BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22530.1
Length=3052
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481113 jgi|Araly1|481113|fgenesh2_kg.4__173__AT2G22530.1 4167 0.0
> Ahg481113 jgi|Araly1|481113|fgenesh2_kg.4__173__AT2G22530.1
Length=2837
Score = 4167 bits (2256), Expect = 0.0
Identities = 2499/2618 (95%), Gaps = 10/2618 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 273 GGTTATTGATGGGCTACCTGCGGAGTTCGTTCTTGGGAAAGATGGTAAACCTCCA-GAGA 331
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 225 GGTTATTGATGGGCTTCCTGCGGAGTTCGTTCTTGGGAAAGATGGTAAACCTCCATG-GA 283
Query 332 AGGTTTTGAAAGAGTCTATGCCTTATACTCAGTCACTGTTAGCTAATGGAGATGCTATTG 391
|||| | |||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||
Sbjct 284 AGGTATGGAAAGAGTCTATGCCTTATACTCAGTCATTGTTGGCTAATGGAGATGCTATTG 343
Query 392 GTTACCATGCTAAAGCAGCTCCTCCAACTGTTACCATGCCGAGGTTAAAGGCAATGGTTT 451
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||
Sbjct 344 GTTACCATGCTAAAGCAGCTCCTCCAACTGTTACAATGCCGAGATTGAAGGCAATGGTTT 403
Query 452 CTGGGGCAATTGGTGGTTTCTTGGATGTTGCTTTTAATTTTAACACACAAGCTCTCTTAG 511
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 404 CTGGGGCAATTGGTGGTTTCTTGGATGTGGCTTTTAATTTTAACACACAAGCTCTCTTAG 463
Query 512 ATGATAATATTCTTGGTCAGTTTTTCAGGATTGGTTGGAAAATGGTGATGCTCGGTGATG 571
|||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 464 ATGACAACCTTCTTGGTCAATTTTTCAGGATTGGTTGGAAAATGGTGATGCTCGGTGATG 523
Query 572 AGACGTGGCTCAAGTTATTTCCAGGGCTATTTATGAGACATGACGGTGTTAGCAGTTTCT 631
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 524 AGACCTGGCTCAAGTTATTTCCAGGGCTATTTATGAGACATGACGGTGTTAGCAGTTTCT 583
Query 632 TTGTCAAAGATACAGTACAGGTAGACAGAAATGTTTCTCGACACTTGCCCGATGAGCTAA 691
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |
Sbjct 584 TTGTCAAAGATACAGTACAGGTAGACAGAAATGTTTCTCGACACTTACCCGATGAGCTTA 643
Query 692 ACAGTGATGATTGGAATCTCTTGATCCTTCATTACCTTGGTTTAGATCACGTTGGACATA 751
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 644 ACAGTGATGACTGGAATCTCTTGATCCTTCATTACCTTGGTTTGGATCACGTTGGACATA 703
Query 752 CTGGCGGCCGTAACAGCCCCTTGATGCCTGCAAAACTTAAAGAAATGGATGATATAGTTA 811
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 704 CTGGCGGCCGTAACAGCCCCTTGATGCCTGCAAAACTAAAAGAAATGGATGATATAGTTA 763
Query 812 GAACAATGCATTTAAGAGCCATGATGGATCGCAGCCATGATCAAGGACAGACTCTTCTGA 871
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 764 GAACAATGCATTTAAGAGCCATGATGAATCGCAGCCATGATCAAGGACAGACTCTTCTGA 823
Query 872 TAATAGTCAGTGATCATGGCATGACTGAGAATGGAAATCACGGAGGGTCGTCATATGAAG 931
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||
Sbjct 824 TAATAGTCAGTGATCATGGCATGACTGAGAATGGAAACCACGGAGGGTCTTCATATGAAG 883
Query 932 AAACTGACTCCTTAATGCTCTTTATTGGCTTGAATAGCAATATTTCTGACTATGCTTCAG 991
|||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 884 AAACTGACTCGTTAATGCTCTTTATTGGCTTTAATAGCAATATTTTTTACTATGCTTCAG 943
Query 992 CTACCAATAATGTAGCTTTCCAGGTAGATTTGGCGCCAACTTTAGCTCTTCTATTTGGTG 1051
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 944 CTACCAATAATGTAGCTTTCCAGGTAGATTTGGCGCCAACTTTAGCTCTTCTATTTGGTG 1003
Query 1052 TGCCGATCCCAAAGAACAATGTTGGAGTCCTTGTCCCAGGAACACTCT-GTTCTTTAAGA 1110
|||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| | |||||||||||
Sbjct 1004 TGCCTATCCCAAAGAACAACGTTGGCGTCCTTGTCCCAGGAACACT-TAGTTCTTTAAGA 1062
Query 1111 GATTTTGAGCAACTACGGGCACTAGAACTGAATTCATGGCAGTTACTCAGACTTATGCTA 1170
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1063 GATTTTGAGCAACTACGGGCACTAGAACTGAATTCATGGCAGTTACTCAGACTTATGCAA 1122
Query 1171 GCACAGATACAAAGTTCTTCGTTTCCACGCGTCTCCTGCAATTGCTTCCTTGATGGAACT 1230
||||||||||||| ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1123 GCACAGATACAAAATTCCTCGTTTCCAGGCTTCTCCTGCAATTGCTTCCTTGATGGAACT 1182
Query 1231 TGTGAGGGTCTTGATTTGGATATTAGTGAGTGTTCTGGGGATAAAGAGAAACAACTTATT 1290
|||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1183 TGTGAGGGCCTTGAATTGGATATTAGTGAGTGTTCTGGGGATAAAGAGAAACAACTTATT 1242
Query 1291 TGCTTGTTTAGGAATGCTGCTGCCCTCCATGGCATTTGGAAGTCCAAGAAATCAACAGAG 1350
||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1243 TGCTTATTTAGGAATGCTGCTGTTCTCCATGGCATTTGGAAGTCCAAGAAATCAACAGAG 1302
Query 1351 TCGTCTAGTACCATGGAAGATTTCAGCAGAGCTTTAGATGCATATAACACCTTCTTGAAA 1410
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1303 TCGTCTAGTGCCATGGAAGATTTCAGCAGAGCTTTAGATGCATATAACACCTTCTTGAAA 1362
Query 1411 ACTGCAAGTGAGTGGTTAGCAAGCAAAACCACGGAGAAACCTGTTCTCTTACTCGGTCTT 1470
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1363 ACTGCAAGTGAGTGGTTAGCAAGCAAAACCACTGAAAAACCTGTTCTCTTACTCGGTCTT 1422
Query 1471 GGAGTGAGTGCCATGCTTCTGTCATGCTTCATCTGTGGTACTGTCTTTCTGTCCTTATTC 1530
|||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1423 GGAGTGAGTGCCATGCTTATTTCATGCTTCATCTGTGCCACTGTCTTTCTGTCTTTATTC 1482
Query 1531 AAAGAGGTTTACCATGAGCCCAAGGAT-AGGGTCTGCAGTTTGAGTAATTTGTTGAATTT 1589
||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1483 AAAGATGTTTACCATGAGCCCAAGGATCA-GGTCTGCAGTTTGAGTTATTTGTTGAATTT 1541
Query 1590 AGAAGAGGTGTTCATTTTTGCTCTTCTTTTGATACTTGTTATAAGCATGGGATCTAGTTC 1649
||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1542 AGAAGAGATGTTCATTTTTGCTCTTCTTTTGATCCTTGTTATAAGCATGGGATCTAGTTC 1601
Query 1650 AATGGTGGAAGAAGAGCATTATATATGGCATTTCATGGTATCAACATTCCATCTTCTGTT 1709
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1602 AATGGTGGAAGAAGAGCATTATATATGGCATTTCATGGTATCAACATTTTATCTTCTGTT 1661
Query 1710 ACTCTTCAAGACAGCGAAGTCATTCAAAATTTCCAAGGGGATGAACATTCTCAGAGACTT 1769
||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1662 ACTCTTCAAGACAGCAAAGTCATTCAATTTTTCCGAGGGGATGAACATACTCAGAGACTT 1721
Query 1770 TAAATTCGGTTCTATCTTCTCGCTTCTTATTTCTGGTAGACTACTGAGAGGTTGGCATCA 1829
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1722 TAAATTCGGTTCTATCTTCTCGCTTCTTATTTCTGGTAGACTACTGAGAGGTTGGCATCA 1781
Query 1830 AGGGGGCGTGAACTGGACTTACCTTCCTGATATTTCTAAGTGGCTAGTGCAAGGTGGCAG 1889
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1782 AGGGGGCGTGAACTGGACTTACCTTCCTGATATTTCGAAGTGGCTACAGCAAGCTGGCAG 1841
Query 1890 TGGTTATGTGAAATGGATTCAGCTAATCTCAATAAT-CCTAGTTATTGGTCTAGGACTAT 1948
|||||||||||||||||||||||||||||||| | | ||| ||||||| |||||||||||
Sbjct 1842 TGGTTATGTGAAATGGATTCAGCTAATCTCAA-ACTTCCTTGTTATTGTTCTAGGACTAT 1900
Query 1949 ATACTCTCTTTCGAACAGGATCGAATAGAAAAGGTGTTCGCATCCTAGCATTTGGTTTCT 2008
|||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1901 ATACTCTCTTTCGAACAGAATCGAATAGAAAAAGTGTTCGCATCCTAGCATTTGGTTTCT 1960
Query 2009 CAACTTGTGGGTTCCTAGTCTTGCTGCATG-TAGGGAGATATCAGGATGAACTGTCAACC 2067
|| |||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| |||| |||
Sbjct 1961 CAGCTTGTGGGTTCCTAATCTTGCTGCATGCT-GGGAGATATCAGGATGAAATGTCGACC 2019
Query 2068 GGTTTTGGAGCCACTGTCACAGTAAAAGTTATTTATTATCTTCTATCTATATCTTCCATT 2127
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2020 GATTTTGGAGCCACTGTCACAGTAAAAGTTATTTATTATCTTCTATCTATATCTGCCATT 2079
Query 2128 GGAGCTTCTTTGGTTTTGCCATGGTCTGCGCTAAACAAAGACAAGTCCTTTCTAGCTGAA 2187
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2080 GGAGCTTCTTTGGTTTTGCCATGGTCTGCGCTAAACAAAGACAAGTCCTTTCTAGCTGAT 2139
Query 2188 GTAGGTGATTGCTTGTATTTGATTGGCTCTGCGTACATACTTTGCTGGTGTCTTCTACAG 2247
||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2140 GTAGGTGATTGCTTGTATTCGATTGGCTCTGCATACATACTTTGTTGGTGTCTTCTACAG 2199
Query 2248 CAACTTCTCCAACAACCAATCAACTCGGGCCCCATACTTTTGCTGCTCCTCCAAATCTTA 2307
| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2200 CTACTTCTCCAACAACCGATCAACTCGGGGCCCATACTTTTGCTGCTCCTCCAAATCTTA 2259
Query 2308 GCAATTTTATGTCTTTCTTCTAGTGATTTTCAAGTTAATGAATGGGTCGAGATTACTGCA 2367
|||||||||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||||| |||||| |||||
Sbjct 2260 GCAATTTTATGTCTTTCTTCTAATGATTTGCAAGTCAACGAATGGGTTGAGATTGCTGCA 2319
Query 2368 CTCTATTACATGGGAATGGCAGGTCACTTTGCTCTTGGAAACAGCAACACTTTAGCAACA 2427
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2320 CTCTACTACATGGGAATGGCAGGTCACTTTGCTCTTGGAAACAGCAACACTTTAGCGACC 2379
Query 2428 ATCGATGTTGCTGGTGCTTTTATCGGAATCTCTAGTCATTCTACAATACTCTCTGGGATC 2487
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2380 ATCGATGTTGCTGGTGCTTTTATCGGAATCTCTAGTCATTCTACAATACTCTCTGGGATA 2439
Query 2488 TTGATGTTCATGATCACCTATGCATCTCCCATGCTGTTCCTTCTATCCCTCGTCATGTAC 2547
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || ||||||
Sbjct 2440 TTGATGTTCATGATCACCTATGCATCTCCCATGCTGTTCCTTCTATCATTGGTGATGTAC 2499
Query 2548 ATTGGTGCAAATCTTAGAAACCACTCAAACTCAACAATATCAACTCACCGGGAAACGAGT 2607
||||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2500 ATTGGTGCAAAGCTAAGAAACCACTCACACTCAACAATATCAACTCACCCAGAAACGAGT 2559
Query 2608 CTTGGACAAATTTTGAAGCTAAAGCTCGGGTTCCCTTGCCTTGTTCCGCTCTGCATCAAC 2667
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2560 CTTGGACAAATTTTGAAGCTAAAGCTCGGGTTCCCTTGCCTTGTTCCGCTCTGCATCAAC 2619
Query 2668 TCAATACTCTTGACCGCATATACTGTGGTCTTACTACTCATGAGAAATCACCTCTTTGTA 2727
||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2620 TCAATACTCTTAACCGCATATACTGTCGTCTTGTTACTCATGAGGAATCACCTCTTTGTG 2679
Query 2728 TGGAGCGTCTTCTCTCCCAAGTACCTATATGTGTGTGCAACCACTCTGTGCACATACATC 2787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2680 TGGAGCGTCTTCTCTCCCAAGTACCTATATGTGTGTGCAACCACTCTGTGCACATACATC 2739
Query 2788 GGAGTTTGTATCGTCGCAGCTACTGTAACCTACACTTTCTATGTCACTACCTTCCTTAGA 2847
||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 2740 GGAGTTTGTATAGTCGCTGCTACTGTAACCTACACTTTCTCTGTCACTACCTTCCTTAAA 2799
Query 2848 AGCAATCGCACAAGACACAACAACTCGTAGTTATGGTC 2885
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2800 AGCAATCGCACAAGACACAACAACTCGTAGTTATGGTC 2837
Score = 337 bits (182), Expect = 4e-91
Identities = 210/224 (94%), Gaps = 0/224 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 6 GACGGCGGCGATGACTTGTACGAGACTGACGATATTTACGGTGGCCGGAATATTACTTCA 65
|||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| |||||
Sbjct 3 GACGACGGCGATGACTTGTACGAGACTGACGATTTTTACGGTGGCTGGGATATTTCTTCA 62
Query 66 GATTATTGGCCTCTCCATTTTCGTATTCGGTTTCTTCCCCGTCAAGCCGACTCTCTCCGG 125
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 63 GATTATCGGCCTCTCCATTTTTGTATTCGGTTTCTTCCCCGTCAAGCCGACTCTCTCCGG 122
Query 126 CGTCAGTGGCTCGGAGAGCTATCGAGATCCATTCTGTGATTCTTCTCTGATTTCGAACGA 185
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 123 TGTCAGTGGCTCGGAGAGCTATCGAGATCCTTTCTGTGATTCTTCTCCGATTTCGAACGA 182
Query 186 ATCGGAGCTTCATCATCCAGAGAAACTGAGATTGCTGTACCAGG 229
|||||||||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||
Sbjct 183 ATCGGAGCTTCATCATCCTGATAAACTGAAATTGCTCTACCAGG 226
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 115261081370
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5