BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G26140.1
Length=2734
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481469 jgi|Araly1|481469|fgenesh2_kg.4__529__AT2G26140.1 4349 0.0
> Ahg481469 jgi|Araly1|481469|fgenesh2_kg.4__529__AT2G26140.1
Length=2726
Score = 4349 bits (2355), Expect = 0.0
Identities = 2618/2743 (95%), Gaps = 26/2743 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 TGCGTGTCTCCACCTGCTGCACAATTTT-TCTCTCACCCGAT-AACCAAACAGGTCTCTC 58
||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1 TGCGTGTCTTCACCTGCTGCACAATTTTCTCTCTCACCCGATAAACCAAACAGGTCTCTC 60
Query 59 ACGTGTAATTTAGTGTTTTTAAGACTTTAGGGAATAAGATTAGAACGGTTCTTCCCCAAA 118
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 61 ACGTGTAATTTAGTGTTTTCAAGACTTTAGGGAATAAGATTAGAACGGTTCTT-CCCAAA 119
Query 119 CACAACGAAGAAGTCTTTTGTTTCCGATATAGATCGAGGAACTTCGATTTATCAGACATT 178
||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||
Sbjct 120 CACAAAGAAGAAGTCTTTTGTTTCCGATATAGATCGAGGAACTTCGATTT-TCGGACATT 178
Query 179 AACACCAATTTTTAAGATATCGTGAAGGAGAGATTTGATTGATGGCTTGGAGGCGCATCA 238
| | | ||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 179 -A-A-C--------AGACACCGTGAAGGAGAGATTTGATTGATGGCTTGGAGGCGCATCA 227
Query 239 TCACCAAGGTTTCGAGTCATGAAAGGGAATTGAGCAGTTTAAGAAGCTTACTTGTTAGAG 298
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 228 TCACCAAGGTTTCGAGTCATGAAAGGGAATTGAGCAGTTTAAGAAGCTTACTTGTTAGAG 287
Query 299 CTTACTCCTCTTTTCCTAGAGTGGGAGTTACTGGAGCTGTGGGTGGTGGTGGAGCTTCTT 358
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 288 CTTACTCTTCCTTTCCTAGAGTGGGAGTTACTGGAGCTGTAGGTGGTGGTGGAGCTTCTT 347
Query 359 TACCGCGAACGAGGTTTCAATCGAGTTATGTTGGTAGCTTTGCTCGCAGAGTCCGTGATA 418
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 348 TACCGCAAACGAGGTTTCAATCGAGTTATGTTGGTAGCTTTGCTCGCAGAGTGCGTGATA 407
Query 419 GAGAAGAAGTTAATGAGGTTGCACATCTGAGAGAAC-TTATTCGAAGAAATGATCCTGAG 477
||||||||||||| |||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||| ||||||
Sbjct 408 GAGAAGAAGTTAACGAGGTTGCACATCTGAGAGAGCTTTA-TCGGAGAAATGACCCTGAG 466
Query 478 GCTGTTATCAGAATGTTTGAAAGCCAACCTTCTTTGCATGCGAATGCCTCTGCGTTATCG 537
|||||||||||||||||||| |||||||| |||||| || |||||||||||||||| |||
Sbjct 467 GCTGTTATCAGAATGTTTGAGAGCCAACCATCTTTGTATTCGAATGCCTCTGCGTTGTCG 526
Query 538 GAATACATTAAGGCATTGGTTAAAGTTGATAGGCTCGATCAAAGTGAGCTGGTTCGAACA 597
|||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
Sbjct 527 GAATACATTAAGGCATTGGTCAAAGTTGATAGGCTGGATCAAAGTGAGCTGGTACGAACA 586
Query 598 TTGCAAAGAGGTATTGCTGGTGTTGCAAGGGAGGAAGAGACTTTTGGAGGTCTTG-GGGC 656
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||
Sbjct 587 TTGCAAAGAGGTATTGCTGGTGTTGCAAGGGAGGAAGAGACTTTTGGAGGTC-TGTCGGC 645
Query 657 ATTTAGAAACGTAGGAAAACCAACAAAAGATGGTGTCCTTGGAACTGCTAGTGCACCGAT 716
||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 646 ATTTAAAAACTTAGGAAAACAAACAAAAGATGGTGTCCTTGGAACTGCTAGTGCACCGAT 705
Query 717 CCATACGATATCCACAGAAAGGACTCACTTTAAAGAACAGCTATGGAGTACAATCCGAAC 776
|||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 706 CCATACGATATCAACTGAAAGGACTCACTTTAAAGAACAGCTATGGAGTACAATCCGAAC 765
Query 777 TATTGGAGTTGGTTTTTTACTCATTTCTGGTATTGGAGCTCTTATCGAGGACAGAGGAAT 836
||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 766 TATTGCAGTTGGGTTTTTACTCATTTCTGGTATTGGAGCTCTTATCGAGGATAGAGGAAT 825
Query 837 TGGCAAAGGACTTGGTTTGCACGAAGAAGTGCAACCTAGTATGGATTCGAGCACCAAATT 896
|||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 826 TGGCAAAGGACTCGGTTTGCATGAAGAAGTGCAACCTAGTATGGATTCGAGCACCAAATT 885
Query 897 TTCTGATGTAAAGGGTGTTGATGAAGCAAAGGCTGAGCTAGAGGAAATTGTGCATTATCT 956
| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 886 TACTGATGTAAAGGGTGTTGATGAAGCAAAAGCTGAGCTAGAGGAAATTGTGCATTATCT 945
Query 957 TCGCGACCCCAAAAGGTTCACTCGTCTGGGAGGAAAGCTTCCTAAGGGTGTGTTGCTTGT 1016
||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 946 TCGCGACCCTAAGAGGTTCACTCGTCTGGGCGGAAAGCTTCCTAAGGGTGTGTTGCTTGT 1005
Query 1017 CGGTCCTCCTGGGACAGGAAAAACTATGCTTGCTAGAGCTATTGCTGGAGAAGCTGGAGT 1076
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
Sbjct 1006 CGGTCCTCCTGGGACAGGAAAAACTATGCTTGCTAGAGCTATTGCCGGAGAAGCTGGAGT 1065
Query 1077 GCCTTTCTTCTCCTGCAGTGGTAGTGAGTTTGAAGAGATGTTTGTTGGAGTTGGAGCCAG 1136
||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1066 GCCTTTCTTCTCCTGCAGTGGTAGTGAATTTGAAGAGATGTTTGTTGGGGTTGGAGCCAG 1125
Query 1137 AAGAGTGAGAGATCTTTTTAGTGCTGCAAAGAAGTGCTCCCCGTGTATTATATTTATCGA 1196
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
Sbjct 1126 AAGAGTGAGAGATCTTTTTAGTGCTGCAAAGAAGTGCTCCCCTTGTATTATATTTATCGA 1185
Query 1197 TGAAATAGATGCTATTGGAGGAAGTCGCAATCCCAAGGACCAGCAATACATGAAGATGAC 1256
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1186 TGAAATAGATGCTATTGGAGGAAGTCGCAATCCCAAGGATCAGCAATACATGAAGATGAC 1245
Query 1257 ATTGAACCAGATGCTCGTTGAGTTGGATGGGTTTAAACAGAATGAAGGAATTATTGTGGT 1316
||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1246 ATTGAACCAGATGCTTGTTGAGTTGGATGGATTTAAACAGAATGAAGGAATTATTGTGGT 1305
Query 1317 CGCAGCAACAAATTTCCCAGAGTCTTTGGATAAGGCCCTGGTTAGACCTGGGAGGTTTGA 1376
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1306 CGCAGCAACAAATTTCCCAGAGTCATTGGATAAGGCCCTGGTTAGACCTGGGAGGTTTGA 1365
Query 1377 TCGTCATATTGTTGTACCTAACCCAGACGTGGAAGGTCGACGCCAGATTTTGGAGTCTCA 1436
||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1366 TCGCCATATTGTTGTACCTAACCCAGACGTTGAAGGTCGACGCCAGATTTTGGAGTCTCA 1425
Query 1437 CATGTCAAAGGTACTTAAGGCTGAAGATGTCGATTTAATGATCATCGCTAGAGGAACGCC 1496
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1426 CATGTCAAAGGTACTTAAGGCTGAAGATGTTGATTTAATGATCATCGCTAGAGGAACGCC 1485
Query 1497 TGGATTTTCTGGCGCTGATTTGGCTAATCTGGTCAATGTTGCTGCTTTAAAAGCTGCAAT 1556
|||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 1486 TGGATTTTCTGGCGCTGATTTGGCGAATCTGGTCAACGTTGCTGCTTTAAAAGCTGCAAT 1545
Query 1557 GGACGGTTCTAAAGATGTGACAATGTCTGATCTTGAGTTTGCCAAAGACAGAATCATGAT 1616
||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1546 GGACGGTTCTAAAGACGTGACAATGTCTGATCTTGAGTTTGCCAAAGACAGAATCATGAT 1605
Query 1617 GGGAAGTGAGAGGAAATCTGCAGTTATATCTGACGAGTCAAGAAAGCTAACTGCTTTCCA 1676
|||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 1606 GGGAAGTGAGAGAAAATCTGCAGTTATATCTGACGAGTCAAGAAAGCTGACTGCTTTCCA 1665
Query 1677 TGAAGGTGGTCATGCCCTTGTTGCCATTCACACCGAAGGTGCTCTTCCAGTCCACAAAGC 1736
||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 1666 TGAAGGTGGTCATGCCCTTGTTGCCATCCACACAGAAGGGGCTCTTCCAGTCCACAAAGC 1725
Query 1737 AACCATTGTGCCTCGTGGTATGGCTCTTGGCATGGTTTCTCAACTACCAGATAAAGATGA 1796
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1726 AACCATTGTGCCTCGTGGTATGGCTCTTGGCATGGTTTCTCAACTACCAGATAAAGATGA 1785
Query 1797 GACGAGCATTTCTAGGAAACAGATGCTTGCTAGGCTTGATGTTTGTATGGGAGGCCGGGT 1856
||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1786 GACGAGCATTTCTAGGAAACAGATGCTTGCTCGACTTGATGTTTGTATGGGAGGCCGGGT 1845
Query 1857 AGCCGAAGAGTTGATTTTTGGGGAAAGTGAAGTAACTTCGGGTGCATCTTCTGATCTTGA 1916
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1846 AGCCGAAGAGTTGATTTTTGGGGAAAGTGAGGTAACTTCGGGTGCATCTTCTGATCTTGA 1905
Query 1917 GCAGGCAACCAAACTCGCGAGAGCAATGGTCACGAAATTCGGTATGAGCAAAGAGGTGGG 1976
||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
Sbjct 1906 GCAGGCAACTAAACTCGCTAGAGCGATGGTCACGAAATTCGGTATGAGCAAAGAGGTAGG 1965
Query 1977 TCTTGTGGCACATAACTACGACGACAATGGGAAAAGCATGAGCACCGAGACAAGGCTTCT 2036
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1966 TCTTGTGGCACATAACTACGACGACAATGGGAAAAGCATGAGCACCGAGACAAGGCTTCT 2025
Query 2037 CATTGAGAGTGAAGTGAAACAACTTCTGGAAAAGGCTTATAACAATGCAAAAACAATCCT 2096
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 2026 CATTGAGAGTGAAGTGAAACAACTTCTGGAAAAGGCTTATAACAATGCGAAAACCATCCT 2085
Query 2097 CACGGTTTACAACAAAGAGCTTCATGCCCTTGCAAATGCTTTGCTTCAGCACGAAACTCT 2156
||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
Sbjct 2086 CACAGTTTACAACAAAGAGCTTCATGCCCTTGCAAATGCTTTGCTTCAACACGAAACTCT 2145
Query 2157 GTCCGGTAAGCAGATTAAAGAATTGCTTACCGATCTCAACTCTCCACTGCTGCAAAAGCG 2216
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2146 GTCCGGTAAGCAGATTAAAGAATTACTTACCGATCTCAACTCTCCACAGCTGCAAAAGCG 2205
Query 2217 TCAAGAAGTGGTTACAAAGCAAAGCAACCCGGTTCCTCCATCAACCCCTagctcagcatc 2276
||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2206 TCAAGAAGTAGTTGCAAAGCAAAGCAACCCGGTTCCTCCATCAACCCCTAGCTCAGCATC 2265
Query 2277 atcagcagccgcagcagctgccgcagctgcagccgccgccgccgcagcagctgcaacagc 2336
||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||
Sbjct 2266 ATCAGCAGCTGCAGCAGCCGCCGCAGCCGCAGCCGCCGCCGCAGCAGCAGCTGCAACCGC 2325
Query 2337 cgcaACCAAAGGTAAAGACATGGCGCCAGTA---TCGTAAAAATAAAGGAGCTAGCGTTT 2393
|||||||||||||||||||||||| |||||| || | ||||||||||||||||| |||
Sbjct 2326 CGCAACCAAAGGTAAAGACATGGCTCCAGTAGGGTCTTGAAAATAAAGGAGCTAGCCTTT 2385
Query 2394 GGTAGA-GAAGGCGTTTTCATGTATTTGTGTATGTTGGGGTAATTGAATTGGGAATAACT 2452
|||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2386 GGTAGAAGAAGGCGTTTTCTTGTATTTGTGTATGCTGGGGTAATTGAATTGGGAATAACT 2445
Query 2453 CTTTATTTTGAGAGTTTTTAGAATCAGTGAGAGGCTGGTGAGGGTTAAGAGCATTAAGCT 2512
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||
Sbjct 2446 CTTTATTTTGAGAGTTTTTAGAATCAATGAGAGGCTGGTGAGAGTTAAGAGTATTAAGCT 2505
Query 2513 TAGGACAATGAGATTAACATCTCAGGTTTTTCTCTATCTCTATCTCGTACACACGGAATC 2572
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2506 TAGGACAATGAGATTAACATCTCAGGTTTTTCGATATCTCTATCTC--ACACACGGAATC 2563
Query 2573 TCGCTGCGAAATGGTATGTGTTCACTTTTTCTCTAAATGTTTTCGGAATCTCGTGGGATG 2632
||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2564 TCGCTGCGAAATGGTATGTGTTCTCTTTTTCTTTTAATGTTTTCGGAATCTCGTGGGATG 2623
Query 2633 TTATTTAGAAGTTTGGCTCGTACAGTTTCAGGTT-ACACTAAATTCTAAAGCCTGCTTGT 2691
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2624 TTATTTAGAAGTTTGGCTCGTACAGTTTCAGGTTTACACTAAATTCTAAAGCCTGCTTGT 2683
Query 2692 AAGACTCAATGCAATAAATTTTATAGTCTCTTGTTATTGGTCT 2734
|||||| ||||||||| ||| ||| ||||| |||| ||||||
Sbjct 2684 AAGACTTGATGCAATAAGTTTAATAATCTCTAGTTACTGGTCT 2726
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 103148383460
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5