BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22240.1
Length=1985
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg932186 jgi|Araly1|932186|scaffold_400174.1 2579 0.0
Ahg943979 jgi|Araly1|943979|scaffold_700208.1 1611 0.0
> Ahg932186 jgi|Araly1|932186|scaffold_400174.1
Length=1574
Score = 2579 bits (1396), Expect = 0.0
Identities = 1505/1559 (97%), Gaps = 2/1559 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 152 AGAAAATGTTCATCGAGAGCTTCAAAGTAGAGAGTCCAAATGTCAAATACACAGAGAATG 211
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 17 AGAAAATGTTCATCGAGAGCTTTAAAGTAGAGAGCCCAAATGTCAAATACACAGAGAATG 76
Query 212 AGA-TCAATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCACGAGAATCGTAACGGT 270
||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 77 AGATTC-ATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCATGAGAATCGTAACGGT 135
Query 271 ACATATCAATGGGTCGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCGT 330
|||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 136 ACATATCAATGGATTGTGAAGCCAAAGTCTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCGT 195
Query 331 GTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAACC 390
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 196 GTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAACC 255
Query 391 GCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATATCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACAA 450
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 256 GCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATCTCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACAA 315
Query 451 GCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCATCGATTCGTGTTGGCTCTTACAATGGT 510
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 316 GCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCTTCGATTCGTGTTGGTTCTTACAATGGT 375
Query 511 GAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCAGAGGATGTTGTG 570
|||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||
Sbjct 376 GAAGAGATTTACGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCTGATGATGTTGTG 435
Query 571 TTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAATTTAGCAGACGCTATGGCTAGAGCTAGAGTT 630
||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||||||||||
Sbjct 436 TTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAACTTAGCTGATGCTATGGCTAGAGCTAGAGTT 495
Query 631 CTTGATATTGATCTGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGAACATGATCCCACTTCCT 690
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 496 CTTGACATTGATTTGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGACCATGATCCCACTTCCT 555
Query 691 GGTATCTATGACCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGTTCACGTGCTAATAGCGTGATC 750
|| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 556 GGAATCTATGACCCTGATTTCATTGCTGCGAATCAAGGGTCACGTGCTAATAGCGTGATC 615
Query 751 AAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTAAGGAG 810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 616 AAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTAAGGAG 675
Query 811 AAGAACAAAGTGGATAAGTTGGTTGTGTTATGGACTGCAAACACAGAGCGTTATAGCAAT 870
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 676 AAGAACAAAGTGGATAAGTTGGTTGTGTTATGGACTGCAAACACAGAGCGTTATAGCAAT 735
Query 871 GTGATTGTAGGACTTAACGATACGACGGAGAATCTATTGGCTTCTGTTGAAAAGGACGAG 930
||||||||||| ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 736 GTGATTGTAGGGCTTAATGATACAATGGAGAATCTATTGGCTTCTGTTGAAAAGGACGAG 795
Query 931 TCTGAGATCTCGCCGTCTACGTTGTATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAAGGCATTCCTTTC 990
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 796 TCTGAGATCTCGCCGTCTACTTTGTATGCTATTGCTTGTGTTCTTGAAGGTATCCCTTTC 855
Query 991 ATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGAATTGGCTATATCGAAG 1050
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 856 ATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGAGTTGGCTATATCGAAG 915
Query 1051 AATTGTTTGATTGGTGGGGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAGATGAAATCCGTTTTG 1110
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 916 AATTGTTTGATTGGTGGAGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAGATGAAATCCGTTTTG 975
Query 1111 GTTGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATTAAGCCTACTTCGATTGTGAGCTATAATCATTTG 1170
|| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 976 GTCGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATCAAGCCTACTTCGATTGTGAGCTATAATCATTTG 1035
Query 1171 GGAAACAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCACAGACTTTCCGCTCTAAGGAGATTTCA 1230
||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1036 GGAAATAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCGCAGACTTTCCGCTCTAAGGAGATTTCA 1095
Query 1231 AAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCTCTTTGAGCCTGGTGAA 1290
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1096 AAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCTCTTTGAGCCCGGTGAA 1155
Query 1291 CACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTGCCATATGTTGCGGATAGTAAAAGAGCA 1350
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1156 CACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTACCATATGTTGCGGATAGTAAAAGAGCA 1215
Query 1351 ATGGATGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACACTATAGTGTTGCATAAC 1410
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||
Sbjct 1216 ATGGACGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACACAATTGTGATGCATAAC 1275
Query 1411 ACTTGTGAGGACTCTCTCTTGGCTGCACCAATTATCTTGGATCTTGTCCTTCTCGCTGAA 1470
|||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1276 ACTTGTGAGGACTCACTCTTGGCTGCTCCAATTATCTTGGATCTTGTTCTTCTCGCTGAA 1335
Query 1471 CTCAGCACCAGAATCCAATTTAAAGCTGAAGGAGAGGGGAAGTTTCACTCTTTCCACCCG 1530
||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1336 CTCAGCACCAGGATCCAATTCAAAGCCGAAGGAGAGGGGAAGTTTCACTCTTTCCACCCG 1395
Query 1531 GTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACCGCCCGGAACACCGGTG 1590
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1396 GTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACCGCCTGGAACACCGGTG 1455
Query 1591 GTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCTTAGGGCATGTGTTGGG 1650
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 1456 GTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCTTAGGGCCTGCGTTGGG 1515
Query 1651 CTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAAGGATGAGGAAGAAGAAGTA 1709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1516 CTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAAGGATGAGGAAGAAGAAGTA 1574
> Ahg943979 jgi|Araly1|943979|scaffold_700208.1
Length=1576
Score = 1611 bits (872), Expect = 0.0
Identities = 1334/1556 (86%), Gaps = 35/1556 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 154 AAAATGTTCATCGAGAGCTTCAAAGTAGAGAGTCCAAATGTCAAATACACAGAGAATGAG 213
|||||||| || |||||||||||||| ||||| || || || || |||||||||||||||
Sbjct 18 AAAATGTTTATTGAGAGCTTCAAAGTTGAGAGCCCGAACGTGAAGTACACAGAGAATGAG 77
Query 214 A-TCAATTCGGTGTACGATTACGAAACAACAGAGGTCGTCCACGAG-A-ATCGT-AACGG 269
| || | || |||||||||||||| || || ||||| || || ||| | | | | || ||
Sbjct 78 ATTC-ACTCTGTGTACGATTACGAGACGACGGAGGTTGTTCATGAGAAGACCATCAATGG 136
Query 270 TACATATCAATGGGTCGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACAGACACTCG 329
| || || ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||
Sbjct 137 CAGTTACCAGTGGATTGTGAAGCCAAAGACTGTCAAATACGATTTCAAAACCGATATTCG 196
Query 330 TGTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTTGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACACTAAC 389
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || ||
Sbjct 197 TGTCCCCAAATTAGGGGTTATGCTTGTGGGTTGGGGAGGAAACAATGGATCAACTCTCAC 256
Query 390 CGCTGGTGTCATTGCTAACAAAGAAGGAATATCGTGGGCGACTAAAGACAAAGTGCAACA 449
|||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||
Sbjct 257 TGCTGGTGTCATTGCGAACAAAGAAGGAATCTCGTGGGCAACGAAGGACAAAGTGCAACA 316
Query 450 AGCTAATTACTTTGGTTCACTTACTCAAGCTTCATCGATTCGTGTTGGCT-CTTACAATG 508
||| ||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||| || | ||| || |
Sbjct 317 AGCGAATTACTTTGGGTCACTAACTCAAGCATCATCGATTCGTGTCGGATCCTT-TAACG 375
Query 509 GTGAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTTCTTCCAATGGTGAATCCAGAGGATGTTG 568
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||
Sbjct 376 GTGAAGAGATCTATGCTCCTTTCAAGAGTCTCCTTCCAATGGTGAATCCGGATGATGTTG 435
Query 569 TGTTTGGTGGTTGGGATATAAGTGACATGAATTTAGCAGACGCTATGGCTAGAGCTAGAG 628
||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || |
Sbjct 436 TGTTTGGAGGATGGGATATAAGTGACATGAACTTAGCAGATGCCATGGCTAGAGCCAGGG 495
Query 629 TTCTTGATATTGATC-TGCAGAAACAACTTAGACCTTACATGGAGAACA-TGATCCCACT 686
|||||||||| || | |||||||||| || || |||||||||||||||| || | |||||
Sbjct 496 TTCTTGATATCGA-CTTGCAGAAACAGCTCAGGCCTTACATGGAGAACATTG-TGCCACT 553
Query 687 TCCTGGTATCTATGACCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGTTCACGTGCTAA-TAGCG 745
||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||
Sbjct 554 CCCTGGGATCTACGATCCTGATTTCATCGCTGCTAATCAAGGGTCACGTGCTAACCA-CG 612
Query 746 TGATCAAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTTGATCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTA 805
|||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 613 TGATCAAAGGTACCAAGAAGGAACAAGTCGACCACATCATCAAGGACATGAGGGAGTTTA 672
Query 806 AGGAGAAGAA-CAAAGTGGATAAG-TTGGTTGTGT-TATGGACTGCAAACACAGAGCGTT 862
|||||||||| || ||||||||| ||| | || | | ||||| || ||||| |||||||
Sbjct 673 AGGAGAAGAATCAG-GTGGATAAGGTTG-TGGT-TCTCTGGACGGCTAACACTGAGCGTT 729
Query 863 ATAGCAATGTGATTGTAGG-ACTTAACGATACGACGGAGAATCT-ATTGGCTTCTGTTGA 920
||||||||||| | || || | | |||||||| | ||||||||| || || ||||| ||
Sbjct 730 ATAGCAATGTGGTCGTTGGGA-TGAACGATACAATGGAGAATCTCAT-GGAGTCTGTGGA 787
Query 921 AA-AGGACGAGTCTGAGATCTCGCCGTCTACG-TTGTATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAA 978
| || | ||| |||||||||| || |||||| || |||||||||||||||||||||||
Sbjct 788 TAGAG-ATGAGGCTGAGATCTCTCCTTCTACGCTT-TATGCGATTGCTTGTGTTCTTGAG 845
Query 979 GGCATTCCTTTCATCAATGGGAGTCCTCAGAATACTTTTGTCCCCGGTCTTATCGA-ATT 1037
|| || || ||||||||||| || |||||||| || ||||| || ||||| || || ||
Sbjct 846 GGGATCCCGTTCATCAATGGAAGCCCTCAGAACACCTTTGTTCCAGGTCTAATTGATAT- 904
Query 1038 GGCTAT-ATCGAAGAATTGTTT-GATTGGTGGGGATGATTTCAAGAGTGGTCAGACTAAG 1095
||| || | ||| ||| |||| ||| ||||| |||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 905 GGCGATCAG-GAACAAT-GTTTTGATCGGTGGAGATGATTTCAAGAGTGGTCAAACCAAG 962
Query 1096 ATGAAATCCGTTTTGGTTGATTTCCTTGTTGGAGCTGGCATTAAGCCTACTTCGATTGTG 1155
|||||||| || |||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||||
Sbjct 963 ATGAAATCTGTCTTGGTTGATTTCCTTGTTGGTGCAGGAATCAAGCCTACTTCAATTGTG 1022
Query 1156 AGCTATAATCATTTGGGAAACAACGACGGGATGAACCTCTCAGCGCCACAGACTTTCCGC 1215
||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| |
Sbjct 1023 AGCTACAATCACTTGGGGAACAACGATGGGATGAACCTCTCAGCTCCACAGACATTCAGA 1082
Query 1216 TCTAAGGAGATTTC-AAAGAGCAATGTTGTAGACGACATGGTAGCTAGTAATGGCATCCT 1274
||||||||||| || ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || || |||||
Sbjct 1083 TCTAAGGAGATCTCGAAA-AGCAATGTTGTGGACGATATGGTTGCTAGCAACGGTATCCT 1141
Query 1275 CTTTGAGCCTGGTGAACACCCTGACCATGTCGTTGTCATCAAGTATGTGCCATATGTTGC 1334
|||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 1142 CTTTGAGCCTGGGGAACACCCGGACCATGTTGTTGTCATCAAGTATGTACCCTATGTTGC 1201
Query 1335 GGATAGTAAAAGAGCAATGGATGAGTACACGTCTGAGATATTCATGGGAGGGAGGAACAC 1394
||||||||| |||| ||||| |||||||| || ||||| ||||||||||||| ||||||
Sbjct 1202 GGATAGTAAGCGAGCGATGGACGAGTACACATCAGAGATCTTCATGGGAGGGAAGAACAC 1261
Query 1395 TATAGTGTTGCATAACACTTGTGAGGACTCTCTCTTGGCTGCACCAATTATCTTGGATCT 1454
|| || |||| || || || |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
Sbjct 1262 AATTGTAATGCACAATACCTGCGAGGACTCTCTCTTAGCTGCTCCAATCATCTTGGATCT 1321
Query 1455 TGTCCTTCTCGCTGAACTCAGCACCAGAATCCAATTTAAAGCTGAAGGAGAGGGGAAGTT 1514
||| || ||||| || ||||||||||| ||||| || ||| |||| |||||||| |||||
Sbjct 1322 TGTTCTCCTCGCGGAGCTCAGCACCAGGATCCAGTTCAAATCTGAGGGAGAGGGAAAGTT 1381
Query 1515 TCACTCTTTCCACCCGGTAGCTACCATACTCAGTTACCTCACAAAGGCACCTCTTGTACC 1574
||| |||||||| || || || ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||
Sbjct 1382 TCATTCTTTCCATCCTGTGGCCACCATACTCAGCTACCTCACCAAGGCACCGCTTGTGCC 1441
Query 1575 GCCCGGAACACCGGTGGTTAACGCTCTGTCGAAGCAGCGGGCAATGCTGGAAAACATTCT 1634
||| ||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||| |
Sbjct 1442 GCCGGGAACCCCGGTGGTTAATGCGCTGTCGAAGCAGCGGGCTATGCTGGAGAACATTAT 1501
Query 1635 TAGGGCATGTGTTGGGCTTGCGCCAGAGAACAACATGATCATGGAGTACAAGTGAA 1690
|||||||| |||||||| || || |||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1502 GAGGGCATGCGTTGGGCTGGCTCCGGAGAACAACATGATCATGGAATTCAAGTGAA 1557
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 74618789955
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5