BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: halleri_transcript_ahg.fa 32,672 sequences; 38,939,717 total letters Query= AT2G25760.2 Length=2613 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value Ahg481429 jgi|Araly1|481429|fgenesh2_kg.4__489__AT2G25760.1 3613 0.0 > Ahg481429 jgi|Araly1|481429|fgenesh2_kg.4__489__AT2G25760.1 Length=2408 Score = 3613 bits (1956), Expect = 0.0 Identities = 2262/2402 (94%), Gaps = 52/2402 (2%) Strand=Plus/Plus Query 76 CTTTGGATTCTTCAATTGCTTAGTCTCATAAATCCCCAAAATCTCTCCACCCAGTTGGAT 135 |||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| Sbjct 1 CTTTAGATTCTTCGATTGCCAAGTCTCATAAATCCCCAAAATCTCTCTACCCATTTGGAT 60 Query 136 TTGCAGCTCTCTCAGATTCATCAGTTTCTTGATCTCTTTGTTATATTCAATTTCACGAAG 195 |||||| |||||||||||||| ||||||| || || |||||||||| Sbjct 61 TTGCAG--CTCTCAGATTCATC---TTCTTGA--TC----------TC--TTTCACGAAG 101 Query 196 ATTGTATCCAGAGCAGATGGGTCTGGAAGCTTCTTTCTTTCTCAGTGATTTCGATCGTTC 255 ||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||| Sbjct 102 ATTGTATCC--ATCAGATGGTTCTGGAAGCTTCTTTCTTTCCCAGTGAGTTCGGTCGTTC 159 Query 256 CATGGACCAGACGTACGATGCCTGAGCTGCGTAGCAACGCACGCAGAGATCGGG---ATA 312 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| Sbjct 160 CATGGACCAGACGTACGATGCCTGAGCTGCGTAGCAACGCACGCAGAGATCGGGCTAATA 219 Query 313 AGAA---GAACCCG-A--AGCAGAACCCAATTGCTTTGAAACAATCACCTGTTAGGAGAA 366 |||| ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| Sbjct 220 AGAACCCGAAGCCGAACCAGAAGAACCCAATTGCTTTGAAACAATCACCAGTTAGGAGAA 279 Query 367 ATCCGAGGCGGCAGCTGAAGAAGAAAGTGGTGGTGAAGGAAG-CGATCGTTGCAGCTGAA 425 | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||| ||| Sbjct 280 ACCCGAGGCGGCA---GAAGAAGAAAGTGGTGGTGAAGG-AGACGATCGTAGAAGCAGAA 335 Query 426 AAGACGACGCCTTTGGTGAAAGAGGAAGAAGAACAGATTAGGGTTTCGAGTGAAGATAAG 485 |||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 336 AAGACGACGCCTTTGGTGAAAGAGGAAG--G-AGAGATTAGGGTTTCGAGAGAAGATAAG 392 Query 486 AAGATGGATGAGAACGACAGTGGTGGTCAAGCAGCTCCAGTGCCTGATGATGAAGGAAAC 545 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| Sbjct 393 AAGATGGATGAAAACGACAGTGGTGGTCAAGCAGCACCAGTGCCTGATGATGAAGGAAAC 452 Query 546 GCTCCTCCACTTCCTGAAAAGG-TTCAGGTTGGTAATTCACCCATGTACAAGTTAGATAG 604 ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||||||||| Sbjct 453 ACTCCTCCACTTCCTGAAAAGGTTTC-GGTTGGTGGTTCCCCCATGTACAAGTTAGATAG 511 Query 605 AAAGCTAGGCAAAGGTGGTTTTGGACAAGTTTATGTTGGTCGAAAGATGGGCACGAGTAC 664 ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 512 AAAGCTAGGGAAAGGAGGTTTTGGACAAGTTTATGTTGGTCGAAAGATGGGCACGAGCAC 571 Query 665 TTCTAATGCTAGATTTGGCCCGGGAGCTTTGGAGGTGGCTTTGAAGTTTGAGCATAGAAC 724 ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 572 TTCTAATGCTAGATTTGGCCCCGGAGCTTTGGAGGTGGCTTTGAAGTTTGAGCATAGAAC 631 Query 725 CAGCAAAGGATGTAACTATGGGCCACCGTATGAGTGGCAAGTTTACAATGCACTTGGTGG 784 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 632 CAGCAAAGGGTGTAACTATGGGCCACCGTATGAGTGGCAAGTTTACAATGCACTTGGTGG 691 Query 785 CAGTCATGGTGTGCCACGAGTTCATTTTAAGGGTCGGCAGGGCGATTTTTACGTGATGGT 844 |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 692 CAGTCATGGTGTGCCACGAGTTCATTTTAAAGGTCGGCAAGGCGATTTTTACGTGATGGT 751 Query 845 TATGGATATCCTTGGGCCTAGCTTATGGGATGTTTGGAATAGTACCACCCAGGCGATGTC 904 ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| Sbjct 752 TATGGATATTCTTGGGCCTAGCTTATGGGATGTTTGGAATAGTACCACTCAAGCGATGTC 811 Query 905 AACAGAGATGGTTGCATGCATTGCAATTGAGGCAATATCCATATTAGAAAAGATGCATTC 964 ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 812 AACAGAGATGGTTGCGTGCATTGCGATTGAGGCAATATCCATATTGGAAAAGATGCATTC 871 Query 965 TAGAGGATATGTGCATGGCGATGTAAAACCAGAGAATTTTCTGCTTGGGCCTCCTGGAAC 1024 ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| Sbjct 872 TAGGGGATATGTGCATGGCGATGTAAAACCAGAGAATTTTCTGCTTGGGCCTCCCGGAAC 931 Query 1025 TCCTGAAGAGAAAAAACTTTTCCTTGTAGACCTCGGCTTAGCATCCAAATGGCGAGATAC 1084 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||| Sbjct 932 TCCTGAAGAGAAAAAACTTTTCCTTGTCGACCTCGGCTTAGCAACCAAATGGCGTGATAC 991 Query 1085 TGCAACTGGACTACATGTTGAATATGACCAGCGTCCTGATGTTTTTAGAGGAACAGTACG 1144 ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 992 TGCTACTGGACTTCATGTTGAATATGACCAGCGTCCTGATGTTTTTAGAGGAACAGTACG 1051 Query 1145 TTATGCTAGTGTACATGCTCATCTTGGCAGAACTTGCAGTCGGAGGGATGACCTGGAATC 1204 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| Sbjct 1052 TTATGCTAGTGTACATGCTCATCTTGGCAGAACTTGTAGTCGGAGGGATGACCTGGAATC 1111 Query 1205 TCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCCGGCTTCCATGGCAAGGGTACCAGGT 1264 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1112 TCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCCGGCTTCCATGGCAAGGGTACCA--- 1168 Query 1265 TGGGGACACTAAAAACAAAGGTTTCCTTGTTTGCAAGAAGAAGATGGCCACTTCCCCAGA 1324 ||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1169 --GGG--A--GAGAACAAAGGTTTCCTTGTTTGCAAGAAGAAGATGGCTACTTCCCCAGA 1222 Query 1325 AACTCTTTGCTGCTTCTGTCCCCAACCTTTTCGTCAGTTTGTCGAGTATGTGGTCAATTT 1384 |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| || Sbjct 1223 AACTCTTTGCTGCTTCTGCCCCCAACCTTTTCGTCAATTTGTTGAGCATGTTGTCAACTT 1282 Query 1385 GAAGTTTGATGAGGAGCCTGATTATGCTAAATATGTCTCCCTTTTTGATGGAATAGTCGG 1444 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1283 GAAGTTTGATGAGGAGCCTGACTATGCTAAATATATCTCCCTTTTTGATGGAATAGTCGG 1342 Query 1445 CCCAAACCCAGACATTAGGCCAATAAATACTGAGGGTGCACAGAAGCTCATACATCAAGT 1504 |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1343 CCCAAACCCAGATATTAGGCCAATAAATACTGAGGGTGCACAGAAGCTCATACATCAAGT 1402 Query 1505 GGGTCAAAAGAGGGGGAGGCTGACAATGGACGAGGAGGATGAACAACCAACAAAGAAGAT 1564 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1403 GGGTCAAAAGAGGGGGAGGCTGACAATGGACGAGGAGGACGAACAACCAACAAAGAAGAT 1462 Query 1565 CAGATTGGGCATGCCAGCAACACAATGGATCAGCATTTACAGTGCTCACAGACCAATGAA 1624 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1463 CAGATTGGGCATGCCAGCAACACAATGGATCAGCATTTACAGTGCTCACAGACCAATGAA 1522 Query 1625 ACAACGATATCATTATAATGTTACTGATACAAGGCTTGCACAACACATTGAAAAAGGAAA 1684 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| Sbjct 1523 ACAACGATATCATTATAATGTTACTGATACAAGGCTTGCACAGCACATTGAAAAAGGAAC 1582 Query 1685 TGAGGATGGGTTATTTATCAGCAGTGTGGCTTCTTGCACGGATCTCTGGGCTTTGATCAT 1744 |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1583 TGAGGATGGGTTATTTATCAGCAGTGTGGCTTCTTGTGCGGATCTCTGGGCTTTGATCAT 1642 Query 1745 GGATGCAGGAAGTGGCTTTACGGATCAAGTTTACCAGTTATCACCAAGCTTTCTCCACAA 1804 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| Sbjct 1643 GGATGCAGGAACTGGCTTTACGGATCAAGTTTACCAGCTATCACCAAGCTTTCTCCACAA 1702 Query 1805 GGAATGGATTATGGAACAATGGGAAAAGAATTACTATATTACAGCAGTGGCAGGAGCAAA 1864 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| Sbjct 1703 GGAATGGATTATGGAACAATGGGAAAAGAATTACTATATTACAGCAGTAGCAGGAGCAAA 1762 Query 1865 TAGTGGGAACTCATTCGTGGTTATGTCAAAAGGGACCCAGTATTTACAACAATCCTACAA 1924 || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1763 TAATGGGAGCTCATTCGTGGTTATGTCAAAAGGGACCCAGTATTTACAACAATCCTACAA 1822 Query 1925 AGTCAGTGATTCTTTTCCCTTCAAGTGGATAAATAAAAAGTGGAGGGAAGGGTTTTATGT 1984 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| Sbjct 1823 AGTCAGTGATTCTTTTCCCTTCAAGTGGATAAATAAAAAGTGGAGGGAAGGATTTTATGT 1882 Query 1985 TACATCAATGGCAACTGCTGGAAGCAAATGGGGAATTGTAATGTCTCGTGGGGCTTCTTT 2044 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| Sbjct 1883 TACATCAATGGCAACTGCTGGAAGCAAATGGGGAATTGTAATGTCTCGTGGAGCTAATTT 1942 Query 2045 TTCTGATCAGGTTATAGAACTAGATTTTCTATACCCTAGTGAAGGTATACATCGTCGATG 2104 |||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1943 TTCTGACCAGGTTGTAGAACTAGATTTTCTATACCCTAGTGAAGGTATACATCGTCGATG 2002 Query 2105 GGAAAATGGCTACAGAATTACATCAGTTGCTGCAACTTGGGATCAGGCTGCCTTTGTTCT 2164 ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 2003 GGAAAATGGCTACCGAATTACATCAGTTGCTGCAACTTGGGATCAGGCTGCCTTTGTTCT 2062 Query 2165 TAGTGTGCCAAGAAGGAAGCTTACCGATGAGACACAGGAGACTCTTAGAACCTCTGCTTT 2224 |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2063 TAGTGTGCCAAGAAGGAAGCTTACTGATGAGACACAGGAGACTCTTAGAACCTCTGCATT 2122 Query 2225 TCCTAGTAATCATGTCAAGGAAAAATGGGGCAAGAATCTTTACATTGCATCGATTTGTTA 2284 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || Sbjct 2123 TCCTAGTAATCATGTCAAGGAAAAATGGGGCAAGAATCTTTACATTGCATCGATTTGCTA 2182 Query 2285 TGGTCGAACTGTGTCATGAAGTTCTAAATTTTTTGTTAGGATGCATCTCAATTTAGCTTT 2344 |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| Sbjct 2183 TGGTCGAACTGTGTCATGAAGTTCTAG-TTTTT-GTTAGGATGCAACTCAATTTAGCTTT 2240 Query 2345 ACCATATATCCGCTAAGAAAAAAGAATCGTTGTGATCAGTGATGGTATGGGCTTAGGG-A 2403 |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| | Sbjct 2241 ACCATATATCGGCTAAGAAAGAAGAATCTTTGTGATCAGTGATGCTATGTGCTTAGGGGA 2300 Query 2404 ACCTTTTAGCAAGGTTGAATGAATGTTTGCCAAACTTCAGTGATGCTGCAATGTAGTGTA 2463 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| Sbjct 2301 ACCTTTTAGCAAGGTTGAATGAATGTTTGCCAAACTTCACTGATGCTGTAATGTAGTGTA 2360 Query 2464 TC 2465 || Sbjct 2361 TC 2362 Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14 Identities = 46/47 (98%), Gaps = 0/47 (0%) Strand=Plus/Plus Query 2486 CTTTTCAACTTGGATGACTTGTTTGATGAAAGAAGTTAAAATTTCTT 2532 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| Sbjct 2362 CTTTTCAACTTGGATGACTTGTTTGATGAAAGAAGTTCAAATTTCTT 2408 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 98539463815 Database: halleri_transcript_ahg.fa Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM Number of letters in database: 38,939,717 Number of sequences in database: 32,672 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5