BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G19880.2
Length=2041
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg319569 jgi|Araly1|319569|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002585 2656 0.0
> Ahg319569 jgi|Araly1|319569|fgenesh1_pm.C_scaffold_3002585
Length=1566
Score = 2656 bits (1438), Expect = 0.0
Identities = 1524/1566 (97%), Gaps = 3/1566 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 119 ATGTCTACATTGGACTCCATTGATGCGATTCTCTTCTCTCTTAGCAGAGCTTTTACAAGC 178
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGTCTACATTGGACTCCATTGATGCGATTCTCTTCTCTCTTAGCAGAGCTTTTACAAGC 60
Query 179 CCTTTCGCTGTCTTCGTTCAGATCCAGGGGTGTACAATATGCTTACTACTTGCTCTCGGC 238
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 61 CCTTTCGCTGTCTTCGTTCAGATCCAGGGGTGTACAATATGCTTACTTCTTGCTCTCGGC 120
Query 239 TGGTTATTGGCTGAATATGTCAGGAATCGTGAGGTTAAGAGAATTAAAAACAGCATAAAA 298
|||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 121 TGGTTAATGGCTGAATATGTCAGGAACCGTGAGGTTAAGAGAATTAAAAAAAGCATAAAA 180
Query 299 GCGGGCAATAGCTTGGCGTTTCTTTATCAAGATATCAATGAACTTGAGCACTCTAGGCAG 358
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 GCGGGCAATAGCTTGGCGTTTCTTTATCAAGATATCAATGAACTTGAGCACTCTAGGCAG 240
Query 359 GTTAAACTTCCTAGAGTTTCAGTTGTCATGCCTCTAAAAGGTTTTGGAGAACACAATTTA 418
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 GAAAAACTTCCCAGAGTTTCAGTTGTCATGCCTCTAAAAGGTTTTGGAGAACACAATTTG 300
Query 419 CACAACTGGAGAAGTCAGATTACTTCTCTCTATGGTGGGCCATTGGAATTCCTTTTTGTT 478
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 CACAACTGGAGAAGTCAGATTACTTCTCTCTATGGTGGGCCATTGGAATTCCTTTTTGTT 360
Query 479 GTAGAAAGTACGGAAGACCCTGCATATCACGCTGTTTCCCGTCTATTATCTATGTATCAG 538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 361 GTAGAAAGTACGGAAGACCCTGCATATCACGCTGTTTCCCGTCTATTATCTATGTATCAG 420
Query 539 GATCATGTTGAAGCTAAGGTCGTGGTTGCTGGTTTATCAACAACATGTAGCCAGAAAATT 598
||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||
Sbjct 421 GATCACGTTGAAGCTAAGGTTGTGGTTGCTGGTTTATCGACAACTTGCAGCCAGAAAATT 480
Query 599 CATAATCAGTTGATTGGAGTTGAAAAAATGCACAAAGATACCAAATATGTGTTATTTTTG 658
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 481 CATAATCAGTTGATTGGAGTTGAAAAAATGCACAAAGATACCAAATATGTGTTATTTTTG 540
Query 659 GATGATGATGTTAGACTGCATCCTGGAACAATCGGAGCTCTCACGACTGAGATGGAGAAA 718
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GATGATGATGTTAGACTGCACCCTGGAACAATCGGAGCTCTCACGACTGAGATGGAGAAA 600
Query 719 AATCCAGA---GATATTTATTCAAACTGGGTATCCTCTAGACTTGCCGTCTGGGACTCTT 775
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 AATCCAGAGGTGATATTTATTCAAACTGGGTATCCTCTAGACTTGCCGTCTGGGACTCTT 660
Query 776 GGGAGTTATTGCATCTATGAGTACCACATGCCTTGCTCAATGGGATTTGCGACTGGTGGA 835
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GGGAGTTATTGCATCTATGAGTACCACATGCCTTGCTCAATGGGATTTGCGACTGGTGGA 720
Query 836 AGAACATTCTTTTTGTGGGGAGGATGTATGATGATGCATGCTGATGATTTCAGACAAGAT 895
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 721 AGAACATTCTTTTTGTGGGGAGGGTGTATGATGATGCATGCCGATGATTTCAGACAAGAT 780
Query 896 CGGTACGGTGTTGTCTCTGGCTTACGTGATGGTGGATATTCAGATGATATGACACTTGCC 955
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 781 CGGTACGGTGTTGTCTCTGGCTTACGTGATGGTGGATATTCAGATGATATGACACTTGCC 840
Query 956 TCTCTAGCAGGTGCTCATAAGAGGCTCATTACATCTCCTCCTGTTGCTGTTTTCCCTCAC 1015
||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 841 TCTCTAGCAGGTGCTCACAAGAGGCTCATTACATCTCCTCCTGTTGCTGTTTTCCCTCAT 900
Query 1016 CCTCTCGCGAGTGATCTAAGTTTTGGACGATACTGGAACTACTTGAGAAAACAAACCTTT 1075
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 901 CCTCTCGCAAGTGATCTAAGTTTTGGACGATACTGGAACTACTTGAGAAAGCAAACCTTT 960
Query 1076 GTGCTAGAATCATACATATCGAAAGTTAACTGGATAATGAACAAGGCTTTGTTTGCTGTC 1135
||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 961 GTGCTAGAATCTTACATATCCAAAGTCAACTGGATAATGAACAAGGCTTTGTTTGCCGTC 1020
Query 1136 CATTGTTATCTTTCATGGGGTTTTGTTGCACCATATGTTATGGCTATCATTCACATCACA 1195
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1021 CACTGTTATCTTTCATGGGGTTTTGTTGCACCATATGTTATGGCTGTCATTCACATCACA 1080
Query 1196 TCAGCTTTAAGAATCTACATCAAGGGCTATCATCAACTTGAAGACACGACCTCTGCTTCT 1255
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1081 TCAGCTTTAAGAATCTACATCAAGGGCTATCATCAACTTGAAGACACGACCTTTGCTTCT 1140
Query 1256 GGTGGTATGATGCTTGTTATAACGTTGGCGATCTGCACCTTCATCGAGCTTCTGTCAATG 1315
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1141 GGTGGTATGATGCTTGTTATAACGTTGGCGATCTGCACCTTCATCGAGCTTCTTTCAATG 1200
Query 1316 TGGAATTTGACGAGACGAGAAGTTCAGCTATGCAATATGTTATCCCCTGAGGCTCCCCGT 1375
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1201 TGGAATTTGACGAGACGAGAAGTTCAGCTATGCAATATGTTATCCCCTGAGGCTCCCCGT 1260
Query 1376 CTCTCTCTTGCAACTTACAACTGGGGACTTGTTTTTGTAGCAATGCTTGTAGACAACTTC 1435
|| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1261 CTTTCTCTTGCAACTTATAATTGGGGACTTGTTTTTGTAGCAATGCTTGTAGACAACTTC 1320
Query 1436 CTATATCCGATATCAGCTTTCCGGTCTCATTTTTCTCAATCCATAAACTGGTCTGGAATC 1495
||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1321 CTATACCCGATCTCAGCTTTCCGTTCTCACTTTTCTCAATCCATAAACTGGTCTGGAATC 1380
Query 1496 AGATACCACTTGAAAGATGGAAAGATATTCAAGATTGAGAGACGAAAGGATATGGGACCA 1555
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1381 CGATACCACTTGAAAGATGGAAAGATATTCAAGATTGAGAGACGAAAGGATATGGGACCA 1440
Query 1556 ACAAAGACTGATTTAGGAGGCAAACATTTGTATGGTAAGAAAGGAGCTCCTCAGAAAGCT 1615
||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1441 GCAAAGACCGATTTAGGAGGCAAACACTTGTATGGTAAGAAAGGAGCTCCTCAGAAAGCT 1500
Query 1616 TCATTCTTAAGCTCATTGGGAAGAAATTTGGCTCACTGGCGACAACCGAAAAAATTCGAT 1675
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1501 TCATTCTTAAGCTCATTGGGAAGAAATTTGGCTCACTGGCGACAACCGAAAAAATTCGAT 1560
Query 1676 GTTTaa 1681
||||||
Sbjct 1561 GTTTAA 1566
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76751843675
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5