCAGCAAGCTTTAGCAGTCCAACGGAGGCAGGACACAGAGTGTTTCACGAAGGC 2864
Query 2985 AAAAGAGTTGGCTTATATTTGTCAGGTGATAAAGAATCCTTTGAGCGGTATGCGTTTCGC 3044
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2865 AAAAGAGTTAGCTTATATTTGTCAGGTGATAAAGAATCCTTTGAGCGGTATGCGTTTCTC 2924
Query 3045 AAACTCATTGTTGGAGGCCACAGACTTGAACGAGGACCAGAAGCAGTTACTTGAAACAAG 3104
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2925 AAACTCACTGTTGGAGGCCACAGACTTGAACGAGGACCAGAAGCAGTTACTTGAAACAAG 2984
Query 3105 TGTTTCTTGCGAGAAACAGATCTCAAGGATCGTCGGGGACATGGATCTTGAAAGCATTGA 3164
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2985 TGTTTCTTGCGAGAAACAGATCTCAAGGATTGTCGGTGACATGGATCTTGAAAGCATTGA 3044
Query 3165 AGACGGTTCATTTGTGCTAAAGAGGGAAGAGTTTTTCCTTGGAAGTGTCATAAACGCGAT 3224
||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3045 AGACGGTTCGTTTGAGCTAAAGAGGGCGGAGTTTTTCCTCGGAAGTGTCATAAACGCGAT 3104
Query 3225 TGTAAGTCAAGCGATGTTCTTATTAAGGGACAGAGGTCTTCAGCTGATCCGTGACATTCC 3284
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3105 TGTAAGCCAAGCGATGTTCTTATTAAGGGACAGAGGTCTTCAGCTGATCCGTGACATTCC 3164
Query 3285 CGAAGAGATCAAATCAATAGAGGTTTTTGGAGACCAGATAAGGATTCAACAGCTCCTGGC 3344
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3165 CGAAGAGATCAAATCAATAGTTGTTTTTGGAGACCAGATAAGGATTCAACAGCTCCTGGC 3224
Query 3345 TGAGTTTCTGCTGAGTATAATCCGGTATGCACCATCTCAAGAGTGGGTGGAGATCCATTT 3404
|||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3225 TGAGTTTCTGCTGACTATAATTCGGTATGCTCCATCTCAAGAGTGGGTGGAGATCCATTT 3284
Query 3405 AAGCCAACTTTCAAAGCAAATGGCTGATGGATTCGCCGCCATCCGCACAGAATTCAGAAT 3464
||||||| ||||||| ||| ||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 3285 AAGCCAAGTTTCAAAACAAGCGGCTGATGGATTCACCGCTATCCGCACAGAATTCAGAAT 3344
Query 3465 GGCGTGTCCAGGTGAAGGTCTGCCTCCAGAGCTAGTCCGAGACATGTTCCATAGCAGCAG 3524
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3345 GGCGTGTCCAGGTGAAGGTCTGCCTCCAGAGCTAGTCCGAGACATGTTCCATAGTAGCAG 3404
Query 3525 GTGGACAAGCCCTGAAGGTTTAGGTCTAAGCGTATGTCGAAAGATTTTAAAGCTAATGAA 3584
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
Sbjct 3405 GTGGACAAGCCCTGAAGGATTAGGTCTAAGCGTATGTCGAAAGATTCTAAAGCTCATGAA 3464
Query 3585 CGGTGAGGTTCAATACATCCGAGAATCAGAACGGTCCTATTTCCTCATCATTCTGGAACT 3644
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 3465 CGGTGAGGTTCAATACATCCGAGAATCAGAACGGTCTTATTTCCTCATCATTCTCGAACT 3524
Query 3645 CCCTGTACCTCGAAAGCGACCATTGTCAACTGCTAGTGGAAGTGGTGACATGATGCTGAT 3704
|||||||||||||| || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||
Sbjct 3525 ACCTGTACCTCGAAAACGCCCATTGTCAACCGCTAGTGGCAGCAGTGACATGATGTTGAT 3584
Query 3705 GATGCCATATTAGTCA-CACTT-CAGTTGGTATGAGAGTTTGTATCATTGTATGAGTGTT 3762
|||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||
Sbjct 3585 GATGCCATATTAGTCAACATTTTCAGTTGGTATGAGAGTTTGTATCATTGTACGTGTGTT 3644
Query 3763 TGTGTGTCTAACGACGTCGGAGGAGGATAGAAAGttttttttttGTTTCCGGTGAGATTA 3822
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3645 TGTGTGTCTAACGACGTCTGAGGAGGATAGAAAGTTTTTTA---GTTTCCGGTGAGATTA 3701
Query 3823 GTAGAGAAGAGGGAGATTATTTGCGTTCAGCTCAGCTCGCCGGaaaaaaaaCGTAACAGT 3882
|||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 3702 GTAGAGAAGAGGGAGATTGTTTGCGTTCAGCTCAGGTCGCCGGGAAAAAAACGTAACAGT 3761
Query 3883 AGTTGTAGAGAATTTCAAGACTT-TT--GTTTGTGCTGTGTAAATTGACAACTCCGAGAG 3939
||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 3762 AGTTGTAGAGAATTTCAAGACTTCTTTTGTTTGTGCTGTGTAAATTGATAACTCCGAGAG 3821
Query 3940 AAACAAAACAATGAGATAAGAAGAGAG 3966
|||||||| ||||||| ||||||||||
Sbjct 3822 AAACAAAAGAATGAGAAAAGAAGAGAG 3848
Score = 108 bits (58), Expect = 4e-22
Identities = 93/109 (85%), Gaps = 6/109 (6%)
Strand=Plus/Plus
Query 13 TTATTGGTTTCTCCACTTATCTCCGATCTCAATTCTCCCCATTTTCTTCTTCCTCAAGTT 72
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | || || || ||| ||
Sbjct 1 TTATTGGTTTCTCCACTTATCTCCGATCCCAATTTTCTTC-TTC-CTAAA-CC-CAAATT 56
Query 73 CAAAAT-TCTTGAGAATTTAGCTCTACCAGAATTCGTCTCCGATAACTA 120
|||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 57 CAAA-TCTCTTGAGAATTTAGCTCTACCGGAATTCGTCTCCGATAACTA 104
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 151050507237
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5