BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G23890.1
Length=2046
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg932388 jgi|Araly1|932388|scaffold_400376.1 2715 0.0
> Ahg932388 jgi|Araly1|932388|scaffold_400376.1
Length=1704
Score = 2715 bits (1470), Expect = 0.0
Identities = 1627/1705 (95%), Gaps = 2/1705 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 59 TGACTTTCTCCACCAATCACTATGACTTCCTCTCGCCGTCTTCTTCTTCCTCTCGGAGCA 118
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Sbjct 1 TGACTTTCTCCACCTCTCATTATGACTTCCACTCACCGTCTTCTTCCTCCTCTCGGAGCA 60
Query 119 TCGCTCACTAGAGGAAGATTTTCTTCCGATCAAATCCGAAATGGATTTCTAAGAAACTTC 178
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Sbjct 61 TCGCTCACTAGAGGAAGATTTTCTTCCGATCAAATCCGAAATGGTTTTCTAAGAAGTTTC 120
Query 179 CGTGGATTCGCCACCGTAACTTCGTCGGAACCGGCCTTAGCCAATCTGGAAGCGAAATAT 238
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Sbjct 121 CGAGGATTCGCCACCGTTACTTCGTCGGAGCCGGCGTTAGCTAATCTGGAAGCGAAATGT 180
Query 239 GCCGTAGCG-TTGCCAGAATGTTCAACAGTAGAGGACGAGATCACGAAGATCCGTCATGA 297
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Sbjct 181 GCCGTTGCGATT-CCGGAATGTTCTACAGTAGAAGACGAGATCACGAAGATCCGTCACGA 239
Query 298 ATTCGAGTTAGCGAAACAGAGGTTTCTTAATATCCCTGAAGCTATTAATAGTATGCCGAA 357
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Sbjct 240 ATTCGAGTTGGCGAAACAGAGGTTTCTTAATATCCCTGAAGCTATTAATAGTATGCCTAA 299
Query 358 GATGAATCCTCAAGGGATATATGTGAATAAGAATCTGAGATTGGATAATATACAAGTTTA 417
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Sbjct 300 GATGAATCCTCAAGGGATATATGTGAATAAGAATCTGAGATTGGATAATATACAAGTTTA 359
Query 418 TGGATTTGATTATGATTACACTTTGGCACATTACTCTTCTCACTTACAGAGTTTGATCTA 477
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Sbjct 360 TGGATTTGATTATGATTACACTTTGGCGCATTACTCATCTCATTTACAGAGTTTGATCTA 419
Query 478 TGATCTTGCCAAGAAACATATGGTTAATGAGTTTAGATATCCTGATGTTTGCACTCAGTT 537
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Sbjct 420 TGATCTTGCTAAGCAACACATGGTTAATGAGTTTCGATATCCTGATGTTTGCATTCAGTT 479
Query 538 TGAGTATGATCCTACTTTTCCAATCCGTGGGTTGTACTATGATAAACTAAAAGGATGCCT 597
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Sbjct 480 TAAGTATGATCCTACTTTTCCTATCCGCGGGTTGTACTATGATAAACTAAAAGGATGCCT 539
Query 598 CATGAAATTGGATTTCTTCGGTTCAATCGAGCCAGATGGGTGTTATTTTGGTCGTCGTAA 657
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Sbjct 540 TATGAAATTGGATTTCTTTGGTTCAATCGAGCCAGACGGGTGTTATTTTGGTCGTCGTAA 599
Query 658 GCTTAGTAGGAAGGAAATAGAAAGCATGTATGGAACGCGGCACATAGGTCGTGATCAAGC 717
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Sbjct 600 GCTTAGTAGGAAGGAAATAGAAAGTATGTATGGAACGCGACACATAGGTCGTGATCAAGC 659
Query 718 GAGAGGTTTGGTGGGATTGATGGATTTCTTCTGTTTTAGCGAGGCGTGTCTTATAGCAGA 777
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Sbjct 660 GAGAGGTCTGGTGGGATTGATGGATTTCTTCTGTTTCAGCGAGGCCTGTCTTATTGCAGA 719
Query 778 CATGGTGCAATATTTTGTTGACGCCAAACTTGAGTTTGATGCCTCTAACATCTACAATGA 837
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Sbjct 720 CATGGTTCAATACTTTGTTGACGCCAAACTTGAGTTTGATGCCTCTAACATCTACAATGA 779
Query 838 TGTCAATCGTGCTATTCAACATGTCCATAGAAGTGGATTGGTTCATAGAGGAATTCTTGC 897
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Sbjct 780 TGTCAATCGTGCTATTCAACATGTCCATAGAAGTGGATTGGTTCATAGAGGAATTCTTGC 839
Query 898 TGATCCCAACAGATATTTGCTAAAAAATGGTCAGCTTCTACGTTTCCTGAGAATGCTAAA 957
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Sbjct 840 TGATCCCTACAGATATTTGCTGAAAAATGGTCAGCTTCTACGTTTCCTGAGAATGCTAAA 899
Query 958 AGATAAAGGAAAGAAGCtttttttGCTGACCAACTCTCCGTATAATTTTGTTGATGGCGG 1017
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Sbjct 900 AGATAAAGGAAAGAAGCTTTTTTTGCTGACCAACTCTCCGTATCATTTTGTCGATGGCGG 959
Query 1018 AATGCGCTTTCTAATGGAGGAATCTTTTGGCTTCGGAGATTCCTGGCGAGAACTCTTTGA 1077
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Sbjct 960 AATGCGCTTTCTAATGGAGGACTCTTTTGGCCTCAGAGATTCCTGGCGAGAGCTCTTTGA 1019
Query 1078 TGTTGTGATTGCTAAAGCAAATAAACCAGAATTTTACACATCTGAGCACCCTTTCCGTTG 1137
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Sbjct 1020 TGTTGTTATTGCTAAAGCAAATAAACCAGAATTTTACACATCTGAGCACCCTTTCCGTTG 1079
Query 1138 TTATGATTCGGAGAGGGATAATTTGGCATTTACAAAAGTGGATGCATTTGACCCAAAGAA 1197
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Sbjct 1080 TTACGATTCGGTGGGGGATAATTTGGCATTTACAAAAGTGGATGCATTTGACCCAAAGAA 1139
Query 1198 AGTTTATTATCATGGTTGTCTTAAATCCTTCCTTGAAATCACAAAGTGGCATGGCCCTGA 1257
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Sbjct 1140 AGTTTACTACCATGGCTGTCTTAAATCCTTCCTTGAAATCACAAAGTGGCATGGCCCTGA 1199
Query 1258 GGTGATTTATTTCGGAGATCACTTATTTAGTGATCTAAGAGGGCCTTCAAAAGCTGGTTG 1317
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Sbjct 1200 GGTGATTTATTTCGGAGATCACTTATTTAGTGATCTAAGAGGGCCTTCAAAAGCTGGTTG 1259
Query 1318 GCGAACTGCTGCCATAATTCATGAGCTCGAGCGAGAGATACAGATACAAAATGATGATAG 1377
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Sbjct 1260 GCGAACTGCTGCCATAATTCATGAGCTTGAGCGAGAGATACAGATACAAAATGATGATAG 1319
Query 1378 CTACCGGTTTGAGCAGGCCAAGTTCCATATTATCCAAGAGTTACTCGGTAGATTTCACGC 1437
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Sbjct 1320 CTACCGGTTTGAGCAGGCCAAGTTCCATATTATCCAAGAGCTACTTGGTAGATTTCATGC 1379
Query 1438 GACTGTATCAAACAATCAGAGAAGTGAAGCATGCCAATCACTTTTGGATGAGCTGAACAA 1497
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Sbjct 1380 GACTGTATCAAACAATCAGAGAAGCGAAGCATGCCAATCTCTATTGGATGAGCTGAACAA 1439
Query 1498 TGCGAGGCAGAGAGCAAGAGACACGATGAAACAAATGTTCAACAGATCGTTTGGAGCTAC 1557
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Sbjct 1440 TGCGAGACAGAGAGCACGAGACACGATGAAACAAATGTTCAACAGATCGTTCGGAGCTAC 1499
Query 1558 ATTTGTCACAGACACTGGTCAAGAATCAGCATTCTCTTATCACATCCACCAATACGCAGA 1617
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Sbjct 1500 ATTTGTCACAGACACTGGTCAAGAATCAGCATTCTCTTATCACATCCACCAATATGCAGA 1559
Query 1618 CGTTTATACCAGTAAACCTGAGAACTTTCTGTTATACCGACCTGAAGCCTGGCTTCACGT 1677
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Sbjct 1560 CGTTTACACCAGTAAACCTGAGAACTTTCTGTTATACCGACCCGAAGCCTGGCTTCACGT 1619
Query 1678 TCCTTACGATATCAAGATCATGCCACATCATGTCAAGGTTGCTTCAACCCTTTTCAAAAC 1737
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Sbjct 1620 TCCTTACGATATCAAGATCATGCCACATCATGTCAAGGTTGCTTCAAACCTTTTCAAAAC 1679
Query 1738 CTGAGATAGCTTTCATTCCCCTAAG 1762
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Sbjct 1680 CTGAGATTGGTTTCATTCCTCTAAG 1704
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 76942294900
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5