BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20580.1
Length=3065
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480888 jgi|Araly1|480888|fgenesh2_kg.3__3589__AT2G20580.1 4667 0.0
Ahg945184 jgi|Araly1|945184|scaffold_701413.1 3038 0.0
Ahg343965 jgi|Araly1|343965|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000307 156 1e-36
Ahg338589 jgi|Araly1|338589|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000688 156 1e-36
Ahg347303 jgi|Araly1|347303|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000695 150 5e-35
Ahg931233 jgi|Araly1|931233|scaffold_303690.1 141 3e-32
> Ahg480888 jgi|Araly1|480888|fgenesh2_kg.3__3589__AT2G20580.1
Length=3023
Score = 4667 bits (2527), Expect = 0.0
Identities = 2753/2861 (96%), Gaps = 19/2861 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 222 AGATGGCTCCAACTCAGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGAAAGATGAAGCTA 281
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 164 AGATGGCTCCAACTCCGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGCAAGATGAAGCTA 223
Query 282 CCTTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAGGATGAGGATTTGT 341
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 224 CCTTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAAGATGAGGACTTGT 283
Query 342 CTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATC 401
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 284 CTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATC 343
Query 402 CTAATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAGGCAGGAAATCCGAGCTTCAA 461
||||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 344 CTAATCCCGACTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAATCCGAGCTTCAA 403
Query 462 CAAGTTCCATGACTTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTGCGTCCCCATTATGGAACTC 521
|||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 404 CAAGCTCAATGACGTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTCCGTCCCCATTATGGAACTC 463
Query 522 TTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCTGATTCTGATCTCAAAAAGTACCTGTCCGATATCC 581
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 464 TTAAAGCGTTTCATGAAACAATGGCCGATTCTGATCTCAAGAAGTACCTGTCTGATATCC 523
Query 582 TGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCAGATGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGGTTTAGAT 641
|||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 524 TGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCGGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGTTTTAGGT 583
Query 642 TGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCATGAATATGTCAGGAATTTAGCTG 701
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 584 TGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTAGCTG 643
Query 702 GAGAGATTGCACAAGAGTATACAAAGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGATTTAA 761
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 644 GAGAGATTGCTCAAGAGTATACAAAGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGATTTAA 703
Query 762 TGGAGCTTGTGCAACAAATTGTTGCTTTTCACATGAAGCATAATGCAGAAACCGAAGCTG 821
||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 TGGAGCTTGTGCAGCAAATTGTCGCTTTTCATATGAAGCATAATGCAGAAACCGAAGCTG 763
Query 822 TTGATCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAAACAA 881
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 TTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAAACAA 823
Query 882 ATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCTAGGTACCTTCCTGGACCAGATG 941
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||||||||||
Sbjct 824 ATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCAAAGTACCTCCCTGGACCAGATG 883
Query 942 ACATGTTGGTTCTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAGTATCCAAACG 1001
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 884 ACATGTTGGTTTTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAATATCCAAACG 943
Query 1002 CTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACCTCAT 1061
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACCTCAT 1003
Query 1062 GTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATAACCT 1121
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1004 GTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATAACCT 1063
Query 1122 TTGAACTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGGGAAGCCCTACAGGATATTG 1181
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1064 TTGACCTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATGATGACCGAGAAGCCCTACAGGATATTG 1123
Query 1182 TTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACCCTTGCAAGGGATATTGAGGTCATGG 1241
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1124 TTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACTCTTGCAAGGGATATTGAGGTCATGG 1183
Query 1242 AGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTACTCGACGGCAGGGCTAGCTCCG 1301
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
Sbjct 1184 AGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTCGACGGCAGGGCTAGCTCTG 1243
Query 1302 GTGCAAGCGTGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTCGTAA 1361
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1244 GTGCAAGCGCGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTTGTAA 1303
Query 1362 ATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCAACCACCGGATCTT 1421
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1304 ATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCGACCACCGGATCTT 1363
Query 1422 CTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGTCTGG 1481
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1364 CTGGAAATTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGTCTGG 1423
Query 1482 GTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCTGGACTTTCCCAACTCGACAAATATTTCCATA 1541
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1424 GTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCAGGACTTTCTCAACTCGACAAATATTTCCATA 1483
Query 1542 GTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGTGGCA 1601
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1484 GTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGTGGCA 1543
Query 1602 TTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAGGATT 1661
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1544 TTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAGGATT 1603
Query 1662 CATCTGTCAGAATCGGTGCTATCATGGGTCTTGGAATTTCATACGCAGGTTCCCAAAATG 1721
||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1604 CATCTGTCAGAATTGGTGCTATCATGGGTCTGGGAATTTCATACGCAGGTTCCCAAAATG 1663
Query 1722 ACCAGATTCGAAACAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCAAAAGCGCCTCTTGATGTGA 1781
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |
Sbjct 1664 ACCAGATTCGAAGCAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCGAAAGCGCCTCTCGATGTTA 1723
Query 1782 TTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGAAGTAG 1841
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1724 TTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGAAGTAG 1783
Query 1842 CCCAGTCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGTGATGCCCTCA 1901
| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1784 CACAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGAGATGCCCTCA 1843
Query 1902 CTCGTTTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGTAGAGG 1961
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1844 CTCGATTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGTAGAGG 1903
Query 1962 CTACAGCTGAAGTTTCGAAGACCTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATATGACAC 2021
|||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1904 CTACAGCTGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATATGACAC 1963
Query 2022 TTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGAAATGTCCTAAAGGTACAAGACCTTCTTGCTC 2081
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1964 TTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGGAATGTCCTAAAGGTCCAAGACCTTCTTGCTC 2023
Query 2082 AGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGGGTTAG 2141
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2024 AGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGGGTTAG 2083
Query 2142 CAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGGAGTTGATATGGAGATCCGTTCTCTGGAGCGGA 2201
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||||
Sbjct 2084 CAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGGCGTTGATATGGAGATTCGTTCTTTGGAGCGGA 2143
Query 2202 TGCTACAATACGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTGCCTTTGGCCCTTGGTCTCCTTT 2261
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2144 TGCTACAATATGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTACCTTTGGCCCTTGGTCTCCTTT 2203
Query 2262 GTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGGCTTAGCCATGACACAG 2321
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2204 GTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGACTTAGCCATGACACAG 2263
Query 2322 ATTCGGAAGTTGCCATGTCAGCAATTATATCATTGGGACTGATTGGCGCTGGAACTAATA 2381
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2264 ATTCGGAAGTTGCCATGGCAGCAATTATATCATTGGGACTGATTGGCGCTGGAACTAATA 2323
Query 2382 ACGCAAGGATAGCCGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAAGACATGAGTC 2441
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | ||
Sbjct 2324 ACGCAAGGATAGCTGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAGGACGCCAATC 2383
Query 2442 TTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTTGTGCACATGGGAAAGGGTCTCTTGACAC 2501
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2384 TTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTGGTGCACATGGGAAAGGGTCTCTTAACAC 2443
Query 2502 TCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGGTATAGTGA 2561
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2444 TCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGGTATAGTGA 2503
Query 2562 CACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGC 2621
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2504 CACTTTTGCATGCATGCCTTGACATGAAACCAATCATACTCGGGAAGTACCATTATGTGC 2563
Query 2622 TGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGATGAAAACCTGA 2681
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2564 TGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGACGAAAACCTGA 2623
Query 2682 AGCCACTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTGGGCAAGCGGGTC 2741
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2624 AGCCATTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTGGACAAGCGGGTC 2683
Query 2742 GGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCCTGGCTGCTGGAG 2801
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2684 GGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCCTGGCTGCTGGAG 2743
Query 2802 AGAGAGCCGAACTAGCCACGGACAAATACATTCCTCTGTCGCCAATACTAGAAGGATTCA 2861
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2744 AGAGAGCCGAACTAGCCACCGACAAATACATTCCTCTGTCGCCGATACTGGAAGGATTCA 2803
Query 2862 TCATCTTAAAGGAGAACCCAGACTACAGAGAGGAGTGAAGAGAGAGAGCTTCTGCTTCCA 2921
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2804 TCATCTTAAAGGAGAATCCAGACTACAGAGAGGAGTGAAGAGAGAGAGCTTCTGCTTCCT 2863
Query 2922 GC--CAGT-TG--T-C--ACTAGTTTTACTATTTCGTCTAT-T----AT-C-T-CATGGT 2965
|| || | | | | |||||||||| |||||||||||| | || | | | | |
Sbjct 2864 GCTGCATTCTCAATTCTCACTAGTTTTATTATTTCGTCTATGTTTTTATGCCTTCTTTTT 2923
Query 2966 TT-TT-CTACTCTCCGTTTAAGCTTTGTTTCATTATCTTGGGATCTTTGTATGACCTGAC 3023
|| || ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||
Sbjct 2924 TTCTTTCTA-TCTCCGTTTAAGCTTTGTTTCATTATCTCGGGATCTTTGTATGACTTGAC 2982
Query 3024 GCTTTTAGTTATATAAACTTTAGTCTCtttttttttttttt 3064
|||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2983 GCTTATAGTTATATAAACTTTAGTATCTTTTTTTTTTTTTT 3023
Score = 139 bits (75), Expect = 1e-31
Identities = 98/109 (90%), Gaps = 2/109 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 80 AGAGTTGCAGAAGAGttttttttGTTTTAATTCCTGCAATCAGAGAGTTTTCGATAGCAC 139
||||||||||||||| || ||| |||| |||||||| ||| |||||||||||||||||||
Sbjct 58 AGAGTTGCAGAAGAGATTGTTT-GTTT-AATTCCTGAAATTAGAGAGTTTTCGATAGCAC 115
Query 140 AAGCACAAGCTTCTCGATTCGTTTGAGTGTTCAAATTTCAAGCTTTTTA 188
||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||
Sbjct 116 AAGCATAGGCTTCTCGATTCGTCTGAGTGTTCAAATTCCAAGCTCTTTA 164
> Ahg945184 jgi|Araly1|945184|scaffold_701413.1
Length=2913
Score = 3038 bits (1645), Expect = 0.0
Identities = 2343/2686 (87%), Gaps = 24/2686 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 224 ATGGCTCCAACTCAGGATCCCAACAGTGTCGGAGGCGGTGCGAAGAAAGATGAAGCTACC 283
||||||||| || |||||| |||||||| || || ||||||||| || ||||||||
Sbjct 21 ATGGCTCCAGTTCCGGATCCGAACAGTGTTGGCGGTGGTGCGAAGCGGGACGAAGCTACG 80
Query 284 TTGAAGGTTCCGTCTAAGGATCCCAAGAAGAAGGACGAGAAAAAGGATGAGGATTTGTCT 343
||||||||| ||||| ||| ||||||||||||| || || ||||| |||||| |||||
Sbjct 81 ACGAAGGTTCCTTCTAAAGATTCCAAGAAGAAGGATGATAAGAAGGAAGAGGATCTGTCT 140
Query 344 GAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATCCT 403
|||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 141 GAAGAGGACTTGCAACTAAAGCAGAACCTGGAGCTCTATGTTGAGAGAGTTCAGGACCCC 200
Query 404 AATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAGGCAGGAAATCCGAG-CTTCAAC 462
||||| || || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| |||| | |||||
Sbjct 201 AATCCTGAGTTACAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAGGCAGGAAATTCGAGAC-TCAAC 259
Query 463 AAGTTCCATGACTTCAGTTCCCAAACCACTAAAGTTTCTGCGTCCCCATTATGGAACTCT 522
||| |||||||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||| ||||||||| |||
Sbjct 260 AAGCTCCATGACATCAGTTCCAAAACCCCTCAAGTTTCTCCGTCCTCATTATGGAGTTCT 319
Query 523 TAAAGCGTTTCATG-AAACAATGGCTGATTCTGATCTC-AAAAAGTACCTGTCCGATATC 580
||| | ||||||| ||| |||||| || ||||||||| ||||| | || | |||||
Sbjct 320 TAAGGAATTTCATGTAAA-AATGGCGGAGTCTGATCTCAAAAAAAT-GTTGGCTGATATA 377
Query 581 CTGTCTGTCCTGGCCCTTACCATGTCTGCAGATGGTGAAAGGGAAAGCTTAAGGTTTAGA 640
|| ||||||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||||||| | |||
Sbjct 378 CTTTCTGTCCTGGCACTGACCATGTCTGCTGAAGGTGAAAGGGAAAGCTTAAACTATAGG 437
Query 641 TTGATTGGAACAGAGGGTGACATTGGATCGTGGGGTCATGAATATGTCAGGAATTTAGCT 700
|||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 438 TTGACTGGATCAGAGGGTGACATCGGATCGTGGGGTCACGAGTATGTCAGGAATTTGGCC 497
Query 701 GGAGAGATTGCACAAGAGTATACAAAGCGTCAGAGTGAGGAGGCCTCTATTGACGATTTA 760
|||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||| ||| |||||||||| || |||
Sbjct 498 GGAGAGATTGCAGAAGAGTATACAATGCGTCAGGGTGAAGAGTCCTCTATTGAAGACTTA 557
Query 761 ATGGAGCTTGTGCAACAAATTGTTGCTTTTCACATGAAGCATAATGCAGAAACCGAAGCT 820
||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 558 ATGGATCTTGTGCAGCAAATTGTTTCTTTTCACATGAAGCATAATGCCGAAACCGAAGCT 617
Query 821 GTTGATCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTAGACAAAACA 880
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 618 GTTGACCTTTTAATGGATGTTGAGGATCTTGATCTCTTACTTGAGCATGTTGACAGCACA 677
Query 881 AATTTCAAGAGGACATGCAACTATCTCACAAGTGCAGCTAGGTACCTTCCTGGACCAGAT 940
||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| | ||| ||||| |||||||||
Sbjct 678 AATTTCAGGAGGACATGCAACTATCTCACGAGTGCAGCAAAGTATCTTCCAGGACCAGAT 737
Query 941 GACATGTTGGTTCTAGATATTTCCTACATGATTTACATGAAGTTTGAAGAGTATCCAAAC 1000
||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| ||||||| ||| |||||||||
Sbjct 738 GACATGTTGGTTCTAGATATTGCTTACATGATCTACATTAAGTTTGCAGAATATCCAAAC 797
Query 1001 GCTCTGCAGATTGCACTATTTCTTGATAACACGCAGTATGTTAAACAAGTATTTACCTCA 1060
|| ||||| |||||| |||||||||| |||| ||||||||| || ||||| |||||||||
Sbjct 798 GCGCTGCAAATTGCATTATTTCTTGACAACATGCAGTATGTGAAGCAAGTTTTTACCTCA 857
Query 1061 TGTACGGATCTGCTGAAGAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCTCGTCATGGTATAACC 1120
||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 858 TGTACCGATCTGCTAAAAAAGAAACAGTTCTGCTACATGATTGCACGTCATGGTATCACC 917
Query 1121 TTTGAACTTGACGATGAGATGGTTGCAGATGATG-ATGACCGGGAAGCCCTACAGGATAT 1179
|||| |||||| | |||||||||||| |||| | | ||| | |||||||||||||||||
Sbjct 918 TTTGTGCTTGACCAGGAGATGGTTGCAAATGA-GCAGGACAGAGAAGCCCTACAGGATAT 976
Query 1180 TGTTAACAACACTAAGTTAAGTGAAGGATATCTGACCCTTGCAAGGGATATTGAGGTCAT 1239
||||||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 977 TGTTAACAATACTAAGCTGAGTGAAGGATATCTGACACTTGCTAGGGATATTGAGGTCAT 1036
Query 1240 GGAGGCCAAAACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTACTCGACGGCAGGGCTAGCTC 1299
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||| ||||||
Sbjct 1037 GGAGGCCAAGACGCCTGAAGACATCTACAAGGCTCACTTGCTTGATGGCAGGGTTAGCTC 1096
Query 1300 CGGTGCAAGCGTGGATTCTGCTAGACAGAATTTGGCTGCTACCTTTGTCAATGCATTCGT 1359
|||||||| |||||||| |||||||| ||| || |||| || ||||| |||||||| ||
Sbjct 1097 TGGTGCAAGTGTGGATTCAGCTAGACAAAATCTGTCTGCGACTTTTGTGAATGCATTTGT 1156
Query 1360 AAATGCTGGTTTTGGTCAGGACAAACTAATGACAGTACCTTCAGACTCAACCACCGGATC 1419
||||||||| || || ||||||||| |||||||||| || || |||||||||| |||||
Sbjct 1157 AAATGCTGGATTCGGCCAGGACAAATTAATGACAGTGCCATCTGACTCAACCAGTGGATC 1216
Query 1420 TTCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACTAGTGCAGCTGCTAGTCT 1479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1217 AGCTGGAAACTGGCTCTTCAAAAATAAAGAACATGGCAAGACCAGTGCAGCTGCTAGTCT 1276
Query 1480 GGGTATGATTCAACTGTGGGATGTGGACTCTGGACTTTCCCAACTCGACAAATATTTCCA 1539
||||||||||||| ||||||||||| || ||||||| | ||||||||||||||||||||
Sbjct 1277 GGGTATGATTCAATTGTGGGATGTGAACACTGGACTAGCTCAACTCGACAAATATTTCCA 1336
Query 1540 TAGTAATGATAATCCTATCATTGCTGGAGCACTGCTGGGAGTTGGGATTGTAAATTGTGG 1599
||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1337 TAGTAGTGATAATCCCGTCATTGCTGGAGCTCTGCTGGGAGTTGGGATTGTTAATTGTGG 1396
Query 1600 CATTAAGAACGATTGTGATCCTGCATTGGCACTTCTTGGAGACTATATAGACAAAGAGGA 1659
||||||| | |||||||| |||||||| || ||||| | ||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1397 CATTAAGGATGATTGTGAACCTGCATTCGCCCTTCTCGCAGACTATATTGACAATGAGGA 1456
Query 1660 TTCATCTGTCAGAATCGGTGCTATCATGGGTCTTGGAATTTCATACGCAGGTTCCCAAAA 1719
|||||||||| |||| |||||||| |||||||| || ||| |||| || |||||||||||
Sbjct 1457 TTCATCTGTCCGAATTGGTGCTATTATGGGTCTCGGGATTGCATATGCGGGTTCCCAAAA 1516
Query 1720 TGACCAGATTCGAAACAAATTGTCCCCGATACTGAATGATGCAAAAGCGCCTCTTGATGT 1779
|| ||||| ||| | ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 1517 AGATCAGATAAGAAGCCGTTTGTCTCCAATACTAAATGATGCAAAAGCACCTCTCGATGT 1576
Query 1780 GATTGCATTTGCTTCACTTTCTTTGGGAATGATATATGTTGGTTCCTGTAACGAAGAAGT 1839
||||||||||||| ||||| |||||| ||||| || |||||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1577 GATTGCATTTGCTGCACTTAGTTTGGGGATGATTTACGTTGGTTCATGTAACGAAGAGGT 1636
Query 1840 AGCCCAGTCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGAAGTGAGGCAGAACTGGGTGATGCCCT 1899
|| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||
Sbjct 1637 TGCGCAATCTATTATATTTGCTTTGATGGATCGGAGCGAGGCAGAACTGGGTGAAGCCCT 1696
Query 1900 CACTCGTTTCTTGCCACTTGGTCTTGGACTTCTATACCTGGGCAAACAGGAAAGTGTAGA 1959
||||| |||||||| ||||| ||||||||| | ||||| || |||||||||||||| ||
Sbjct 1697 TACTCGATTCTTGCCTCTTGGACTTGGACTTTTGTACCTTGGTAAACAGGAAAGTGTGGA 1756
Query 1960 GGCTACAGCTGAAGTTTCGAAGACCTTCAATGAGAAGATTAGAAAGTATTGTGATATGAC 2019
|||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1757 GGCTACTGCGGAAGTTTCAAAGACGTTCAATGAGAAAATCAGAAAGTATTGTGATATGAC 1816
Query 2020 ACTTCTTTCTTGTGCTTATGCTGGAACTGGAAATGTCCTAAAGGTACAAGACCTTCTTGC 2079
||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| ||
Sbjct 1817 ACTTCTTTCATGTGCATATGCTGGAACCGGGAATGTCCTTAAGGTCCAAGACCTTCTGGC 1876
Query 2080 TCAGTGTGGCGAGCATCTTGAGAAAGGTGACATCCACCAGGGTCCAGCTGTGCTTGGGTT 2139
||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||
Sbjct 1877 TCAGTGTGGAGAGCATCTGGAGAAAGGTGATATCCACCAGGGTCCAGCTGTGATTGGATT 1936
Query 2140 AGCAATGGTTGCTATGTCTGAAGAACTGGGAGTTGATATGGAGATCCGTTCTCTGGAGCG 2199
||| ||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1937 AGCTATGGTTGCTATGTCTGAGGAATTGGGTCTGGATATGGAGATCCGTTCTTTGGAGCG 1996
Query 2200 -GATGCTACAATACGGAGAACAAAACATTCGGCGTGCTGTGCCTTTGGCCCTTGGTCTCC 2258
| ||||||| || ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1997 CG-TGCTACAGTATGGAGAACCGAACATTCGGCGTGCAGTGCCTTTGGCTCTTGGTCTCC 2055
Query 2259 TTTGTATATCCAATCCAAAGGTGACTGTAATGGACACCTTGAGCCGGCTTAGCCATGACA 2318
| |||||||| || |||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||
Sbjct 2056 TATGTATATCAAACCCAAAGGTGACTGTTATGGACACTTTGAGCAGGCTAAGCCATGACA 2115
Query 2319 CAGATTCGGAAGTTGCCATGTCAGCAATTATATCA-TTGGGACTGATTGGCGCTGGAACT 2377
||||||| |||||||||||| |||| ||||| || |||| | |||| |||||||||||
Sbjct 2116 CAGATTCAGAAGTTGCCATGGCAGCTATTATCTCCCTTGG-ATTGATAGGCGCTGGAACC 2174
Query 2378 AATAACGCAAGGATAGCCGGGATGCTTCGGAACCTCTCCAGCTATTATTACAAAGACATG 2437
|| || ||||||||||| ||||||||| | || |||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 2175 AACAATGCAAGGATAGCTGGGATGCTTAGAAATCTCTCCAGCTATTATTACAAGGA--TG 2232
Query 2438 --AGTCTTCTCTTCTGTGTGCGTATTGCTCAAGGGCTTGTGCACATGGGAAAGGGTCTCT 2495
| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 2233 CCAACCTTCTCTTCTGTGTGCGAATTGCTCAAGGGTTTGTGCATATGGGAAAGGGTCTCT 2292
Query 2496 TGACACTCAGCCCCTTCCACTCTGAACGGTTCTTGCTATCGCCAACCGCACTTGCTGGTA 2555
| || |||| || |||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 2293 TAACTCTCAATCCTTTCCACTCCGAACGGCTCTTGCTATCACCAACCGCACTTGCTGGTA 2352
Query 2556 TAGTGACACTT-TTGCATGCATGCCTTGACATGAAA-CCAATCATACTCGGGAAGTACCA 2613
|||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||| | ||||| ||||| |||||
Sbjct 2353 TAGTGACA-TTGTTGCATGCATGCCTTGACATGAGATCCATT-ATACTGGGGAAATACCA 2410
Query 2614 TTATGTGCTGTACTTCCTCGTTTTGGCGATGCAACCAAGGATGATGTTGACAGTGGATGA 2673
|||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2411 CTATGTGCTCTACTTCCTTGTTTTGGCGATGCAGCCAAGGATGATGCTGACAGTGGATGA 2470
Query 2674 AAACCTGAAGCC-ACTGTCAGTGCCAGTGCGGGTAGGACAAGCAGTTGATGTGGTTGGGC 2732
||||||||||| | | || |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2471 GAACCTGAAGCCCA-TCTCGGTGCCAGTACGGGTAGGACAAGCGGTTGATGTGGTTGGAC 2529
Query 2733 AAGCGGGTCGGCCCAAGACCATAACCGGTTTCCAGACACACTCCACACCTGTTCTCCTGG 2792
| || ||||| || ||||| || || || ||||| || ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 2530 AGGCTGGTCGACCAAAGACAATCACTGGGTTCCAAACGCACTCAACACCTGTTCTCCTTG 2589
Query 2793 CTGCTGGAGAGAGAGCCGAACTAGCCACGGACAAATACATTCC-TCTGTCGCCAATACTA 2851
||||||| |||||||||||||| || || || || |||||||| | ||||||| ||| ||
Sbjct 2590 CTGCTGGGGAGAGAGCCGAACTCGCAACCGAGAAGTACATTCCGT-TGTCGCCCATATTA 2648
Query 2852 GAAGGATTCATCATCTTAAAGGAGAACCCAGACTACAGAGAGGAGT 2897
||||| |||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 2649 GAAGGTTTCATCATATTGAAGGAAAATCCAGACTACAGAGAGGAGT 2694
> Ahg343965 jgi|Araly1|343965|fgenesh1_pg.C_scaffold_4000307
Length=627
Score = 156 bits (84), Expect = 1e-36
Identities = 96/102 (94%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 340 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGA 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 402 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTCGAGAGGGTTCAGGA 461
Query 400 TCCTAATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAG 441
||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 462 TCCCAATCCCGAGTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAG 503
> Ahg338589 jgi|Araly1|338589|fgenesh1_pg.C_scaffold_2000688
Length=648
Score = 156 bits (84), Expect = 1e-36
Identities = 96/102 (94%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 340 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGA 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 402 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTCGAGAGGGTTCAGGA 461
Query 400 TCCTAATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAG 441
||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 462 TCCCAATCCCGAGTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAG 503
> Ahg347303 jgi|Araly1|347303|fgenesh1_pg.C_scaffold_5000695
Length=627
Score = 150 bits (81), Expect = 5e-35
Identities = 95/102 (93%), Gaps = 0/102 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 340 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGA 399
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
Sbjct 402 GTCTGAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTTTATGTCGAGAGGGTTCAGGA 461
Query 400 TCCTAATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAG 441
||| ||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 462 TCCCAATCCCGAGTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAG 503
> Ahg931233 jgi|Araly1|931233|scaffold_303690.1
Length=1135
Score = 141 bits (76), Expect = 3e-32
Identities = 91/98 (93%), Gaps = 1/98 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 344 GAAGAGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTTGAGAGGGTTCAGGATCCT 403
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 397 GAA-AGGACTTGGAACTAAAGCAGAACCTTGAGCTCTATGTCGAGAGGGTTCAGGATCCC 455
Query 404 AATCCGGAATTGCAGAAGGCTGCCCTTGAGAGCATGAG 441
||||| || |||||||||||||| ||||| ||||||||
Sbjct 456 AATCCCGAGTTGCAGAAGGCTGCTCTTGAAAGCATGAG 493
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115756254555
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5