BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G22560.1
Length=2853
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481115 jgi|Araly1|481115|fgenesh2_kg.4__175__AT2G22560.1 2765 0.0
> Ahg481115 jgi|Araly1|481115|fgenesh2_kg.4__175__AT2G22560.1
Length=2805
Score = 2765 bits (1497), Expect = 0.0
Identities = 1660/1738 (96%), Gaps = 13/1738 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TTTACGACGATGCTGCA-ACGAGCTGCGAGTAATGCGTATTCATGGTGGTGGGCGAGTCA 59
||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1 TTTACGACGATGCTGCAGA-GAGCTGCGAGTAATGCGTATTCATGGTGGTGGGCGAGTCA 59
Query 60 TATTCGAACCAAACAATCTAAATGGCTCGAACAAAACCTTCAAGATATTGAAGAGAAGGT 119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TATTCGAACCAAACAATCTAAATGGCTCGAACAAAACCTTCAAGATATTGAAGAGAAGGT 119
Query 120 TCAATATGTGTTGAAGCTATTACAAGAAGATGGAGATTCGTTTGCGAAGCGTGCAGAGAT 179
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 120 TCAATATGTGTTGAAGCTGTTACAAGAAGATGGAGATTCGTTTGCGAAACGTGCAGAGAT 179
Query 180 GTATTATAAGAAGAGACCAGAACTCATTAGCTTCGTTGAAGAATCTTACAGAGCTTATAG 239
|||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 180 GTATTACAAGAAGAGACCAGAGCTCATTAGCTTTGTTGAAGAATCTTACAGAGCTTATAG 239
Query 240 AGCTTTAGCTGAACGTTATGATCATATTTCTACAGAGCTTCAAAATGCTAACACGACGAT 299
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 AGCTTTAGCTGAGCGTTATGATCATATTTCTACAGAGCTTCAAAATGCTAACACGACGAT 299
Query 300 CGCCTCTGTTTTTCCTGATCAAGTTCCAAACTTTGCCATGGATGATGAT-ATTGATATGT 358
||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||| || ||| |||
Sbjct 300 TGCCTCTGTTTTTCCTGACCAAGTCCCAAACTTTGCCATGGATGATGATGAT-GATGTGT 358
Query 359 CTAAATTTGCTAAAAGATCGAATATTTCTGGTGCTAATGTCCCTAATGTTCCCAAACTGC 418
||| ||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 359 CTAGATTCGCCAAAAGATCGAATATTTCTGGTGCTAATGTCCCTAATGTTCCGAAATTGC 418
Query 419 CTGTTAAGGATTTGAAGAGTGCGGTTAGAGTGGCTACGAAGAAGCTTCAGCCGAGGAAAT 478
||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 419 CTGTTAAGGATTTGAAGAGCGCGGTTAAAGTGGCTACGAAGAAGCTTCAGCCGAGGAAAT 478
Query 479 CTATGAAGTACACGGGTGGTTCTACGAATGTTGTTGTTAAGAGCTCGGGTTTGAGTAAGC 538
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 479 CTATGAAGTACACGGGTGGTTCTACGAATGTGGTTGTTAAGAGCTCGGGTTTGAGTAAGC 538
Query 539 CTGAGGCGATGGGGGAGATTGATAAGTTGCAGAAAGAGATTTTGGCGTTGCAGACGGAGA 598
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 539 CTGAGGCGATGGGGGAGATTGATAAGTTGCAGAAAGAGATTTTGGCCTTGCAGACGGAGA 598
Query 599 AGGAGTTTGTGAAGAGTTCTTATGAGATAGGTTTGTCTAAGTATTGGGAGTTTGAAAAAG 658
|||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 599 AGGAGTTTGTGAAGAGCTCTTACGAGATAGGTTTGTCTAAGTATTGGGAGTTTGAAAAGG 658
Query 659 GTATTAAGGAGAAACAAGAGAGGATCTGTGGTTTGCAGGATGAGTTTGGTGAGAGTGTTG 718
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 659 GTATTAAGGAGAAACAAGAGAGGATCTGTGGTTTGCAGGATGAGTTTGGTGAGAGTGTTG 718
Query 719 CGATTGAAGACGAGGAAGCTCGGAGATTGATGACCGAGACTGCGATAAAGTCTTGTCAGG 778
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 719 CGATTGAAGACGATGAAGCTCGGAGATTGATGACCGAGACTGCGATAAAGTCTTGTCAGG 778
Query 779 AGAAGCTAGTGGAGTTGCAGGAGAAGCAAGAGAAGTCTTATGAAGAAGCTAGAGAAGAGC 838
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 779 AGAAGCTAGTGGAGTTGCAGGAGAAGCAAGAGAGGTCTTATGAAGAAGCTAGAGAAGAGC 838
Query 839 ATGTGAAGATTAAAGAGTCTAAAGAGAAGCTAAGATCTATGGCAAGCCAGTTTCTAGGTG 898
||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| |
Sbjct 839 ATGTGAAGATTAAGGAGTCTAAAGACAAGCTAAGATCTATGGCAAGCCAGTTTTTAGGAG 898
Query 899 ATGAAAGTGTCTTTGCGAAAGACGATGGTGATGAAGTTAGAAGAACAGCAGAGTTGGATC 958
| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |
Sbjct 899 ACGAAAGTGTCTTTGCAAAAGACGATGGTGATGAAGTTAGAAGAACAGAAGAGTTGGAGC 958
Query 959 ATGAGATCAAAGAGATGTCTAGGAAGAAGAAAGAGTTGGAATCTGTTAAGGAGAAGATTA 1018
|||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 959 ATGAGATCAAAGAGATGTCTAGAAAGAAGAAAGAGTTGGAATCTGTAAAGGAGAAGATTA 1018
Query 1019 GAGAACATTTTGAGTCTGGTGCGAATTCATCGCTCAATGGGACAGATATGGCTGAGAAAG 1078
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||
Sbjct 1019 GAGAACATTTTGAGTCTGGTGCGAATTCATCGCTCAACGCTACAGATATGGCTGAGAAAG 1078
Query 1079 TCGATGAGCTTGTGAACAAAGTGATTAGCTTGGAGAGTGCGGTTTCCTCGCAGACTGCTT 1138
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1079 TCGATGAGCTTGTGAACAAAGTGATTAGCTTGGAGAGCGCGGTTTCCTCGCAGACTGCTT 1138
Query 1139 TGATACAGAGACTAAGAAACGAGACCAACGGTCTTCAGACGCAGATCAGTACTCTTGAAA 1198
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
Sbjct 1139 TGATACAGAGACTAAGAAACGAGACCAACGGTCTTCAGACACAGATCAGTACTCTTGAGA 1198
Query 1199 CAGATAAGGCGTTGTTAGCAGACGACAAGAGTGATCTGAGGAACAAGCTGA-AGGAAATG 1257
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||
Sbjct 1199 CAGATAAGGCGTTGTTAGCAGACGACAAGAGTGATCTGAGGAACAAGCTGAGAG-AAATG 1257
Query 1258 GAAGAGAAACTCAAGGCATTGCAGGATTTGGACAGAAATGTTTTGGACAAGAGTAGCAAT 1317
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1258 GAAGAGAAACTCAAGGCATTGCAGGATTTGGACAGAAATGTTTTGGACAAGAGTAGCAAC 1317
Query 1318 CTGCAGACACATTTTGATGACGCTTGTCATAATCTTGATAACCTCTCTGGTGGGAACCTG 1377
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1318 CTGCAGACACATTTTGATGACGCTTGTCATAACCTCGATAACCTCTCTGGTGGGAACCTG 1377
Query 1378 CATGAGGTGAAGCCAGAGAGCGAGTCTGATAACTTGGCGATTAGTATAGAACCGCAGAAA 1437
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || | ||| ||| ||||||||
Sbjct 1378 CATGAGGTGAAGCCAGAGAGCGAGTCTGGTAACTTGGCAATGAATATGGAATCGCAGAAA 1437
Query 1438 GATCTGGAAGGTGAGAAGAGGACTTTAGATATCAGTGAAGAGATAAAGGAACATCAAAAG 1497
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1438 GATCTGGAAGGTGAGAAGAGGACTTTAGACATCAGTGAAGAGACAAAGGAACATCAAAAG 1497
Query 1498 GAAACGGGTGAGGAGAAGAAAGAAGCACCTGTGAAGAGTGTAAAATTCGAGCAGACCCGC 1557
|||| |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1498 GAAATGGGTGAGGAGAAGAAAGAGGCACCTGAGAAGAGTGTAAAATTCGAGCAGACCCGC 1557
Query 1558 AATGCGACAATAG---CAGAAGATAGTACCATCCCAAGTACAAATCCAGACACTGTGTT- 1613
||||| ||||||| ||||||||| || | ||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1558 AATGCTACAATAGAAGCAGAAGATATTATCTTCCCAAGTACAAATCCAGAAACTGT-TTC 1616
Query 1614 GGAATCTACTGAAAAAGTAGATTCTGATTTAGAGAAGCAAGATGCATCTGATAAGACAGA 1673
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||
Sbjct 1617 GGAATCTACTGAAAAAGTAGATTCTGATTTAGAGAAGCAAGGTGCATCTGATAATACAGA 1676
Query 1674 TTCTGTTCTTGATAATGTTTTAGAGAACCAAGCTGCATCTGAT-CAGACAGATTCTGT 1730
||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||| |||||| | ||||||||||||
Sbjct 1677 TTCTGTTCTTGATAATGTTTTGGAGAAGCAAGGTGCGTCTGATAC-GACAGATTCTGT 1733
Score = 1897 bits (1027), Expect = 0.0
Identities = 1118/1163 (96%), Gaps = 2/1163 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1692 TTTAGAGAACCAAGCTGCATCTGATCAGACAGATTCTGTTCTTGATTCTGTTTTGGAGAA 1751
||||||||| |||| |||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1644 TTTAGAGAAGCAAGGTGCATCTGATAATACAGATTCTGTTCTTGATAATGTTTTGGAGAA 1703
Query 1752 GCAAGGTGAATCTGATAAGATAGATTCTGTGCCGAGTAATGTT-TCAGAGAAGGAGTCTG 1810
|||||||| ||||||| || |||||||||||||| ||||||| | ||||||||||||||
Sbjct 1704 GCAAGGTGCGTCTGATACGACAGATTCTGTGCCGAATAATGTTGT-AGAGAAGGAGTCTG 1762
Query 1811 ATATCAGTTTCAATGGTGAACAACAAGAGGATCAAAAGGAGAAAGAAGGTGAACCAGATT 1870
|||||| ||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1763 ATATCACTTTCAATAGTGAAGAACAAGAGGATCGAAAGGAGAAAGAAAGTGAACCAGATT 1822
Query 1871 GGAAAGAGATGTTCATGAAGGGAATGGAGAACAGGGAAAAGCATTTGCTTACAGAGTACA 1930
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1823 GGAAAGAGATGTTCATGAAGGGAATGGAAAACAGGGAAAAGCATTTGCTTACAGAGTACA 1882
Query 1931 CAACTATTCTCAGGAACTTCAAGGATATGAAGAAAACTTTGGATGAAACCAAGACAAAGA 1990
| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1883 CGGCTATTCTCAGGAACTACAAGGATATGAAGAAAACTTTGGATGAAACCAAGACAAAGA 1942
Query 1991 TGAAGACAGAGAATGCGACAAAAGATGATGAGATCAAGCTACTAAGAGAGAAAATGAGCC 2050
|||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 TGAAGACAGAAAACGCGACAAAAGATGATGAGATCAAGCTACTAAGAGAGAAAATGAGCC 2002
Query 2051 TCTTGCAGAAGGGTCTAGGAGACAGTAATGACTTGATGGAAAACCAATTGTCAAACGACG 2110
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 TCCTGCAGAAGGGTCTAGGAGACAGTAATGACTTGATGGAAAACCAATTGTCAAACGACG 2062
Query 2111 ACTACTCCATCGGATTCATGGCTGCAGAAAACCAGAACATGTCCCTGGTTGAGGAGCAGT 2170
|||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 2063 ACTATTCGATCGGTTTCATGGCTGCAGAAAACCAGAACATGTCCCTGGTTGAGGAACAGT 2122
Query 2171 TCAGGCTGAATATTGATGAGCTTCTAGAAGAGAATTTGGATTTCTGGTTAAGGTTCAGCA 2230
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2123 TCAGGTTGAATATTGATGAGCTTCTAGAAGAGAATTTGGATTTCTGGTTAAGGTTCAGCA 2182
Query 2231 CAGCATTTGGACAGATACAGAGCTACGACACTTCAATCGAAGATCTACAAGCCGAGATAT 2290
|||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2183 CAGCATTTGGACAGATACAGAGCTACGATACTTCAATCGAAGATTTACAAGCCGAGATAT 2242
Query 2291 CAAAGCTCGAGCAGAGAAGAAAGCAAGATGGAAGCAGCACAGCCAAATATGCCCTGAGAT 2350
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2243 CAAAGCTCGAGCAAAGAAGAAAGCAAGATGGAAGCAGCACAGCCAAATATGCCCTGAGAT 2302
Query 2351 CAGATGTTCGACCACTGTATGTACACTTAAGGGAAATAAACACAGACCTGGGGCTCTGGC 2410
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2303 CAGATGTTCGACCACTGTATGTACACTTAAGGGAAATAAACACAGACCTGGGGCTCTGGC 2362
Query 2411 TGGAGAAAGGTGCTGCCTTGAAAGAGGAACTGAAATCCAGATTCGAGTCCTTGTGTAACA 2470
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 2363 TGGAGAAAGGTGCTTCCTTGAAAGAGGAACTGAAATCCAGATTTGAGTCGTTGTGTAACA 2422
Query 2471 TACAGGATGAGATAACAAAAGCCCTCAAGTCAAGTGCTGAAGACGATGATTTCAGATTCA 2530
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2423 TACAGGATGAGATAACAAAAGCCCTGAAGTCAAGTGCTGAAGACGATGATTTCAGATTCA 2482
Query 2531 CGAGCTATCAAGCTGCTAAATTCCAAGGTGAGGTGTTGAACATGAAGCAGGAGAACAACA 2590
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2483 CGAGCTATCAAGCTGCTAAATTTCAAGGTGAGGTGTTGAACATGAAGCAGGAGAACAACA 2542
Query 2591 AAGTGGCAGACGAGTTACAGGCCGGGTTAGATCACATTACCACGCTTCAACTCGAGGTTG 2650
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2543 AAGTGGCAGACGAGTTACAGGCCGGGTTAGATCACATTACCACGCTTCAACTCGAGGTTG 2602
Query 2651 ATAAGACTCTAGGAAAGCTGATCGACGAGTTTGCTCTTTCGGGTTCAAAGAACAAATCTG 2710
| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 ACAAGACTCTAGGAAAGCTGATAGAGGAGTTTGCTCTTTCGGGTTCAAAGAACAAATCTG 2662
Query 2711 ATCTTGATCTCCAGCATTCCGATAGCCGCTCAAGAGTGCCCTTAAGGTCATTCATCTTTG 2770
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 ATCTTGATCTCCAGCATTCAGATAGCCGCTCAAGAGTACCCTTAAGGTCATTCATCTTTG 2722
Query 2771 GCTCCAAACAAAAGAGAGCAAAGCCATCCATATTCTCCTGCATGCATCCCTCACTATATA 2830
|||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 GCTCCAAACAGAAGAGAGCAAAGCCGTCCATATTCTCCTGCATGCATCCCTCACTATATA 2782
Query 2831 GAAAGATGAAGACTTCTACATAG 2853
|||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 GAAAGATGAAGACTTCTACATAG 2805
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 107681122615
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5