BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22070.1
Length=2463
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481070 jgi|Araly1|481070|fgenesh2_kg.4__130__AT2G22070.1 3735 0.0
> Ahg481070 jgi|Araly1|481070|fgenesh2_kg.4__130__AT2G22070.1
Length=2429
Score = 3735 bits (2022), Expect = 0.0
Identities = 2251/2364 (95%), Gaps = 6/2364 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATGGATGCTCCGGTTCCACTCTCTTTATCTACTCTGTTAGAACTCTGCACCAATCTCTTG 60
||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGATGCTCCGGTTCCACTCTCTTTATCTACTCTATTGGAACTCTGCACCAATCTCTTG 60
Query 61 CAAAAATCTGTAAACAAGTCCAATGGTCGTTTCACAGCGCAATTGGTTCATTGCCGTGTT 120
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||
Sbjct 61 CAAAAATCTGTAAACAAGTCCAATGGTCGTTTCACAGCGCAATTGGTCCATTGTCGCGTT 120
Query 121 ATCAAATCGGGTCTTATGTTCAGCGTCTACCTGATGAATAATCTCATGAACGTCTACTCA 180
|||||||| |||||| |||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||
Sbjct 121 ATCAAATCAGGTCTTGTGTTCAGCGTTTATCTGATGAATAATCTAATGAATGTCTACTCA 180
Query 181 AAAACTGGTTATGCTCTTCACGCACGCAAGCTGTTCGACGAAATGCCTCTAAGAACAGCT 240
|| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| ||||| |||
Sbjct 181 AAGACTGGTTATGCTCTTCACGCACGCAAGTTGTTCGATGAAATGCCTCTGAGAACGGCT 240
Query 241 TTTTCATGGAACACGGTTCTTTCGGCTTATTCTAAACGAGGAGATATGGATTCGACTTGT 300
|||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 241 TTTTCATGGAACACGGTTCTCTCGGCTTATGCTAAACGAGGAGATATGGATTCGTCTTGT 300
Query 301 GAGTTCTTTGATCAGTTGCCTCAAAGGGATTCGGTTTCGTGGACTACGATGATTGTTGGG 360
|| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 301 GAATTTTTTGATCGGTTGCCTCAGAGGGATTCGGTTTCGTGGACTACGATGATTGTTGGG 360
Query 361 TATAAGAACATTGGTCAATATCATAAGGCTATAAGAGTTATGGGGGATATGGTCAAG-GA 419
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| | || ||
Sbjct 361 TATAAGAAAATTGGTCAATATCAAAAGGCTATAAGAATTATGGGGGAAATGAT-GAGAGA 419
Query 420 AGGGATTGAGCCGACGCAGTTTACGCTTACGAATGTGCTTGCATCGGTGGCTGCAACGCG 479
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 420 AGGGATTGAGCCGACGCAGTTTACTCTTACGAATGTGCTTGCATCGGTGGCTGCAACTCG 479
Query 480 GTGTATGGAAACAGGTAAAAAGGTTCATTCTTTCATCGTTAAGCTTGGTCTTCGCGGTAA 539
|||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 480 GTGTTTGGAGACAGGTAAAAAGGTTCATTCTTTCATCGTTAAGCTTGGTCTTCGTGGTAA 539
Query 540 CGTTTCTGTGTCGAATTCACTGCTTAATATGTATGCAAAATGTGGTGATCCAATGATGGC 599
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 540 CGTTTCTGTGTCGAATTCCCTGCTTAATATGTATGCAAAATGTGGTGATCCGATGATGGC 599
Query 600 AAAATTTGTTTTCGATAGAATGGTTGTTAGAGATATCTCAAGCTGGAATGCTATGATTGC 659
|||| ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 600 AAAAGTTGTTTTTGATAGAATGGTGGTTAAAGATATCTCAAGCTGGAATGCTATGATTGC 659
Query 660 GTTACATATGCAGGTCGGTCAAATGGATCTTGCTATGGCGCAGTTCGAGCAAATGGCTGA 719
||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 660 GTTACATATGCAGGTTGGTCAGATGGATCTAGCTATGGCGCAATTCGAGCAAATGGCTGA 719
Query 720 GCGAGATATAGTCACTTGGAATTCTATGATTTCTGGTTTCAATCAGAGAGGGTATGATCT 779
||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 720 GCGCGATAAAGTCACTTGGAATTCTATGATTTCTGGTTACAATCAGAGAGGGTATGATCT 779
Query 780 CAGAGCTCTAGATATCTTTTCGAAGATGCTGAGGGATTCTCTGTTGTCGCCGGATAGATT 839
||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||||||||
Sbjct 780 CAGAGCTCTAGATATGTTTTCGAAGATGCTGAGGGATTCTATGTTGTCACCAGATAGATT 839
Query 840 CACTCTGGCGAGTGTGTTATCTGCTTGTGCCAATCTTGAGAAACTTTGTATTGGGAAGCA 899
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
Sbjct 840 CACTTTGGCGAGTGTGTTATCTGCTTGTGCCAATCTTGAGAAGCTTTGTATTGGGGAGCA 899
Query 900 GATTCATTCGCACATTGTTACTACAGGGTTTGATATTTCCGGAATCGTGTTAAATGCATT 959
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |
Sbjct 900 GATTCATTCACATATTGTTACTACAGGGTTTGATATTTCCGGAATTGTGTTAAACGCCCT 959
Query 960 GATCTCGATGTATTCGAGGTGTGGAGGGGTCGAGACTGCCCGGAGACTGATAGAACAAAG 1019
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 960 GATCTCAATGTATTCGAGGTGTGGAGGGGTCGAGACTGCCCGAAGACTGATAGAACAAAG 1019
Query 1020 AGGAACCAAAGATCTCAAGATTGAAGGTTTTACAGCTTTACTTGATGGGTACATTAAGCT 1079
||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1020 AGGAACCAAAGATCTCAAGATCGAAGGTTTTACAGCTTTACTTGATGGCTACATTAAGCT 1079
Query 1080 TGGAGATATGAATC-AAGCTAAGAATATATTTGTTTCGTTGAAAGATCGTGATGTAGTCG 1138
||| |||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1080 TGGGGATATGAA-CGAAGCTAAGAATATATTTGATTCGTTGAAAGATCGCGATGTAGTCG 1138
Query 1139 CATGGACCGCCATGATTGTAGGATATGAGCAACACGGTTCGTATGGTGAAGCTATAAACC 1198
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1139 CATGGACCGCCATGATTGTAGGATACGAGCAACACGGTTTGTATGGTGAAGCTATAAACC 1198
Query 1199 TTTTCAGATCAATGGTTGGAGGAGGGCAGAGACCAAACAGTTACACTCTTGCAGCAATGT 1258
||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1199 TTTTCAGATCAATGGTTGGAGAAGAGCAGAGACCAAATAGTTATACTCTTGCAGCAATGT 1258
Query 1259 TAAGTGTAGCTTCAAGTTTGGCATCATTGAGCCATGGCAAGCAAATCCATGGGAGTGCTG 1318
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1259 TAAGTGTAGCTTCAAGTTTGGCATCATTGGGCCATGGCAAGCAAATCCATGGGAGTGCTG 1318
Query 1319 TAAAGTCAGGGGAAATTTATTCAGTTTCTGTCAGCAATGCATTGATAACAATGTATGCAA 1378
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||
Sbjct 1319 TAAAGTCAGGGGAAATTTATTCGGTTTCTGTCAGCAACGCGTTGATAACAATGTATGCAA 1378
Query 1379 AGGCGGGTAACATTACATCGGCAAGCCGGGCATTTGATTTGATACGCTGTGAGAGGGATA 1438
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1379 AGGCGGGTAACATTACATCGGCAAGCCGGGCATTTGATTTGATACGCTGTGAGAGGGATA 1438
Query 1439 CAGTATCGTGGACATCCATGATTATCGCGTTGGCACAGCACGGTCACGCAGAAGAAGCAC 1498
||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1439 CAGTATCTTGGACGTCCATGATTATTGCGTTGGCACAGCACGGTCACGCAGAAGAAGCAC 1498
Query 1499 TTGAGCTTTTTGAGACAATGCTGATGGAAGGACTAAGACCTGATCACATAACATATGTTG 1558
|||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1499 TTGAACTCTTTGAGACAATGCTGATGGAAGGACTGAGACCTGATCACATAACATATGTTG 1558
Query 1559 GTGTTTTCTCTGCCTGTACTCATGCCGGTTTGGTCAACCAAGGTCGTCAATACTTCGATA 1618
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1559 GTGTTTTCTCTGCCTGTACTCATGCCGGTTTGGTCAACCAAGGTCGTCAATACTTCGATA 1618
Query 1619 TGATGAAGGACGTTGATAAGATTATACCTACCCTTAGCCACTATGCTTGTATGGTGGACC 1678
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1619 TGATGAAGGACGTTGATAAGATTATACCTACCCTTAGCCACTATGCTTGTATGGTAGACC 1678
Query 1679 TGTTTGGACGTGCTGGTTTATTGCAGGAAGCACAAGAGTTCATCGAAAAGATGCCTATTG 1738
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1679 TGTTTGGACGTGCTGGTTTATTGCAGGAAGCACAAGAGTTCATCGAAAAGATGCCTATTG 1738
Query 1739 AGCCTGATGTAGTGACATGGGGTTCACTGCTTTCTGCTTGCAGAGTTCACAAGAACATCG 1798
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||
Sbjct 1739 AGCCTGATGTAGTGACATGGGGTTCACTGCTTTCTGCTTGCAGGGTTTACAAGAACATCG 1798
Query 1799 ATCTTGGGAAAGTTGCAGCAGAGAGATTGCTTCTTCTCGAGCCAGAGAACAGCGGGGCAT 1858
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1799 ATCTTGGGAAAGTTGCAGCAGAGAGATTGCTTCTTCTCGAGCCAGAGAACAGCGGGGCAT 1858
Query 1859 ACTCAGCCTTGGCTAACTTATACTCAGCTTGTGGAAAATGGGAAGAAGCTGCTAAGATAA 1918
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1859 ACTCAGCCTTGGCTAACTTATACTCAGCTTGTGGAAAATGGGAAGAAGCTGCTAAGATAA 1918
Query 1919 GAAAAT-CAATGAAAGATGGAAGAGTAAAGAAGGAACAAGGGTTTAGCTGGATTGAAGTG 1977
|||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1919 GAAAATGCA-TGAAAGATGGAAGAGTGAAGAAGGAACAAGGGTTTAGCTGGATTGAAGTG 1977
Query 1978 AAGCATAAAGTCCATGTCTTTGGAGTGGAAGACGGGACTCATCCAGAGAAGAACGAGATC 2037
|||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||||||
Sbjct 1978 AAGCATAAAGTCCATGCCTTTGGAGTTGAAGACGGGATTCATCCCCAGAAGAACGAGATA 2037
Query 2038 TACATGACCATGAAGAAGATTTGGGACGAGATCAAGAAAATGGGTTATGTTCCCGACACA 2097
||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2038 TACATAACAATGAAGAAGATTTGGGACGAGATAAAGAAAATGGGATATGTTCCCGACACT 2097
Query 2098 GCTTCTGTACTACACGACCTCGAAGAAGAGGTTAAAGAACAGATTCTAAGGCACCACAGC 2157
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2098 GCTTCTGTACTACACGACCTCGAAGAAGAGGTTAAAGAACAAATTCTAAGGCACCACAGC 2157
Query 2158 GAGAAACTAGCAATCGCATTTGGACTAATTAGCACTCCGGATAAAACCACATTGAGGATC 2217
|||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 2158 GAGAAACTAGCAATAGCATTTGGGTTAATTAGCACTCCGGATAAAACCACATTAAGGATC 2217
Query 2218 ATGAAGAATCTCAGAGTGTGCAATGATTGCCACACGGCTATAAAGTTCATTTCCAAGCTT 2277
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 2218 ATGAAGAATCTCAGAGTGTGCAATGATTGCCATACGGCTATAAAGTTTATCTCCAAGCTT 2277
Query 2278 GTGGGAAGGGAAATCATAGTGAGAGATACAACAAGATTTCACCATTTCAAAGATGGGTTT 2337
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2278 GTGGGAAGGGAAATAATAGTGAGAGATACAACAAGATTTCACCATTTCAAAGATGGGTTT 2337
Query 2338 TGTTCTTGCCGAGATTATTGGTGA 2361
||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2338 TGTTCTTGCCGAGATTATTGGTGA 2361
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 92825927065
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5