BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20800.1
Length=1811
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480917 jgi|Araly1|480917|fgenesh2_kg.3__3618__AT2G20800.1 2841 0.0
> Ahg480917 jgi|Araly1|480917|fgenesh2_kg.3__3618__AT2G20800.1
Length=1790
Score = 2841 bits (1538), Expect = 0.0
Identities = 1713/1796 (95%), Gaps = 18/1796 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 28 TTTCTTTTGGATCTGAGGTTTGAGAAA--T--C--ATCA--A-CATGAGTTTCCATAGCT 78
||||||||||||||||||||||||||| | | |||| | |||||| ||||||||||
Sbjct 1 TTTCTTTTGGATCTGAGGTTTGAGAAATTTGCCGAATCATCATCATGAGCTTCCATAGCT 60
Query 79 TTTACCAGAGAGCTTCTAGCTTATTCAAGGCTTACCCTTCTACTTCCAAGATTCTTCTTC 138
||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 61 TTTACCAGAGAGCTTTTAGCTTGTTCAAGGCTTACCCTTCTGCTTCCAAGCTTCTTGTTT 120
Query 139 TCAGCACTTTCAGTGGTGGTGGTGGTGTACTGGTGTATTCAGACTCGAATCCATTGAAAC 198
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 121 TCAGCTCTTTCA---GTGGTGGTGGTGTACTGGTGTATTCAGACTCGAATCCATTGAAAC 177
Query 199 GTATATTACACGCAGACGCTACTCTTGACTCAGATGG-CAACCCAATAAGGAAGAAGAAG 257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
Sbjct 178 GTATATTACACGCAGACGCTACTCTTGACTCAGATGGTCAA-CCAATAAGGAAGAAGAAG 236
Query 258 GTGGTCGTTCTTGGCAGTGGATGGAGCGGCTACAGCTTCTTGAGTTACTTGAACAACCCT 317
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 237 GTGGTCGTTCTTGGCAGTGGGTGGAGTGGCTACAGCTTCTTGAATTACTTGAACAACCCT 296
Query 318 AACTATGATGTTCAAGTTGTCTCTCCTCGTAACTTTTTCCTCTTCACTCCTCTCTTGCCA 377
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 297 AACTATGATGTTCAAGTTGTCTCTCCTCGTAACTTTTTCCTATTCACTCCTCTCTTGCCA 356
Query 378 AGTGTCACCAATGGTACTGTCGAAGCCCGTAGCATTGTTGAACCCATTCGTGGTCTTATG 437
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 357 AGTGTTACCAATGGTACTGTCGAAGCCCGTAGCATTGTTGAACCCATTCGTGGTCTTATG 416
Query 438 CGCAAGAAAGGATTTGAGTACAAAGAAGCAGAGTGTGTCAAGATTGATGCATCGAACAAG 497
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||
Sbjct 417 CGCAAGAAAGGATTTGAGTACAAAGAAGCAGAGTGTGTGAAGATTGATCCATCGAACAAG 476
Query 498 AAAATCCACTGCCGGTCCAAGGAAGGGTCAAGTCTTAAGGGCACAACAGAGTTTGACATG 557
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 477 AAACTCCACTGCCGGTCCAAGGAAGGGTCAAGTCTTAAGGGCACAACAGAGTTTGACATG 536
Query 558 GATTATGACATTCTCA-TCTTAGCTGTTGGTGCTAAGCCTAACACATTCAACACCCCTGG 616
|||||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 537 GATTATGACATTCT-AGTCATAGCTGTTGGAGCTAAGCCTAACACATTCAACACCCCTGG 595
Query 617 AGTTGAGGAACATGCCTATTTCCTCAAAGAAGCAGAGGATGCTCTAAACATTCGTCATTC 676
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 596 AGTTGAGGAACATGCCTATTTCCTTAAAGAAGCAGAGGATGCTCTAAACATCCGTCATTC 655
Query 677 AGTCATCGACTGTTTCGAGAGAGCCTCTCTTCCGAATCTAACTGAAGAAGAGAGGAAAAA 736
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 656 GGTCATCGACTGTTTCGAGAGAGCCTCTCTTCCTAATCTAACTGAAGAAGAGAGGAAAAA 715
Query 737 GATTCTGCATTTCGTTGTGGTTGGTGGAGGACCAACTGGAGTCGAGTTCTCTGCAGAGCT 796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||
Sbjct 716 GATTCTGCATTTCGTTGTGGTTGGTGGAGGACCAACTGGGGTTGAGTTCTCAGCAGAGCT 775
Query 797 TCATGATTTCCTAGTCCAGGATGTGGCTAAGATTTACCCAAAGGTCCAAGAGTTCACAAA 856
|||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 776 TCATGATTTCTTAGTCCAGGATGTGGCTAAGATATACCCAAAGGTCCAAGAGTTCACAAG 835
Query 857 AATCACTCTTCTTGAAGCAGGCGACCACATTCTCAACATGTTTGACAAGAGAATCACTGC 916
|||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 836 AATCACTCTTCTCGAAGCAGGCGACCACATCCTCAACATGTTTGACAAGAGAATCACTGC 895
Query 917 TTTTGCTGAGGAAAAGTTCCAGCGAGATGGTATTGATCTGAAGACAGGTTCAATGGTTGT 976
|||||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 TTTTGCTGAGGAAAAGTTCCAGAGAGACGGTATAGATCTGAAGACAGGTTCAATGGTTGT 955
Query 977 GGGAGTGACTGCTGATGAGATATCCACAAAGGAAAGAGAAACTGGCAAGATTGTCTCCGA 1036
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
Sbjct 956 GGGAGTGACTGCTGATGAGATATCCACAAAGGAAAGAGAAACTGGCAAAATTGTCTCTGA 1015
Query 1037 ACCTTATGGTATGGTTGTGTGGTCAACAGGAATTGGTTCACGTCCTGTCATCAAAGACTT 1096
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1016 ACCTTATGGTATGGTTGTGTGGTCAACAGGAATTGGTTCACGTCCTGTCATCAGAGACTT 1075
Query 1097 TATGCAGCAGATTGGTCAGGGACAGAGACGTGTCTTGGCTACCGACGAATGGCTTAGAGT 1156
||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1076 TATGCAGCAGATTGGTCAGGGGCAGAGGCGTGTCTTAGCTACTGACGAATGGCTTAGAGT 1135
Query 1157 AGAGGGATGTGACGG-TGTCTATGCTTTAGGTGACACTGCAACGATCAACCAACGCAGAG 1215
||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1136 GGAGGGATGTGA-GGATGTCTATGCTTTAGGTGACACTGCAACGATCAACCAACGCAGAG 1194
Query 1216 TCATGGAAGATATAGCTGCGATTTTCAACAAAGCAGACAAGGGAAACACAGGAACTTTGA 1275
||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1195 TCATGGAAGATATAGCTGCGATTTTTAGCAAAGCCGACAAGGGAAACACAGGAACTTTAA 1254
Query 1276 AGAAGAAAGATTTCAATAGTGTGGTTAAAGACATTTGCCAGAGGTACCCTCAGGTGGAGC 1335
| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1255 ACAAGAAAGATTTCAATGGTGTGGTTAAAGACATTTGCCAGAGGTACCCTCAGGTGGAGC 1314
Query 1336 TCTACTTGAAGAAGAATAAGCTGAAGAACATTGCAAACTTGCTCAAGAGTGCAAATGGTG 1395
||||||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1315 TCTACTTAAAGAAGAATAAACTGAAGAACATTGCACATTTGCTCAAGAGTGCAAATGGTG 1374
Query 1396 AGGACACACAAGTGAATATCGAAAAGTTTAAGCAAGCTCTCTCTGAGGTTGATTCACAGA 1455
||||||||||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1375 AGGACACACAAGTAAACATCGAGAATTTTAAGCAAGCTCTCTCTGAGGTTGATTCACAGA 1434
Query 1456 TGAAGAACCTTCCAGCAACTGCACAGGTTGCATCACAACAAGGGAAGTACCTTGCAAAGT 1515
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1435 TGAAGAACCTTCCAGCAACTGCACAGGTTGCATCACAACAAGGGAAGTACCTCGCAAAGT 1494
Query 1516 GCTTCAACAAAATGGAGAAATGTGAGAAGAAGCCAGAGGGACCATTGAGGTTCAGAGGAG 1575
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1495 GCTTCAACAAAATGGAGAAATGTGAGAGGAAGCCAGAGGGACCATTGAGGTTTAGAGGAG 1554
Query 1576 AGGGTCGACATCGGTTCCAGCCATTCAGGTACAGACATTTTGGATCGTTTGCTCCACTGG 1635
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1555 AGGGTCGACATCGGTTCCAACCATTCAGATACAGACATTTTGGATCGTTTGCTCCGCTGG 1614
Query 1636 GAGGGGAACAGACAGCAGCTGAACTGCCAGGAGATTGGGTCTCCATTGGACACAGCAGCC 1695
||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1615 GAGGGGAACAGACAGCAGCAGAACTGCCAGGGGATTGGGTCTCCATTGGACACAGCAGCC 1674
Query 1696 AGTGGCTTTGGTACTCTGTCTACGCCAGCAAACTGGTGAGCTGGCGCACAAGGATGCTCG 1755
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1675 AGTGGCTCTGGTACTCTGTCTACGCCAGCAAACTGGTAAGCTGGCGCACAAGGATGCTCG 1734
Query 1756 TCATCTCTGATTGGACTCGACGCTTTGTCTTTGGCCGTGACTCTAGCAGCATCTAA 1811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TCATCTCTGATTGGACTCGACGCTTTGTCTTTGGCCGTGACTCTAGCAGCATCTAA 1790
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 67991087325
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5