BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20470.1
Length=1710
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg906859 jgi|Araly1|906859|Al_scaffold_0003_3987 2872 0.0
> Ahg906859 jgi|Araly1|906859|Al_scaffold_0003_3987
Length=1701
Score = 2872 bits (1555), Expect = 0.0
Identities = 1660/1710 (97%), Gaps = 9/1710 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATTCTGCAAAGGGTTGGTTTCAGAAGCGGCAGATGCGTGGAGGATCCAGATATAAA 60
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATTCTGCAAAAGGTTGGTTTCAGAAGCGGCAGATGCGTGGAGGATCCAGATATAAG 60
Query 61 GGTGCTTCAGGTGGTGCTGGTGGAGGTGGAAGTAATGGCTCTGCCGATGAGCACAACGTC 120
||||||||| | | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 GGTGCTTCA----G-G-TGGT---GGTGGAAGTAATGGCTCTGCCGATGAGCACAATGTT 111
Query 121 GAAACTGATGAAGAAGCTGTTTCAAACACTACCAAACAGAAAGTTGCAGCAGCTAAACAG 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 112 GAAACTGATGAAGAAGCTGTTTCAAACACTACCAAACAGAAAGTTGCAGCAGCTAAGCAG 171
Query 181 TACATTGAGAATCATTACAAAGAGCAGATGAAGATTCTACAAGAGAGGAAAGAAAGGCGA 240
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 172 TACATTGAGAATCATTACAAAGAACAGATGAAGATTCTGCAAGAGAGGAAAGAAAGGCGA 231
Query 241 AGCATGTTAGAGCAGAAACTGGCAGATGCTGACGTGTCTGAAGAAGATCAAAATAATCTT 300
|||||| |||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 232 AGCATGCTAGAGCAGAAGCTGGCGGATGCTGATGTCTCTGAAGAAGATCAAAATAATCTT 291
Query 301 CTCAAGTTTTTAGAGAAGAAGGAGACAGAGTACATGCGCCTTCAACGCCATAAGTTAGGT 360
||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 292 CTCAAGTTTCTGGAGAAGAAGGAGACAGAGTATATGCGCCTTCAACGCCATAAGTTAGGT 351
Query 361 GTTGCTGATTTTGATTTGCTTACAATGATTGGGAAAGGTGCATTTGGGGAGGTTAGAGTT 420
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 352 GTTGCTGATTTTGATTTGCTTACAATGATTGGGAAAGGTGCATTTGGGGAGGTTAGAGTT 411
Query 421 TGTAGAGAAAAGACGACAGGTCAAGTTTATGCAATGAAAAAGCTCAAGAAGGCTGAGATG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 412 TGTAGAGAAAAGACGACAGGTCAAGTTTATGCAATGAAAAAGCTCAAGAAGGCGGAGATG 471
Query 481 CTTCGCAGAGGCCAGGTTGAACATGTGAGAGCAGAGAGGAACTTACTTGCGGAAGTGGAC 540
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 472 CTTCGCAGAGGCCAGGTTGAACATGTGAGAGCAGAGAGGAACTTACTTGCCGAAGTGGAC 531
Query 541 AGTAACTACATAGTGAAGCTCTACTGTTCATTTCAAGACGATGACCATCTTTACCTTGTG 600
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 532 AGTAACTACATAGTGAAGCTCTACTGTTCATTTCAAGATGATGACCATCTTTACCTTGTG 591
Query 601 ATGGAGTATTTGCCTGGTGGAGATATGATGACTCTTCTTATGCGCAAAGATACTTTGACA 660
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 592 ATGGAGTATTTGCCTGGTGGGGATATGATGACTCTGCTGATGCGCAAAGATACTTTGACA 651
Query 661 GAAGAGGAGGCCAAGTTCTATGTCGCTGAGACAGTTCTCGCTATCGAGTCCATCCACAGG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 652 GAAGAGGAGGCCAAGTTCTATGTCGCTGAGACAGTTCTCGCCATCGAGTCCATCCACAGG 711
Query 721 CACAATTACATCCACAGGGATATCAAGCCAGACAACTTGCTGCTTGACAGATATGGGCAT 780
||||| ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 712 CACAACTACATTCACAGAGATATCAAGCCAGATAACTTGCTGCTTGACAGATATGGGCAT 771
Query 781 CTAAGACTTTCAGATTTTGGATTGTGTAAACCTTTGGACTGCAGTGCCATTGGAGAAAAC 840
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 772 CTAAGACTTTCAGATTTTGGATTGTGTAAACCTTTGGACTGCAGTGCCATTGGAGAGAAC 831
Query 841 GATTTTTCAAACAATTCCAATGGATCTACGGAGCAAGAGGCTGGATCAACTGCTCCAAAA 900
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 832 GATTTTTCAAACAATTCCAATGGATCTACGGAGCAAGAGGCTGGATCAACTGCTCCAAAA 891
Query 901 CGCACACAGCAGGAACAACTTGAACATTGGCAGAGGAACAGGAGAACGCTAGCTTATTCC 960
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 892 CGCACACAGCAGGAACAACTTGAACATTGGCAGAGGAACAGAAGAACGCTAGCTTATTCT 951
Query 961 ACAGTTGGCACACCAGATTACATAGCTCCAGAAGTTCTGTTGAAGAAAGGCTATGGGATG 1020
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 952 ACAGTTGGCACACCAGATTACATAGCTCCAGAAGTTCTGTTGAAGAAAGGCTATGGAATG 1011
Query 1021 GAGTGTGACTGGTGGTCTCTTGGTGCTATAATGTACGAAATGCTAGTAGGATATCCGCCG 1080
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1012 GAGTGTGACTGGTGGTCTCTTGGAGCTATAATGTACGAAATGCTAGTAGGATATCCACCG 1071
Query 1081 TTTTATTCAGATGATCCTATGTCAACCTGTAGAAAGATAGTAAACTGGAAAAGTCATTTG 1140
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1072 TTTTATTCAGATGATCCTATGTCAACCTGTAGAAAGATAGTAAACTGGAAAAGTCATTTG 1131
Query 1141 AAGTTTCCAGAGGAAGCAATATTGTCAAGGGAAGCAAAGGATCTTATTAACAGTCTGTTG 1200
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1132 AAGTTTCCAGAGGAAGCAATATTGTCAAGGGAAGCAAAGGATCTTATTAACAGTCTGTTG 1191
Query 1201 TGCAGTGTCAGACGTAGGCTTGGTTCCAAAGGTGCTGATGAATTAAAGGCTCATACATGG 1260
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 1192 TGCAGTGTCAGACGTAGGCTTGGTTCCAAAGGTGCTGATGAAATAAAGGCTCACCCATGG 1251
Query 1261 TTTGAAACTGTTGATTGGGATACAATATTCGATATGGATGCAGCTTTTGTTCCAGAGGTC 1320
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1252 TTTGAAACTGTCGATTGGGATACAATATTCGATATGGATGCAGCTTTTGTTCCAGAGGTC 1311
Query 1321 AATGACGATTTAGACACTCAGAATTTTGAGAAGTTTGACGAGTCTGAATCGGAAACTCAG 1380
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1312 AATGACGATTTAGACACTCAGAATTTTGAGAAGTTTGACGAGTCTGAATCGCAAACTCAG 1371
Query 1381 ACATCATCCAAGTCTGGCCCGTGGAGGAAGATGTTGTCGTCAAAAGACATAAACTTCGTA 1440
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1372 ACATCATCCAAGTCTGGCCCATGGAGGAAGATGTTGTCGTCAAAAGACATAAACTTCGTA 1431
Query 1441 GGGTATACATACAAGAACTTTGAGATTGTTAATGATTACCAAGTTCCTGGAATGGCGGAG 1500
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1432 GGGTATACGTACAAGAACTTTGAGATTGTTAATGATTACCAAGTTCCTGGAATGGCGGAG 1491
Query 1501 TTGAAGAAGAAGAAAAAGTCGACGCGACCAATGGTCAAGTCACTCTTCGATAATGGATCA 1560
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1492 TTGAAGAAGAAGAAAAAGTCGACGCGACCAATGGTCAAGTCACTCTTCGATAATGGATCA 1551
Query 1561 TCGGAGACCTCAGATTCATCGGAAACAACGTCGAGACCGCCTTGTGATCGACCTCCTCCT 1620
|||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1552 TCGGAGACCTCAGATTCATCAGAAACAACTTCGAGACCGCCTTGTGATCGACCTCCTCCT 1611
Query 1621 GCTCCTCCGGTTGTTCAGGGAAGCTTTCTGAAACTTCTACCACCAGAACTTGAAGTGAGA 1680
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1612 GCTCCTCCGGTTGTTCAGGGAAGCTTTCTGAAACTTCTACCACCAGAACTTGAAGTGAGA 1671
Query 1681 CCAAAGCAAGAAGGATCTGAAGCTTGCTAA 1710
||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1672 CCAAAGCAAGAAGGATCTGAAGCTTGCTAA 1701
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 64143972580
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5