BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G19540.1
Length=1644
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480518 jgi|Araly1|480518|fgenesh2_kg.3__3219__AT2G19540.1 2612 0.0
> Ahg480518 jgi|Araly1|480518|fgenesh2_kg.3__3219__AT2G19540.1
Length=1650
Score = 2612 bits (1414), Expect = 0.0
Identities = 1579/1656 (95%), Gaps = 21/1656 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCTAAATTGATCATCGTCGTCCTTT-GAGTAATTTAGAAAAT---------CAAAATG 50
|||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 1 ATCCTAAATTGATCATCGTCCTCCTTTAGAGTTATTTAGAAAATCAGAAAGACCAAAATG 60
Query 51 GGTCGCAACGTCAAAACCAAGGCAAAGAGGAAGAACAAGAAGAAAGCAGAGGCGTCTTCT 110
|| |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 61 GGCCGCACCGTGAAAACCAAGGCAAAGAGGAAGAACAAGAAGAAGGCAGAGGCGTCTTCT 120
Query 111 TCCGAGATACCATCGATACCAACTAGGGTTTGGCAACCAGGTGTTGATACCCTTGAAGAT 170
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCCGAGATACCTTCGATACCAACTAGGGTTTGGCAACCAGGTGTTGATACCCTTGAAGAT 180
Query 171 GGAGAAGAACTTCAGTGTGACCCTTCTGCTTATAATTCTCTCCATGGCTTCCATGTTGGT 230
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 181 GGAGAAGAACTTCAGTGTGACCCTTCTGCTTATAATTCTCTCCATGGCTTTCATGTTGGT 240
Query 231 TGGCCCTGTCTGAGCTTTGACATTTTAGGTGATAAGTTGGGTTTGAACCGAACTGAGTTT 290
||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TGGCCTTGTTTGAGTTTTGACATTTTAGGTGATAAGTTGGGTTTGAACCGAACTGAGTTT 300
Query 291 CCTCACACACTTTATATGGTGGCTGGGACTCAGGCTGAGAAAGCAGCTCATAACTCCATA 350
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CCTCACACACTTTATATGGTGGCTGGGACTCAGGCTGAGAAAGCAGCTCATAACTCCATA 360
Query 351 GGGTTATTTAAAATCACCAACGTATCTGGTAAGAGACGTGATGTTGTGCCTAAGACATTT 410
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GGGTTATTTAAAATCACCAACGTATCTGGTAAGAGACGTGATGTTGTGCCTAAGACATTA 420
Query 411 G-GCAatggtgaggat--g-aggatgaggatgacgaagatgacagtgacagcgatgatga 466
| | |||||||| ||| | ||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 421 GCG-AATGGTGATGATATGGAGGATGAGGATGATGATGATGACAGTGACAGCGATGACGA 479
Query 467 tgacggagatgaAGCTTCTAAAACTCCAAATATTCAGGTTCGAAGGGTTGCTCACCATGG 526
||| |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 480 TGAAGGAGATGAAGCTTCCAAAACTCCTAATATTCAGGTTCGCAGGGTTGCTCACCATGG 539
Query 527 ATGTGTTAACCGTATACGTGCAATGCCACAAAACTCTCATATCTGTGTCTCTTGGGCAGA 586
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 540 ATGTGTTAACCGTATACGTGCAATGCCACAAAATTCTCATATCTGTGTCTCTTGGGCAGA 599
Query 587 TTCTGGTCATGTACAGGTCTGGGACATGAGCTCTCATCTTAATGCTTTAGCCGAATCAGA 646
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 TTCTGGTCATGTACAGGTCTGGGACATGAGCTCTCATCTTAATGCTTTAGCCGAATCAGA 659
Query 647 AACAGAGGGTAAAGATGGAACTTCACCGGTTCTTAACCAAGCACCCTTGGTTAACTTTTC 706
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 660 AACAGAAGGTAAAGATGGAACTTCACCGGTTCTTAACCAAGCACCCTTAGTAAACTTTTC 719
Query 707 TGGTCACAAAGATGAAGGCTATGCTATAGACTGGAGTCCTGCAACCGCTGGAAGACTTCT 766
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 720 TGGCCACAAAGATGAAGGCTATGCTATAGATTGGAGTCCTGCAACCGCTGGAAGACTTCT 779
Query 767 TTCCGGGGACTGCAAGAGTATGATTCACCTGTGGGAGCCAGCTTCTGGTTCATGGGCTGT 826
|||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 780 TTCCGGGGACTGCAAGAGTATGATTCACTTATGGGAGCCAGCTTCTGGTTCATGGGCTGT 839
Query 827 TGATCCTATTCCGTTCGCTGGACACACTGCAAGTGTTGAAGATTTACAATGGAGTCCAGC 886
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 840 TGATCCTATTCCGTTCGCTGGACACACTGCAAGTGTTGAAGATTTACAATGGAGTCCAGC 899
Query 887 CGAAGAAAACGTGTTTGCCTCATGTTCTGTGGATGGGAGTGTTGCAGTCTGGGATATTCG 946
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 900 CGAAGAAAACGTGTTTGCTTCATGTTCTGTGGATGGGAGTGTTGCAGTATGGGATATCCG 959
Query 947 ACTTGGGAAGTCCCCTGCACTATCTTTCAAGGCACATAACGCAGATGTGAATGTCATCTC 1006
||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 960 TCTTGGGAAGTCGCCTGCACTATCTTTCAAGGCACATAACGCAGATGTGAATGTCATCTC 1019
Query 1007 ATGGAACAGGCTGGCTAGTTGCATGTTGGCCTCAGGAAGTGATGACGGGACATTCTCCAT 1066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1020 ATGGAACAGGCTGGCTAGTTGCATGTTGGCCTCAGGAAGTGATGACGGGACATTCTCCAT 1079
Query 1067 CCGTGATCTTAGACTGATCAAAGGTGGAGATGCTGTGGTAGCACATTTTGAGTACCATAA 1126
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1080 CCGTGATCTTAGACTGATCAAAGGTGGAGATGCAGTGGTAGCACATTTTGAGTACCATAA 1139
Query 1127 GCATCCTATTACGTCAATTGAATGGAGCGCTCATGAAGCTTCGACACTTGCAGTCACTTC 1186
||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 GCACCCTATCACTTCAATTGAATGGAGCGCTCATGAAGCTTCGACACTTGCAGTCACTTC 1199
Query 1187 CGGTGATAACCAGCTCACGATATGGGATCTATCCTTAGAGAAGGATGAAGAAGAAGAGGC 1246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1200 CGGTGATAACCAGCTCACGATATGGGATCTATCCTTAGAGAAGGATGAAGAAGAAGAGGC 1259
Query 1247 AGAGTTCAATGCACAGACCAAGGAACTAGTCAACACACCTCAAGACTTGCCTCCTCAGCT 1306
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1260 AGAGTTCAAGGCACAGACCAAGGAACTAGTCAACACACCTCAAGACTTGCCTCCCCAGCT 1319
Query 1307 TCTCTTTGTTCACCAAGGACAAAAAGATCTGAAGGAACTTCACTGGCACAACCAGATTCC 1366
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1320 TCTCTTTGTTCACCAAGGACAAAAGGATCTGAAGGAACTTCACTGGCACAACCAGATTCC 1379
Query 1367 GGGGATGATCATCTCAACTGCTGGTGATGGTTTCAACATCTTAATGCCTTACAACATTCA 1426
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1380 GGGGATGATCATCTCAACTGCTGCTGATGGTTTCAACATCCTAATGCCTTACAACATTCA 1439
Query 1427 GAACACGCTTCCGTCTGAGCTACCAGCCTGAAAGACAAGGTCTTACTCTGAAAACTCTTG 1486
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||
Sbjct 1440 GAACACACTTCCGTCTGAGCTACCAGCCTGAAAGACGGGGTCTTTCTCTGAAAACTCTTG 1499
Query 1487 AAGTATTACTCATAGTTTTGTGTTGTCCTCTCTCTGTTCTCTTTCCTTGTATCATTGATG 1546
||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1500 AAGTACTACTCATAGTTT-GTACTGTCCTCTCTCTGTTCTCTTTCATTGTATCATTGATA 1558
Query 1547 GCAAGTTGCAAGAATTAT-ACACTCTTTCACAAGTTTCAAGTTTTCATCATCAGTTTATT 1605
||||||| |||||||||| | |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GCAAGTTTCAAGAATTATTATACTCTTTCACAACTTTGAAGTTTTCATCATCAGTTTATT 1618
Query 1606 TACTGATTTCAGTTGTGACAAAATGTCAAATTTTGA 1641
||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1619 ----GATTTCAGTTGTGACAAAATGTCAATTTTTGA 1650
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61630016410
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5