BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G24120.1
Length=3540
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481268 jgi|Araly1|481268|fgenesh2_kg.4__328__AT2G24120.1 5751 0.0
> Ahg481268 jgi|Araly1|481268|fgenesh2_kg.4__328__AT2G24120.1
Length=3482
Score = 5751 bits (3114), Expect = 0.0
Identities = 3381/3507 (96%), Gaps = 29/3507 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 GAGGTTTTAGAGAGGTTTGTTGGATTGTTTTGCTCTCAAAATTTCTTTCTCTTCTTCAAA 60
||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1 GAGGTTTTAGAGAGGTTTGTTGGATTGATTTGCTCACAAAATTTC--TCTCTTCTTCAAA 58
Query 61 TGTTCATTGGAAGACCAATACCTTATCTTCTACTATCTTCACCTTCCTTCCATGGCTTCC 120
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 59 TGTTCATTAGAAGACCAATACCTTATCTTCTACTATCTTCACCTTCCTTCCATGGCTTCC 118
Query 121 GCTGCGGCGGCTTCTCCTTCTCTCTCCTTAAACCCAACCTCTCATTTCCAACACCAAACT 180
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 119 GCTGCGGCGGCTTCTCCTTCTCTCTCCTTAAACCAAACCTCTCACTTCCAACACCAAACT 178
Query 181 TCTCTCGTCACCTGGCTTAAACCTCCTCCCTCCTCCGCCCTCTTCCGCCGCAAAACCCTT 240
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 TCTCTCGTCACCTGGCTTAAACCTCCTCCCTCCTCCGCCCTCTTCCGCCGCAAAACCCTT 238
Query 241 CCTTTCTTCGAACGCCACTCACTTCCGATTTCAGcttcttcttcttcttcttcttcctct 300
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||
Sbjct 239 CCTTTCTTCGAACGCCACTCACTTCCGATTTCAGCTTCTTCTTCTTC--C-TCTT-CT-A 293
Query 301 tctacttcCCTCTCCGTTCACGAGAAACCCATTTCGAATTCGGTTCACTTCCACGGCAAT 360
|| | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 294 GCT-C-T--CTCTCCGTTCACGAGAAACCCATTTCGAATTCGGTTCATTTCCACGGCAAT 349
Query 361 CTCATCGAGAGCTTCGAGAATCAGGACTCTTCATACGCTGGAACCATTAAAGGAGCAAGC 420
||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 350 CTCATTGAAAGCTTCGAGAATCAGGACTCTTCATACGCTGGAACCATTAAAGGAGCAAGC 409
Query 421 TTGATTGAGGAGCTTGAGAATCCTGTCGAAAGGAATGGACTTTCTGGTCGGAGAAGACTG 480
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 410 TTGATTGAGGAGCTTGAGAATCCTGTCGAAAGGAATGGACTTTCTGGTCGGAGAAGACTG 469
Query 481 TTTATGCAAGACCCACCATGGATCTCTGCTTTGTTTCTCAAGGGTTTGAGTAAAATGGTT 540
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 470 TTTATGCAAGACCCACCATGGATCTCTGCTTTGTTTCTCAAGGGTTTGAGTAAAATGGTT 529
Query 541 GATCAGACTTTGAAAATCGAGCGGAAAGATATCGATAAGAGGAAATTTGATTCCTTGAGG 600
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 530 GATCAGACTTTGAAAATTGAGCGGAAAGATATCGATAAGAGGAAATTTGATTCCTTGAGG 589
Query 601 AGACGACAAGTGAAGGAAGAGACTGAAGCGTGGGAGAGGATGGTTGATGAGTACAGAGAT 660
||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 590 AGACGTCAAGTGAAAGAAGAGACTGAAGCGTGGGAGAGGATGGTTGATGAGTACAGAGAT 649
Query 661 TTGGAGAAGGAGATGTGTGAGAAGAATCTAGCTCCGAATTTGCCTTATGTGAAACATATG 720
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 650 TTGGAGAAGGAGATGTGTGAGAAGAATCTAGCTCCGAATTTACCTTATGTGAAACATATG 709
Query 721 TTCTT-GGGATGGTTTCAACCTTTGAAAGATGTGATTGAGAGAGAGCAGAAGTTGCAGAA 779
||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 710 TTCTTAGGG-TGGTTTCAGCCGTTGAAAGATGTGATTGAGAGAGAGCAGAAGTTGCAGAA 768
Query 780 GAATAAGAGCAAGAAGGTTAGAGCAGCTTATGCTCCTCATATTGAGCTTTTGCCTGCTGA 839
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 769 GAATAAGAGTAAGAAAGTTAGAGCAGCTTATGCTCCTCATATTGAGCTTTTGCCTGCTGA 828
Query 840 TAAAATGGCGGTTATTGTGATGCATAAGATGATGGGTTTGGTTATGTCTGGACATGAAGA 899
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 829 TAAAATGGCGGTTATTGTGATGCATAAGATGATGGGTTTGGTTATGTCTGGGCATGAAGA 888
Query 900 TGGGTGTATCCAAGTTGTTCAAGCTGCTGTTAGTATTGGCATAGCTATTGAGCAGGAGGT 959
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||||
Sbjct 889 TGGGTGTATCCAAGTTGTTCAAGCTGCTGTTAGTATTGGCATAGCTATCGAACAAGAGGT 948
Query 960 GAGGATTCATAACTTCTTGAAGAGAACTAGGAAGAACAATGCAGGGGACTCACAAGAGGA 1019
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 949 GAGGATTCATAACTTCTTGAAGAGAACTAGGAAGAACAATGCAGGGGACTCACAAGAGGA 1008
Query 1020 ATTGAAAGAAAAGCAATTGCTTAGGAAACGTGTTAATAGTTTGATTCGAAGGAAAAGGAT 1079
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1009 ATTGAAAGAAAAGCAATTGCTTAGGAAACGTGTTAATAGTTTGATTCGAAGGAAAAGGAT 1068
Query 1080 TATTGACGCATTAAAAGTGGTGAAAAGTGAAGGTACCAAACCATGGGGACGAGCTACACA 1139
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1069 TATTGATGCATTAAAAGTGGTGAAAAGTGAAGGTACTAAACCATGGGGGCGAGCTACACA 1128
Query 1140 AGCTAAGCTTGGAAGCCGTCTGCTAGAACTATTGATCGAAGCAGCTTATGTGCAACCTCC 1199
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1129 AGCTAAGCTTGGAAGCCGTCTTCTAGAACTATTGATCGAAGCAGCTTATGTACAACCTCC 1188
Query 1200 CTTGACCCAGTCTGGGGACTCTATACCCGAGTTTCGACCTGCATTCAGACACAGGTTTAA 1259
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 1189 CTTGACCCAGTCAGGGGACTCTATACCCGAGTTTCGACCTGCATTCAGACACAAGTTTAA 1248
Query 1260 AACTGTGACTAAATATCCAGGGTCTAAGCTGGTGAGGAGGTATGGAGTTATTGAATGTGA 1319
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1249 AACTGTGACCAAATATCCAGGGTCTAAGCTGGTGAGGAGATATGGAGTTATTGAATGTGA 1308
Query 1320 CTCGCTCCTTCTTGCAGGACTAGATAAATCTGCTAAGCATATGTTAATTCCTTATGTTCC 1379
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1309 CTCGCTCCTTCTTGCAGGACTAGATAAATCTGCTAAGCATATGTTAATTCCTTATGTTCC 1368
Query 1380 GATGTTAGTGCCACCAAAGAGATGGAAAGGATATGACAAGGGTGGTTACTTGTTTTTACC 1439
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1369 GATGTTAGTACCACCAAAGAGATGGAAAGGATATGACAAGGGTGGTTACTTGTTTTTGCC 1428
Query 1440 TTCCTATATCATGCGTACTCATGGATCCAAAAAGCAGCAAGATGCACTGAAAGATATTAG 1499
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 1429 TTCCTATATCATGCGTACTCATGGATCCAAAAAGCAGCAAGATGCACTTAGAGATATTAG 1488
Query 1500 TCACAAGACTGCTCATAGAGTATTTGAGGCATTGGATACACTTGGGAATACCAAGTGGAG 1559
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1489 TCACAAGACTGCTCATAGAGTATTTGAGGCATTGGATACACTTGGGAATACCAAGTGGAG 1548
Query 1560 GGTGAATAGGAATATACTTGATGTGGTAGAAAGGCTCTGGGCTGATGGAGGCAACATTGC 1619
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1549 GGTGAATAGGAATATACTTGATGTGGTGGAAAGGCTCTGGGCTGATGGAGGCAACATTGC 1608
Query 1620 AGGCTTAGTTAATCGTGAAGATGTTCCCATACCCGAAAAACCATCCTCTGAGGATCCTGA 1679
||||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1609 AGGCTTAGTTAATCGTGAAGACGTTCCCATACCAGAGAAACCATCCTCTGAGGATCCAGA 1668
Query 1680 AGAACTCCAGTCCTGGAAATGGAGTGCTCGAAAGGCCAACAAGATTAACAGAGAGAGGCA 1739
|||| |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1669 AGAAATCCAATCCTGGAAATGGAGTGTTCGAAAGGCCAACAAGATTAACAGAGAGAGACA 1728
Query 1740 TTCTCTAAGATGTGATGTTGAGCTCAAACTTTCTGTGGCTAGAAAAATGAAGGACGAAGA 1799
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 1729 TTCTCTAAGATGTGATGTTGAGCTCAAACTTTCTGTGGCTAGAAAAATGAAAGACGAGGA 1788
Query 1800 AGGATTCTACTACCCTCACAATCTTGACTTTAGAGGCCGTGCATACCCAATGCATCCTCA 1859
|||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1789 AGGATTCTACTACCCTCACAATCTTGACTTCAGGGGCCGTGCATACCCAATGCATCCTCA 1848
Query 1860 TCTGAATCATCTGAGTTCTGATCTTTGCCGTGGAACCCTGGAGTTTGCTGAAGGACGACC 1919
||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1849 TCTAAATCATCTGAGTTCTGATCTTTGTCGTGGAACCCTGGAGTTTGCTGAAGGACGACC 1908
Query 1920 ACTTGGAAAGTCAGGCTTGCATTGGCTGAAAATACATTTAGCAAACCTCTATGCAGGTGG 1979
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
Sbjct 1909 ACTTGGAAAGTCAGGCTTGCATTGGCTGAAAATACATTTAGCAAACCTCTTTGCTGGTGG 1968
Query 1980 TGTTGAAAAGCTCTCACATGATGCCCGTCTGGCTTTCGTGGAAAACCATTTGGATGATAT 2039
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1969 TGTTGAAAAGCTCTCACATGATGCCCGTCTGGCTTTTGTGGAAAACCATTTGGATGATAT 2028
Query 2040 AATGGATTCAGCTGAAAATCCTATACATGGAAAACGATGGTGGTTAAAGGCTGAAGATCC 2099
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2029 AATGGATTCAGCTGAAAATCCTATACATGGAAAACGATGGTGGTTAAAGGCTGAAGATCC 2088
Query 2100 GTTTCAGTGTTTAGCTGCATGTGTTATTCTGACACAAGCCTTGAAAAGCCCTTCACCTTA 2159
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2089 GTTTCAGTGTTTAGCTGCATGTGTTATTCTGACACAAGCCTTGAGAAGCCCTTCACCTTA 2148
Query 2160 TTCAGTAATTTCCCACTTGCCTATTCATCAGGATGGGTCGTGCAATGGTCTACAGCATTA 2219
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2149 TTCAGTAATTTCCCACTTGCCTATTCATCAGGATGGGTCGTGTAATGGTCTACAGCATTA 2208
Query 2220 TGCAGCTTTAGGAAGAGATAGTTTTGAAGCTGCGGCAGTTAATCTAGTTGCAGGAGAAAA 2279
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2209 TGCAGCTTTAGGAAGAGATAGTTTTGAAGCTGCGGCAGTTAATCTAGTTGCAGGAGAAAA 2268
Query 2280 ACCAGCTGATGTCTACTCTGAAATTTCACGGAGAGTTCATGAAATAATGAAGAAGGACAG 2339
||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2269 ACCAGCTGATGTCTATTCCGAAATTTCACGGAGAGTCCATGAAATAATGAAGAAGGACAG 2328
Query 2340 CAGTAAGGATCCTGAGTCAAACCCAACCGCCGCACTGGCAAAGATCCTTATCACTCAAGT 2399
||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2329 CAGTAAGGATCCTGAGTCAAACCCAACCGCCGCGTTGGCAAAGATCCTTATCACTCAAGT 2388
Query 2400 CGACAGGAAGCTGGTAAAGCAGACGGTAATGACGTCAGTATATGGTGTCACCTATGTAGG 2459
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
Sbjct 2389 CGACAGGAAGCTGGTAAAGCAGACGGTAATGACGTCAGTATATGGTGTCACTTATGTTGG 2448
Query 2460 GGCTCGTGAACAAATAAAAAGAAGATTAGAAGAGAAAGGTGTTATCACTGACGAGAGAAT 2519
|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2449 AGCGCGTGAACAAATAAAAAGAAGATTAGAAGAGAAAGGTGTTATCACTGACGAGAGAAT 2508
Query 2520 GTTATTTGCTGCTGCTTGCTATTCTGCAAAAGTGACGCTAGCTGCCCTTGGAGAGATATT 2579
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2509 GTTATTTGCTGCTGCTTGCTATTCTGCAAAAGTGACCCTAGCTGCCCTTGGAGAGATATT 2568
Query 2580 TGAAGCGGCACGTGCCATTATGAGTTGGCTTGGTGATTGTGCAAAGATAATTGCTTCCGA 2639
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2569 TGAAGCGGCTCGTGCCATTATGAGTTGGCTTGGTGATTGTGCAAAGATAATTGCTTCCGA 2628
Query 2640 TAATCATCCAGTGCGATGGATCACCCCTCTTGGGCTTCCTGTTGTGCAACCCTATTGCAG 2699
||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2629 TAATCATCCAGTGCGATGGATCACCCCTCTTGGACTTCCTGTTGTGCAACCCTATTGTAG 2688
Query 2700 AAGTGAAAGACATCTGATAAGAACATCTCTTCAGGTTTTGGCTCTGCAGCGAGAGGGTAA 2759
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2689 AAGTGAAAGACATCTGATAAGAACATCTCTTCAGGTTTTGGCTCTGCAGCGAGAGGGTAA 2748
Query 2760 CACGGTCGATGTTAGGAAACAAAGAACTGCATTTCCTCCCAACTTTGTGCACTCGCTGGA 2819
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||
Sbjct 2749 CACGGTGGATGTTAGGAAACAAAGAACTGCATTTCCTCCAAATTTTGTGCACTCGCTGGA 2808
Query 2820 CGGCACTCACATGATGATGACTGCTGTTGCATGTCGAGAGGCCGGCCTAAACTTTGCAGG 2879
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 2809 CGGCACCCACATGATGATGACTGCTGTTGCATGTCGAGAGGCTGGCCTAAACTTTGCAGG 2868
Query 2880 TGTGCATGACTCATACTGGACCCATGCATGTGACGTTGACACAATGAACAGAATACTTAG 2939
||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2869 TGTGCATGATTCCTACTGGACCCATGCATGTGACGTTGACACAATGAACAGGATACTTAG 2928
Query 2940 AGAGAAATTCGTTGAGCTTTACAACACACCGATCCTTGAAGATTTGCTCCAAAGTTTCCA 2999
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2929 AGAGAAATTTGTTGAGCTTTACAACACACCGATCCTTGAAGATTTACTCCAAAGTTTCCA 2988
Query 3000 AGAATCATACCCGAATCTCGTGTTTCCTCCAGTACCAAAGAGAGGTGATTTCGATTTAAA 3059
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2989 AGAATCATACCCGAATCTCGTGTTTCCTCCAGTACCAAAGAGAGGAGATTTCGATTTAAA 3048
Query 3060 GGAAGTTCTCAAATCACAGTACTTCTTCAACTGAGTCATGCATGTAGCACCAGTGAACCA 3119
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||
Sbjct 3049 AGAAGTTCTCAAATCACAGTACTTCTTCAACTGAGTCATGCACGTAGAACCAGCAAACCA 3108
Query 3120 TCTGAAGAAGGGAGCAAGTTTTTGACGCAGGGATCTTCCTTGGTGGCCTGTAAATAACAT 3179
|||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3109 TCTGAAAAAGGAAGCAAGTTTTTGACTCAGGGATCTTCCTTGGTGGCCTGTAAATAACAT 3168
Query 3180 CCACCACCTCAAAATGACATGGAAAGAACCAGAAATGTGCAAGAAAGACAAACTGATACT 3239
||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| | ||
Sbjct 3169 CCACCACCTCAAAC-GACATGGAAAGAACCAGAAATGTGCACGAAAGACAGACTGCTGCT 3227
Query 3240 GCAACACACTAAGATTCTGACATAAATTATCTTGCAGCAGAAGAGGA--A-TTCAGACAA 3296
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||
Sbjct 3228 GCAACACACTAAGATTCTGACATAAATTATCTTGCAGCAGAAGAGGAGGAATTCAGACAA 3287
Query 3297 ATCTACTTAGAGAAATTTTGGCAGCATTGAAGAAGTTTCTAGCTCAGTAGGTAGGTCCTA 3356
|||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||
Sbjct 3288 ATCTACTTAGAGCAATTTTGGCATCATTGAAGAAGTTTCTAG----GT--------CCTA 3335
Query 3357 GACAGTCTTGAATAATTGATGTAAGGTATGAGTCATTTGCATCAAGCTTGTTTTTGGAGA 3416
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 3336 GACAATCTTGAATAATTGATGTAAGGTATGAGTCATTTGCATCAAGCTTGTTTTTGGGGA 3395
Query 3417 TGAGATTAGGATTAGAGTTGTGTTGTATCTGTCATTCGTAATGTTGTACAGAGAGAGACT 3476
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3396 TGAGATTAGGATTAGAGTTTTGTTGTATCTGTCATTCGTAATGTTGTACAGAGAGAGACT 3455
Query 3477 TCATATACAAAACAAGAACACAATAAC 3503
|||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3456 TCATATACAAAACAAGAACACAATAAC 3482
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 133696253949
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5