BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G18940.1
Length=2666
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480837 jgi|Araly1|480837|fgenesh2_kg.3__3538__AT2G18940.1 3749 0.0
Ahg924612 jgi|Araly1|924612|scaffold_200173.1 562 5e-159
> Ahg480837 jgi|Araly1|480837|fgenesh2_kg.3__3538__AT2G18940.1
Length=2515
Score = 3749 bits (2030), Expect = 0.0
Identities = 2368/2524 (94%), Gaps = 51/2524 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 54 AATGGACGGAGCACTCTTCCCTCACAAACCTCCATACCCAATTCAATCCAAGAGACCTCC 113
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||
Sbjct 1 AATGGACGGAGCACTCTTCCCTCACAAACCTCCATACCCAATTCAATCCAAAAGATCTCC 60
Query 114 ACCATCTCAATCCTCTAACCAATCTATCAAATTCAGTTCCGCTActcttcacttacctcc 173
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
Sbjct 61 ACCACCTCAATCCTCTAACCAATCCATCAAATTCAGCTCCGCTACACTTCACTTACCTCC 120
Query 174 tccttctcctccttctttccctctcgattctcttcttcaccatctcgttcacctctcttc 233
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCTTCTCCTCCTTCTTTCCCTCTCGATTCTCTTCTTCACCATCTCGTTCACCTCTCTTC 180
Query 234 cccgcctcCTA-GACACTCCAACTCCGCCGCCGCTCGTTTCCCTTCTCTCGAAGTCTCGA 292
| ||||||| | |||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |
Sbjct 181 CACGCCTCC-ACGACA-T--------GCCGCTGCTCGTTTCCCTTCTCTCCAAGTCTCCA 230
Query 293 C-TGAT----TCATCA-T--CGTC--GA----A--A--CCCAT-TC---T---G----GG 323
| | || |||| | | |||| || | | ||||| || | | ||
Sbjct 231 CATCATCGGCTCATAAATGGCGTCACGAGTCGACGAAACCCATGTCGAGTTCTGTTCTGG 290
Query 324 -TATTGAAATTGAGAACGAGAGAAATGGGTCTTTGAAACT-CTTGTGTAAGAAAGAAGTT 381
| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||
Sbjct 291 GTGTTGAAATTGAGAACGAGAGAGATGGGTCTTTGAAGCTACT-GTGTAAGAAAGAAGTT 349
Query 382 GTCTTGGTTAATTCCATTGTTGAACAGCCTTTGACT-GGTTTGAGTAGGTTTTTT-GATT 439
||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| || || ||| || ||||
Sbjct 350 GTCTTGGTTAATTCCATTGTTGAACAGCCTTTGCCAAGGTTA-AGCAG-TTTCTTCGATT 407
Query 440 CTGTGAAATCGGAATTGCTTAGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGTCTAGATGATT 499
| |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 408 CGGTGAAATCTGAATCGCTTAGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGTCTGGATGATT 467
Query 500 CTGGGCATTGGGAAAGAGCTGtttttttGTTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCAAATTCTG 559
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 468 CTGGGCATTGGGAAAGAGCTGTTTTTTTATTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCGAATTCCG 527
Query 560 GAGCTTTGAAGCTAGATCATCAAGTTATCGAAATCTTTGTTAGGATTTTAGGTAGAGAAT 619
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 528 GAGCTTTGAAGCTAGATCATCATGTTATCGAAATCTTAGTTAGGATTTTAGGTAGAGAAT 587
Query 620 CTCAGTACTCTGTTGCAGCTAAGTTGCTCGATAAAATTCCTCTACAAGAATATCTCCTCG 679
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||||
Sbjct 588 CTCAGTACTCTGTTGCAGCTAAGTTGCTCGATAAAATTCCTCTACAAGACTATATGCTCG 647
Query 680 ATGTTCGGGCTTACACGACGATCTTACATGCGTATTCACGGACTGGGAAGTATGAAAAGG 739
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 648 ATGTTCGTGCTTACACGACGATCTTACATGCGTATTCACGGACAGGGAAGTATGAAAAGG 707
Query 740 CTATCGATTTGTTTGAGAGGATGAAAGAGATGGGTCCTTCACCTACTTTGGTGACTTACA 799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 708 CTATCGATTTGTTTGAGAGGATGAAAGAGATGGGTCCTTCACCTACTTTGGTGACTTACA 767
Query 800 ATGTGATTCTCGATGTTTTCGGGAAAATGGGTCGATCTTGGCGGAAAATTCTAGGGGTTT 859
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||
Sbjct 768 ATGTGATTCTCGATGTTTTCGGGAAAATGGGTCGATCTTGGAGGAAAATTCTTGGGGTTT 827
Query 860 TAGATGAAATGAGAAGCAAAGGATTGAAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTCT 919
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 828 TAGAGGAAATGAGAAGCAAAGGATTGAAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTAT 887
Query 920 CTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTAAGAGAGGCCAAGGAGTTTTTCGCTGAACTTAAGT 979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 888 CTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTAAGAGAGGCCAAGGACTTTTTCGCTGAACTTAAGT 947
Query 980 CATGCGGCTATGAACCTGGTACTGTTACGTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGTAAAG 1039
||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 948 CATGCGGCTATGAACCTGGAACTGTAACTTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGTAAAG 1007
Query 1040 CAGGAGTTTATACAGAAGCGTTGAGTGTTTTGAAAGAGATGGAGGAAAATAGCTGCCCAG 1099
||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||
Sbjct 1008 CAGGAGTTTATACAGAAGCATTGAGTGTTTTGAAGGAGATGGAGGAAAAAAACTGTCCAG 1067
Query 1100 CAGATTCTGTGACATATAATGAGCTTGTTGCTGCTTATGTTAGAGCTGGTTTTAGCAAGG 1159
| ||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1068 CTGATTCCGTGACATACAATGAGCTTGTTGCCGCTTATGTTAGAGCCGGTTTTAGCAAGG 1127
Query 1160 AAGCTGCTGGTGTCATTGAGATGATGACGAAAAAGGGTGTAATGCCGAACGCAATCACTT 1219
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1128 AAGCTGCTGGTGTCATTGAGATGATGACGCAAAAGGGTGTAATGCCAAACGCAATCACTT 1187
Query 1220 ATACTACAGTGATAGATGCATATGGAAAGGCGGGAAAGGAGGACGAGGCTTTGAAGCTGT 1279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1188 ATACTACAGTGATAGATGCATATGGAAAGGCGGGAAAAGAGGACGAGGCTTTGAAGCTGT 1247
Query 1280 TTTATAGTATGAAAGAAGCTGGTTGTGTTCCGAATACTTGCACCTACAATGCAGTGCTTA 1339
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1248 TTTATAGTATGAAAGAAGCTGGTTGTGTTCCGAATACTTGCACCTACAATGCAGTGCTTA 1307
Query 1340 GTCTGTTGGGGAAGAAGTCGAGATCCAACGAAATGATAAAGATGTTATGTGATATGAAGT 1399
|| |||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1308 GTATGTTAGGGAAAAAGTCGAGATCCAATGAAATGATAAAGATGTTATGTGATATGAAGT 1367
Query 1400 CTAATGGATGTTCCCCTAATCGTGCCACTTGGAACACAATGCTTGCTCTGTGTGGGAATA 1459
||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1368 CTAATGGGTGTTTCCCTAATCGGGCCACTTGGAACACAATGCTTGCTCTGTGTGGGAATA 1427
Query 1460 AGGGTATGGATAAGTTTGTGAACCGGGTGTTCCGTGAAATGAAGAGCTGCGGATTTGAAC 1519
| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1428 AAGGTATGGATAAGTTTGTGAACAGGGTGTTCCGTGAAATGAAGAGCTGCGGATTTGAAC 1487
Query 1520 CTGATAGGGACACATTCAACACGCTGATCAGTGCCTATGGGCGATGTGGTTCAGAGGTTG 1579
|||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1488 CTGATAGGGACACATTCAACACGCTGATTAGTGCTTATGGGCGATGTGGTTCAGAGGTTG 1547
Query 1580 ATGCATCGAAAATGTATGGTGAGATGACAAGAGCAGGGTTCAACGCTTGCGTTACGACTT 1639
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1548 ATGCATCAAAAATGTATGGTGAGATGACAAGAGCAGGGTTCAACGCTTGTGTTACAACTT 1607
Query 1640 ACAACGCGTTACTTAATGCCTTGGCAAGAAAAGGAGATTGGAGATCAGGCGAAAATGTGA 1699
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1608 ACAACGCGTTACTTAATGCCTTGGCTAGAAAAGGAGATTGGAGATCGGGCGAGAATGTGA 1667
Query 1700 TTTCCGACATGAAAAGTAAAGGTTTCAAACCTACTGAAACATCTTATTCCTTGATGCTTC 1759
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1668 TTTCCGACATGAAAAGTAAAGGTTTCAAACCCACTGAAACATCTTATTCCTTGATGCTTC 1727
Query 1760 AGTGTTATGCTAAAGGAGGGAACTATCTAGGGATAGAGAGAATCGAGAATAGGATAAAGG 1819
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| |
Sbjct 1728 AGTGTTATGCTAAAGGAGGGAACTATCTAGGAATAGAGAGAATCGAGGAGGGGATAAACG 1787
Query 1820 AGGGCCAAATATTCCCGAGCTGGATGCTTTTGAGAACATTACTCCTCGCAAACTTTAAAT 1879
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
Sbjct 1788 AGGGCCAAATATTCCCGAGCTGGATGCTTTTGAGAACACTACTTCTCGCAAACTTCAAAT 1847
Query 1880 GCCGAGCACTAGCAGGATCAGAGAGAGCATTCACATTGTTTAAAAAGCACGGATACAAAC 1939
||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1848 GCCGAGCACTAGCGGGATCAGAGAGAGCATTCACGTTGTTTAAAAAGCACGGATACAAAC 1907
Query 1940 CCGACATGGTGATTTTCAACTCAATGCTCTCCATTTTCACGAGGAACAACATGTACGATC 1999
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1908 CCGACATGGTGATTTTCAACTCAATGCTCTCCATTTTCACGAGGAACAACATGTACGATC 1967
Query 2000 AAGCAGAGGGGATTCT-CGAGTCTATCCGCGAGGATGGGCTAAGCCCGGATCTTGTAACC 2058
|||||||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1968 AAGCAGAGGGGATTCTTC-AGTCTATCCGCGAGGACGGGCTAAACCCGGATCTTGTAACC 2026
Query 2059 TACAACAGCCTGATGGACATGTACGTAAGAAGAGGAGAGTGTTGGAAAGCCGAAGAAATC 2118
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2027 TACAACAGCCTCATGGACATGTACGTAAGAAGAGGAGAGTGTTGGAAAGCCGAAGAAATC 2086
Query 2119 CTCAAGACTCTAGAAAAATCGCAGTTAAAACCGGACCTGGTCTCTTACAACACGGTGATC 2178
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2087 CTCAAGACTCTAGAAAAATCCCAGTTAAAACCGGACCTGGTCTCTTACAACACGGTGATC 2146
Query 2179 AAAGGTTTCTGCAGAAGAGGGTTGATGCAAGAAGCGGTTAGGATGCTGTCTGAGATGACA 2238
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2147 AAAGGTTTCTGCAGAAAAGGGTTGATGCAAGAAGCGGTTAGGATGCTCTCTGAGATGACA 2206
Query 2239 GAGCGGGGAATCAGACCGTGCATTTTCACTTACAACACGTTTGTTTCGGGTTACACGGCG 2298
|| || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2207 GAACGAGGAATCAGACCATGCATATTCACTTACAACACGTTTGTTTCGGGTTACACGGCA 2266
Query 2299 ATGGGAATGTTTGCAGAGATAGAAGATGTGATTGAGTGCATGGCGAAGAATGATTGCAGA 2358
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2267 ATGGGAATGTATGGAGAGATAGAAGATGTGATTGAGTGCATGGCGAAGAATGATTGCAGA 2326
Query 2359 CCAAATGAGCTGACTTTTAAAATGGTAGTAGATGGTTATTGCAGAGCAGGGAAGTATAGT 2418
|||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2327 CCAAATGAGCTGACTTTTAAGATGGTTGTGGATGGTTATTGCAGAGCAGGGAAGTATAGT 2386
Query 2419 GAAGCTATGGATTTTGTGTCCAAGATTAAGACCTTTGATCCTTGCTTCGATGATCAGTCT 2478
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2387 GAAGCTATGGATTTTGTATCCAAGATTAAGACCTTTGATCCTTGCTTTGATGATCAGTCT 2446
Query 2479 ATTCAACGGCTTGCTCTCCGAGTACGTGAGAATTTAGAATCCTAAATCAATTATATAttt 2538
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| || |
Sbjct 2447 ATTCAACGGCTTGCTCTTCGAGTACGTGAGAATTTAGAATCCTAA-T-AATAATACATGT 2504
Query 2539 ttct 2542
||||
Sbjct 2505 TTCT 2508
> Ahg924612 jgi|Araly1|924612|scaffold_200173.1
Length=811
Score = 562 bits (304), Expect = 5e-159
Identities = 348/369 (94%), Gaps = 4/369 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 342 GAGAAATGGGTCTTTGAAACT-CTTGTGTAAGAAAGAAGTTGTCTTGGTTAATTCCATTG 400
|||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 53 GAGAGATGGGTCTTTGAAACTAC-TGTGTAAGAAAGAAGTTGTCTTGGTTAATTCCATTG 111
Query 401 TTGAACAGCCTTTGACTGGTTTGAGTAGGTTTTTT-GATTCTGTGAAATCGGAATTGCTT 459
|||||||||||||| || | || || || |||||| |||||||||||||| |||||||||
Sbjct 112 TTGAACAGCCTTTGCCTAGATTAAGCAG-TTTTTTCGATTCTGTGAAATCTGAATTGCTT 170
Query 460 AGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGTCTAGATGATTCTGGGCATTGGGAAAGAGCT 519
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 171 AGAACTGATTTGGTTAGTTTGGTTAAGGGACTAGATGATTCTGGGCATTGGGAAAGAGCT 230
Query 520 GtttttttGTTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCAAATTCTGGAGCTTTGAAGCTAGATCAT 579
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 231 GTTTTTTTGTTTGAATGGTTAGTTTTGTCTTCGAATTCTGGAGCTTTGAAGCTAGATCAT 290
Query 580 CAAGTTATCGAAATCTTTGTTAGGATTTTAGGTAGAGAATCTCAGTACTCTGTTGCAGCT 639
||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 291 CAAGTTATCGAAATCTTAGTTAGGACTTTAGGTAGAGAATCTCAATACTCTGTTGCAGCT 350
Query 640 AAGTTGCTCGATAAAATTCCTCTACAAGAATATCTCCTCGATGTTCGGGCTTACACGACG 699
||||||||||| ||||||||||||||||| ||| | ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 351 AAGTTGCTCGACAAAATTCCTCTACAAGACTATATGCTCGATGTTCGTGCTTACACGACG 410
Query 700 ATCTTACAT 708
|||||||||
Sbjct 411 ATCTTACAT 419
Score = 556 bits (301), Expect = 2e-157
Identities = 348/370 (94%), Gaps = 6/370 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 767 AGATGGGTCCTT-CACCTACTTTGGTGACTTACAATGTGATTCTCGATGTTTTCGGGAAA 825
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 420 AGATGGGTCCTTCCACCTACTTTGGTGACTTACAATGTGATTCTCGATGTTTTTGGGAAA 479
Query 826 ATGGGTCGATCTTGGCGGAAAATTCTAGGGGTTTTAGATGAAATGAGAAGCAAAGGATTG 885
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 480 ATGGGTCGATCTTGGAGGAAAATTCTAGGGGTTTTAGAGGAAATGAGAAGCAAAGGATTG 539
Query 886 AAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTCTCTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTA 945
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 AAGTTTGATGAGTTTACTTGTAGTACTGTGCTATCTGCTTGTGCAAGAGAAGGTTTGTTA 599
Query 946 AGAGAGGCCAAGGAGTTTTTCGCTGAACTTAAGTCATGCGGCTATGAACCTGGTACTGTT 1005
|||||||| ||||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 600 AGAGAGGCGAAGGACTTTGTCACTGAACTTAAGTCATGCGGCTATGAACCTGGAACTGTA 659
Query 1006 ACGTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGTAAAGCAGGAGTT-T--ATACAGAAGCGTTG 1062
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||| |||
Sbjct 660 ACTTACAATGCTTTGTTGCAAGTTTTTGGCAAAGCAGGAGTTGTTTATACAGAAGCATTG 719
Query 1063 AGTGTTTTGAAAG-AGATGGAGGAAAATAGCTGCCCAGCAGATTCTGTGACATATAATGA 1121
|||||||| |||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 720 AGTGTTTT-AAAGGAGATGGAGGAAAACAACTGCCCAGCAGATTCTGTGACATACAATGA 778
Query 1122 GCTTGTTGCT 1131
||||||||||
Sbjct 779 GCTTGTTGCT 788
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 100558246800
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5