BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22300.1
Length=3484
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481093 jgi|Araly1|481093|fgenesh2_kg.4__153__AT2G22300.2 5546 0.0
Ahg481095 jgi|Araly1|481095|fgenesh2_kg.4__155__AT2G22310.1 75.0 4e-12
> Ahg481093 jgi|Araly1|481093|fgenesh2_kg.4__153__AT2G22300.2
Length=3453
Score = 5546 bits (3003), Expect = 0.0
Identities = 3271/3398 (96%), Gaps = 28/3398 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 80 TTTTTGATTCCTCTGTTTCACCAAGTAGACGAAGTagaagaagaagaagaagaagaaagT 139
|||||||||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 74 TTTTTGATTCCTCTGTTTCACCAAGT--A--AA--CGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAGT 127
Query 140 TTTCACCTTTACTCTAAAA--GTTTCACTTTTTATGTCTGCTTTGAAG-CTCTGAGATCG 196
||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 128 TTTCACCTTTACTCTAAAAGTGTTTCACTTTTTATGTCTGCTTTG-AGTTTCTGAGATCG 186
Query 197 GAGAAAGCAATATCTATGGCGGAAGCAAGACGATTCAGCCCAGTTCATGAATTAGATGTT 256
||||||| || ||||||||||||||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 187 GAGAAAGGAA-ATCTATGGCGGAAGCAAGAAGATTTAGCCCAGATAATGAATTAGATGTT 245
Query 257 GGACAAATACTCTCAGAAGCACGACATCGATGGCTTCGTCCTCCTGAAATCTGTGAAATT 316
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 246 GGACAAATACTCTCAGAAGCACGGCATCGATGGCTTCGTCCTCCTGAAATCTGTGAAATT 305
Query 317 TTACAGAATTACCAAAGATTTCAAATTTCTACTGAGCCACCTACTACACCATCAAGTGGG 376
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 306 TTACAGAATTACCAAAGATTTCAAATTTCTACTGAGCCACCTACTACACCATCAAGTGGG 365
Query 377 TCTGTTTTTATGTTTGATCGAAAGGTGCTCAGATACTTCAGGAAAGACGGTCACAATTGG 436
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 366 TCTGTTTTTATGTTTGATCGAAAGGTGCTCAGATACTTCAGGAAAGACGGGCACAATTGG 425
Query 437 AGGAAGAAAAAAGATGGAAAGACTGTGAAGGAAGCTCATGAGAGGTTGAAGGCGGGAAGC 496
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 426 AGGAAGAAAAAAGATGGAAAGACTGTGAAAGAAGCTCATGAGAGGTTGAAGGCGGGAAGC 485
Query 497 GTTGATGTTCTACATTGTTACTATGCGCATGGACAGGACAATGAAAACTTTCAAAGACGC 556
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 486 GTTGATGTTCTACATTGTTACTATGCGCATGGACAAGACAATGAAAACTTTCAAAGACGC 545
Query 557 AGTTACTGGTTGCTTCAGGAAGAACTTTCCCACATAGTTTTTGTTCACTACCTCGAAGTT 616
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||
Sbjct 546 AGTTACTGGTTGCTTCAGGAAGAGCTTTCCCACATAGTTTTTGTCCATTATCTCGAAGTT 605
Query 617 AAGGGTAGTAGAGTTTCTACTTCTTTTAACCGGATGCAAAGGACTGAAGACGCGGCTCGG 676
|||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 606 AAGGGTAGTAGAGTTTCTACATCTTATAACCGGATGCAAAGGACTGAAGACGCTGCTCGG 665
Query 677 TCTCCTCAAGAAACTGGGGACGCCTTGACCAGTGAACATGATGGTTATGCTTCTTGCAGC 736
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 666 TCTCCTCAAGAAACTGGGGAAGCCTTGACCAGTGAACATGATGGTTATGCTTCTTGCAGC 725
Query 737 TTCAATCAAAATGATCATAGCAATCATTCACAAACTACTGACTCAGCAAGTGTCAATGGT 796
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 726 TACAATCAAAATGATCATAGCAATCATTCACAAACTACCGACTCAGCAAGTGTCAATGGC 785
Query 797 TTTCACTCTCCAGAACTTGAAGATGCTGAATCAGCATACAATCAGCATGGAAGTTCCACA 856
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |
Sbjct 786 TTTCACTCTCCAGAACTTGAAGATGCTGAATCAGCATACAATCAGCATGGAAGTTCTATA 845
Query 857 GCTT-ACTCTCATCAAGAACTTCAGCAGCCTGCAACAGGAGGAAACCTTACTGGTTTTGA 915
| || |||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||| |||||
Sbjct 846 G-TTCACTCTCATCAAGAATTTCAGCAGCCTGCGATAGGAGGAAGCCTTACTGGGTTTGA 904
Query 916 TCCTTACTATCAAATCTCTTTGACGCCCAGGGATAGTTATCAAAAAGAGCTTCGCACAAT 975
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 905 TCCTTACTATCAAATCTCTTTGACGCCCAGGGATAGTTATCAAAAAGAGCTTCGCACAAT 964
Query 976 CCCCGTAACTGATTCTTCAATTATGGTAGACAAAAGCAAAACTATCAACAGTCCTGGAGT 1035
||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 965 CCCCGTAACTGATTCGTCAATTATGGTAGACAAATGCAAAACTATCAACAGTCCTGGAGT 1024
Query 1036 AACAAATGGGTTAAAAAACAGAAAATCCATTGATTCCCAAACCTGGGAAGAGATTCTGGG 1095
|||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1025 AACAAATGGGTTAAGAAATAGAAAATCCATTGATTCCCAAACCTGGGAAGAGATTCTGGG 1084
Query 1096 AAATTGTGGTTCTGGAGTTGAAGCCTTACCTTTGCAGCCTAACAGTGAGCATGAAGTGCT 1155
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1085 AAATTGTGGTTCTGGAGTTGAAGCCTTACCTTTGCAGCCTAACAGTGAGCATGAAGTGCT 1144
Query 1156 GGACCAAATACTCGAAA---GCTCTTTTACAATGCAAGATTTTGCTAGTCTACAAGAGTC 1212
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
Sbjct 1145 GGACCAAATACTCGAAAGCTGCTCTTTTACAATGCAAGATTTTGCCAGTCTACAAGGGTC 1204
Query 1213 CATGGTCAAAAGCCAGAATCAGGAGTTAAATTCAGGACTTACATCTGATCGTACCGTGTG 1272
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1205 CATGGTCAAAAGCCAGAATCAGGAGTTAAATTCAGGACTTACATCTGATAGTACCGTGTG 1264
Query 1273 GTTCCAAGGACAAGATATGGAGCTAAATGCTATAAGCAATCTAGCTTCGAATGAAAAAGC 1332
|||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1265 GTTCCAAGGACAAGATGTTGAGCTAAATGCTATAAGCAATCTAGCTTCAAATGAAAAAGC 1324
Query 1333 TCCATATCTATCTACGATGAAACAACATCTGTTACACGGTGCATTGGGCGAAGAAGGTCT 1392
|||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1325 TCCATATCTATCTACGATGAAACAGCATCTGTTAGACGGTGCATTGGGCGAAGAAGGTTT 1384
Query 1393 GAAAAAGATGGACAGTTTCAATCGCTGGATGAGCAAAGAACTTGGAGATGTTGGTGTTAT 1452
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1385 GAAAAAGATGGACAGTTTCAACCGCTGGATGAGCAAAGAACTTGGAGATGTTGGTGTTAT 1444
Query 1453 AGCTGATGCAAACGAGTCCTTTACTCAATCAAGTTCAAGAACCTACTGGGAAGAAGTTGA 1512
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1445 AGCTGATGCAAACGAGTCCTTTACTCAATCAAGTTCGAGAACCTACTGGGAAGAAGTTGA 1504
Query 1513 GAGTGAGGATGGGTCCAATGGTCACAACTCTAGGAGGGACATGGATGGATATGTTATGAG 1572
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 1505 GAGTGAGGATGGGTCCAATGGTCACAACTCTAGGAGGGAGTTAGATGGATATGTTATGAG 1564
Query 1573 TCCTTCCCTCTCAAAGGAACAGCTCTTTAGCATCAATGACTTCTCTCCAAGCTGGGCTTA 1632
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1565 TCCTTCCCTCTCAAAGGAACAGCTCTTTAGCATCAATGACTTCTCTCCAAGCTGGGCATA 1624
Query 1633 TGTGGGTTGTGAAGTGGTGGTTTTTGTCACTGGAAAATTCTTAAAGACTCGGGAGGAGAC 1692
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1625 TGTGGGTTGTGAAGTGGTGGTTTTTGTCACTGGAAAATTCTTAAAGACTCGGGAGGAGAC 1684
Query 1693 TGAAATTGGCGAGTGGTCTTGCATGTTTGGGCAAACAGAAGTTCCAGCAGATGTTATATC 1752
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1685 TGAAATTGGCGAGTGGTCTTGCATGTTTGGGCAAACAGAAGTTCCAGCAGATGTTATATC 1744
Query 1753 TAATGGTATTCTCCAATGTGTTGCTCCTATGCATGAGGCTGGAAGAGTTCCCTTTTATGT 1812
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1745 TAATGGTATTCTCCAATGTGTTGCTCCTATGCATGAGGCTGGAAGAGTTCCGTTTTATGT 1804
Query 1813 AACATGTTCCAACAGATTGGCATGCAGTGAAGTGCGTGAATTCGAGTATAAGGTTGCCGA 1872
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1805 AACATGTTCCAACAGATTGGCATGCAGTGAAGTGCGTGAATTCGAGTATAAGGTTGCCGA 1864
Query 1873 GTCTCAAGTTTTTGATAGAGAAGCAGATGATGAGTCTACTATTGACATTCTTGAGGCAAG 1932
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1865 GTCTCAAGTTTTTGATAGAGAAACAGATGATGAGTCTACTATTAACATTCTTGAGGCAAG 1924
Query 1933 ATTTGTTAAACTGTTGTGCTCGAAATCTGAAAA-TACAAGCCCTGTTTCTGGGAATGACA 1991
||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1925 ATTTGTTAAACTGTTGTGCTCGAAATCTGAAAACT-CAAGCCCTGTTTCCGGGAATGACA 1983
Query 1992 GTGATTTGTCACAATTGAGCGAGAAGATTAGTTTACTACTTTTCGAGAACGATGACCAGT 2051
|| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1984 GTCATTTGTCCCAATTGAGCGAGAAGATCAGTTTACTGCTTTTCGAGAACGATGACCAGT 2043
Query 2052 TGGATCAGATGCTCATGAATGAAATCTCCCAAGAAAATATGAAAAACAACCTTTTGCAGG 2111
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2044 TGGATCAGATGCTCATGAATGAAATCTCCCAAGAAAATATGAAAAACAACCTTTTGCAGG 2103
Query 2112 AATTTCTGAAAGAAAGCTTACACTCATGGCTTTTACAAAAGATAGCAGAAGGTGGAAAAG 2171
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2104 AATTTCTGAAAGAAAGCTTACACTCATGGCTTTTACAAAAGATAGCAGAAGGTGGAAAAG 2163
Query 2172 GTCCAAGTGTTTTGGATGAAGGTGGCCAAGGTGTATTACATTTTGCAGCTTCTCTTGGTT 2231
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2164 GTCCAAGTGTTTTGGATGAAGGTGGCCAAGGTGTATTACATTTTGCAGCTTCTCTTGGTT 2223
Query 2232 ACAACTGGGCCTTAGAACCAACAATAATCGCTGGTGTAAGCGTTGATTTTCGCGATGTAA 2291
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2224 ACAACTGGGCCTTAGAACCAACAATAATCGCCGGTGTAAGCGTTGATTTCCGCGATGTAA 2283
Query 2292 ATGGTTGGACCGCACTTCATTGGGCAGCTTTCTTTGGCAGGGAGAGGATAATTGGTTCAC 2351
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2284 ATGGTTGGACCGCACTTCATTGGGCAGCTTTCTTTGGCAGGGAGAGGATAATTGGTTCAC 2343
Query 2352 TCATAGCTCTTGGTGCTGCTCCTGGAACTTTAACTGACCCAAATCCAGATTTCCCATCAG 2411
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2344 TCATAGCTCTTGGTGCTGCTCCTGGAACATTAACTGACCCAAATCCAGATTTCCCATCAG 2403
Query 2412 GAAGCACACCTTCTGATCTAGCCTATGCTAATGGTCACAAAGGAATTGCTGGTTATCTCT 2471
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2404 GAAGCACACCTTCCGATCTAGCCTATGCTAATGGTCACAAAGGAATTGCTGGTTATCTCT 2463
Query 2472 CAGAATATGCCTTAAGAGCTCATGTTTCTTTGCTCAGTCTAAATGATAAAAATGCCGAAA 2531
|||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 2464 CAGAATATGCCTTAAGGGCCCATGTTTCTTTGCTCAGTCTAAATGATAACAATGCGGAAA 2523
Query 2532 CTGTTGAGATGGCTCCTAGCCCATCCAGCTCATCATTGACAGACTCGTTGACAGCTGTAC 2591
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2524 CTGTTGAGACCGCTCCTAGCCCATCCAGCTCATCATTGACAGACTCGTTGACAGCTGTAC 2583
Query 2592 GTAACGCTACTCAGGCAGCAGCTCGGATTCATCAGGTTTTCAGGGCTCAGTCTTTCCAGA 2651
|||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2584 GTAACGCTACACAGGCAGCAGCTCGGATTCATCAGGTTTTCAGGGCCCAGTCTTTCCAGA 2643
Query 2652 AGAAGCAACTAAAAGAATTTGGAGATAAAAAGCTTGGAATGTCGGAGGAGCGTGCTCTTT 2711
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2644 AGAAGCAACTAAAAGAATTTGGAGATAGAAAGCTTGGAATGTCGGAGGAGCGTGCTCTTT 2703
Query 2712 CGATGCTTGCTCCTAAAACACACAAATCAGGAAGGGCACATAGTGATGATTCCGTGCAAG 2771
| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2704 CAATGCTTGCTCCTAAAACACACAAATCAGGACGGGCGCATAGTGATGATTCCGTGCAAG 2763
Query 2772 CCGCTGCTATTCGGATTCAGAACAAGTTCCGAGGTTACAAGGGAAGAAAAGACTATTTGA 2831
|||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2764 CCGCAGCTATCCGGATTCAGAACAAGTTCCGCGGTTACAAGGGAAGAAAAGACTATTTGA 2823
Query 2832 TTACCAGACAAAGAATCATCAAAATACAGGCTCATGTGAGAGGTTATCAGTTTAGGAAAA 2891
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 2824 TTACCAGACAAAGAATCATCAAAATACAGGCTCATGTGAGAGGTTACCAGGTTAGGAAAA 2883
Query 2892 ACTACAGAAAGATAATTTGGTCAGTGGGGGTATTAGAGAAGGTGATATTACGTTGGAGAC 2951
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 2884 ACTACAGAAAGATAATTTGGTCAGTGGGGATATTAGAGAAGGTGATATTGCGTTGGAGAC 2943
Query 2952 GGAAAGGAGCTGGTTTGCGCGGGTTTAAGTCAGAAGCACTTGTTGAGAAGATGCAAGACG 3011
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 2944 GGAAAGGAGCTGGTTTGCGCGGGTTTAAGTCAGAAGCACTTGTTGATAAGATGCAAGACG 3003
Query 3012 GAACAGAGAAAGAAGAAGATGATGATTTTTTCAAACAAGGAAGAAAGCAAACAGAGGATA 3071
|||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3004 GAACAGCGAAAGAAGAAGACGATGATTTTTTCAAACAAGGAAGAAAGCAAACAGAGGAAA 3063
Query 3072 GGCTACAAAAAGCTCTTGCAAGAGTGAAATCCATGGTTCAATATCCTGAAGCTAGAGATC 3131
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3064 GACTACAAAAAGCTCTTGCAAGAGTGAAATCAATGGTTCAATATCCTGAAGCTAGAGATC 3123
Query 3132 AATACCGTAGATTGCTAAATGTTGTCAACGACATCCAAGAAAGCAAGGTTGAAAAAGCTC 3191
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 3124 AATACCGTAGATTGCTAAATGTTGTCAACGACATCCAAGAAAGCAAGGTCGAAAAGGCTC 3183
Query 3192 TTGAAAATTCAGAAGCAACTTGTTttgatgatgatgatgatctgatagatattgaagcat 3251
||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 3184 TTGAAAATTCAGAAGCAACATGTTTTGATGATGAT------CTGATAGATATTGAAGCAT 3237
Query 3252 tgttggaagatgatgacacattgatgTTGCCTATGTCCTCATCTTTGTGGACCAGTTAAA 3311
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 3238 TGTTGGAAGATGATGACACATTGATGTTGCCTATGTCCTCATCTATGTGGACCAGTTAAA 3297
Query 3312 TCACTCTCAAGCTTTGTTGTG--ATATTGTGTCACAGTATTATTGACTCATTAAACTTGT 3369
||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 3298 CCACTCCCAAGCTTTATTGTGTGATATTGTGTCACAGTTTTATTGACTCATTAAACTTGT 3357
Query 3370 AAATTCTTGTGTAATCACTCTTCTCATATACTGTAACTGCATTCATGACTCTAATTTAAA 3429
|||||||| |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 3358 AAATTCTTATGTATTCACTCTTCTCATATTCTGTAACTGCATTCATTACTCTAATTTAAA 3417
Query 3430 TGATATATATTTGAAACATAAATCAAACTTATGTAACC 3467
|||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||
Sbjct 3418 TGATATAT-TT-GAAAAATAAATCAAACTTATATAACC 3453
> Ahg481095 jgi|Araly1|481095|fgenesh2_kg.4__155__AT2G22310.1
Length=1017
Score = 75.0 bits (40), Expect = 4e-12
Identities = 47/50 (94%), Gaps = 1/50 (2%)
Strand=Plus/Minus
Query 3434 ATATATTTGAAACATAAATCAAACTTATGTAACCAAA-TAGTAATCTTGT 3482
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||
Sbjct 1017 ATATATTTGAAACATAAATCAAACTTATATAACCAAAATAGTAACCTTGT 968
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 131565029861
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5