BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G23350.1
Length=2373
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg932329 jgi|Araly1|932329|scaffold_400317.1 2994 0.0
> Ahg932329 jgi|Araly1|932329|scaffold_400317.1
Length=2014
Score = 2994 bits (1621), Expect = 0.0
Identities = 1892/2020 (94%), Gaps = 29/2020 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 150 aaaaaaaaTGGCTCAGGTTCAAGCTCCTTCTTCACATTCTCCTCCTCCTCCTGCTGTTGT 209
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||| | |||||
Sbjct 20 AAAAAAAATGGCTCAGGTTCAAGCTCCTTCTTCACA-T-T-CTCCTCCTCC-G--GTTGT 73
Query 210 TAACGACGGGGCTGCGACGGCTTCTGCTACCCCTGGAATCGGCGTCGGCGGCGGTGGAGA 269
|||||||||| | | ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||
Sbjct 74 TAACGACGGGTCGGTGACGGCTTCTGCTACACCTGGAA------TCGGCGGC---GGAGA 124
Query 270 CGGAGTCACTCACGGTGCTCTTTGTTCTCTCTATGTCGGAGATCTGGATTTCAATGTCAC 329
||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 125 TGGAGTCAATCACGGTGCTCTTTGTTCTCTCTATGTTGGAGATCTGGATTTCAATGTTAC 184
Query 330 CGATTCTCAGCTTTATGACTATTTCACCGAGGTGTGTCAGGTTGTATCTGTTCGTGTTTG 389
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 185 GGATTCTCAGCTTTATGACTATTTCACCGAGGTTTGTCAGGTTGTTTCTGTTCGTGTTTG 244
Query 390 TCGTGATGCTGCTACCAATACTTCTCTTGGTTATGGTTATGTCAACTACAGCAACACCGA 449
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 245 TCGTGACGCTGCTACCAATACTTCTCTTGGTTATGGTTATGTCAACTACAGCAACACCGA 304
Query 450 CGATGCGGAGAAGGCAATGCAGAAGTTGAACTACAGTTA-TCTCAATGGGAAGATGATTC 508
|||||||| ||||| ||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||
Sbjct 305 AGATGCGGAAAAGGCTATGCAGAAGTTGAACTATAG-TAGTCTCAATGGGAAGATGATTC 363
Query 509 GGATTACTTACTCTTCTCGTGACTCTTCTGCCCGTAGAAGTGGGGTTGGGAATTTGTTTG 568
||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 364 GGATTACTTACTCGTCTCGTGACTCTTCTGCTCGCAGAAGTGGTGTTGGGAATTTGTTTG 423
Query 569 TAAAGAATTTGGATAAGTCAGTTGACAACAAAACTCTGCACGAGGCGTTTTCCGGGTGTG 628
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 424 TAAAGAATTTGGATAAGTCAGTTGATAACAAAACTCTGCACGAGACGTTTTCCGGGTGTG 483
Query 629 GGACTATTGTGTCCTGTAAGGTTGCTACTGATCACATGGGTCAGTCTAGAGGATATGGGT 688
|||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 484 GGACGATTGTGTCCTGTAAGGTTGCTGCTGATCATATGGGTCAGTCTAGAGGATATGGGT 543
Query 689 TTGTGCAGTTTGACACTGAGGATTCAGCTAAGAATGCTATTGAGAAGCTGAATGGGAAAG 748
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 544 TTGTGCAGTTTGATACTGAGGATTCAGCTAAGAATGCTATTGAGAAGCTGAATGGCAAAG 603
Query 749 TGTTGAATGACAAACAGATTTTTGTTGGACCTTTTCTTCGTAAGGAGGAAAGAGAGTCTG 808
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 604 TGTTGAATGACAAACAGATTTTCGTTGGACCTTTTCTCCGTAAGGAGGAAAGAGAGTCTG 663
Query 809 CTGCTGATAAGATGAAGTTTACTAATGTTTATGTGAAGAATCTTTCGGAGGCGACTACTG 868
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 664 CTGCTGATAAGATGAAGTTTACCAATGTTTATGTGAAGAATCTGTCGGAGGCGACTACTG 723
Query 869 ACGATGAGTTGAAGACTACTTTTGGTCAGTATGGTAGTATCTCGAGCGCTGTAGTTATGA 928
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||
Sbjct 724 ATGATGAGTTGAAGACTACTTTTGGTCAGTATGGTAGTATTTCGAGCGCTGTGGTTATGA 783
Query 929 GGGATGGAGATGGGAAATCCAGGTGTTTTGGATTTGTCAACTTTGAGAATCCTGAAGATG 988
|||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 784 GGGACGGAGATGGGAAATCTAGGTGTTTTGGATTTGTCAACTTTGAGAATCCTGAAGATG 843
Query 989 CAGCTCGTGCTGTTGAAGCTCTCAATGGAAAGAAGTTTGATGATAAGGAGTGGTATGTGG 1048
| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 844 CTGCCCGTGCTGTTGAAGCTCTTAACGGAAAGAAGTTTGATGATAAGGAGTGGTATGTTG 903
Query 1049 GTAAAGCTCAGAAGAAATCTGAGAGGGAACTTGAGTTGAGCCGGAGATATGAACAAGGCT 1108
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 904 GTAAAGCTCAGAAGAAATCTGAGAGGGAACTTGAGTTGAGCCGAAGATATGAACAAGGCT 963
Query 1109 CAAGTGATGGTGGAAACAAATTTGATGGGTTGAATTTATATGTTAAGAACCTTGATGATA 1168
||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 964 CAAGTGATGCAGGAAACAAGTTTGATGGGTTGAATTTATATGTTAAAAACCTTGATGATA 1023
Query 1169 CCGTCACCGATGAGAAGTTGCGCGAGTTGTTTGCCGAATTTGGTACAATCACCTCTTGCA 1228
||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||
Sbjct 1024 CCGTCACCGATGAAAAGTTGCGTGAGTTGTTTGCTGAATTTGGTACAATTACGTCTTGCA 1083
Query 1229 AGGTTATGCGGGACCCTAGTGGTACTAGCAAAGGATCAGGATTTGTTGCCTTCTCTGCTG 1288
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1084 AGGTTATGCGGGACCCTAGTGGTACTAGCAAAGGATCAGGATTTGTTGCCTTCTCTGCTG 1143
Query 1289 CCAGTGAAGCTTCAAGAGTGCTGAATGAAATGAATGGTAAAATGGTTGGTGGCAAACCGT 1348
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |
Sbjct 1144 CCAGTGAAGCTTCTAGAGTGCTGAATGAAATGAATGGTAAAATGGTTGGTGGTAAACCAT 1203
Query 1349 TGTATGTTGCTCTTGCACAGAGGAAAGAAGAAAGGAGGGCTAAGCTGCAGGCACAGTTTT 1408
||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 1204 TGTATGTCGCTCTTGCACAGAGGAAAGAAGAAAGAAGGGCTAAGCTGCAGGCTCAGTTTT 1263
Query 1409 CTCAAATGAGACCTGCTTTTATCCCCGGTGTGGGTCCTCGAATGCCAATATTTACAGGTG 1468
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1264 CTCAAATGAGACCTGCTTTTATCCCCGGTGTGGGTCCTCGAATGCCAATATTTCCAGGTG 1323
Query 1469 GTGCTCCAGGTCTTGGACAACAGATTTTTTACGGTCAAGGACCTCCACCAATCATCCCTC 1528
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1324 GTGCTCCAGGTCTTGGACAACAGATCTTTTACGGTCAAGGGCCTCCACCAATCATCCCTC 1383
Query 1529 ACCAGCCTGGATTTGGATATCAGCCTCAGCTGGTTCCTGGAATGAGGCCGGCCTTTTTTG 1588
||||||||||||| || |||||| ||||||||||||||||| |||| || |||||||
Sbjct 1384 ACCAGCCTGGATTCGGTTATCAGTCTCAGCTGGTTCCTGGATTGAGACCAACCTTTTTC- 1442
Query 1589 GTGGACCGATGATGCAGCCAGGTCAGCAAGGTCCACGACCAGGTGGCAGACGGTCAGGTG 1648
|||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 1443 -----CCGATGATGCAGCCTGGTCAGCAAGGTCCACGACCAGGTGGCAGGCGGTCAGGCG 1497
Query 1649 ATGGACCCATGCGCCATCAGCATCAGCAGCCAATGCCTTACATGCAGCCACAGATGATGC 1708
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
Sbjct 1498 ATGGACCCATGCGCCCCCAGCATCAGCAGCCAATGCCTTATATGCAGCCTCAGATGATGC 1557
Query 1709 CAAGAGGACGAGGGTACCGGTACCCTTCTGGTGGTAGAAACATGCCTGACGGTCCAATGC 1768
|||||||||| || ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1558 CAAGAGGACGCGGATACCGTTACCCTCCTGGTGGTAGAAACATGCCTGACGGTCCAATGC 1617
Query 1769 CAGGAGGAATGGTTCCAGTTGCTTATGACATGAATGTAATGCCGTATAG-TCAGCCTATG 1827
|||||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||| | ||||||||||
Sbjct 1618 TAGGAGGCATGGTTCCAGTTGCCTATGACATGAATGGAATGCC-TATTGCTCAGCCTATG 1676
Query 1828 TCCGCTGGTCAATTGGCTACTTCCCTTGCTAATGCTACACCTGCTCAACAGAGAACACTT 1887
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1677 TCTGCTGGTCAATTGGCTACTTCCCTTGCTAATGCTACACCTGCTCAACAGAGAACACTT 1736
Query 1888 CTTGGTGAGAGTCTATATCCATTAGTGGACCAGATAGAG-AGTGAGCACGCTGCGAAAGT 1946
||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||||||
Sbjct 1737 CTTGGTGAGAGTCTATACCCATTAGTGGATCAGATAGAGCA-TGAGAACGCTGCGAAAGT 1795
Query 1947 GACTGGTATGCTTCTGGAAATGGATCAGACCGAGGTTTTGCATCTGCTCGAGTCACCAGA 2006
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1796 GACTGGTATGCTTCTAGAAATGGATCAGACCGAGGTTTTGCATCTGCTCGAGTCACCAGA 1855
Query 2007 GGCTCTAAATGCCAAAGTTTCAGAGGCATTAGATGTGTTGAGAAACGTGAATCAGCCATC 2066
|||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||
Sbjct 1856 GGCTCTAAATGCCAAAGTTTCAGAGGCATTGGATGTGTTGAGGAATGTGAACCAGCCATC 1915
Query 2067 TTCACAGG-GAAGTGAAGGCAACAAAAGTGGAAGTCCAAGTGATCTCTTGGCTTCACTTT 2125
|||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 1916 AACACAGGTGA-GTGAAGGCAACAAAAGTGGAAGCCCAAGTGATCTCATGGCTTCACTTT 1974
Query 2126 CCATCAATGATCATTTATGAGAAGCTTTTGTTCGAGtttt 2165
|||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1975 CCATTAATGATCACTTATGAGAAGCTTTTGTTCGAGTTTT 2014
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 89397805015
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5