BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G19620.1
Length=1253
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480508 jgi|Araly1|480508|fgenesh2_kg.3__3209__AT2G19620.1 2111 0.0
> Ahg480508 jgi|Araly1|480508|fgenesh2_kg.3__3209__AT2G19620.1
Length=1241
Score = 2111 bits (1143), Expect = 0.0
Identities = 1209/1241 (97%), Gaps = 4/1241 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 4 TCTTTCAATTTCAGTTTCAAGATAGAAAGAGCAAGAAAGGCGCAGTCTTT--GGG--GGT 59
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1 TCTTTCAATTTCAATTTCAAGATAGAAAGAGCAAGAAAGGCGCAGTCTTTGGGGGTTGGT 60
Query 60 TTCTCGGGTCATGGTGGGTTTAAACAACGCCGTCTCACTCGACATTGAAGAGATCTGCAA 119
||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 61 TTCTCGGGTCATGGTGGGTTTAAACGACGACGTCTCACTCGACATTGAAGAGATCTACAA 120
Query 120 TGGTGGCAAGGAGCATCATGTCAAAACTTGCCATGGTTCAGTTTCAGTTGTAGTATATGG 179
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 121 TGGTGGCAAGGAGCATCATGTCAAAACTTGCCATGGTTTAGTTTCAGTTGTAGTGTATGG 180
Query 180 AGATCAAGAGAAACCAGCATTGATCACTTATCCAGATGTAGCACTAAACTATATGTCTTG 239
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 181 AGATCAAGAGAAACCAGCATTGATCACTTATCCAGATGTAGCACTAAACTATATGTCGTG 240
Query 240 TTTCCAAGGATTGTTTCTATGCCCTGAAGCAGTGTCCTTACTGCTCCATAATTTCTGCAT 299
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 TTTCCAAGGATTGTTTCTATGCCCTGAAGCGGTGTCCTTACTGCTCCATAATTTCTGCAT 300
Query 300 CTACCATATTAGTCCTCCAGGACATGAGTTTGGAGCTGCTCCAGTTTGTTCCAATGATCC 359
||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CTACCATATTAGTCCCCCAGGACATGAGGTTGGAGCTGCTCCAGTTTGTTCCAATGATCC 360
Query 360 GTCACCTTCTGTTGAAGACCTCGCGGACCAGATTCTTGAAGTATTGAACTTCTTTAGCCT 419
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTCACCTTCTGTTGAAGACCTCGCGGGCCAGATTCTTGAAGTATTGAACTTCTTTAGCCT 420
Query 420 CGAGGCAGTAATGTGCATGGGAATCACAGCTGGTGCCTACATCCTTTCCTTGTTTGCTAT 479
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 421 TGAGGCAGTAATGTGCATGGGGATCACAGCTGGTGCCTACATCCTTTCCTTGTTTGCTAT 480
Query 480 TAAACATAAAGAACGAGTTTTGGGTTTGATTCTTATATCGCCTCTATGCAAAGCACCCTC 539
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 TAAACATAAAGAACGAGTTTTGGGTTTGATTCTTATATCGCCTCTATGCAAAGCACCCTC 540
Query 540 ATGGTCTGAATGGTTTTATTACAAGGTTGTGTCAAACTTATTGTACTACTATGGCATGTC 599
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 ATGGTCTGAATGGTTTTATTACAAGGTTGTGTCAAACTTATTGTACTACTATGGCATGTC 600
Query 600 TGGACTGTTAAAAGATATTTTCCTTCAGAGGTACTTCAGTAAGGAAGCTCGTGGTAGCTC 659
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 TGGACTGTTAAAAGATGTTTTCCTTCAGAGGTACTTCAGTAAGGAAGCTCGTGGTAGCTC 660
Query 660 TGAAGTTCCAGAGCGGGATGTGGTACATGAATGCAGAAGACTGCTAGGTGAAAGACACGG 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 TGAAGTTCCAGAGCGGGATGTGGTACATGAATGCAGAAGACTGCTAGGTGAAAGACACGG 720
Query 720 TAGTAGTCTTATGCGGTTTCTAGAAGCAGTTAACAGGAGACATGACTTAACTGATGGATT 779
||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 TAGTAGTCTTATGCGATTTCTGGAAGCAGTTAACAGGAGACATGACTTAACTGATGGATT 780
Query 780 GAAGAGTTTGAAATGCCGTACACTCATCTTTGTTGGCGACCAATCTCCTTTCCACTCTGA 839
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 GAAGAGTTTGAAATGCCGTACACTCATCTTTGTTGGCGACCAATCTCCTTTCCACTCTGA 840
Query 840 AACTCTTCACATGGTGACAGCATTGGACAGAAAGTACAGCGCCTTGGTTGAGGTGCAAGC 899
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 AACTCTTCACATGGTGACAGCATTGGACAGAAAATACAGCGCCTTGGTTGAGGTGCAAGC 900
Query 900 TTGTGGATCAATGGTGACAGAAGAGCAACCACATGCAATGTTGATACCAATGGAGTTCTT 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 901 GTGTGGATCAATGGTGACAGAAGAGCAACCACATGCAATGTTGATACCAATGGAGTTCTT 960
Query 960 TTTCATGGGGTTTGGATTGTATCGGCCTGGTCGGGTTAGCGATAGCCCCCGGAGTCCACT 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 961 TTTCATGGGGTTTGGATTGTATCGGCCTGGTCGGGTTAGCGATAGCCCCCGTAGTCCACT 1020
Query 1020 AAGTCCGTCATGTATTTCGCCAGAGCTTCTATCACCAGAGAGTCTTGGTTTGAAGTTAAA 1079
||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1021 CAGTCCGTCATGTATTTCGCCAGAGCTTCTTTCTCCAGAGAGTCTTGGTTTGAAGCTAAA 1080
Query 1080 GCCAATAAAAACTCGGGTTCCCACGAAATGTTAAAGCCACCACACACGTTGATTCATTGT 1139
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1081 GCCAATAAAAACTCGGGTTCCCACGAAATGTTAAAGCCACCACACACGTTGATTCATTGT 1140
Query 1140 ATTCTTCCTCTCATATTTGGTTTATCAATTCAAATATTCTTTTATTAAATTCGTGTTTGT 1199
||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1141 ATTTTTCCTCTCATATTTGGCGTATCAATTCAAATATTCTTTTATTAAATTTGTGTTTGT 1200
Query 1200 ACTTTGTAATCGATTAACTCAAAAACTCTTTATTTATAAGA 1240
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 ACTTTGTAATCGCTTAACTCAAAAACTCTTTATTTATAAGA 1241
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 46814942076
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5