BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G25970.1
Length=2157
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481452 jgi|Araly1|481452|fgenesh2_kg.4__512__AT2G25970.1 3169 0.0
> Ahg481452 jgi|Araly1|481452|fgenesh2_kg.4__512__AT2G25970.1
Length=2101
Score = 3169 bits (1716), Expect = 0.0
Identities = 1984/2110 (94%), Gaps = 31/2110 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 11 CTTCTTCCTTATCTCCGCCTCTTTCTAGGGTTTCTCTCAAAT---C--AGCTCTTCAACC 65
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||
Sbjct 1 CTTCTTCCTTATCTCCGCCTCTTTCTAGGGTTTCTCTCAAATCCACAAAGCTCTTCAACC 60
Query 66 ATGGCGGACGAATCTCAATACTCATCGGATACTTACTCCAACAAACGCAAATACGAAGAA 125
|||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 61 ATGGCGGACGAATCTCAATACTCATCTGACACTTACTCCAACAAACGCAAATACGAAGAA 120
Query 126 CCAACCGCTCCTCCTCCATCAACTCGCAGACCTACCGGCTTCTCTTCTGGTCCGATCCCA 185
| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||
Sbjct 121 CAAACCGCTCCTCCTCCATCAACTCGCAGACCCACCGGTTTCTCTTCAGGTCCGATCCCA 180
Query 186 TCTGCTTCAGTTGATCCCACCGC-ACCTACCGGTCTTCCACCTTCTTCTTACAACAGCGT 244
||||||||| ||||| |||||| ||| ||| || |||||| |||||||||||||||||
Sbjct 181 TCTGCTTCACCTGATCTCACCGCAACC-GCCGTTCCTCCACCGTCTTCTTACAACAGCGT 239
Query 245 TCCTCCTCCGATGGATGAAATCCAGATTGCTAAACAAAAAGCACAAGAAATCGCTGCTCG 304
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 240 TCCTCCTCCGATGGATGAAATCCAGATTGCTAAACAAAAAGCACAAGAAATCGCTGCTCG 299
Query 305 TCTTCTTAATAGCGCTGATGCTAAACGTCCTCGTGTTGACAATGGTGCTTCTTATGATTA 364
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 300 TCTTCTTAATAGTGCTGATGCTAAACGTCCTCGTGTTGAGAATGGTGCTTCTTATGATTA 359
Query 365 TGGTGACAACAAAGGATTTAGCTCATATCCCTCTGAGGGTAAGCAGATGTCAGGGACGGT 424
|||||| || ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 360 TGGTGATAATAAAGGGTTTAGCTCATATCCTTCTGAGGGTAAGCAGATGTCAGGGACGCC 419
Query 425 TCCGTCTTCGATACCGGTTTCGTATGGTAGCTTTCAAGGAACTACTAAGAAGATTGATAT 484
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 420 TCCGTCTTCCATACCGGTTTCGTATGGTAGCTTTCAAGGAACTACTAAGAAAATTGATAT 479
Query 485 TCCGAATATGAGAGTTGGTGTTATCATTGGTAAAGGTGGAGAGACTATTAAGTATCTTCA 544
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 480 TCCGAATATGAGAGTTGGTGTTATCATTGGTAAAGGTGGAGAGACTATTAAGTATCTTCA 539
Query 545 GCTTCAGTCTGGAGCTAAGATTCAGGTTACTAGAGATATGGATGCAGACCCTAATTG-TG 603
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||
Sbjct 540 ACTTCAGTCTGGAGCTAAGATTCAGGTTACTAGAGATATGGATGCAGACCCTAAT-GCTG 598
Query 604 CTACTAGGACTGTTGACCTAACTGGTACCCCTGATCAGATCTCAAAGGCTGAACAGTTGA 663
|||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || |||||||| |||||||
Sbjct 599 CTACGAGGACTGTTGACCTAACTGGCACGCCTGACCAGATTTCCAAGGCTGAGCAGTTGA 658
Query 664 TCACTGACGTCCTTCAAGAGGCTGAGGCAGGCAATACAGCTGGTTCAGGTGGAGGAGGCG 723
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 659 TCACTGACGTCCTTCAAGAGGCTGAGGCAGGTAATACAGCTGGTTCAGGTGGAGG---CG 715
Query 724 GCCGTAGGATGGGTGGACAAGCAGGGGCTGATCAATTTGTTATGAAAATTCCGAATAACA 783
||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 716 GCCGTAGGATGGGTGGACAAGCAGGAGCTGATCAGTTTGTTATGAAAATTCCGAATAATA 775
Query 784 AGGTTGGTTTGATAATTGGTAAAGGAGGTGAAACAATCAAATCTATGCAAGCTAAGACTG 843
|||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 776 AGGTTGGTCTGATAATTGGTAAAGGAGGTGAGACAATCAAATCCATGCAAGCTAAGACTG 835
Query 844 GAGCTAGAATTCAGGTTATTCCTTTACATTTGCCCCCTGGAGACCCAACGCCAGAACGGA 903
||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 836 GAGCTCGAATTCAGGTTATTCCTTTGCATTTGCCCCCTGGAGACCCAACGCCAGAACGAA 895
Query 904 CTTTGCAGATTGATGGGATAACCGAACAGATTGAACATGCTAAACAATTAGTTAATGAAA 963
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 896 CTTTGCAGATTGATGGGATAACCGAGCAGATTGAACATGCTAAACAATTAGTTAATGAAA 955
Query 964 TCATCAGTGGCGAGAACCGTATGAGAAACTCAGCAATGGGTGGAGGCTATCCACAACAAG 1023
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 956 TCATCAGTGGCGAGAACCGTATGAGAAACTCAGCAATGGGCGGAGGTTATCCACAACAAG 1015
Query 1024 GTGGTTATCAAGCCCGCCCACCCTCAAGCTGGGCACCACCTGGTGGTCCGCCAGCACAAC 1083
||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
Sbjct 1016 GTGGTTATCAAGCTCGCCCACCATCAAGCTGGGCACCACCTGGTGCTCCACCAGCACAAC 1075
Query 1084 CTGGTTATGGTGGTTACATGCAACCAGGAGCATATCCAGGTCCACCTCAGTATGGTCAAT 1143
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1076 CTGGTTATGGTGGTTACATGCAACCAGGAGCATATTCAGGTCCACCTCAGTATGGTCAAT 1135
Query 1144 CACCTTACGGAAGTTACCCTCAACAAACTTCAGCTGGTTACT-----A--TG--ATCAGT 1194
|||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||||| | || |||| |
Sbjct 1136 CACCTTACGGGAGTTACCCTCAGCAAACTTCAGGTGGTTACTCCTCCACCTGGGATCAAT 1195
Query 1195 CCTCTGTGCCACCATCCCAGCAGAGCGCGCAAGGTGAGTATGATTATTACGGTCAGCAAC 1254
||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||
Sbjct 1196 CCTCTGTGCCACCATCCCAGCAGAGTGCGCAAGGTGAGTATGATTATTATGGTCAACAAC 1255
Query 1255 AGTCTCAGCAACCAAGCAGTGGTGGTAGCTCAGCCCCACCAACAGATACCACAGGGTACA 1314
|||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1256 AGTCACAGCAACCAAGCAGTGGTGGTAGCTCAGCCCCACCAACAGATACCACAGGGTACA 1315
Query 1315 ATTACTACCAGCATGCTTCTGGTTATGGCCAAGCTGGTCAGGGATACCAGCAAGATGGGT 1374
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1316 ATTACTACCAGCATGCTTCTGGTTATGGCCAAGCTGGTCAGGGATACCAGCAAGATGGGT 1375
Query 1375 ATGGAGCTTACAATGCCTCGCAGCAATCGGGATATGGTCAAGCTGCTGGGTATGATCAAC 1434
||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1376 ATGGAGCTTACAATGCCTCTCAGCAATCAGGATATGGTCAAGCTGCTGGGTATGATCAAC 1435
Query 1435 AGGGTGGTTACGGCAGCACCACTAATCCAAGTCAAGAGGAAGATGCATCTCAAGCCGCTC 1494
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||
Sbjct 1436 AGGGTGGTTACGGCAGCACCACTAATCCAAGTCAAGAGGAAGATACATCTCAAGCTGCTC 1495
Query 1495 CACCATCGTCAGCTCAGTCTGGACAGGCTGGGTATGGTACAACTGGTCAACAGCCGCCTG 1554
| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||
Sbjct 1496 CGCCATCGTCAGCTCAGTCTGGACAAGCTGGGTATGGTGCAACTGGTCAACAGCCGCCTG 1555
Query 1555 CTCAAGGTAGTACTGGTCAGGCAGGGTATGGAGCTCCTCCAACTTCTCAGGCTGGTTACA 1614
||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1556 CTCAAGGTAGTACTGGTCAGGCAGGGTATGGAGCTGCTCCAACTTCTCAGGCTGGTTACA 1615
Query 1615 GCAGCCAGCCAGCAGCAGCTTACAATTCTGGGTATGGAGCACCACCACC-TGCTTCAAAG 1673
||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||||||||
Sbjct 1616 GCAGCCAGCCACCAGCAGCTTACAGTTCTGGGTATGGAGCACCACCACCGT-CTTCAAAG 1674
Query 1674 CCACCGACTTATGGCCAGAGCCAGCAGTCTCCAGGTGCTCCTGGGAGCTATGGTAGTCAG 1733
|||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 1675 CCACCGGCTTATGGACAGAGCCAGCAGTCTCCAGGTGCTCCCGGGAGCTATGGTAGTCAG 1734
Query 1734 TCTGGGTATGCCCAACCAGCAGCTTCAGGGTATGGACAACCTCCAGCGTATGGGTATGGT 1793
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1735 TCTGGGTATGCCCAACCAGCAGCGTCAGGGTATGGACAACCTCCAGCGTATGGGTATGGT 1794
Query 1794 CAAGCGCCACAGGGATATGGGTCTTATGGAGGATACACACAACCTGCTGCTGGTGGAGGT 1853
||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1795 CAAGCACCACAGGCATATGGGTCTTATGGAGGATACACACAACCTGCTGCTGGTGGAGGT 1854
Query 1854 TACTCTTCAGACGGGTCTGCTGGAGCCACTGCTGGTGGTGGTGGTGGTACACCAGCTTCA 1913
|||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||
Sbjct 1855 TACTCTTCAGACGGGTCTGCTGGAGCTGCCGCTGGTGGCGGTGGCGGTACACCGGCTTCA 1914
Query 1914 CAGAGTGCTGCTCCACCTGCTGGACCGCCCAAAGCATCCCCGAAAAGTTGATATGTGTAT 1973
|||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||
Sbjct 1915 CAGAGTGCTGCTCCACCTGCCGGACCACCCAAAGCATCCCCAAAAAGTTGATATGTTTAT 1974
Query 1974 GGATAAATTTCTA-CTGTTATACA-AA-ACATGCTTCCATGCTCTT-ATCTTTTTCTTGA 2029
||||||||||| | |||||||| | || ||| |||| ||||||||| |||||||||||||
Sbjct 1975 GGATAAATTTC-AGCTGTTATATACAATACAGGCTTTCATGCTCTTTATCTTTTTCTTGA 2033
Query 2030 GGATTTATCAATGTTTGTGTTTCACATTTTAGCTCTTGTCTGTCAACT-CTCTTTATATT 2088
|||||| | ||||||||| ||||||||||||| |||| | | | | |||||||||||
Sbjct 2034 GGATTTTTTAATGTTTGTCTTTCACATTTTAGTTCTT-T-TAACGTTTTCTCTTTATATT 2091
Query 2089 AAAGATAATG 2098
||||||||||
Sbjct 2092 AAAGATAATG 2101
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 81170312095
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5