BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20300.1
Length=3162
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480858 jgi|Araly1|480858|fgenesh2_kg.3__3559__AT2G20300.1 4852 0.0
Ahg931890 jgi|Araly1|931890|scaffold_304347.1 2037 0.0
> Ahg480858 jgi|Araly1|480858|fgenesh2_kg.3__3559__AT2G20300.1
Length=3119
Score = 4852 bits (2627), Expect = 0.0
Identities = 2959/3113 (95%), Gaps = 48/3113 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 8 TTCGAATTCACTTTACTCTCTTCGCTTCCAATCTCTCTCTACCACTCTGATACCTTCGCC 67
||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTCAAATTCACTTTACTCTCTTCTCTTCCAATCTCTCTCTACCACTCTGATACCTTCGCC 60
Query 68 GGAGAAGAAGCTCTCGTTCTCTCTATCGTCGGAGAAGCTCTCGTTCTCTGCTTCCCTGCT 127
| | ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 -G-G-AGAAGTTCTCGTTCTCTCTATCGCCGGAGAAGCTCTCGTTCTCTGCTTCCCTGCT 117
Query 128 CTGTACAGATCTCGAGCCGCATTTCGTGGATCTGTCAAAATCGCGTTAAAACCTACTCGC 187
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CTGTACAGATCTCGAGCCGCATTTCGTGGATCTGTCAAAATCGCGTTAAAACCTACTCGC 177
Query 188 TTCTCTCTAACCCTAGGGTTTTTGA--AtttttttCGGGACGAGGGAGAAATCAATGTCT 245
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||
Sbjct 178 TTCTCTCTAACCCTAGGGTTTTTGATTTTTTTTTTCCGGAGGAAGGAGAAATCAATGTCT 237
Query 246 GTGAAGCTTTGAGGAAGCTATATGGTTACACCTTTGGTTCTGGTTAGTCTTCGTTTTGAT 305
||||||||||||||||| | |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 238 GTGAAGCTTTGAGGAAG-T-TATGGTTAGACGTTTGGTTCTGGTTAGTCTTCGTTTTGAT 295
Query 306 CGGCGGAGAGTGTTCGCCGAGGCTTGGTGTCTCCGTTATTGACTAATGGTGGTTTTTGAT 365
||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 296 CGGCGGAGAATGTCCGGCGAGGCTTGGTGTCTCCGTTGCTGACTAATGGTGGTTTTTGAT 355
Query 366 TTGAGATAAGAGATGCGGAACTTTGCGATGCTTCTGCTGTTAATTCTTCTTCTTCACTCT 425
||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 356 TTGAGATAA-AGATGCGGAACTTTGCGATGCTTCTACTGTTAATTCTTCTTCTTCACTCT 414
Query 426 CTCGCCTCGTTTCCTATATGCTTTGCTCGGTTATTTCCGATGAGTTTGCCATTTACCCGA 485
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 415 CTCGCCTCGTTTCCTATATGCTTTGCTCGGCTATTTCCGATGAGCTTGCCATTTACCCGA 474
Query 486 TCAAAGGCGCATCAAATGCATTTCTTTCATCCTTATCTTAATCCATCAGTTGCTCCTACA 545
|||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 475 TCAAAGTCGCATCAAATGCATTTTTTTCATCCTCATCTTAATCCATCAGTTGCTCCTACA 534
Query 546 CCTTCACCAGCTTTTTCCCCCAACCCAAGTCGCATTCCACCACTAAGGCACAAGGGTCAT 605
|||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 535 CCTTCACCAGCTTTGCCCCCCTACCCAAGCCGCATTCCACCACTAAGGCACAGGGGTCAT 594
Query 606 CACCGTCATCGTCGCTGGCATTTAAGACGCAATGCCACTGCAGTGTCACCTTCGTCACAT 665
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 595 CACCATCATCGTCGCTGGCATTTAAGACGCAATGCCACTGCAGTTTCACCTTCGTCACAT 654
Query 666 GACTGTCAGCAGACATGTGTGGAGCCTCTCACTTCAACTCCCTTTGGTTCACCTTGTGGT 725
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 GACTGTCAGCAGACATGTGTGGAGCCTCTCACTTCAACTCCCTTTGGTTCACCTTGTGGT 714
Query 726 TGTGTCTTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTATTTTCCCC 785
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 715 TGTGTATTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTATTTTCCCC 774
Query 786 GTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAAGCCAAGTG 845
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 775 GTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAAGCCAAGTG 834
Query 846 AAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAGTGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGGATATTAAC 905
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 835 AAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAATGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGGATATTAAC 894
Query 906 CTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATCAGAGATTC 965
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 895 CTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATCAGAGATTC 954
Query 966 CGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTACGCACATA 1025
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 955 CGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTACACACATA 1014
Query 1026 AGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGATGTTACTGGAGATGCTCCAGGA 1085
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||
Sbjct 1015 AGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGCTGTTACTGCAGATGCTCCAGGA 1074
Query 1086 GGCCTTCCAATTCCGATCAATGCAACAACTTTTGCCAACAAAAGCCAGGGAATAGGTTTT 1145
||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1075 GGCTTTCCAATTCCAATCAATG---CAACTTTTGCCAACAAAAGCGAGGGAATAGGTTTT 1131
Query 1146 AGAACGATTGCAATTATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGGTTGGAGCT 1205
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AGAACGATTGCAATCATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGGTTGGAGCT 1191
Query 1206 ATTTCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTGGTCCGGCT 1265
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 1192 ATATCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTGGCCCTGCT 1251
Query 1266 TTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTAGCGCCAGA 1325
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTAGCGCCAGA 1311
Query 1326 AGCTCAGGCTCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCAGTTAAGACC 1385
|||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1312 AGCTCAGGATCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCCGTTAAGACC 1371
Query 1386 TTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCTACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGGTTTTGGGC 1445
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 TTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCAACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGGTTTTGGGC 1431
Query 1446 GAGGGCGGATTTGGTCGTGTTTATCAGGGGAGTATGGAAGATGGAACTGAGGTTGCAGTG 1505
||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1432 GAGGGTGGATTTGGACGTGTTTATCAGGGGAGCATGGAAGATGGAACCGAGGTTGCAGTG 1491
Query 1506 AAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAGTCGAGATG 1565
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 AAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAGTCGAGATG 1551
Query 1566 CTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTGAAGGTCGT 1625
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1552 TTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTGAAGGCCGT 1611
Query 1626 ACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTTGAGTCCCACTTACACGAA 1685
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 1612 ACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTCGAGTCCCACTTGCACGAA 1671
Query 1686 GGAACGCTTGATTGGGATGCGCGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAGGACTGGCT 1745
||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 GGAACACTTGATTGGGATGCACGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAGGACTGGCT 1731
Query 1746 TATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTAGCAATGTT 1805
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1732 TATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTAGCAATGTT 1791
Query 1806 CTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAGAAGCAACC 1865
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1792 CTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAGAAGCAACA 1851
Query 1866 GAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGGACCTTTGGGTACGTGGCTCCTGAG 1925
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1852 GAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGCACCTTTGGGTACGTGGCTCCTGAG 1911
Query 1926 TATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTCTATAGTTATGGTGTAGTTCTA 1985
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1912 TATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTTTATAGTTACGGTGTGGTTCTA 1971
Query 1986 CTAGAGCTTCTAACCGGTAGAAGACCAGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAAC 2045
||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1972 CTAGAGCTTCTCACCGGTAGAAGACCGGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAAC 2031
Query 2046 CTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTGGTGGAC 2105
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2032 CTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTAGTGGAC 2091
Query 2106 CCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCC 2165
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2092 CCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCC 2151
Query 2166 ATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGTGAAGTTGTGCAGGCACTA 2225
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2152 ATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGAGAAGTTGTGCAGGCACTG 2211
Query 2226 AAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGATTATTGCAGCCAAAAGGACTCA 2285
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 2212 AAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGACTATTGCAGCCAAAAGGACTCA 2271
Query 2286 TCAGTACCAGACTCTGCTGACTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGG 2345
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2272 TCAGTACCAGACTCTGCTGATTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGG 2331
Query 2346 AATTTGACACCTCGGTTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGATTATAGC 2405
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2332 AATTTGACACCTCGATTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGAATATAGC 2391
Query 2406 TCAGGACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGTA 2465
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 2392 TCAGGACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGAA 2451
Query 2466 GGAGGTCTTATTCTACCAAACAGATCAGGTCCGTTAAGACCCATGCGTAGTAGAAGAAAC 2525
||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2452 GGAGGCCTTATTCTACCAAACAGATCGGGTCCATTAAGACCCATGCGTAGTCGAAGAAAC 2511
Query 2526 TTCTTTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCGTCTAGACATCTC 2585
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2512 TTCTTTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCTTCTAGACATCTC 2571
Query 2586 TGGTCCGGCAATGGTGACTGGCTCTGAGAAACCAGAAAATGTACAGTGAAGAAAAGGGAA 2645
|||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2572 TGGTCCGGCAATGGCGACTGGCTCTAAGAAACCAGAAAATGTACAGAGAAGAAAAGGGAA 2631
Query 2646 A-AGGA---GG---CTCACAAACTCTTGAGCTGCATGGTTAGGTTCTGGTTAATCCGGCC 2698
| |||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2632 AGAGGAAAAGGAGGCTCACAA-CTCTTGAGCTGCATGGTTAGGTTGTGGTTAATCCGGTT 2690
Query 2699 AGGTTCGGTTCATCTGGGTAAAGA-TTTCCGGTTTGATTTCTTTTAGGAG--CTGTTTGT 2755
|||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||| |
Sbjct 2691 TGGTTCGGTGGTTCTGGGTAAAGACTTTCCGGTTTGATTTCTTTTAGGAGTTCTTTTTTT 2750
Query 2756 T--GTTATGATTATCCTCAATAGA-GATTTAATTGTTTGTTTTTGCGAGGATGCAAAAGC 2812
| ||| || || ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2751 TTTGTTTTGTTTTTCCTCAATAGAAGATT-AATTGTTTGTTTTTGCGAGGATGCAAAAGC 2809
Query 2813 ACAGGGAGGGTTGTATTTTGAAGGACGCCTGTATTTAGTTCTCTCCTT-TTCTCT--CTC 2869
||||| |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || |||||| |||
Sbjct 2810 ACAGGAAGGGCTGTATTTTAAAGGACGTCTGTATTTAGTTCTCTC-TTCTTCTCTTTCTC 2868
Query 2870 ACCCACaaaaaaaCattttt-atatattttattttagtgaagttagtaattacctaattt 2928
||||||||||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||| |||
Sbjct 2869 CCCCACAAAAAA-CATTTTTTATTTTTTTTATTTTAGTGAAGTTAGTTATTACCTATTTT 2927
Query 2929 ttttt-agtttttCAAGTTCCTAAGAAATTTGGCTTTTGGTCATCGTTGTTAAGTTTCCG 2987
||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2928 TTTTTTAGTTTTTCAAGTTCCTAAGAATTTTGGCTTTTGGTCATCGTTGTTTAGTTTCCG 2987
Query 2988 GTTTTCTGAATTTACATCCGAAATATTTTTTGGTTAAATAAAATTCTGGCTTGAGAGTAA 3047
||| || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| | | |
Sbjct 2988 GTTCTCAAAATTTAAATCCGAAGTATTTTTTGGTTAAATAAATTTCTGGCTTG-G-G-A- 3043
Query 3048 TTGGCTGGTGAATGGTAACAAGTCACTTGGTCAAAGCTGTTGTAATTCTTTTC 3100
| |||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 3044 --G--TGGT-AA------CAAGTCACTTGGTCAAAGCTGTTGTAATGCTTTTC 3085
> Ahg931890 jgi|Araly1|931890|scaffold_304347.1
Length=2233
Score = 2037 bits (1103), Expect = 0.0
Identities = 1163/1192 (98%), Gaps = 3/1192 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 718 CTTGTGGTTGTGTCTTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTA 777
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CTTGTGGTTGTGTATTCCCCATGAAAGTTCAGCTTCTACTAAGTGTCGCACCTTTTTCTA 60
Query 778 TTTTCCCCGTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAA 837
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 TTTTCCCCGTGACCAACGAGTTAGAAATTGAGGTTGCTGCTGGAACATACTTGGAACAAA 120
Query 838 GCCAAGTGAAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAGTGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGG 897
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 GCCAAGTGAAAATAATGGGTGCCAGTGCCGACAATGAAAATCAAGGGAAAACAGTGGTGG 180
Query 898 ATATTAACCTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATC 957
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 ATATTAACCTTGTTCCACTTGGGGAAAAGTTCGACAACACTACAGCAACACTTATTTATC 240
Query 958 AGAGATTCCGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTA 1017
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 AGAGATTCCGGCACAAGAAAGTACCTCTAAATGAGACTGTTTTTGGTGATTATGAGGTTA 300
Query 1018 CGCACATAAGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGATGTTACTGGAGATG 1077
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
Sbjct 301 CACACATAAGTTATCCAGGAATTCCTTCTTCTTCGCCAAATGGAGCTGTTACTGCAGATG 360
Query 1078 CTCCAGGAGGCCTTCCAATTCCGATCAATGCAACAACTTTTGCCAACAAAAGCCAGGGAA 1137
||||||||||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 361 CTCCAGGAGGCTTTCCAATTCCAATCAATG---CAACTTTTGCCAACAAAAGCGAGGGAA 417
Query 1138 TAGGTTTTAGAACGATTGCAATTATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGG 1197
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 418 TAGGTTTTAGAACGATTGCAATCATTGCGTTGTCAGGTTTTGTCCTCATTCTGGTTTTGG 477
Query 1198 TTGGAGCTATTTCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTG 1257
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 478 TTGGAGCTATATCTATAATCGTGAAATGGAAGAAAATTGGGAAGTCATCTAATGCTGTTG 537
Query 1258 GTCCGGCTTTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTA 1317
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 538 GCCCTGCTTTGGCTCCATCGATTAACAAAAGGCCTGGTGCTGGATCTATGTTTTCCAGTA 597
Query 1318 GCGCCAGAAGCTCAGGCTCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCAG 1377
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 598 GCGCCAGAAGCTCAGGATCAGATTCTTTGATGTCTTCCATGGCTACATGTGCTTTATCCG 657
Query 1378 TTAAGACCTTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCTACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGG 1437
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 658 TTAAGACCTTCACACTCTCCGAGCTTGAGAAGGCAACTGATAGATTCAGTGCCAAGAGGG 717
Query 1438 TTTTGGGCGAGGGCGGATTTGGTCGTGTTTATCAGGGGAGTATGGAAGATGGAACTGAGG 1497
||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||
Sbjct 718 TTTTGGGCGAGGGTGGATTTGGACGTGTTTATCAGGGGAGCATGGAAGATGGAACCGAGG 777
Query 1498 TTGCAGTGAAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAG 1557
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 778 TTGCAGTGAAACTGCTAACTAGGGACAATCAGAATCGAGACCGTGAATTTATTGCCGAAG 837
Query 1558 TCGAGATGCTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTG 1617
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 838 TCGAGATGTTAAGCCGTTTGCACCACCGCAATCTTGTGAAACTGATTGGAATATGCATTG 897
Query 1618 AAGGTCGTACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTTGAGTCCCACT 1677
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 898 AAGGCCGTACACGTTGCTTGATTTATGAGCTCGTCCACAATGGGAGTGTCGAGTCCCACT 957
Query 1678 TACACGAAGGAACGCTTGATTGGGATGCGCGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAG 1737
| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 958 TGCACGAAGGAACACTTGATTGGGATGCACGGTTGAAGATTGCACTTGGAGCAGCGAGAG 1017
Query 1738 GACTGGCTTATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTA 1797
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1018 GACTGGCTTATCTCCATGAAGATTCAAATCCCCGAGTAATCCACCGTGATTTCAAGGCTA 1077
Query 1798 GCAATGTTCTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAG 1857
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1078 GCAATGTTCTCCTAGAAGATGACTTTACCCCAAAAGTCTCAGACTTTGGACTGGCAAGAG 1137
Query 1858 AAGCAACCGAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGGACCTTTGG 1909
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1138 AAGCAACAGAAGGAAGTCAACATATTTCAACTCGAGTCATGGGGACCTTTGG 1189
Score = 1098 bits (594), Expect = 0.0
Identities = 626/642 (98%), Gaps = 0/642 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1990 AGCTTCTAACCGGTAGAAGACCAGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAACCTTG 2049
||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1591 AGCTTCTCACCGGTAGAAGACCGGTAGACATGTCTCAACCTTCGGGAGAGGAAAACCTTG 1650
Query 2050 TGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTGGTGGACCCTG 2109
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1651 TGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCCTGGAGCAACTAGTGGACCCTG 1710
Query 2110 CATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCCATGT 2169
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1711 CATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAGTGGCTGCGATTGCCTCCATGT 1770
Query 2170 GCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGTGAAGTTGTGCAGGCACTAAAAC 2229
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1771 GCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGAGAAGTTGTGCAGGCACTGAAAC 1830
Query 2230 TTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGATTATTGCAGCCAAAAGGACTCATCAG 2289
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1831 TTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGACTATTGCAGCCAAAAGGACTCATCAG 1890
Query 2290 TACCAGACTCTGCTGACTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGGAATT 2349
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1891 TACCAGACTCTGCTGATTTCAAAGGCGATCTGGCTCCTTCGGATAGCAGCTGGTGGAATT 1950
Query 2350 TGACACCTCGGTTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGATTATAGCTCAG 2409
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1951 TGACACCTCGATTAAGGTATGGTCAAGCTTCGTCGTTCATAACAATGGAATATAGCTCAG 2010
Query 2410 GACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGTAGGAG 2469
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2011 GACCACTAGAGGACATGGAGAACCGGCCTCACTCTGCCTCTAGCATTCCAAGAGAAGGAG 2070
Query 2470 GTCTTATTCTACCAAACAGATCAGGTCCGTTAAGACCCATGCGTAGTAGAAGAAACTTCT 2529
| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2071 GCCTTATTCTACCAAACAGATCGGGTCCATTAAGACCCATGCGTAGTCGAAGAAACTTCT 2130
Query 2530 TTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCGTCTAGACATCTCTGGT 2589
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2131 TTAGACTGAGAGGAAGCATGAGCGAACACGGTGGACCGTCGTCTTCTAGACATCTCTGGT 2190
Query 2590 CCGGCAATGGTGACTGGCTCTGAGAAACCAGAAAATGTACAG 2631
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2191 CCGGCAATGGCGACTGGCTCTGAGAAACCAGAAAATGTACAG 2232
Score = 621 bits (336), Expect = 9e-177
Identities = 354/363 (98%), Gaps = 0/363 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1909 GGTACGTGGCTCCTGAGTATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTCTATA 1968
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1228 GGTACGTGGCTCCTGAGTATGCAATGACGGGGCATCTCCTTGTTAAAAGCGATGTTTATA 1287
Query 1969 GTTATGGTGTAGTTCTACTAGAGCTTCTAACCGGTAGAAGACCAGTAGACATGTCTCAAC 2028
|||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1288 GTTACGGTGTGGTTCTACTAGAGCTTCTCACCGGTAGAAGACCGGTAGACATGTCTCAAC 1347
Query 2029 CTTCGGGAGAGGAAAACCTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCC 2088
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 CTTCGGGAGAGGAAAACCTTGTGACATGGGCGAGACCCTTACTAGCCAACAGAGAGGGCC 1407
Query 2089 TGGAGCAACTGGTGGACCCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAG 2148
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 TGGAGCAACTAGTGGACCCTGCATTGGCTGGAACCTACAACTTTGATGACATGGCGAAAG 1467
Query 2149 TGGCTGCGATTGCCTCCATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGTG 2208
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1468 TGGCTGCGATTGCCTCCATGTGCGTCCACCAAGAGGTCTCACACAGACCATTCATGGGAG 1527
Query 2209 AAGTTGTGCAGGCACTAAAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGATTATT 2268
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1528 AAGTTGTGCAGGCACTGAAACTTATATACAACGATGCAGATGAGACCTGTGGTGACTATT 1587
Query 2269 GCA 2271
|||
Sbjct 1588 GCA 1590
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 119451008320
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5