BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G21090.1
Length=2064
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg932031 jgi|Araly1|932031|scaffold_400019.1 2981 0.0
> Ahg932031 jgi|Araly1|932031|scaffold_400019.1
Length=1842
Score = 2981 bits (1614), Expect = 0.0
Identities = 1770/1845 (96%), Gaps = 11/1845 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 71 CCATGGTGGTTTCTCCCTCCAATGCCCATCAGTAACCCTAGGAAACGGCCAATCTGTGTC 130
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 CCATGGTGGTTTCTCCCTCCAATGCCCATCAGTAACCCTAGGAAACGGCCAATCTGTGTC 60
Query 131 GCCCAATCGTTTCTCAGCAAACACGCAACGAAAGCAGAGCTCTCTCAGGCCGTATCTCGT 190
|||| |||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCCCGATCGTTTCTCAGCAGACACGCAACCAAAGCAGAGCTCTCTCAGGCCGTATCTCGT 120
Query 191 CTCGAGTCCTTGACTCAACAAGGGATTCGATTACCCTTTGACCTCCTAGCATCTCTGCTC 250
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 121 CTCGAGTCCTTGACTCAACAAGGGATTCGATTACCCTTTGACCTCCTAGCTTCGCTGCTC 180
Query 251 CAGCAGTGTGGAGATACAAAGTCTTTGAAACAAGGCAAATGGATTCATCGTCACTTGAAG 310
|| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 CAACAGTGTGGAGATACCAAGTCTTTGAAACAAGGCAAATGGATTCATCGTCACTTGAAG 240
Query 311 ATTACTGGATTCAAGAGACCCAACACGCTTTTGTCCAATCATTTAATCGGAATGTACATG 370
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 241 ATTACTGGATTCAAGAGACCCAACACGCTTTTGTCCAATCATTTAATCGGAATGTACATG 300
Query 371 AAATGCGGTAAACCTATTGATGCTTGTAAAGTGTTTGATCAAATGCATCTCAGGAACTTG 430
||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 AAATGTGGTAAACCTATTGATGCGTGTAAAGTGTTTGATCAAATGCATCTCAGGAACTTG 360
Query 431 TATTCGTGGAACAATATGGTCTCTGGGTATGTCAAATCAGGGATGTTGGTGCGTGCACGC 490
||||| |||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 361 TATTCTTGGAACAATATGGTCTCTGGTTTTGTCAAATCCGGGATGTTGGTGCGTGCACGA 420
Query 491 GTAGTGTTCGATAGTATGCCTGAGAGAGATGTTGTTTCTTGGAACACGATGGTTATTGGG 550
|| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 421 GTTGTGTTCGATAGTATGCCTGAGAGAGATGTTGTGTCTTGGAACACCATGGTTATTGGG 480
Query 551 TATGCTCAGGATGGGAATCTACACGAGGCGTTGTGGTTTTATAAAGAGTTTAGGAGATCT 610
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 481 TATGCTCAGGATGGGAATCTACACGAGGCGTTGTGGTTTTTTAAAGAGTTGAGGAGATCT 540
Query 611 GGAATCAAGTTCAACGAGTTCAGCTTCGCTGGGCTTTTGACGGCATGTGTGAAATCTAGG 670
||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 541 GGAATCAAGTTTAACGAGTTCAGCTTCGCCGGGCTTTTGACGGCATGTGTGAAATCTAGG 600
Query 671 CAGCTCCAGCTCAATCGGCAAGCTCACGGGCAGGTTTTGGTTGCTGGGTTTTTGTCAAAT 730
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 601 CAGCTCCAGCTCAATCATCAAGCTCACGGGCAGGTTTTGGTTGCTGGGTTTTTGTCAAAT 660
Query 731 GTGGTACTTTCGTGTTCTATCATCGATGCTTATGCGAAATGTGGTCAGATGGAGAGTGCT 790
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 661 GTGGTGCTTTCGTGTTCTATCATCGATGCTTATGCGAAATGTGGTCAGATGGAGAGTGCT 720
Query 791 AAAAGATGTTTTGATGAGATGACAGTGAAGGATATTCATATTTGGACTACTCTGATCTCT 850
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 721 AAAAGATGTTTTGATGAGATGACAGTGAAGGATATTCATATTTGGACTACTCTGATCTCT 780
Query 851 GGGTATGCCAAACTGGGAGATATGGAAGCTGCTGAAAAGTTATT-CTGTGAGATGCCTGA 909
|||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| | |||||||||| ||
Sbjct 781 GGGTATGCCAAACTTGGAGATATGGAAGCGGCTGACAAGTTATTTC-GTGAGATGCCGGA 839
Query 910 GAAAAATCCAGTCTCTTGGACTGCATTAATTGCTGGATATGTTAGACAAGGCTCAGGGAA 969
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 840 GAAAAATCCAGTCTCTTGGACCGCATTAATTGCTGGATATGTTAGACAAGGCTCAGGGGA 899
Query 970 TCGAGCGCTTGACTTGTTTAGAAAAATGATTGCTTTGGGGGTTAAACCAGAGCAATTTAC 1029
|| ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||
Sbjct 900 TCAAGCGCTTGACTTGTTTAGAAAAATGATTGCTATGAGGGTTAAACCAGAGCAGTTTAC 959
Query 1030 TTTTAGTAGCTGTCTATGTGCCTCTGCGAGCATTGCTTCTCTTAGACATGGGAAGGAAAT 1089
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 960 TTTCAGTAGCTGTCTATGTGCCTCTGCGAGCATTGCTTCTCTTAGACATGGGAAGCAAAT 1019
Query 1090 TCATGGCTATATGATCCGTACCAATGTTAGACCGAACGCGATTGTCATCAGTTCTTTGAT 1149
||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1020 TCATGGCTACATGATCCGTACCAATGTTAGACCGAATGCGATTGTCACCAGTTCTTTGAT 1079
Query 1150 AGATATGTACTCCAAATCAGGTAGTTTAGAAGCTAGCGAGCGGGTGTTCAGAATTTGCGA 1209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1080 AGATATGTACTCCAAATCAGGTAGTTTAGAAGCTAGCGAGCGGGTGTTCAGAATTTGCTA 1139
Query 1210 TGACAAGCACGACTGCGTTTTTTGGAACACGATGATTTCTGCATTGGCACAGCACGGGCT 1269
||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1140 TGACAAGCAAGACTGCGTTTTGTGGAACACGATGATTTCTGCATTGGCACAGCACGGGCT 1199
Query 1270 TGGACACAAGGCCTTGC-GAATGCTTGATGACATGATCAAATTCAGGGTCCAGCCAAACC 1328
||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
Sbjct 1200 TGGCCACAAGGCCTTGCAGA-TGCTTGATGACATGATCAAATTCAGAGTCCATCCAAACC 1258
Query 1329 GGACGACTCTGGTTGTGATTCTTAATGCCTGCAGCCATTCAGGTCTGGTAGAGGAAGGAT 1388
| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1259 GAACGACTCTGGTTGTGATTCTTAATGCCTGCAGTCATTCAGGTCTAGTAGAGGAAGGAG 1318
Query 1389 TGAGGTGGTTTGAGTCAATGACTGTTCAGCACGGGATTGTTCCCGACCAAGAGCATTACG 1448
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TGAGGTGGTTTGAGTCAATGACTGTTCAGCACGGGATTGTTCCCGACCAAGAGCATTACG 1378
Query 1449 CATGTCTGATAGATCTCCTAGGTCGCGCCGGTTGTTTCAAAGAACTGATGAGGAAGATTG 1508
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1379 CATGTCTGATAGATCTCCTAGGTCGCGCCGGTTGTTTCAAAGAACTGATGAGCAAGATCG 1438
Query 1509 AGGAAATGCCTTTTGAACCCGACAAGCATATCTGGAACGCAATCCTAGGAGTATGCAGAA 1568
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 1439 AGGAAATGCCTTTCGAACCCGACAAGCATATCTGGAACGCAATCTTAGGAGTATCCAGAA 1498
Query 1569 TCCATGGAAACGAAGAACTGGGAAAGAAAGCAGCGGACGAGCTGATCAAACTGGACCCTG 1628
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TCCATGGAAACGAAGAACTGGGAAAGAAAGCAGCGGAAGAGCTGATCAAACTGGACCCTG 1558
Query 1629 AGTCGTCTGCACCATACATATTGCTGTCAAGCATTTACGCAGATCATGGGAAGTGGGAAT 1688
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 AGTCGTCTGCGCCATACATATTGCTGTCAAGCATTTACGCAGATCATGGGAAGTGGGAAT 1618
Query 1689 TAGTAGAGAAGCTGAGAGGGGTTATGAAGAAGAGAAGAGTGAATAAAGAAAAAGCTGTGA 1748
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1619 TAGTAGAGAAGCTGAGAGGGATTATGAAGAAGAGAAGAGTGAACAAAGAAAAAGCTGTTA 1678
Query 1749 GTTGGATTGAAATCGAGAAAAAAGTCGAAGCTTTCACTGTCTCAGATGGGTC--A--C-- 1802
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| | |
Sbjct 1679 GTTGGATTGAAATCGAGAACAAAGTCGAAGCTTTCACTGTCTCAGACGGGTCGCATGCTC 1738
Query 1803 ATGCTCATGCTCGGAAAGAAGAGATATACTTCATTCTGCATAATCTGGCTGCAGTTATTG 1862
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 1739 ATGCTCATGCTCGGAAAGAAGAGATCTACTTCATTCTGCATAATCTGGCTGCACTTATGG 1798
Query 1863 AAGAAGAAGCTTCAAGAACATGATCTCTCATACAAGAAGAAGCAT 1907
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1799 AAGAAGAAGCTTCAAGAACATGATCTCTCATACAAGAA-AAGCAT 1842
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 77627919310
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5