BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G20810.1 Length=1915 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg480918 jgi|Araly1|480918|fgenesh2_kg.3__3619__AT2G20810.1 3092 0.0 > Ahg480918 jgi|Araly1|480918|fgenesh2_kg.3__3619__AT2G20810.1 Length=1873 Score = 3092 bits (1674), Expect = 0.0 Identities = 1813/1880 (96%), Gaps = 9/1880 (0%) Strand=Plus/Plus Query 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60 Query 61 AGATCCGAATACTTCCACCATCATCATTCATTTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCTCTG 120 ||||||||| |||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 61 AGATCCGAAAACTTGCACCATC-T--TTCAATTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCGCTA 117 Query 121 CGAGTACAGTAACTATGAGAAGGAGAGGAGGGGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 180 ||||||| | |||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 118 CGAGTAC--TTACTATGGGGAGGAGAGGAGGAGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 175 Query 181 AGATCTCGAATGTGGTATGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCCTGCTCTTCTTTCTCA 240 ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| Sbjct 176 AGATCTCGAATGTTGTCTGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCTTGCTCTTCTTTCTCA 235 Query 241 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 300 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 236 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 295 Query 301 ATGACAAATT-TGTAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCCGTT 359 |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 296 ATGACAAATTCT-TAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCTGTT 354 Query 360 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 419 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 355 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 414 Query 420 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGTTGCTT 479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 415 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGCTGCTT 474 Query 480 TTATCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCCTTGACTGTCTTGGAATCTGAGTCTACTATT 539 || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| Sbjct 475 TTGTCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCTTTGACTGTGTTGGAATCTGAGCCTACTATT 534 Query 540 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATATCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 599 ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 535 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATACCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 594 Query 600 ATTATGAGGCTTAAGGCCTCGATTCAGGCTCTTGAAGAACAAATGAGTTCCGTTAGCGAG 659 ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| Sbjct 595 ATTATGAGGCTCAAGGCCTCCATTCAGGCTCTTGAAGAACAGATGAGTTCCGTTAGCGAG 654 Query 660 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 719 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 655 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 714 Query 720 GGTGTTCGTCTCACTACCGAATGGTTTCAGAATTTAGACTTACAGA-GAACTCTTAAGGA 778 |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||| Sbjct 715 GGTGTTCGTCTCACTATCGAATGGTTTCAGAACTTAGACTTACAGAGGAAC-CTTAAGGA 773 Query 779 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 838 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 774 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 833 Query 839 CGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCTACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 898 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 834 TGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCCACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 893 Query 899 TGAGAAAGTTGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 958 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 894 TGAGAAAGTCGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 953 Query 959 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1018 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 954 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1013 Query 1019 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1078 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1014 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1073 Query 1079 GCAAAGCTATTATTTCTCTGGACACAACGATGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGGAA 1138 |||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1074 ACAAAGCTACTATTTCTCTGGGCACAACGACGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGAAA 1133 Query 1139 CCCCAAGTATCTTTCCATGCTCAACCATCTTAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1198 |||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1134 CCCCAAGTATCTCTCGATGCTCAACCATCTCAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1193 Query 1199 GCTGAAGAAGGTGGTCTTTCTTGATGATGATGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCATCTCT 1258 |||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| Sbjct 1194 GCTGAAGAAGGTAGTCTTTCTTGATGACGACGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCGCCTCT 1253 Query 1259 CTTTTCGATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACCTT 1318 |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 1254 CTTTTCAATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACATT 1313 Query 1319 CCACCGCTACCACAAGTACTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCACTTTGATCC 1378 |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1314 CCACCGCTACCACAAGTATTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCATTTTGATCC 1373 Query 1379 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTTGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAGTGGAGGAAGAG 1438 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1374 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTCGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAATGGAGGAAGAG 1433 Query 1439 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGaaaaaaaCGTGGACCGGACCTTATGGAA 1498 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 1434 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGAAAAAAACGTGGATCGGACCTTATGGAA 1493 Query 1499 ACTGGGAACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1558 ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1494 ACTTGGCACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1553 Query 1559 GTCCTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTGGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1618 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1554 GTCGTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTTGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1613 Query 1619 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCATGGTTGAAGATCGGGATAGAGAAGTA 1678 ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1614 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCGTGGTTGAAGATCGGAATAGAGAAGTA 1673 Query 1679 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACACTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1738 |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1674 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACAGTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1733 Query 1739 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1798 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1734 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1793 Query 1799 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCTAGCACCATCACTTACTGTATT 1858 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1794 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCGAGCACCATCACTTACTGTATC 1853 Query 1859 TTGTGAATGTGATATTCAAA 1878 |||||||||| ||||| ||| Sbjct 1854 TTGTGAATGTCATATTTAAA 1873 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 71952472805 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5