BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20000.1
Length=2881
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480470 jgi|Araly1|480470|fgenesh2_kg.3__3171__AT2G20000.1 4193 0.0
Ahg925439 jgi|Araly1|925439|scaffold_201000.1 313 6e-84
Ahg931379 jgi|Araly1|931379|scaffold_303836.1 82.4 2e-14
> Ahg480470 jgi|Araly1|480470|fgenesh2_kg.3__3171__AT2G20000.1
Length=2651
Score = 4193 bits (2270), Expect = 0.0
Identities = 2549/2679 (95%), Gaps = 38/2679 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 212 AAGGCTAATGGGTCTGTCACGTGCGGAATAGACTGAAAACAGAGCATCGCACGTGCCGCA 271
||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 AAGGCTAATGGATCTGTCACGTGCGGAATTGTTTGAAAACAGAGCATCGCACGTGCCGCA 60
Query 272 TCAAAATTTGAAATCACGACGACTTCaaaaaaatcccaaatggtaagaaaaaaataaaaa 331
|||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||| |
Sbjct 61 TCAAAATTTGAAATCACGACGACTTC-AAAAAA----AAA----AA-AAAAAAAT----A 106
Query 332 gttgcagaaaaaacagaaaaCCctcttttctctctcttctctctctctcGAGGAAGAAAG 391
||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 107 GTTGCAGAAAAAACAGAAAACCCACGTTTCTCTCTCTTCTCTCTCTCTCGAAGAAGAAAG 166
Query 392 GCAACAACTATGGAAGCTATGCTTGTGGACTGTGTAAACAACAGTCTTCGTCATTTTGTC 451
| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 167 G---CAACTATGGAAGCTATGCTTGTGGACTGTGTGAACAACAGTCTTCGTCATTTTGTC 223
Query 452 TACAAAAATGCTATTTTCATGTGCGAGCGTCTCTGCGCTGAGTTTCCTTCTGAGGTTAAT 511
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 224 TACAATAATGCTATTTTCATGTGCGAGCGTCTCTGCGCTGAGTTTCCTTCTGAGGTTAAT 283
Query 512 TTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCTGCAGAATAATCAAGCTTACAGTGCATATCATCTG 571
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 284 TTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCTGCAGAATAATCAAGCTTACAGTGCATATCATTTG 343
Query 572 CTAAAGGGAACACAAATGGCTCAGTCCCGATACTTGTTCGCATTATCATGCTTCCAGATG 631
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 344 CTAAAGGGAACACAAATGGCTCAGTCCCGGTACTTGTTCGCGTTATCATGCTTCCAGATG 403
Query 632 GACCTTCTCAATGAAGCTGAATCTGCACTCTGCCCTGTTAATGAACCTGGTGCGGAGATC 691
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 GACCTTCTCAATGAAGCTGAATCTGCACTCTGCCCTGTTAATGAACCTGGTGCGGAGATC 463
Query 692 CCAAATGGTGCAGCAGGCCATTACCTTCTTGGACTTATTTACAAGTATACTGATAGAAGG 751
|||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 CCAAATGGTGCAGCTGGGCATTACCTTCTTGGACTTATTTACAAGTATACTGATAGAAGG 523
Query 752 AAGAATGCTGCTCAACAATTTAAACAGTCCTTGACAATAGACCCTCTACTTTGGGCTGCA 811
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 524 AAGAATGCTGCTCAACAATTTAAACAGTCTTTGACAATAGACCCTCTACTTTGGGCCGCA 583
Query 812 TATGAGGAATTATGTATATTAGGTGCTGCTGAGGAAGCAACTGCAGTTTTTGGTGAAACA 871
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 584 TATGAGGAATTATGTATATTAGGTGCTGCTGAGGAAGCAACTGCGGTTTTTGGTGAAACA 643
Query 872 GCTGCTCTCTCCATTCAAAAGCAGTATATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGGCTTAAAC 931
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 644 GCTGCTCTCTCTATTCAAAAGCAGTACATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGTCTTAAAC 703
Query 932 ACTTACAACGAGGAACGTAATTCAACTTCTACTAAAAACACGAGTTCTGAAGATTATAGT 991
|| || || |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 ACGTATAATGAGGAACGTAATTCGACTTCTATTAAAAACACGAGTTCTGAAGATTATAGT 763
Query 992 CCAAGGCAGTCTAAACACACACAAAGCCATGGCCTTAAAGATATCTCCGGAAATTTCCAT 1051
|| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 764 CCCAGGCAGTCTAAACACACACAAAACCATGGCCTTAAAGATATCTCTGGAAATTTCCAT 823
Query 1052 TCTCATGGAGTTAATGGAGGTGTTTCGAACATGTCATTCTATAATACGCCTTCGCCAGTG 1111
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 824 TCTCATGGACTTAATGGAGGTGTTTCGAACATGTCATTCTATAATACTCCTTCACCAGTG 883
Query 1112 GCTGCACAGCTATCCGGTATAGCTCCACCACCACTTTTCCGGAATTTTCAGCCAGCTGTT 1171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 884 GCTGCACAGCTATCCGGTATAGCTCCACCACCACTTTTCCGGAATTTTCAGCCAGCTGTT 943
Query 1172 GCAAACCCAAACTCCCTTATTACTGACAGTTCTCCAAAGTCCACTGTTAACTCTACTCTT 1231
||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 944 GCAAATCCAAACTCTCTTATTACTGACAGTTCTCCAAAGTCCACAATTAACTCTACTCTT 1003
Query 1232 CAAGCACCTAGAAGAAAGTTTGTAGATGAAGGAAAGTTACGTAAGATTTCTGGCAGACTA 1291
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1004 CAAGCACCCAGAAGAAAGTTTGTAGATGAAGGAAAGTTACGTAAGATTTCTGGCAGGCTA 1063
Query 1292 TTTTCTGATTCTGGTCCACGACGGAGTTCAAGACTGTCTGCTGATTCAGGGGCAAACATT 1351
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1064 TTTTCTGATTCTGGTCCACGACGGAGCTCAAGACTGTCTGCTGATTCAGGGGCAAACACT 1123
Query 1352 AATTCAAGTGTTGCAACAGTAAGCGGAAATGTGAACAACGCTTCCAAGTATTTGGGAGGT 1411
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 AATTCAAGTGTTGCAACAGTAAGCGGAAATGTGAACAACGCTTCCAAGTATTTGGGAGGT 1183
Query 1412 TCTAAATTGAGTTCTTTGGCACTTCGTTCTGTAACACTTCGGAAGGGACACTCCTGGGCA 1471
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1184 TCTAAATTGAGTTCTTTGGCACTTCGTTCTGTAACACTTCGGAAGGGACACTCCTGGGCA 1243
Query 1472 AATGAAAACATGGATGAAGGGGTCCGTGGGGAACCTTTTGATGATTCAAGGCCTAATACT 1531
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1244 AATGAAAACATGGATGAAGGGGTCCGTGGGGAACCTTTTGATGATTCAAGGCCTAATACT 1303
Query 1532 GCCTCAACGACTGGTTCTATG--GCT---TCCAATGATCAAGAAGACGAAACAATGTCGA 1586
|||||||||||| | | ||| ||| ||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1304 GCCTCAACGACT--TCCAATGATGCTAAATCCTGTGATCAAGAAGATGAAACAATGTCGA 1361
Query 1587 TTGGTGGCATAGCAATGAGTTCTCAAACAATCACAATTGGTGTTTCGGAAATTTTAAACC 1646
||||||||| ||| ||||| | | || ||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1362 TTGGTGGCACAGCGATGAG-T-GC-AAGAATCACAATTGGTGTTTCGGAAATTTTGAACC 1418
Query 1647 TCCTTAGGACACTCGGAGAAGGGTGTAGACTTTCATACATGTACAGGTGTCAGGAGGCAC 1706
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1419 TCCTTAGGACACTCGGAGAAGGGTGTAGACTTTCGTACATGTACAGGTGTCAGGAGGCAC 1478
Query 1707 TGGATACGTATATGAAACTTCCACATAAGCATTATAATACAGGATGGGTTCTTTCCCAGG 1766
||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1479 TGGATACATATATGAAACTCCCACATAAGCATTATAATACAGGATGGGTTCTATCCCAGG 1538
Query 1767 TCGGGAAAGCATACTTTGAACTAATTGACTATTTAGAGGCTGAAAAGGCATTCCGTCTTG 1826
||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1539 TCGGGAAGGCATACTTTGAATTAATTGACTATTTAGAAGCTGAAAAAGCATTCCGTCTTG 1598
Query 1827 CCCGTCTGGCTTCTCCTTATTGCTTAGAAGGAATGGATATATACTCTACGGTCCTCTATC 1886
|||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1599 CCCGCCAGGCTTCTCCTTATCGCTTAGAAGGAATGGATATATACTCTACGGTCCTCTACC 1658
Query 1887 ATTTGAAGGAAGACATGAAGCTGAGTTACTTGGCTCAGGAACTAATATCAACCGATCGCT 1946
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1659 ATTTGAAGGAAGATATGAAGCTGAGTTACTTGGCTCAGGAACTAATATCAACCGATCGCT 1718
Query 1947 TAGCTCCTCAATCTTGGTGTGCTATGGGAAATTGCTATAGCTTGCAAAAGGACCATGAGA 2006
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1719 TAGCCCCTCAATCTTGGTGTGCTATGGGAAATTGCTATAGCTTGCAAAAGGACCATGAGA 1778
Query 2007 CCGCACTGAAGAATTTCCTACGAGCTGTTCAACTGAATCCAAGATTTGCATATGCACATA 2066
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1779 CCGCACTGAAGAATTTCCTACGAGCTGTTCAACTGAATCCAAGATTTGCATATGCACATA 1838
Query 2067 CCTTATGTGGCCACGAATACACAACTCTTGAGGATTTTGAGAACGGAATGAAAAGTTACC 2126
|| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1839 CCCTATGTGGCCACGAATACACAACTCTTGAAGATTTTGAGAACGGAATGAAAAGTTACC 1898
Query 2127 AAAACGCACTTCGTGTAGATACAAGACACTACAACGCATGGTACGGGCTTGGAATGATAT 2186
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1899 AAAACGCACTTCGTGTAGATACAAGACACTACAACGCATGGTACGGGCTTGGAATGATAT 1958
Query 2187 ATCTACGCCAAGAGAAGTTAGAGTTCTCAGAGCATCACTTCAGAATGGCTTTCCTAATAA 2246
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1959 ATCTACGCCAAGAGAAGTTAGAGTTCTCAGAGCATCACTTCAGAATGGCTTTCCTAATAA 2018
Query 2247 ACCCGAGTTCCTCTGTTATAATGTCTTATTTAGGGACATCTTTGCATGCCTTGAAGAGAA 2306
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 2019 ACCCGAGTTCATCTGTTATAATGTCTTATTTAGGGACATCTTTGCATGCCTTAAAGAAAA 2078
Query 2307 GTGAGGAAGCACTAGAGATAATGGAGCAAGCCATAGTAGCAGATAGAAAAAACCCTCTTC 2366
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2079 GTGAGGAAGCACTAGAGATAATGGAGCAAGCTATAGTAGCAGACAGAAAAAACCCTCTTC 2138
Query 2367 CAATGTACCAGAAAGCTAACATACTTGTCTGCTTAGAAAGATTAGATGAAGCTCTAGAAG 2426
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2139 CAATGTACCAGAAAGCTAACATACTTGTCTGCTTAGAAAGATTAGATGAAGCTCTAGAAG 2198
Query 2427 TTCTTGAGGAGCTCAAAGAGTATGCGCCTTCAGAGAGCAGCGTTTACGCTTTAATGGGCA 2486
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2199 TTCTTGAGGAGCTCAAAGAGTATGCGCCTTCAGAGAGCAGCGTTTACGCTTTAATGGGGA 2258
Query 2487 GGATCTATAAGCGGCGAAACATGCACGATAAAGCCATGCTTCATTTCGGTCTAGCTTTAG 2546
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2259 GGATCTATAAGCGGCGAAACATGCACGATAAGGCCATGCTTCATTTCGGTCTAGCTTTGG 2318
Query 2547 ATATGAAACCGCCTGCAACTGACGTTGCTGCAATAAAGGCTGCAATGGAGAAATTGCATG 2606
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2319 ATATGAAACCGCCTGCAACTGACGTTGCTGCAATAAAGGCTGCAATGGAGAAATTGCATG 2378
Query 2607 TTCCAGATGAGATCGATGAGAGCCCGTGAAACCATAGCTACTCCAAGAACCTTGGGTATG 2666
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||| | | ||||||||||||||| ||||
Sbjct 2379 TTCCAGATGAGATCGACGAGAGCCCATGAAACCATTGATGCTCCAAGAACCTTGG-TATG 2437
Query 2667 AATTAATGTGAGACCGTTGCTGCTCCACGAACCATGGGTATGAATTATTTAGTGCAAAGC 2726
||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 2438 AATTAATATGAAACCGTTGCTGCTCCACGAACCATGGGTATGAAATATTT-GTGCAAAGC 2496
Query 2727 CTACCTCTTTTAGGGAACTAGTTGGGT-TTGAATGTAGTTTTGTTACCAAA-CCGTAACA 2784
||||||||||||||||||||||||||| || ||| | ||| || |||||| ||||||||
Sbjct 2497 CTACCTCTTTTAGGGAACTAGTTGGGTCTTAAATCTC-TTTGGT-ACCAAAACCGTAACA 2554
Query 2785 CAGCCACAAGAGC---CCACATGACTTGAGTATGTATCATGAGTTGATCTGTATGTTGTC 2841
||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2555 CAGCCACAAGAACTTACCACATGACTTGAGTATGTATCATGAGTTGATCTGTATGTTGTC 2614
Query 2842 CGTAACACTACCTAATCGCAATATATGATTTTTCCACAT 2880
| |||| ||| || ||||||||||| | ||| ||||||
Sbjct 2615 CATAAC--TACTTATTCGCAATATATAAATTTACCACAT 2651
> Ahg925439 jgi|Araly1|925439|scaffold_201000.1
Length=362
Score = 313 bits (169), Expect = 6e-84
Identities = 203/219 (93%), Gaps = 3/219 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 832 AGGTGCTGCTGAGGAAGCAACTGCAGTTTTTGGTGAAACAGCTGCTCTCTCCATTCAAAA 891
||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 81 AGGGGCTGCTGAGGAAGCAACTGCGGTTTTTGGTGAAACAGCTGCTCTCTCCATTCAAAA 140
Query 892 GCAGTATATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGGCTTAAACACTTACAACGAGGAACGTAA 951
|||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 141 GCAGTACATGCAACAACTGTCAACTTCCCTCGGTTTAAACACGTACAATGAGGAACGTAA 200
Query 952 TTCAACTTCTACTAAAAACACGAG-TTCTGAAGATTATAGTCCAAGGCAGTCTAAACACA 1010
||||| |||||||||| || | || |||||| |||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 201 TTCAAATTCTACTAAAGACCC-AGGTTCTGAGGATTATAGTCTGAGGCAGTCTAAACACA 259
Query 1011 CACAAAGCCATGGCCTTAAA-GATATCTCCGGAAATTTC 1048
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 260 CACAAAGCCATGGCCTTAAAAGATATCTCTGGAAATTTC 298
> Ahg931379 jgi|Araly1|931379|scaffold_303836.1
Length=289
Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14
Identities = 94/115 (82%), Gaps = 16/115 (14%)
Strand=Plus/Plus
Query 505 GGTTAATTTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCTGCAGAATAATCAAGCTTACAGTGCATA 564
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| |||
Sbjct 89 GGTTAATTTGCAGCTATTAGCCACCAGCTACCT------T---CAAGCCCACAGTGTATA 139
Query 565 TCATCTGCTAAAGGGAAC-----ACAAATGGCTCAGTCCC-GATACTTGTTCGCA 613
||||||||||||||| | ||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 140 TCATCTGCTAAAGGGTGCGTGGCACAAATGGCTCAGTCCCCG-TACTTGTTCGCA 193
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 108747649475
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5