BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20420.1
Length=1649
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480870 jgi|Araly1|480870|fgenesh2_kg.3__3571__AT2G20420.1 2625 0.0
> Ahg480870 jgi|Araly1|480870|fgenesh2_kg.3__3571__AT2G20420.1
Length=1661
Score = 2625 bits (1421), Expect = 0.0
Identities = 1592/1670 (95%), Gaps = 30/1670 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTCATAAAG-TAGGAAAAAATTAGGGTTAGACTCGATCATTCATAGCTGCGACTATTC-T 58
||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1 TTCATTAAGTTAGG-AAAAATTAGGGTTAGACTCGATCATTCATAGCTGCGACTATTCTT 59
Query 59 CTGCTCT-T-TCTACATTTT-C-TCATT-TTCTCTTGGGCTACTTTTCGACTACTAACAA 113
|| |||| | |||| |||| | | ||| ||||||| |||| |||||||| | ||||
Sbjct 60 CT-CTCTCTCTCTA-TTTTTCCTTTATTCTTCTCTTTGGCTGCTTTTCGA--A--GACAA 113
Query 114 ATCCAACGATGAGGGGATTGGTGAACAAGCTCGTGTCCAGATCTCTCTCCATCTCCGGGA 173
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 114 ATCAAACGATGAGGGGATTGGTGAACAAGCTCGTGTCCAGATCTCTCTCCATCTCCGGGA 173
Query 174 AATGGCAGAACCAACAGCTTCGTCGTCTCAACATCCACGAGTATCAGGGAGCTGAATTGA 233
|||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 174 AATGGCAGCAGCAACAGCTTCGCCGTCTCAACATCCACGAGTATCAGGGAGCTGAATTGA 233
Query 234 TGGGGAAATATGGAGTTAATGTGCCGAAAGGAGTAGCTGCTTCTTCGTTGGAAGAAGTTA 293
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 234 TGGGGAAATATGGAGTTAATGTGCCAAAAGGAGTAGCTGCTTCTTCATTGGAAGAAGTTA 293
Query 294 AAAAGGCTATTCAAGATGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTT 353
|||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 294 AAAAGGCTATTCAACAAGTTTTCCCTAATGAAAGCGAGTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTT 353
Query 354 TGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTCAAGAGTGGTCTTAAGGGTGGTGTTCACATTG 413
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 354 TGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTCAAGAGTGGTCTTAAGGGTGGTGTTCACATTG 413
Query 414 TTAAACGTGATGAGGCTGAAGAGATTGCTGGAAAGATGCTAGGACAAGTACTTGTCACCA 473
|||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 414 TTAAGCGTGATCAGGCTGAAGATATTGCTGGAAAGATGCTAGGGCAAGTACTTGTCACCA 473
Query 474 AGCAAACTGGTCCTCAAGGCAAAGTAGTTAGCAAGGTTTACTTGTGTGAGAAATTGTCAC 533
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 474 AGCAAACTGGTCCTCAAGGCAAAGTAGTTAGCAAGGTTTACTTGTGTGAGAAATTGTCAC 533
Query 534 TCGTCAATGAGATGTACTTTTCCATTATTCTGGACCGTAAATCTGCTGGACCGTTGATCA 593
||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 534 TCGTCAATGAGATGTACTTTTCCATAATACTGGACCGTAAATCTGCTGGACCGTTGATCA 593
Query 594 TTGCCTGTAAAAAGGGTGGTACCAGTATTGAAGATCTTGCTGAGAAGTTCCCTGACATGA 653
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 594 TTGCCTGTAAAAAGGGTGGTACCAGCATTGAAGATCTTGCTGAGAAGTTCCCTGACATGA 653
Query 654 TCATCAAGGTACCAATTGATGTATTTGCAGGAATCACTGATGAAGATGCTGCTAAGGTTG 713
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 654 TCATCAAGGTACCAATTGATGTATTTGCAGGAATCACTGATGAAGATGCTGCTAAGGTTG 713
Query 714 TGGATGGTCTGGCTCCCAAAGCTGCTGACAGAAAAGATTCGATTGAACAAGTGAAGAAGC 773
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 714 TGGATGGCCTGGCTCCCAAAGCTGCTGACAGAAAAGATTCAATTGAACAAGTGAAGAAGC 773
Query 774 TATACGAACTCTTCCGCAAGACTGACTGCACAATGTTGGAAATCAATCCCCTTGCGGAGA 833
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 774 TATATGAACTCTTCCGCAAGACTGACTGCACAATGTTGGAAATCAACCCCCTTGCAGAGA 833
Query 834 CATCAACTAATCAATTGGTAGCTGCTGATGCCAAATTGAACTTCGATGATAATGCTGCGT 893
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 CATCCACTAATCAATTGGTAGCTGCTGATGCCAAATTGAACTTCGATGATAATGCTGCGT 893
Query 894 TCCGACAAAAAGAGGTTTTCGCCATGCGTGATCCAACACAGGAGGATCCACGAGAGGTGG 953
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TCCGACAAAAAGAGGTTTTCGCCATGCGTGATCCAACACAGGAGGATCCACGAGAGGTGG 953
Query 954 CTGCTGCTAAAGTTGACCTGAACTACATCGGTTTAGATGGAGAGATTGGTTGCATGGTGA 1013
||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 CTGCTGCGAAAGTTGACCTGAACTATATTGGTTTAGATGGAGAGATTGGTTGCATGGTGA 1013
Query 1014 ATGGTGCTGGATTGGCCATGGCAACCATGGACATCATTAAATTACACGGTGGAACACCCG 1073
||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 1014 ATGGTGCTGGATTGGCCATGGCAACCATGGATATCATTAAATTACATGGTGGAACTCCCG 1073
Query 1074 CCAATTTCCTTGACGTTGGTGGAAATGCTTCTGAGCACCAGGTGGTGGAAGCGTTTAAGA 1133
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1074 CCAATTTCCTTGACGTTGGTGGAAATGCTTCTGAGCACCAGGTGGTGGAAGCGTTTAAGA 1133
Query 1134 TACTGACATCGGACGATAAAGTGAAAGCAATCTTGGTGAACATATTTGGTGGGATAATGA 1193
| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 TTCTGACATCTGACGATAAAGTGAAAGCAATCTTGGTGAACATATTTGGTGGGATAATGA 1193
Query 1194 AATGTGATGTGATTGCTAGTGGAATCGTGAACGCTGCAAAAGAGGTCGCATTGAAAGTGC 1253
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1194 AATGTGATGTGATTGCTAGTGGAATCGTGAACGCTGCAAAAGAGGTCTCATTGAAAGTGC 1253
Query 1254 CAGTGGTGGTTCGTCTAGAAGGAACGAATGTTGAGCAGGGAAAGAGAATCCTCAAGGAAA 1313
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1254 CAGTGGTGGTTCGTTTAGAAGGAACAAATGTTGAGCAGGGAAAGAGAATCCTCAAGGAAA 1313
Query 1314 GTGGAATGAAACTCATAACAGCTGATGATTTGGATGATGCAGCTGAGAAAGCGGTTAAAG 1373
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1314 GTGGAATGAAACTCATAACGGCTGATGATTTGGATGATGCAGCTGAGAAAGCGGTTAAAG 1373
Query 1374 CTTTAGCTCACTAATCTCTCTATATATACCAAAAGCCGGTTTGTTAATTGTTTTGTGGTT 1433
| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1374 CATTAGCTAACTAATCTCTCTCTATATACCAAAAGCCGGTTTGTTAATTGTTTTGTGGTT 1433
Query 1434 GAC-GC-C-CAATTTACACTTTCTTGCGGATATCATTTCCTCAAACAGATCAATAATGAA 1490
||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1434 GACAGCGCGCAATTTACACTTTCTTGCGGAAATCATTTCCTCAAACAGATCAATAATGAA 1493
Query 1491 CTGGTCTCCtttttttGTGTGATCCATCCAAAGAGATTCAAATCAGAATTCTCAATATCT 1550
||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 CTGGTCTCCTTTTTT-GTGTGATCCATCCAATGAGATTTAAATCAGAATTCTCAATATCT 1552
Query 1551 TTT-T-GTATTTAACCAACTCATATGGTTGATACT--A------GGGTTTCAAG-TTTAT 1599
||| | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||| |||||| ||| |
Sbjct 1553 TTTCTTGTATTTAACCAACTCATATGGTTGATACTTGATACTAAGGGGTTCAAGCTTT-T 1611
Query 1600 CTCATACGTACTGTTCCTATCATGAATAAAAATCGTTTTTGTGGGAAGCC 1649
|||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1612 CTCATACGTACTGTACCTATCATGAATAAAAATCGATTTTGTGGGAAGCC 1661
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 61820467635
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5