BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G26330.1
Length=3191
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481491 jgi|Araly1|481491|fgenesh2_kg.4__551__AT2G26330.1 4935 0.0
> Ahg481491 jgi|Araly1|481491|fgenesh2_kg.4__551__AT2G26330.1
Length=3152
Score = 4935 bits (2672), Expect = 0.0
Identities = 2984/3134 (95%), Gaps = 23/3134 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 44 AAAACGCAGTCGTTTTAAGACTGTG--TGTGAG-AAATGGCTCTGTTTAGAGATATTGTT 100
|||||||||||||||| |||||||| || ||| |||||||||||||| ||||| |||||
Sbjct 30 AAAACGCAGTCGTTTTGAGACTGTGTCTGAGAGAAAATGGCTCTGTTTCGAGATGTTGTT 89
Query 101 CTTCTTGGG-TTTCTCT-TCTGCTTGAGCTTAGTAGCTACTGTGACTTCAGAGGAGGGAG 158
||| ||||| ||||| | |||| ||||||||||| |||||||||| ||| || |||||||
Sbjct 90 CTT-TTGGGTTTTCT-TATCTGTTTGAGCTTAGTGGCTACTGTGAATTCTGACGAGGGAG 147
Query 159 CAACGTTGCTGGAGATTAAGAAGTCATTCAAAGATGTGAACAATGTTCTTTATGACTGGA 218
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 148 CAACGTTGCTGGAGATTAAGAAGTCATTCAAAGATGTAAACAATGTTCTTTATGACTGGA 207
Query 219 CAACTTCACCTTCTTCGGATTATTGTGTCTGGAGAGGTGTGTCTTGTGAAAATGTCACCT 278
|| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 208 CAGCTTCACCTTCTTCCGACTATTGTGTCTGGAGAGGTGTGACTTGTGAAAATGTCACCT 267
Query 279 TCAATGTTGTTGCTCTTAATTTGTCAGATTTGAATCTTGATGGAGAAATCTCACCTGCTA 338
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 268 TCAATGTTGTTGCTCTTAATTTGTCAGATTTGAATCTTGATGGAGAAATCTCACCTGCTA 327
Query 339 TTGGAGATCTCAAGAGTCTCTTGTCAATTGATCTGCGAGGTAATCGCTTGTCTGGACAAA 398
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||
Sbjct 328 TTGGAGATCTCAAGAGTCTCTTGTCAATTGATCTGCGAGGTAATCGTTTGTCTGGGCAAA 387
Query 399 TCCCTGATGAGATTGGTGACTGTTCTTCTTTGCAAAACTTAGACTTATCCTTCAATGAAT 458
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||
Sbjct 388 TCCCTGATGAGATTGGAGACTGTTCTTCTTTGCAAAACTTGGACTTGTCCTTCAATGAAT 447
Query 459 TAAGTGGTGACATACCGTTTTCGATTTCGAAGTTGAAGCAACTTGAGCAGCTGATTCTGA 518
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 448 TAAGTGGTGATATACCGTTTTCGATTTCGAAGTTGAAGCAACTTGAGCAGCTGATTCTGA 507
Query 519 AGAATAACCAATTGATAGGACCGATCCCTTCAACACTTTCACAGATTCCAAACCTGAAAA 578
|||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 508 AGAATAACCAATTGATAGGACCAATCCCTTCAACGCTTTCGCAGATTCCAAACCTGAAAA 567
Query 579 TTCTGGACTTGGCACAGAATAAACTCAGTGGTGAGATACCAAGACTTATTTACTGGAATG 638
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 568 TTCTGGACCTGGCACAGAATAAACTCAGTGGTGAGATACCAAGACTTATATACTGGAATG 627
Query 639 AAGTTCTTCAGTATCTTGGGTTGCGAGGAAACAACTTAGTCGGTAACATTTCTCCAGATT 698
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 628 AAGTTCTTCAGTATCTTGGGTTGCGAGGAAACAACTTGGTCGGTAACATTTCTCCAGATT 687
Query 699 TGTGTCAACTGACTGGTCTTTGGTATTTTGACGTAAGAAACAACAGTTTGACTGGTAGTA 758
||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 688 TGTGTCAGCTGACAGGTCTTTGGTATTTTGACGTGAGAAACAACAGTTTGACGGGTAGTA 747
Query 759 TACCTGAGACGATAGGAAATTGCACTGCCTTCCAGGTTTTGGACTTGTCCTACAATCAGC 818
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 748 TCCCTGAGACGATAGGAAATTGCACTGCCTTCCAGGTTTTGGACTTGTCCTACAATCAGC 807
Query 819 TAACTGGTGAGATCCCTTTTGACATCGGCTTCCTGCAAGTTGCAACATTATCATTGCAAG 878
|||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 808 TAACTGGTGAGATCCCATTTGACATCGGCTTCCTTCAAGTTGCAACATTATCATTGCAAG 867
Query 879 GCAATCAACTCTCTGGGAAGATTCCATCAGTGATTGGTCTCATGCAAGCCCTTGCAGTCT 938
||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 868 GCAATCAGCTTTCTGGGAAGATTCCATCAGTGATTGGTCTCATGCAAGCCCTTGCAGTGT 927
Query 939 TAGATCTAAGTGGCAACTTGTTGAGTGGATCTATTCCTCCGATTCTCGGAAATCTTACTT 998
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||| ||||
Sbjct 928 TAGATCTAAGTGGCAACTTGTTGAGTGGACCTATTCCTCCGATTTTGGGAAATCTGACTT 987
Query 999 TCACCGAGAAATTGTATTTGCACAGTAACAAGCTGACTGGTTCAATTCCACCTGAGCTTG 1058
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 988 TCACCGAGAAATTGTATTTGCACAGTAACAAGCTGACTGGTTCAATTCCACCTGAGCTTG 1047
Query 1059 GAAACATGTCAAAACTCCATTACCTGGAACTCAATGATAATCATCTCACGGGTCATATAC 1118
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1048 GAAACATGTCAAAACTCCATTACCTGGAACTCAACGATAATCATCTCACGGGTCATATAC 1107
Query 1119 CACCAGAGCTTGGGAAGCTTACTGACTTGTTTGATCTGAATGTGGCCAACAATGATCTGG 1178
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 1108 CACCGGAGCTTGGGAAGCTTACTGACTTGTTTGATCTGAATGTGGCCAACAATGATCTAG 1167
Query 1179 AAGGACCTATACCTGATCATCTGAGCTCTTGCACAAATCTAAACAGCTTAAATGTTCATG 1238
|||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |
Sbjct 1168 AAGGACCTATACCTGATCATCTGAGCTCCTGCACAAACCTAAATAGCTTAAATGTTCACG 1227
Query 1239 GGAACAAGTTTAGTGGCACTATACCCCGAGCATTTCAAAAGCTAGAAAGTATGACTTACC 1298
||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||
Sbjct 1228 GGAACAAGTTTAGCGGCACCATACCTCGAGCATTTCAAAAGCTAGAGAGCATGACTTACC 1287
Query 1299 TTAATCTGTCCAGCAACAATATCAAAGGTCCAATCCCGGTTGAGCTATCTCGTATCGGTA 1358
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1288 TTAATCTGTCCAACAACAATATCAAAGGTCCAATCCCGGTTGAGCTATCTCGTATCGGTA 1347
Query 1359 ACTTAGATACATTGGATCTTTCCAACAACAAGATAAATGGAATCATTCCTTCTTCCCTTG 1418
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 1348 ACTTAGATACATTGGATCTTTCCAACAACAAGATAAATGGCATCATTCCTTCTTCCCTTG 1407
Query 1419 GTGATTTGGAGCATCTTCTCAAGATGAACTTGAGTAGAAATCATATAACTGGTGTAGTTC 1478
|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1408 GTGATTTGGAGCATCTTCTCAAGATGAACTTGAGCAGAAATCATATAACCGGTGTAGTTC 1467
Query 1479 CAGGCGACTTTGGAAATCTAAGAAGCATCATGGAAATAGATCTTTCAAATAATGATATCT 1538
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1468 CAGGCGACTTTGGAAATCTAAGAAGCATCATGGAAATAGATCTTTCAAATAATGATATCT 1527
Query 1539 CTGGCCCAATTCCAGAAGAGCTTAACCAATTACAGAACATAATTTTGCTGAGACTGGAAA 1598
| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||||
Sbjct 1528 CGGGCCCAATTCCAGAAGAGCTTAACCAATTGCAGAATATTGTTTTGCTGAGACTGGAAA 1587
Query 1599 ATAATAACCTGACTGGTAATGTTGGTTCATTAGCCAACTGTCTCAGTCTCACTGTATTGA 1658
|||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||
Sbjct 1588 ATAATAACTTAACTGGTAATGTTGGTTCATTAGCCAACTGCCTCAGCCTGACTGTATTGA 1647
Query 1659 ATGTATCTCATAACAACCTCGTAGGTGATATCCCTAAGAACAATAACTTCTCAAGATTTT 1718
|||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 1648 ATGTATCTCACAACAACCTTGTAGGCGATATCCCTAAGAACAATAACTTTTCAAGATTTT 1707
Query 1719 CACCAGACAGCTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTCACCGTGTC 1778
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 1708 CACCAGACAGCTTCATTGGCAATCCTGGTCTTTGCGGTAGTTGGCTAAACTCACCCTGTC 1767
Query 1779 ATGATTCTCGTCGAACTGTACGAGTGTCAATCTCTAGAGCAGCTATTCTTGGAATAGCTA 1838
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1768 ATGATTCTCGTCCAACTGTACGAGTGTCAATCTCTAGAGCAGCTATTCTTGGAATAGCTA 1827
Query 1839 TTGGGGGACTTGTGATCCTTCTCATGGTCTTAATAGCAGCTTGCCGACCGCATAATCCTC 1898
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||
Sbjct 1828 TTGGGGGACTTGTGATCCTTCTCATGGTCTTAATAGCAGCTTGTCGGCCGCATAATCCTC 1887
Query 1899 CTCCTTTTCTTGATGGATCACTTGACAAACCAGTAACTTATTCGACACCGAAGCTCGTCA 1958
|||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||||
Sbjct 1888 CTCCAGTTCTTGATGGATCACTTGACAAACCAGTAACCTATTCAACCCCGAAGCTCGTCA 1947
Query 1959 TCCTTCATATGAACATGGCACTCCACGTTTACGAGGATATCATGAGAATGACAGAGAATC 2018
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1948 TCCTTCATATGAACATGGCACTCCACGTTTACGAGGATATCATGAGAATGACAGAGAATC 2007
Query 2019 TAAGTGAGAAGTATATCATTGGGCACGGAGCATCAAGCACTGTATACAAATGTGTTTTGA 2078
| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2008 TTAGTGAGAAGTACATCATTGGGCATGGAGCATCAAGCACTGTATACAAATGTGTTTTGA 2067
Query 2079 AGAATTGTAAACCGGTTGCGATTAAGCGGCTTTACTCTCACAACCCACAGTCAATGAAAC 2138
|||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2068 AGAACTGCAAACCGGTTGCAATTAAGCGGCTTTACTCTCACAACCCACAGTCAATGAAAC 2127
Query 2139 AGTTTGAAACAGAACTCGAGATGCTAAGTAGCATCAAGCACAGAAATCTTGTGAGCCTAC 2198
||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2128 AGTTTGAGACCGAACTCGAGATGCTAAGTAGCATCAAGCACAGAAATCTTGTGAGCCTAC 2187
Query 2199 AAGCTTATTCCCTCTCTC-ACTTGGGGAGTCTTCTGTTCTATGACTATTTGGAAAATGGT 2257
|||| ||||| ||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2188 AAGCCTATTCTCTCTCTCCA-TTGGGGAGTCTCCTGTTCTATGACTATTTGGAAAATGGT 2246
Query 2258 AGCCTCTGGGATCTTCTTCATGGCCCTACGAAGAAAAAGACTCTTGATTGGGACACACGG 2317
|||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2247 AGCCTCTGGGATCTTCTTCACGGCCCTACGAAGAAAAAGACTCTTGATTGGGACACACGG 2306
Query 2318 CTTAAGATAGCATATGGTGCAGCACAAGGTTTAGCTTATCTACACCATGACTGTAGTCCA 2377
|| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2307 CTCAAGATAGCATATGGTGCAGCACAAGGTTTAGCTTATCTACACCATGACTGTAGTCCA 2366
Query 2378 AGGATCATTCACAGAGACGTGAAGTCGTCCAACATTCTCTTGGACAAAGACTTAGAGGCT 2437
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
Sbjct 2367 AGGATAATTCACAGAGATGTGAAGTCGTCCAACATTCTCTTGGACAAGGACTTAGAGGCT 2426
Query 2438 CGTTTGACAGATTTTGGAATAGCGAAAAGCTTGTGTGTGTCAAAGTCACATACTTCAACT 2497
||||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 2427 CGTTTAACAGATTTCGGAATCGCGAAAAGCTTGTGTGTGTCAAAGTCACATACTTCTACT 2486
Query 2498 TACGTGATGGGCACGATAGGTTACATAGACCCCGAGTATGCTCGCACTTCACGGCTCACT 2557
||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
Sbjct 2487 TACGTAATGGGCACGATTGGTTACATAGACCCCGAGTATGCTCGCACTTCACGTCTCACC 2546
Query 2558 GAGAAATCCGATGTCTACAGTTATGGAATAGTCCTTCTTGAGTTGTTAACCCGAAGGAAA 2617
|||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 2547 GAGAAATCCGATGTCTACAGTTATGGAATAGTGCTGCTTGAGTTGTTAACCAGAAGGAAA 2606
Query 2618 GCCGTTGATGACGAATCCAATCTCCACCATCTGATAATGTCAAAGACGGGGAACAATGAA 2677
||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2607 GCCGTCGATGACGAATCCAATATCCACCATCTGATAATGTCAAAGACGGGGAACAATGAA 2666
Query 2678 GTGATGGAAATGGCAGATCCAGACATCACATCGACGTGTAAAGATCTCGGTGTGGTGAAG 2737
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||
Sbjct 2667 GTGATGGAAATGGCAGATCCAGACATCACATCGACGTGTAAGGATCTCGGTGTTGTGAAG 2726
Query 2738 AAAGTTTTCCAACTGGCACTCCTATGCACCAAAAGACAGCCGAATGATCGACCCACAATG 2797
|||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2727 AAAGTTTTCCAACTGGCACTTTTATGCACCAAAAGACAGCCGAATGATCGACCCACAATG 2786
Query 2798 CACCAGGTGACTCGTGTTCTCGGCAGTTTTATGCTATCGGAACAACCACCTGCTGCGACT 2857
||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2787 CACCAAGTGACTCGTGTCCTCGGCAGCTTCATGCTGTCGGAACAACCACCTGCTGCGACA 2846
Query 2858 GACACGTCAGCGACGCTGGCTGGTTCGTGCTACGTCGATGAGTATGCAAATCTCAAGACT 2917
||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2847 GACACTTCAGCAACGCTGGCTGGTTCGTGCTACGTCGATGAGTATGCAAATCTCAAGACT 2906
Query 2918 CCTCATTCTGTCAATTGCTCTTCCATGAGTGCTTCTGATGCTCAACTGTTTCTTCGGTTT 2977
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 2907 CCTCATTCTGTCAATTGCTCTTCCATGAGTGCTTCTGATGCTCAGCTGTTTCTTCGGTTT 2966
Query 2978 GGACAAGTTATTTCTCAGAACAGTGAGTAGTTTTTCGTTAGGAGGAGAATCTTTAAAACG 3037
|||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
Sbjct 2967 GGACAAGTTATTTCTCAGAACAGTGAGTAGTTTTTC-TTAGGAGGAGAATCTTTAAAACG 3025
Query 3038 GTATC-TTTTCGTTGCGTTAAGC----TGTTAGAAAAATTAATGTCTCATGTAAAGTA-T 3091
||||| |||| |||||||||||| |||||||||| |||||||| |||||||| | |
Sbjct 3026 GTATCGTTTT-GTTGCGTTAAGCAGGCTGTTAGAAAA-TTAATGTCACATGTAAAAAAAT 3083
Query 3092 TATGCACTGCCTTATTATTATTAGACAAGTGTGTGGTGTGAATATGTCTTCAGACTGGCA 3151
||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||||
Sbjct 3084 TATGCACTGCCTTGTTATTATTAGACAAGTGTGTG-----AATATATCCTCAGACTGGCA 3138
Query 3152 CTTAGACTTCCTAT 3165
||||||||||||||
Sbjct 3139 CTTAGACTTCCTAT 3152
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 120555625425
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5