BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20540.1
Length=1605
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg931925 jgi|Araly1|931925|scaffold_304382.1 2519 0.0
Ahg931927 jgi|Araly1|931927|scaffold_304384.1 255 5e-67
> Ahg931925 jgi|Araly1|931925|scaffold_304382.1
Length=1646
Score = 2519 bits (1364), Expect = 0.0
Identities = 1528/1608 (95%), Gaps = 8/1608 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGCGTTTCATGGAATCAGAGAAGTTGAAAACTATTTTATACCTTTTCTACAGCGAGTC 60
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 22 ATGGCGTTTCATGGAATCAGAGAACTTGAAAACTATTTTATACCTTTCCTTCAGCGAGTC 81
Query 61 AAAAGCCGCAATGAATGGAAGAAGATCAATGCCTCCATCATCATACATGGATTATCACAA 120
|||||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 82 AAAAGCCGAAATGAATGGAAGAAGATCCATGCCTGCATCATCGTACATGGATTATCACAA 141
Query 121 AGCAGCTTCATGGTCACTAAAATGGTGGATTTTTGTGATAAGATTGAAGATATGGATTAT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||
Sbjct 142 AGCAGCTTCATGGTCACTAAAATGGTGGATTTATGTGATAAGCTTGGAGATATGGATTAT 201
Query 181 GCAACTCGTCTTTTTAACCAAGTATCGAATCCTAATGTCTTCTTATACAATTCTATAATT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 202 GCAACTCGTCTTTTTAACCAAGTATCGAATCCTAATGTCTTCTTATACAATTCCATTATT 261
Query 241 CGTGCTTATACTCACAATTCATTGTACTGCGATGTGATCAGAATCTACAAGCAACTGCTC 300
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 262 CGTGCTTATACACACAATTCCTTGTACTGCGATGTGATCAGAATCTACAAGCAACTGTTG 321
Query 301 AGGAAGAGCTTTGAGTTACCAGATCGGTTCAC-TTTCCCGTTTATGTTTAAATCTTGTGC 359
||||||| | ||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 322 AGGAAGACCATTGAGTTTCCAGATCGGTTCACGTTT-CCGTTTATGTTTAAATCTTGTGC 380
Query 360 GAGTCTTGGATCATGTTATTTAGGGAAGCAAGTTCATGGTCATCTCTGCAAATTCGGGCC 419
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 381 AAGTCTTGGATCATGTTATTTAGGGAAGCAAGTTCATGGTCATCTCTACAAATTCGGGCC 440
Query 420 TAGGTTCCATGTTGTGACTGAGAATGCATTGATTGATATGTACATGAAGTTTGATGATCT 479
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 441 TAGGTTCCATGTTGTGACTGAGAATGCGCTGATTGATATGTATATGAAGTTTGATGACCT 500
Query 480 TGTTGATGCACATAAAGTGTTTGATGAAATGTATGAGAGAGATGTTATATCTTGGAATAG 539
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 501 TGTTGATGCACATAAAGTGTTTGATGAAATGTCTGAGAGAGATGTTATATCGTGGAATAG 560
Query 540 TTTGCTTTCTGGATATGCAAGGCTTGGGCAGATGAAGAAAGCAAAAGGCTTGTTTCATTT 599
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 561 TTTGCTTTCTGGATATGCAAGGCTTGGGCAGATGAAGAAAGCAAAAGGGTTGTTTCATTT 620
Query 600 GATGCTAGATAAAACTATTGTATCTTGGACTGCGATGATCTCTGGGTATACTGGGATTGG 659
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 621 GATGATAGATAAAACTATTGTATCTTGGACTGCGATGATCTCTGGGTATACTGGGATTGG 680
Query 660 TTGTTATGTAGAGGCTATGGATTTCTTCCGTGAAATGCAGTTAGCTGGTATTGAGCCTGA 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 681 TTGTTATGTAGAGGCTATGGATTTCTTCCGTGAAATGCAGTTAGCTGGTATTGAGCCTGA 740
Query 720 TGAGATCAGTCTCATTTCTGTTTTACCGTCGTGTGCGCAGCTCGGATCTCTAGAGCTTGG 779
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||||||||||
Sbjct 741 TGAGATCAGTCTCATTTCTGTTTTACCGTCGTGTGCGCATCTTGGATCTTTAGAGCTTGG 800
Query 780 GAAATGGATCCATCTATATGCAGAGAGAAGAGGG-TTTCTGAAACAAACTGGTGTTTGCA 838
||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 801 GAAATGGATCCATATGTATGCAGAGAGAAGAGGGCTTT-TGAAACAAACTGGTGTTTGCA 859
Query 839 ATGCTCTTATTGAAATGTACTCGAAATGTGGTGTGATTAGTCAAGCTATCCAATTGTTTG 898
|||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||| |
Sbjct 860 ATGCTCTTATTGAAATGTACTCGAAATGCGGTATGATTTGTCAAGCTATCCAATTGTTCG 919
Query 899 -GCCAAATGGAAGGGAAAGATGTTATATCATGGAGTACGATGATCTCTGGGTATGCATAT 957
|| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 920 AGC-AAATGAAAGGGAAAGATGTTATATCATGGAGTACGATGATCTCAGGGTATGCATAT 978
Query 958 CACGGGAACGCTCACGGAGCAATCGAAACATTCAATGAAATGCAGAGAGCGAAGGTGAAG 1017
||||||||||||||| ||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 979 CACGGGAACGCTCACCGAGCATTTGAAACATTCATTGAAATGCAGAGAGCGAAGGTGAAG 1038
Query 1018 CCTAACGGGATCACATTTCTTGGTCTTTTATCAGCTTGTTCACATGTTGGTATGTGGCAA 1077
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1039 CCTAACGGGATCACATTTCTTGGTCTTTTATCAGCTTGTTCACATGTTGGTCTGTGGCAA 1098
Query 1078 GAAGGGTTGAGGTATTTTGATATGATGAGACAAGATTATCAAATAGAACCTAAGATCGAA 1137
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||
Sbjct 1099 CAAGGGTTGAAGTATTTTGATATGATGAGACAAGATTATCAGATAGAACCCAAGATCGAA 1158
Query 1138 CACTATGGCTGTTTGATTGATGTTTTGGCAAGAGCAGGAAAACTAGAACGAGCTGTTGAA 1197
|||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1159 CACTATGGTTGTTTGATTGATGTTTTAGCAAGAGCGGGAAAACTAGAACGAGCTGTTGAA 1218
Query 1198 ATAACAAAGACAATGCCGATGAAACCCGACTCGAAGATATGGGGTTCATTGTTGAGCTCT 1257
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1219 ATAACAAAGACAATGCCGGTGAAACCCGACTCAAAGATATGGGGTTCATTGTTGAGCTCT 1278
Query 1258 TGCAGAACACCAGG-CAATCTTGATGTTGCTCTGGTTGCAATGGATCATCTTGTGGAGCT 1316
||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1279 TGCAGAACAA-AGGGCAATCTTGATGTTGCACTGGTTGCAATGGATCATCTTGTGGAGGT 1337
Query 1317 AGAGCCGGAGGATATGGGAAATTATGTTTTGCTTGCCAATATTTACGCAGATTTGGGAAA 1376
||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1338 AGAGCCGGATGATATGGGGAATTATGTTTTGCTTGCCAATATCTACGCAGATTTGGGAAA 1397
Query 1377 ATGGGAGGATGTTTCGAGATTGAGAAAGATGATAAGGAACGAAAATATGAAGAAAACGCC 1436
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1398 ATGGGAGGATGTTTCGAGATTGAGAAAGATGATAAGGAACGAAAATATGAAGAAAACGCC 1457
Query 1437 AGGTGGTAGTTTGATAGAAGTGAACAACATTGTTCAGGAATTCGTTTCAGGAGATAACAG 1496
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1458 AGGTTGTAGTTTGATAGAAGTGAACAACATTGTTCAGGAATTCGTTGCAGGAGATAACAG 1517
Query 1497 TAAACCTTTTTGGACTGAGATATCTATAGTGCTGCAGTTGTTTACTTCACATCAAGATCA 1556
||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||| |||||
Sbjct 1518 TAAACCTTTTTGGACTGAGATCTCTCTAGTGTTGCAACTGTTTACTTCACATCAGGATCA 1577
Query 1557 GGATGTGATTACAAACAACAATGCTCTTGCATTTATAGGCATAGTTTA 1604
||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 1578 GGATGTGATTAAAAACAACAATGCTCTTGCATTTATCGGTATGGTTTA 1625
> Ahg931927 jgi|Araly1|931927|scaffold_304384.1
Length=211
Score = 255 bits (138), Expect = 5e-67
Identities = 172/187 (92%), Gaps = 8/187 (4%)
Strand=Plus/Plus
Query 1187 GAGCTGTTGAAATAACAAAGAC-AATGCCGATGAAACCCGACTCGAAGATATGGGGTTCA 1245
|||||||| ||||||| |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1 GAGCTGTTCAAATAAC--AGACAAATGCCGATGAAATCCGACTCAAAGATATGGGGTTCA 58
Query 1246 TTGTTGAGCTCTTGCAGAACACCA-GGCAATCTTGATGTTGCTCTGGTTGCAATGGATCA 1304
|||||||||||||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TTGTTGAGCTCTTGCAAAACA-AAGGGCAATCTTGATGTTGCTCTGGTTGCAATGGATCA 117
Query 1305 TCTTGTGGAGCTAGAGCCGGAGGATATGGGAAATTATGTTTT-GCTT-GCCAATATTTAC 1362
|||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||| || |||||||||
Sbjct 118 TCTTGTGGAGCTAGAGCCAGAGGATATGGGGAATTATGTTTTTGCTTTGC-AATATTTAC 176
Query 1363 GCAGATT 1369
|||||||
Sbjct 177 GCAGATT 183
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 60144496855
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5