BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22410.1
Length=2215
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg320079 jgi|Araly1|320079|fgenesh1_pm.C_scaffold_4000136 1607 0.0
> Ahg320079 jgi|Araly1|320079|fgenesh1_pm.C_scaffold_4000136
Length=1767
Score = 1607 bits (870), Expect = 0.0
Identities = 965/1011 (95%), Gaps = 5/1011 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1047 GAAGCTTTTTGATGATATGGAAGAAAAAGATGTTGT-ACTGTGGAATGCAATGATCGGTG 1105
||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||| ||||||||||
Sbjct 750 GAAGCTTTTTGATGATATGGAAGAAAAGGATGTTGTGA-TGTGGAATGCCATGATCGGTG 808
Query 1106 GATCAGTCCAAGCCAAGCGTGGTCAAGACGCTTTGGCATTGTTCCAGGAGATGCAAACAA 1165
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 809 GATCAGTCCAAGCCAAGCGTGCTCAAGACGCTTTGGCATTGTTCCAGGAGATGCAAACAA 868
Query 1166 GTAACACTA-AGCCTGACGAAATCACCATGATACATTGCCTATCTGCTTGTTCTCAGCTT 1224
||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 869 GTAACAC-AGATCCTGACGAAATCACCATGATACATTGCCTATCTGCGTGTTCTCAGCTT 927
Query 1225 GGTGCTCTTGATGTTGGCATTTGGATTCATCGTTACATCGAGAAATACAGTCTTAGTCTC 1284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 928 GGTGCTCTTGATGTTGGCATTTGGATTCATCGTTACATCGAGAAACACAGTCTTAGTCTC 987
Query 1285 AATGTTGCGCTAGGAACTTCATTGGTTGACATGTACGCCAAATGTGGTAACATCTCAGAA 1344
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 AATGTTGCGCTAGGAACTTCATTGGTCGACATGTACGCCAAATGTGGTAACATCTCAGAA 1047
Query 1345 GCTCTCAGTGTTTTTCACGGAATTCAAACAAGAAACTCGCTTACATACACAGCGATAATC 1404
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 GCTCTCAGTGTTTTTCACGGAATTCAAACAAGAAACTCGCTTACATACACAGCGATAATC 1107
Query 1405 GGAGGTTTAGCCCTTCATGGAGATGCATCCACTGCTATATCATACTTCAACGAAATGATT 1464
||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1108 GGAGGTTTAGCTCTTCACGGAGATGCATCTACTGCTATATCATACTTTAACGAAATGATT 1167
Query 1465 GATGCAGGGATTGCCCCAGACGAGATCACTTTCATAGGACTATTATCAGCATGTTGCCAT 1524
||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| |||||||||
Sbjct 1168 GATGCAGGGATAGCCCCAGACGAAATCACTTTCATAGGGTTATTATCAGCTTGTTGCCAT 1227
Query 1525 GGTGGAATGATCCAAACAGGCCGTGATTATTTCTCTCAGATGAAGTCTAGATTCAACCTA 1584
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1228 GGTGGAATGATCCAAACCGGCCGTGATTATTTCTCTCAGATGAAGTCTAGATTTAACCTA 1287
Query 1585 AACCCTCAATTGAAACATTACTCTATAATGGTAGATCTGCTAGGGAGAGCCGGGCTATTA 1644
|| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 AATCCTCAATTGAAACATTACTCTATAATGGTTGATCTTCTAGGGAGAGCCGGGCTATTG 1347
Query 1645 GAAGAAGCAGACAGGCTCATGGAAAGTATGCCAATGGAGGCAGATGCTGCGGTTTGGGGA 1704
|||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1348 GAAGAAGCGGACAAGCTCATGGAAAGTATGCCAATGGAGGCAGATGCTGCGGTTTGGGGA 1407
Query 1705 GCATTATTATTCGGTTGCAGGATGCACGGTAATGTTGAGCTGGGAGAGAAAGCGGCTAAG 1764
|| |||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||
Sbjct 1408 GCTTTATTATTCGGTTGCAGGATGCACGGAAATGTTAAGTTGGGAGAGAAAGCGGCTAAG 1467
Query 1765 AAACTTCTCGAACTTGATCCCAGTGATAGCGGGATCTATGTGTTGTTGGATGGCATGTAT 1824
|| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 AAGCTTCTCGAACTTGATCCAAGTGATAGCGGGATCTATGTGTTGTTGGATGGCATGTAT 1527
Query 1825 GGAGAGGCTAATATGTGGGAAGATGCAAAGAGAGCGAGGAGGATGATGAACGAGAGAGGT 1884
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1528 GGAGAGGCTAATATGTGGGACGATGCAAAGAGAGCGAGGAGGATGATGAACGAGAGAGGT 1587
Query 1885 GTAGAGAAGATTCCTGGTTGTAGTTCCATTGAGGTTAATGGAATTGTCTGTGAGTTCATC 1944
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||
Sbjct 1588 GTAGAGAAGATTCCTGGTTGTAGTTCCATTGAGGTTAACGGAATTGTCTCTGAGTTTATC 1647
Query 1945 GTTAGGGATAAATCGAGACCGGAATCTGAGAAAATTTATGATCGCTTACATTGTCTTGGA 2004
||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1648 GTTAGAGATAAATCAAGACCGGAATCTGAGAAAATCTATGATTGCTTACATTGTCTTGGA 1707
Query 2005 AGGCATATGAGGAGCTCGTTGAGTGTACTATTTTCGGAATATGAGATTACT 2055
|| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1708 AGACATATGGGGAGCTCGTTGAGTGTACTATATTCGGAA-ATGAGATTACT 1757
Score = 1098 bits (594), Expect = 0.0
Identities = 701/753 (93%), Gaps = 6/753 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 244 ATGATAATAAATGGTTTGATTCTGGACCCATTTGCTTCAAGCCGGTTAATTGCTTTCTGT 303
||| |||| | ||| ||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 ATGGTAATCACTGGCTTGGTTCTAGACCCATTTGCTTCAAGCCGGTTAATTGCTTTCTGC 60
Query 304 GCATTATCGGAATCTCGATATCTCGATTACTCTGTGAAGATTCTTAAAGGTATTGAGAAC 363
||||||||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 GCATTATCGGAATCTCGGTATCTCAATTACTGTGTGAAGATTCTTAAAGGTATTGAGAAC 120
Query 364 CCTAACATATTCTCTTGGAATGTAACGATTAGAGGATTCTCTGAGAGTGAGAATCCTAAA 423
||||| |||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CCTAATGCGTTCTCTTGGAATGTGACGATCAGAGGTTTCTCTGAGAGCGAGAATCCTAAA 180
Query 424 GAAT-C-GTTTTTGCTCTATAAGCAGATGCTTAGACATGGTTGTTGTGAGTCCAGACCGG 481
| || | ||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 181 G-ATGCGGTTTTGGC-CTATAAGCAGATGCTGAGACGTGGTTGTTGTGAGTCCAGACCGG 238
Query 482 ATCATTTCACTTACCCTGTTTTGTTTAAGGTTTGTGCTGATCTTAGGTTGAGTAGTTTAG 541
|||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 239 ATCATTTCACTTACCCGGTTTTGTTCAAGGTTTGTGCTGATCTTAGGTTGAATAGTTTAG 298
Query 542 GTCATATGATTCTTGGGCATGTTCTTAAGCTAAGATTGGAATTGGTTAGTCATGTGCATA 601
|||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 299 GTCACATGATTCTTGGGCATGTTTTTAAGCTGAGATTGGAATTGGTTAGTCATGTGCATA 358
Query 602 ATGCGTCGATTCATATGTTTGCTTCTTGTGGTGATATGGAAAATGCGAGGAAGGTGTTCG 661
||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 359 ATGCGTCTATTCATATGTTTGCTTCTTGTGGTGAAATGGAAAATGCGAGGAAGGTGTTCG 418
Query 662 ATGAAAGTCCTGTGAGGGATTTGGTTTCTTGGAATTGTTTGATTAATGGGTATAAGAAGA 721
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 ATGAAAGTCCTGTTAGGGATTTGGTTTCTTGGAATTGTTTGATTAATGGGTATAAGAAGA 478
Query 722 TTGGTGAGGCGGAGAAGGCGATATATGTATATAAGCTAATGGAATCTGAAGGAGTTAAGC 781
|||| ||||| ||||| |||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 TTGGGGAGGCAGAGAATGCGATAGAGGTATATAAGGTGATGGAATCTGAAGGAGTTAAGC 538
Query 782 CGGATGATGTGACGATGATTGGGTTGGTTTCTTCGTGTTCAATGTTGGGAGATTTGAATC 841
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
Sbjct 539 CGGATGATGTGACGATGATTGGGTTGGTTTCTTCGTGTGCAATGTTGGGTGATTTGAATC 598
Query 842 GTGGGAAAGAGTTTTATGAATACGTAAAAGAAAATGGACTGAGAATGACGATTCCTCTTG 901
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 599 ATGGGAAAGAGTTTTATGAATACGTAAAAGCAAATGGACTGAGAATGACAATTCCTCTTG 658
Query 902 -TAAATGCTTTGATGGATATGTTCTCGAAATGCGGAGATATTCACGAGGCACGAAGGATA 960
||| |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| |||
Sbjct 659 CTAA-TGCTTTGATGGATATGTTTTCAAAATGCGGAGATATTCATGAGGCACGAAGAATA 717
Query 961 TTTGATAACTTGGAAAAGAGAACAATTGTGTCG 993
|||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 718 TTTGATAACTTGGAAAAGAGAACAATTGTGTCG 750
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 83379546305
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5