BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G25760.2
Length=2613
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481429 jgi|Araly1|481429|fgenesh2_kg.4__489__AT2G25760.1 3613 0.0
> Ahg481429 jgi|Araly1|481429|fgenesh2_kg.4__489__AT2G25760.1
Length=2408
Score = 3613 bits (1956), Expect = 0.0
Identities = 2262/2402 (94%), Gaps = 52/2402 (2%)
Strand=Plus/Plus
Query 76 CTTTGGATTCTTCAATTGCTTAGTCTCATAAATCCCCAAAATCTCTCCACCCAGTTGGAT 135
|||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
Sbjct 1 CTTTAGATTCTTCGATTGCCAAGTCTCATAAATCCCCAAAATCTCTCTACCCATTTGGAT 60
Query 136 TTGCAGCTCTCTCAGATTCATCAGTTTCTTGATCTCTTTGTTATATTCAATTTCACGAAG 195
|||||| |||||||||||||| ||||||| || || ||||||||||
Sbjct 61 TTGCAG--CTCTCAGATTCATC---TTCTTGA--TC----------TC--TTTCACGAAG 101
Query 196 ATTGTATCCAGAGCAGATGGGTCTGGAAGCTTCTTTCTTTCTCAGTGATTTCGATCGTTC 255
||||||||| | ||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||| ||||||
Sbjct 102 ATTGTATCC--ATCAGATGGTTCTGGAAGCTTCTTTCTTTCCCAGTGAGTTCGGTCGTTC 159
Query 256 CATGGACCAGACGTACGATGCCTGAGCTGCGTAGCAACGCACGCAGAGATCGGG---ATA 312
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 160 CATGGACCAGACGTACGATGCCTGAGCTGCGTAGCAACGCACGCAGAGATCGGGCTAATA 219
Query 313 AGAA---GAACCCG-A--AGCAGAACCCAATTGCTTTGAAACAATCACCTGTTAGGAGAA 366
|||| ||| ||| | || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 220 AGAACCCGAAGCCGAACCAGAAGAACCCAATTGCTTTGAAACAATCACCAGTTAGGAGAA 279
Query 367 ATCCGAGGCGGCAGCTGAAGAAGAAAGTGGTGGTGAAGGAAG-CGATCGTTGCAGCTGAA 425
| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||| |||
Sbjct 280 ACCCGAGGCGGCA---GAAGAAGAAAGTGGTGGTGAAGG-AGACGATCGTAGAAGCAGAA 335
Query 426 AAGACGACGCCTTTGGTGAAAGAGGAAGAAGAACAGATTAGGGTTTCGAGTGAAGATAAG 485
|||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 336 AAGACGACGCCTTTGGTGAAAGAGGAAG--G-AGAGATTAGGGTTTCGAGAGAAGATAAG 392
Query 486 AAGATGGATGAGAACGACAGTGGTGGTCAAGCAGCTCCAGTGCCTGATGATGAAGGAAAC 545
||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 393 AAGATGGATGAAAACGACAGTGGTGGTCAAGCAGCACCAGTGCCTGATGATGAAGGAAAC 452
Query 546 GCTCCTCCACTTCCTGAAAAGG-TTCAGGTTGGTAATTCACCCATGTACAAGTTAGATAG 604
||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 453 ACTCCTCCACTTCCTGAAAAGGTTTC-GGTTGGTGGTTCCCCCATGTACAAGTTAGATAG 511
Query 605 AAAGCTAGGCAAAGGTGGTTTTGGACAAGTTTATGTTGGTCGAAAGATGGGCACGAGTAC 664
||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 512 AAAGCTAGGGAAAGGAGGTTTTGGACAAGTTTATGTTGGTCGAAAGATGGGCACGAGCAC 571
Query 665 TTCTAATGCTAGATTTGGCCCGGGAGCTTTGGAGGTGGCTTTGAAGTTTGAGCATAGAAC 724
||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 572 TTCTAATGCTAGATTTGGCCCCGGAGCTTTGGAGGTGGCTTTGAAGTTTGAGCATAGAAC 631
Query 725 CAGCAAAGGATGTAACTATGGGCCACCGTATGAGTGGCAAGTTTACAATGCACTTGGTGG 784
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 632 CAGCAAAGGGTGTAACTATGGGCCACCGTATGAGTGGCAAGTTTACAATGCACTTGGTGG 691
Query 785 CAGTCATGGTGTGCCACGAGTTCATTTTAAGGGTCGGCAGGGCGATTTTTACGTGATGGT 844
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 692 CAGTCATGGTGTGCCACGAGTTCATTTTAAAGGTCGGCAAGGCGATTTTTACGTGATGGT 751
Query 845 TATGGATATCCTTGGGCCTAGCTTATGGGATGTTTGGAATAGTACCACCCAGGCGATGTC 904
||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||
Sbjct 752 TATGGATATTCTTGGGCCTAGCTTATGGGATGTTTGGAATAGTACCACTCAAGCGATGTC 811
Query 905 AACAGAGATGGTTGCATGCATTGCAATTGAGGCAATATCCATATTAGAAAAGATGCATTC 964
||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 812 AACAGAGATGGTTGCGTGCATTGCGATTGAGGCAATATCCATATTGGAAAAGATGCATTC 871
Query 965 TAGAGGATATGTGCATGGCGATGTAAAACCAGAGAATTTTCTGCTTGGGCCTCCTGGAAC 1024
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 872 TAGGGGATATGTGCATGGCGATGTAAAACCAGAGAATTTTCTGCTTGGGCCTCCCGGAAC 931
Query 1025 TCCTGAAGAGAAAAAACTTTTCCTTGTAGACCTCGGCTTAGCATCCAAATGGCGAGATAC 1084
||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||
Sbjct 932 TCCTGAAGAGAAAAAACTTTTCCTTGTCGACCTCGGCTTAGCAACCAAATGGCGTGATAC 991
Query 1085 TGCAACTGGACTACATGTTGAATATGACCAGCGTCCTGATGTTTTTAGAGGAACAGTACG 1144
||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 992 TGCTACTGGACTTCATGTTGAATATGACCAGCGTCCTGATGTTTTTAGAGGAACAGTACG 1051
Query 1145 TTATGCTAGTGTACATGCTCATCTTGGCAGAACTTGCAGTCGGAGGGATGACCTGGAATC 1204
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1052 TTATGCTAGTGTACATGCTCATCTTGGCAGAACTTGTAGTCGGAGGGATGACCTGGAATC 1111
Query 1205 TCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCCGGCTTCCATGGCAAGGGTACCAGGT 1264
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1112 TCTTGCTTACACTCTTGTTTTCCTTCTTCGAGGCCGGCTTCCATGGCAAGGGTACCA--- 1168
Query 1265 TGGGGACACTAAAAACAAAGGTTTCCTTGTTTGCAAGAAGAAGATGGCCACTTCCCCAGA 1324
||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1169 --GGG--A--GAGAACAAAGGTTTCCTTGTTTGCAAGAAGAAGATGGCTACTTCCCCAGA 1222
Query 1325 AACTCTTTGCTGCTTCTGTCCCCAACCTTTTCGTCAGTTTGTCGAGTATGTGGTCAATTT 1384
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| ||
Sbjct 1223 AACTCTTTGCTGCTTCTGCCCCCAACCTTTTCGTCAATTTGTTGAGCATGTTGTCAACTT 1282
Query 1385 GAAGTTTGATGAGGAGCCTGATTATGCTAAATATGTCTCCCTTTTTGATGGAATAGTCGG 1444
||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1283 GAAGTTTGATGAGGAGCCTGACTATGCTAAATATATCTCCCTTTTTGATGGAATAGTCGG 1342
Query 1445 CCCAAACCCAGACATTAGGCCAATAAATACTGAGGGTGCACAGAAGCTCATACATCAAGT 1504
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1343 CCCAAACCCAGATATTAGGCCAATAAATACTGAGGGTGCACAGAAGCTCATACATCAAGT 1402
Query 1505 GGGTCAAAAGAGGGGGAGGCTGACAATGGACGAGGAGGATGAACAACCAACAAAGAAGAT 1564
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1403 GGGTCAAAAGAGGGGGAGGCTGACAATGGACGAGGAGGACGAACAACCAACAAAGAAGAT 1462
Query 1565 CAGATTGGGCATGCCAGCAACACAATGGATCAGCATTTACAGTGCTCACAGACCAATGAA 1624
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1463 CAGATTGGGCATGCCAGCAACACAATGGATCAGCATTTACAGTGCTCACAGACCAATGAA 1522
Query 1625 ACAACGATATCATTATAATGTTACTGATACAAGGCTTGCACAACACATTGAAAAAGGAAA 1684
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 1523 ACAACGATATCATTATAATGTTACTGATACAAGGCTTGCACAGCACATTGAAAAAGGAAC 1582
Query 1685 TGAGGATGGGTTATTTATCAGCAGTGTGGCTTCTTGCACGGATCTCTGGGCTTTGATCAT 1744
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1583 TGAGGATGGGTTATTTATCAGCAGTGTGGCTTCTTGTGCGGATCTCTGGGCTTTGATCAT 1642
Query 1745 GGATGCAGGAAGTGGCTTTACGGATCAAGTTTACCAGTTATCACCAAGCTTTCTCCACAA 1804
||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1643 GGATGCAGGAACTGGCTTTACGGATCAAGTTTACCAGCTATCACCAAGCTTTCTCCACAA 1702
Query 1805 GGAATGGATTATGGAACAATGGGAAAAGAATTACTATATTACAGCAGTGGCAGGAGCAAA 1864
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1703 GGAATGGATTATGGAACAATGGGAAAAGAATTACTATATTACAGCAGTAGCAGGAGCAAA 1762
Query 1865 TAGTGGGAACTCATTCGTGGTTATGTCAAAAGGGACCCAGTATTTACAACAATCCTACAA 1924
|| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1763 TAATGGGAGCTCATTCGTGGTTATGTCAAAAGGGACCCAGTATTTACAACAATCCTACAA 1822
Query 1925 AGTCAGTGATTCTTTTCCCTTCAAGTGGATAAATAAAAAGTGGAGGGAAGGGTTTTATGT 1984
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1823 AGTCAGTGATTCTTTTCCCTTCAAGTGGATAAATAAAAAGTGGAGGGAAGGATTTTATGT 1882
Query 1985 TACATCAATGGCAACTGCTGGAAGCAAATGGGGAATTGTAATGTCTCGTGGGGCTTCTTT 2044
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||
Sbjct 1883 TACATCAATGGCAACTGCTGGAAGCAAATGGGGAATTGTAATGTCTCGTGGAGCTAATTT 1942
Query 2045 TTCTGATCAGGTTATAGAACTAGATTTTCTATACCCTAGTGAAGGTATACATCGTCGATG 2104
|||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1943 TTCTGACCAGGTTGTAGAACTAGATTTTCTATACCCTAGTGAAGGTATACATCGTCGATG 2002
Query 2105 GGAAAATGGCTACAGAATTACATCAGTTGCTGCAACTTGGGATCAGGCTGCCTTTGTTCT 2164
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2003 GGAAAATGGCTACCGAATTACATCAGTTGCTGCAACTTGGGATCAGGCTGCCTTTGTTCT 2062
Query 2165 TAGTGTGCCAAGAAGGAAGCTTACCGATGAGACACAGGAGACTCTTAGAACCTCTGCTTT 2224
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2063 TAGTGTGCCAAGAAGGAAGCTTACTGATGAGACACAGGAGACTCTTAGAACCTCTGCATT 2122
Query 2225 TCCTAGTAATCATGTCAAGGAAAAATGGGGCAAGAATCTTTACATTGCATCGATTTGTTA 2284
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 2123 TCCTAGTAATCATGTCAAGGAAAAATGGGGCAAGAATCTTTACATTGCATCGATTTGCTA 2182
Query 2285 TGGTCGAACTGTGTCATGAAGTTCTAAATTTTTTGTTAGGATGCATCTCAATTTAGCTTT 2344
|||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 2183 TGGTCGAACTGTGTCATGAAGTTCTAG-TTTTT-GTTAGGATGCAACTCAATTTAGCTTT 2240
Query 2345 ACCATATATCCGCTAAGAAAAAAGAATCGTTGTGATCAGTGATGGTATGGGCTTAGGG-A 2403
|||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||| |
Sbjct 2241 ACCATATATCGGCTAAGAAAGAAGAATCTTTGTGATCAGTGATGCTATGTGCTTAGGGGA 2300
Query 2404 ACCTTTTAGCAAGGTTGAATGAATGTTTGCCAAACTTCAGTGATGCTGCAATGTAGTGTA 2463
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||
Sbjct 2301 ACCTTTTAGCAAGGTTGAATGAATGTTTGCCAAACTTCACTGATGCTGTAATGTAGTGTA 2360
Query 2464 TC 2465
||
Sbjct 2361 TC 2362
Score = 82.4 bits (44), Expect = 2e-14
Identities = 46/47 (98%), Gaps = 0/47 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 2486 CTTTTCAACTTGGATGACTTGTTTGATGAAAGAAGTTAAAATTTCTT 2532
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 2362 CTTTTCAACTTGGATGACTTGTTTGATGAAAGAAGTTCAAATTTCTT 2408
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 98539463815
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5