BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G20810.1
Length=1915
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg480918 jgi|Araly1|480918|fgenesh2_kg.3__3619__AT2G20810.1 3092 0.0
> Ahg480918 jgi|Araly1|480918|fgenesh2_kg.3__3619__AT2G20810.1
Length=1873
Score = 3092 bits (1674), Expect = 0.0
Identities = 1813/1880 (96%), Gaps = 9/1880 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 GCAGCGAAGAGAAAGAAGATGGTCGGTTGAGCTATTTTTGCTTCTCCCGACAAAATTCTC 60
Query 61 AGATCCGAATACTTCCACCATCATCATTCATTTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCTCTG 120
||||||||| |||| ||||||| | |||| ||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 61 AGATCCGAAAACTTGCACCATC-T--TTCAATTATAAGATCTGGGTTTTACACAGCGCTA 117
Query 121 CGAGTACAGTAACTATGAGAAGGAGAGGAGGGGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 180
||||||| | |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 118 CGAGTAC--TTACTATGGGGAGGAGAGGAGGAGATAGTTTCCGGAGAGCTGGACGGAGGA 175
Query 181 AGATCTCGAATGTGGTATGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCCTGCTCTTCTTTCTCA 240
||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 176 AGATCTCGAATGTTGTCTGGTGGGTTCTCTCTGGTATTGCCCTCTTGCTCTTCTTTCTCA 235
Query 241 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 236 TTCTCTCCAAAGCTGGTCATATTGAACCTAGACCCTCTATTCCTAAGCGACGTTACCGTA 295
Query 301 ATGACAAATT-TGTAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCCGTT 359
|||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 296 ATGACAAATTCT-TAGAGGGTATGAATATGACTGAGGAAATGTTGAGTCCTACTTCTGTT 354
Query 360 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 419
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 355 GCTCGTCAAGTTAATGATCAGATTGCTCTTGCTAAAGCTTTTGTTGTCATTGCTAAAGAA 414
Query 420 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGTTGCTT 479
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 415 AGTAAGAATCTTCAGTTTGCTTGGGACTTAAGTGCTCAGATCCGTAACTCTCAGCTGCTT 474
Query 480 TTATCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCCTTGACTGTCTTGGAATCTGAGTCTACTATT 539
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||
Sbjct 475 TTGTCGAGTGCTGCTACTAGGAGAAGTCCTTTGACTGTGTTGGAATCTGAGCCTACTATT 534
Query 540 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATATCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 599
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 535 CGTGACATGGCTGTTTTGTTATACCAAGCTCAGCAGCTTCACTATGATAGTGCTACTATG 594
Query 600 ATTATGAGGCTTAAGGCCTCGATTCAGGCTCTTGAAGAACAAATGAGTTCCGTTAGCGAG 659
||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 595 ATTATGAGGCTCAAGGCCTCCATTCAGGCTCTTGAAGAACAGATGAGTTCCGTTAGCGAG 654
Query 660 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 719
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 655 AAGAGTTCCAAGTATGGACAGATTGCTGCTGAGGAAGTGCCTAAGAGTCTTTACTGTCTT 714
Query 720 GGTGTTCGTCTCACTACCGAATGGTTTCAGAATTTAGACTTACAGA-GAACTCTTAAGGA 778
|||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||
Sbjct 715 GGTGTTCGTCTCACTATCGAATGGTTTCAGAACTTAGACTTACAGAGGAAC-CTTAAGGA 773
Query 779 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 774 AAGGAGTCGTGTTGATTCGAAACTCACGGATAACAGTCTCTACCATTTCTGTGTGTTTTC 833
Query 839 CGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCTACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 898
||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 834 TGATAACATTATTGCTACTTCTGTTGTGGTTAATTCCACTGCTCTCAATTCCAAGGCCCC 893
Query 899 TGAGAAAGTTGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 958
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 894 TGAGAAAGTCGTGTTTCATCTTGTGACTAATGAGATCAACTATGCTGCAATGAAGGCTTG 953
Query 959 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 954 GTTCGCCATTAATATGGACAACCTCAGAGGAGTCACTGTGGAGGTTCAGAAGTTCGAGGA 1013
Query 1019 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1014 TTTCTCATGGCTGAATGCTTCCTATGTTCCGGTCCTCAAGCAGCTGCAAGACTCTGATAC 1073
Query 1079 GCAAAGCTATTATTTCTCTGGACACAACGATGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGGAA 1138
|||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1074 ACAAAGCTACTATTTCTCTGGGCACAACGACGATGGGCGCACTCCAATCAAATTCAGAAA 1133
Query 1139 CCCCAAGTATCTTTCCATGCTCAACCATCTTAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1198
|||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1134 CCCCAAGTATCTCTCGATGCTCAACCATCTCAGGTTCTACATCCCTGAAGTGTTTCCTGC 1193
Query 1199 GCTGAAGAAGGTGGTCTTTCTTGATGATGATGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCATCTCT 1258
|||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1194 GCTGAAGAAGGTAGTCTTTCTTGATGACGACGTTGTAGTTCAGAAGGATCTTTCGCCTCT 1253
Query 1259 CTTTTCGATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACCTT 1318
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1254 CTTTTCAATCGATTTAAACAAAAATGTGAACGGGGCTGTTGAGACCTGCATGGAGACATT 1313
Query 1319 CCACCGCTACCACAAGTACTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCACTTTGATCC 1378
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1314 CCACCGCTACCACAAGTATTTGAACTATTCTCATCCTCTCATACGCTCCCATTTTGATCC 1373
Query 1379 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTTGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAGTGGAGGAAGAG 1438
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1374 AGATGCGTGTGGGTGGGCGTTCGGAATGAACGTCTTTGATTTAGTTGAATGGAGGAAGAG 1433
Query 1439 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGaaaaaaaCGTGGACCGGACCTTATGGAA 1498
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1434 AAATGTGACCGGCATATACCACTACTGGCAAGAAAAAAACGTGGATCGGACCTTATGGAA 1493
Query 1499 ACTGGGAACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1558
||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1494 ACTTGGCACACTACCTCCAGGACTTCTGACATTTTACGGGTTAACAGAGGCACTAGAGGC 1553
Query 1559 GTCCTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTGGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1618
||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1554 GTCGTGGCATATCCTGGGATTGGGATACACGAATGTTGATGCTCGTGTGATAGAGAAAGG 1613
Query 1619 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCATGGTTGAAGATCGGGATAGAGAAGTA 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1614 AGCTGTTCTTCACTTCAATGGGAACTTAAAGCCGTGGTTGAAGATCGGAATAGAGAAGTA 1673
Query 1679 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACACTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1738
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1674 CAAACCTTTGTGGGAGAGATACGTTGATTACAGTTCTCCTTTTATGCAACAATGCAATTT 1733
Query 1739 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1734 TCATTGATATCTTAGGGTCCATAGTTTTACTTCCACTTCTAGACAGCTATATCTTCCACA 1793
Query 1799 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCTAGCACCATCACTTACTGTATT 1858
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1794 TTTGGTTACAGAGACACTTGCAAGAGTTTTGTATGCTCGAGCACCATCACTTACTGTATC 1853
Query 1859 TTGTGAATGTGATATTCAAA 1878
|||||||||| ||||| |||
Sbjct 1854 TTGTGAATGTCATATTTAAA 1873
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 71952472805
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5