BLASTN 2.2.26+
Reference:
Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000),
"A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000;
7(1-2):203-14.
Database: halleri_transcript_ahg.fa
32,672 sequences; 38,939,717 total letters
Query= AT2G26780.1
Length=5708
Score E
Sequences producing significant alignments: (Bits) Value
Ahg481550 jgi|Araly1|481550|fgenesh2_kg.4__610__AT2G26780.1 7902 0.0
> Ahg481550 jgi|Araly1|481550|fgenesh2_kg.4__610__AT2G26780.1
Length=5887
Score = 7902 bits (4279), Expect = 0.0
Identities = 4641/4809 (97%), Gaps = 52/4809 (1%)
Strand=Plus/Plus
Query 912 GCACTACAGGCACTGAAAATGTTGCTCCGGAACATAATGTAGCTCCAGGAAATATATCCT 971
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1106 GCACTACAGGCACTGAAAATGTTGCTCCGGAACATAATGTAGCTCCAGGAAATATATCCT 1165
Query 972 TGAAAATGAAGCTCATGTCTGGTTTCTGTCGTTCTATCGCAGCTGCAAATAGTTTTCCTG 1031
||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||
Sbjct 1166 TGAAAATGAAGCTCATGTCTGGTTTCTGTCGGTCCATTGCAGCTGCAAATAGTTTTCCTG 1225
Query 1032 CAACATTGCAGTGCATATTTGGCTGCATGTATGGAAGTGGAACAACCTTAAGGCTAAAGC 1091
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1226 CAACATTGCAGTGCATATTTGGCTGCATGTATGGAAGTGGAACAACCTTAAGGCTAAAGC 1285
Query 1092 AAATGGGAATGGAGTTCACCGTGTGGGTTTTTAAGCATGGGAAGATAGATCAGTTGAAAC 1151
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1286 AAATGGGAATGGAGTTCACCGTGTGGGTTTTTAAGCATGGGAAGATAGATCAGTTGAAAC 1345
Query 1152 TTATGGGACCTGTTATACTGAATGCTATTCTAAAAATGCTTGATGGTTTC-ACAGGCTCA 1210
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||
Sbjct 1346 TTATGGGACCTGTTATACTGAATGCTATTCTAAAAATGCTTGATGG-TTCTACAGGCTCA 1404
Query 1211 GAAACAGATGCTCTATCGAGGGAGACCAAAACATTTTCTTTTCAAGCTATTGGTTTACTT 1270
||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1405 GAAACAGATGCTCTATCAAGGGAGACCAAAATATTTTCTTTTCAAGCTATTGGTTTACTT 1464
Query 1271 GCACAACGTTTGCCTCAGCTTTTTAGAGAAAAGACTGAAATGGCTGTTCGTCTTTTTGAT 1330
|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1465 GCACAACGTTTGCCCCAGCTTTTTAGAGAAAAGACTGAAATGGCTGTTCGTCTTTTTGAT 1524
Query 1331 GCGCTGAAATTAGAAACCCAATCTCTTCGTTCAACCATCCAGGAGGCAATAGTTTCTCTT 1390
|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
Sbjct 1525 GCGCTGAAGTTAGAAACCCAATCTCTTCGTTCAACCATCCAGGAGGCAATAATTTCTCTT 1584
Query 1391 GCTGCTGCATACAAGGACTCCCCAGAGAATATTCTCAGAGACTTGGAGGTGCTTCTGCTA 1450
|||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 1585 GCTGCTGCATACAAGGACGCCCCAGAGAATATTCTCAGAGACTTAGAGGTGCTTCTGCTA 1644
Query 1451 GCAAATTCTCTGGCGGGGTTTATAAAGTCTAGTATCTTTATTGCTTCTATTGACCAGGAA 1510
|||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||
Sbjct 1645 GCAAATTCTCTGGCGGGGTTTATAAAATCTAGTATCTTTATGGCTTATATTGACCAGGAA 1704
Query 1511 CAAAATGAAGCTCGCTTTTGTGCTTTACGATGGGCAACTTCTTTGTATAATTCACACCAT 1570
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||
Sbjct 1705 CAAAATGAAGCTCGCTTTTGTGCTTTGCGATGGGCAACTTCTTTGTATAATTCACAACAT 1764
Query 1571 TGTCCAAGTCTCTATATTTGCATGCTGAGTGCAGCAGATCCGAAGCTAGATATAAGGGAA 1630
||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1765 TGTCCAAGTCTCTATATTTGCATGCTGAGCGCAGCAGATCCGAAGCTAGATATAAGGGAA 1824
Query 1631 ATAGCACTCGAAGGACTCTTTCTGAAAGAAGAAGGTCGCAGTATAGTCTCTAATCATGAC 1690
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1825 ATAGCACTCGAAGGACTCTTTCTGAAAGAAGAAGGTCGCAGTATAGTCTCTAATCATGAC 1884
Query 1691 CATAAGTACCCAAAATTTATTGAGATGCTGGAGTACATTCTCAAGCAACAGCCAAAACTG 1750
||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 1885 CATAAATACCCAAAATTTAATGAGATGCTGGAGTACATTCTCAAGCAACAGCCAAAACTG 1944
Query 1751 TTAGATTCTTCAGAAATGAGAAGCCAGAAGCTTCTCTTTCCCTCGCAAGTCTATCTGGTC 1810
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
Sbjct 1945 GTAGATTCTTCAGAAATGAGAAGCCAGAAGCTTCTCTTTCCCTCGCAAGTATATCTGGTC 2004
Query 1811 ATGATAAAGTTTTTAGTGAAGTGTTTTGAGTTAGAGATGGAGGAGAGCAATACCCAGGCT 1870
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2005 ATGATAAAGTTTTTAGTGAAGTGTTTTGAGTTAGAGATGGAGGAGAGCAATACCCAGGCA 2064
Query 1871 GTAGGGACTGAATTTTTGGATTCGGCACAAAAAATGTGTTCGTTGTTGGAACATTCCTTG 1930
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 2065 GTAGGGACTGAATTTTTGGATTCGGCACAAAAAATGTGTTCTTTGTTGGAACATTCCTTG 2124
Query 1931 GCATTCGAAGGCTCGGCTGAACTACATGCTTGTGCTTCTAAAGCATTGGTTTCAGTTGGC 1990
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2125 GCATTCGAAGGCTCGGCTGAACTGCATGCTTGTGCTTCTAAAGCATTGGTTTCAGTTGGC 2184
Query 1991 TCTTACCTTCCGGAGATGGTTGAACTTTACTTCTCCCGAAAAATTGTGTGGCTAAGAAGT 2050
|||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2185 TCTTACCTTCCGGAGATGGTTGAACTTTACTTTTCCCGAAAAATTGTGTGGCTAAGAAGT 2244
Query 2051 CTGCTTAGTCATACAGACTTGAGTACTCGTGAATCTGTATCACGATTACTCGGAATGGCA 2110
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2245 CTGCTTAGTCATACAGACTTGAGTACTCGTGAATCTGTATCACGATTACTCGGAATGGCA 2304
Query 2111 TCCTGTGCTCTGTCTGATGCTGAATCATGTTCCTTGCTCTCTGAATTGATATCTTCAATT 2170
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2305 TCCTGTGCTCTGTCTGATGCTGAATCATGTTCCTTGCTCTCTGAATTGATATCTTCAATT 2364
Query 2171 TCCCAACCGCAGAAGTTAAGGTTTGAGGCACAGCATGGGGGATTATGCGCTGTAGGATTT 2230
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2365 TCCCAACCGCAGAAGTTAAGGTTTGAGGCACAGCATGGGGGATTATGCGCTGTAGGATTT 2424
Query 2231 GTATCAGCACACTGTTTACATAGGATCCCCACTGTTTCTAAAGCAGTTACTCAAAATGCG 2290
|| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 2425 GTTTCAGCACACTGTTTACATAGAATCCCCACTGTTTCTGAAGCAGTTACTCAAAATGCG 2484
Query 2291 GT-AAAGTATTTGGTGGAAGTTGTTAATTTAGAGACTGCACCACTGGCTTCTGTTGCTAT 2349
|| ||| | ||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2485 GTTAAA-TGTTTGGGGGATGTTGTTAATTTAGAGACTGCACCACTGGCTTCTGTTGCTAT 2543
Query 2350 GGAAGCTCTGGGTCATATTGGGATTTGTGGCGCATTACC-CTTTCTTGTTAATGATTCTA 2408
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||
Sbjct 2544 GGAAGCTCTGGGTCATATTGGGATTTGTGGCGCATTACCTCTT-CTTGTTAATGATTCTA 2602
Query 2409 GTCCAGGGACTCAAGTGCTGGAAATTCTTCAAGAAAGATTGAGCAAGCTACTCTCTGGTG 2468
||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2603 GTCCAGGGACTCAAGTGCTGGAAGTTCTTCAAGAAAGATTGAGCAAGCTACTCTCTGGTG 2662
Query 2469 ATGATATAAAATCAGTTCAGAAAATTGCTCTTTCTCTTGGACATATCTGTTCAAATGAAA 2528
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2663 ATGATATAAAATCAGTTCAGAAAATTGCTCTTTCTCTTGGACATATCTGTTCAAATGAAA 2722
Query 2529 CGTCATCTTCGCACTTGAAAATAGCGCTTGATCTTTTATTTAGCCTTTCACGGTCAAAGG 2588
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2723 CGTCATCTTCGCACTTGAAAATAGCGCTTGATCTTTTATTTAGCCTTTCACGGTCAAAGG 2782
Query 2589 CTGAAGAAATTTTGTTTGCTGCTGGTGAGGCGCTATCTTTCCTCTGGGGTGGTGTACCAG 2648
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2783 CTGAAGAAATTTTGTTTGCTGCGGGTGAGGCGCTATCTTTCCTCTGGGGTGGTGTACCAG 2842
Query 2649 TTACTGCTGATATGATTCTGAAAACTAATTATACTTCTCTTTCGACGGACTCAAATTTTC 2708
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2843 TTACTGCTGATATGATTCTGAAAACTAATTATACTTCTCTTTCGACGGACTCAAATTTTC 2902
Query 2709 TGATGAAAGAAGTTAAATCTTTGTCTGATGTCAAAACTGATACTGAGGAAGATAGCCGTA 2768
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2903 TGATGAAAGAAGTTAAATCTTTGTCTGATGTCAAAACTGATACTGAGGAAGATAGCCGTA 2962
Query 2769 CCACAACCAGAGAAACAATTACTGGAAAACTCTTTGACACTCTTCTGTATAGTAGCAGGA 2828
||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 2963 CCATAACCAGAGAAACAATTACTGGAAAACTCTTTGACACTCTTCTGTATAGTAGCAGGA 3022
Query 2829 AGGAGGAACGATGTGCTGGAACTGTGTGGATGCTGTCTTTGACCATGTACTGTGGCCAGC 2888
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3023 AGGAGGAACGATGTGCTGGAACTGTGTGGATGCTGTCTTTGACCATGTACTGTGGCCAGC 3082
Query 2889 AGCCATCAATCCAACTAATGCTTCCAAAAATCCAGGAGGCTTTCTCACATTTGTTAGGTG 2948
|||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 3083 AGCCATCAATCCAAATAATGCTTCCTAAAATCCAGGAAGCTTTCTCACATTTGTTAGGTG 3142
Query 2949 ACCAGAATGAACTTACACAGGAGCTGGCATCCCAGGGCATGAGCATCATCTATGAACTTG 3008
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3143 ACCAGAATGAACTTACACAGGAGCTGGCATCCCAGGGCATGAGCATCATCTATGAACTTG 3202
Query 3009 GTGATGCATCAATGAAGAAAAGCCTGGTAGATGCTCTGGTAAATACTCTAACAGGCACAA 3068
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3203 GTGATGCATCAATGAAGAAAAGCCTGGTAGATGCTCTGGTAAATACTCTAACTGGCACAA 3262
Query 3069 GCAAAAGAAAACGAGCTATTAAGCTTGTTGAGGAGTCTGAAGTGTTTCAAGAGGGAACTA 3128
||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3263 GCAAAAGAAAACGAGCTATAAAGCTTGTTGAGGAGTCTGAAGTGTTTCAAGAGGGAACTA 3322
Query 3129 TCGGTGAGAGTCCTAGTGGAGGGAAGATTAGCACTTACAAGGAGCTTTGTAATCTTGCAA 3188
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3323 TCGGTGAGAGTCCCAGTGGAGGGAAGATTAGCACTTACAAGGAGCTTTGTAATCTTGCAA 3382
Query 3189 ATGAAATGGGGCAACCTGATTTAATTTACAAATTTATGGACTTAGCCAATCACCAAGCTT 3248
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3383 ATGAAATGGGGCAACCTGATTTAATTTACAAATTTATGGACTTAGCCAATCACCAAGCTT 3442
Query 3249 CTCTTAACTCAAAGAGAGGAGCTGCTTTTGGGTTCTCCAAGATAGCCAAGCAAGCTGGAG 3308
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
Sbjct 3443 CTCTTAACTCAAAGAGAGGAGCTGCTTTTGGGTTCTCCAAGATAGCCAAGCAAGCAGGAG 3502
Query 3309 ATGCTCTTCGACCACATTTGCGACTGTTGATTCCGAGGTTGATTCGTTACCAATATGATC 3368
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3503 ATGCTCTTCGACCACATTTGCGACTGTTGATTCCGAGGTTGATTCGTTACCAATATGATC 3562
Query 3369 CTGACAAAAATGTCCAGGATGCGATGGCACACATTTGGAAAGCACTGATACAAGACCCTA 3428
||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3563 CTGACAAAAATGTGCAGGATGCGATGGCACACATTTGGAAAGCACTGATACAAGACCCTA 3622
Query 3429 AGAAAGCTGTTGATGAACATTTGAATCACATCTTCGATGATCTGCTAGTACAATGTGGTT 3488
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3623 AGAAAGCTGTCGATGAACATTTGAATCACATCTTCGATGATCTGCTAGTACAATGTGGTT 3682
Query 3489 CACGGCTTTGGCGCTCCCGTGAGGCATCCTGTTTGGCTCTTGCTGATATTATTCAAGGTC 3548
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3683 CACGGCTTTGGCGCTCCCGTGAGGCATCCTGTTTGGCTCTTGCTGATATTATTCAAGGGC 3742
Query 3549 GGAAATTTGACCAGGTCAAGGAGCATTTGAAAAAACTATGGATAGCTGCCTTCCGTGCAA 3608
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3743 GGAAATTTGACCAGGTCAAGGAGCATTTGAAAAAACTATGGATAGCTGCCTTCCGTGCTA 3802
Query 3609 TGGATGACATTAAAGAAACTGTGAGAAATGCTGGTGATAAGTTATGTCGTGCCGTGACAT 3668
|||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
Sbjct 3803 TGGATGACATTAAAGAGACTGTGAGAAATGCTGGTGATAAGTTATGTCGTGCTGTGACAT 3862
Query 3669 CCTTAACAATAAGGATCTGTGATGTCACGCTTACCGAACTAGCAGATGCAAAACAAGCGA 3728
||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
Sbjct 3863 CCTTAACGATAAGGATCTGTGATGTCACGCTTACCGAACTAGCAGATGCAAAACAAGCAA 3922
Query 3729 TGGATATTGTTCTTCCTTTTTTGCTTTCAGAAGGAATAATGAGTAAAGTCAACAGTGTAC 3788
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3923 TGGATATTGTTCTTCCTTTTTTGCTTTCAGAAGGAATAATGAGTAAAGTCAACAGTGTAC 3982
Query 3789 GTAAGGCTTCAATTGGAGTTGTTATGAAGCTTGCAAAGGGTGCAGGAGTTGCCCTCCGTC 3848
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 3983 GTAAGGCTTCAATTGGAGTTGTTATGAAGCTTGCAAAGGGTGCAGGAGTTGCCCTCCGTC 4042
Query 3849 CACATTTGTCCGACTTAGTTTGTTGTATGTTGGAAAGTTTGTCTAGTCTTGAAGACCAAG 3908
|||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4043 CACATTTGTCCGACCTAGTTTGCTGTATGTTGGAAAGTTTGTCTAGTCTTGAAGACCAAG 4102
Query 3909 GACTTAACTATGTTGAGTTGCATGCTGCCAATATTGGCATAGAAACCGAGAAACTTGAAA 3968
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4103 GACTTAACTATGTTGAGTTGCATGCTGCCAATATTGGCATAGAAACAGAGAAACTTGAAA 4162
Query 3969 ATTTACGAATTTCAATCTCGAAAGGCTCTCCAATGTGGGAAACACTTGATCTGTGTATTA 4028
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 4163 ATTTACGAATTTCAATCTCGAAAGGCTCTCCAATGTGGGAAACTCTTGATCTGTGTATTA 4222
Query 4029 ATATAGTGGATATTGAATCACTTGAACAATTGATCCCTCGTCTCACTCAACTTGTTCGGG 4088
||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
Sbjct 4223 ATATAGTGGATATTGAATCACTTGATCAATTGATCCCTCGTCTCACGCAACTTGTTCGGG 4282
Query 4089 GTGGTGTTGGCCTCAATACGAGAGTTGGTGTTGCCAGCTTTATCTCATTGCTAGTTCAAA 4148
|||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4283 GTGGTGTTGGCCTCAATACGAGGGTTGGTGTTGCCAGCTTTATCTCATTGCTAGTTCAAA 4342
Query 4149 AAGTTGGTTCCGAGATAAAGCCGTTCACTGGAATGCTGCTGAGACTTTTGTTTCCTGTTG 4208
|||| ||| |||||||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||||||||||
Sbjct 4343 AAGTCGGTACCGAGATAAAGCCGTTAACTGGAATGCTGCTAAAACTTTTGTTTCCTGTTG 4402
Query 4209 CCAAAGAGGAGAAAAGTTCTGCTGCAAAACGTGCCTTTTCGAGTGCTTGCGGCATTGTAT 4268
|||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4403 CCAAGGAGGAGAAAAGTTCTTCCGCAAAACGTGCCTTTTCGAGTGCTTGTGGCATTGTAT 4462
Query 4269 TGAAGTATTCTAGCCCCTCTCAAGCTCAAAGCTTAATCGAAGAAACTGCAGCTCTGCACT 4328
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4463 TGAAGTATTCTAGCCCCTCTCAAGCTCAAAGCTTAATCGAAGAAACTGCAGCTCTGCACT 4522
Query 4329 CTGGTGATAGAAGCTCCCAGATCGCATGTGCGAGTCTGTTCAAAAGCTTCTCATCTACAG 4388
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
Sbjct 4523 CTGGTGATAGAAGCTCCCAGATCGCATGTGCGAGTCTTTTCAAAAGCTTCTCATCTACAG 4582
Query 4389 CTGCTGATATTATGAGCAGTCATCAGTCGGCTATTGTTCCAGCTATATTTATTTCCAGAT 4448
|| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4583 CTTCTGATATTATGAGCAGTCACCAGTCGGCTATTGTTCCAGCTATATTTATTTCCAGAT 4642
Query 4449 TTGAGGATGAAAAACAGATTTCGAGTCTCTTTGAGGAGGTGTGGGAAGACATCACAAGTG 4508
|||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4643 TTGAGGATGAAAAACAAATTTCGAGTCTCTTTGAGGAGGTGTGGGAAGATATCACAAGTG 4702
Query 4509 GTGAAAGGGTCACACTACAGTTGTTTCTGCAAGAAATTGTGAATCATATCTGCGAGAGCA 4568
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
Sbjct 4703 GTGAAAGGGTCACACTACAGTTGTTTCTGCAAGAAATTGTGAATCATATTTGCGAGAGCA 4762
Query 4569 TCACATCATCCTCGTGGGCAAGCAAGAAGAAG-----T--------CT--------GGTA 4607
|||||||||| ||||||||||||||||| ||| | || ||||
Sbjct 4763 TCACATCATCATCGTGGGCAAGCAAGAAAAAGGCAACTTTTTTTATCTTTCTCTCTGGTA 4822
Query 4608 AGGCAATTTGCAAACTAACTGAAGTCTTGGGTGAATCATTATCGCCACACCACAAGAGAT 4667
|||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4823 AGGCGATATGCAAACTAGCTGAAGTCTTGGGTGAATCATTATCGCCACACCACAAGAGAT 4882
Query 4668 TGCTACAATGTCTTGTCAATGAAATTCCTGGACGTTTATGGGAGGGAAAGGATGCTCTTT 4727
|||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4883 TGCTGCAATGTCTTGTCAATGAAATTCCTGGACGATTATGGGAGGGAAAGGATGCTCTTT 4942
Query 4728 TGGATGCCCTAGGTGCTCTTTCAGTCGCTTGCCACGAGGCAATAACTAAGGAGGACCCAA 4787
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 4943 TGGATGCCCTAGGTGCTCTTTCAGTCGCTTGCCACGAGGCAATAACTAAGGAGGACCCAA 5002
Query 4788 CAACTCCGACTACCATCTTGAGTCTTATCTGTTCTGCATGCAAAAAGAAACTCAAGAAAT 4847
||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5003 CAACTCCCACTACCATCTTGAGTCTTATCTGTTCTGCATGCAAAAAGAAACTCAAGAAAT 5062
Query 4848 ATCGCGAGTCAGCCTTTTCTTGTCTGGAGAAGGTCATAATAGCTTTTGGCGATCCAAAGT 4907
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5063 ATCGCGAGTCAGCCTTTTCTTGTCTGGAGAAGGTCATAATAGCTTTTGGCGATCCAAAGT 5122
Query 4908 TTTTCCATGCCGTTTTCCCGATGTTGTATGAGATGTGTAATACTGCCTCCATCAAAACGA 4967
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
Sbjct 5123 TTTTCCATGCCGTTTTCCCGATGTTGTATGAGATGTGTAGTACTGCCTCTGTCAAAACGA 5182
Query 4968 ACACTCAAGTTCAGGCAGCAAGTGATGCTGTCAAAACAGAATCAGAAAATGGAGAAGATG 5027
||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| |
Sbjct 5183 GCACCCAAGTTCAGGCAACAAGTGATACTGTCAAAACAGAATCAGAAAACGGAGAAGACG 5242
Query 5028 GACATGTCCCTCTTGAAAAAATTATGGAATGCGTCAAGTCTTGCATCCAAGTGGCAACTA 5087
|||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5243 GACAAGTCCCACTTGAAAAAATTATGGAATGCGTCAAGTCTTGCATCCAAGTGGCAACTA 5302
Query 5088 TAGATGACATTCTTAGCGCAAAAGCAGATTTGATTCATGTTCTTATAATTTCCTTATCAC 5147
||||||| ||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 5303 TAGATGATATTCTTAGCGCGAAAGCAAATTTGATTCATGTTCTTTTAATTTCCTTATCAC 5362
Query 5148 CTGGTTTTCTGTGGACTGTAAAAATGTCTGGAATTTCATGTGTGGGAAAGCTTTGTTCAA 5207
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5363 CTGGTTTTCTGTGGACTGTAAAAATGTCTGGAATTTCATGTGTGGGAAAGCTTTGTTCAA 5422
Query 5208 GGTTTCCGAGTCTATGGACTGACTCCATGGATGACCTTTCACCTAGTGATGCGACAAAAT 5267
|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5423 GGTTTCAGAGTCTATGGACTGACTCCATGGATGACCTTTCACCTAGTGATGCGACAAAAT 5482
Query 5268 TCGTTCATGAGTTATTTCACTCACTAGTTCCTAAACTCCTGGAGTGCATACACACTGTGA 5327
||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||
Sbjct 5483 TCGTTCATGAGTTATTTCACTCACTAGTTCCTAAACTACTGGAATGCATTCACACTGTGA 5542
Query 5328 AGATAGCACAGTTTCATGTGGCTGCTTCCCAATGCCTGCTTGAGCTCATCGAACTGTATA 5387
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
Sbjct 5543 AGATAGCACAGTTTCATGTGGCTGCTTCCCAATGCCTGCTCGAGCTCATCGAACTGTATA 5602
Query 5388 GCACAATCTCGTCTTTGCATCCCGTGGAAGTAGATTTTAAGGCTGAGGTTGTTTCTTTAC 5447
||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||
Sbjct 5603 GCACAGTCTCGTCTTTGCATCCCGTGGAAGTAGATTTCAAGGCTGAAGTTGTCTCTTTAC 5662
Query 5448 TTGAACTCGAAAAGAGTGAAGAAGCCAAGTCGTTGTTGAGAAAATCCAGGGATGCTCTTG 5507
|||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 5663 TTGAACTCGAGAAGAGTGAAGAAGCCAAGTCGTTGTTGAGAAAATCCAGGGATGCTCTTG 5722
Query 5508 CAAATCTCCCTTCGTTAAACTAAGCAAGCACAGAGAA-GATTTTAGTTTTATGCCTGAAG 5566
|||||||||| |||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||
Sbjct 5723 CAAATCTCCCCTCGTTAAACTGAGCAAACACAG-GAAAGATTTTAGTTTTATGCCTTAAA 5781
Query 5567 TTGATATAAATGGGAATTGAATCTCCTACTTTGTATTTGTTTACTTATATACAAGTTCAC 5626
|||||||||||| ||| | | ||||| ||| | | | |||||||||
Sbjct 5782 TTGATATAAATGTCT-TTG--T-T--TACTT-GTA--------C--A-A--CAAGTTCAC 5821
Query 5627 ATTGATATATATATCTTCTAAGTTTTTACTTTTCTTCCCTGATGGTAAAAATTTATTCAC 5686
|| || ||| || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||
Sbjct 5822 ATGGAGATA-AT--CTTCTAAGTTTTTACTTTTCTTCCCCGATGGTAACAATTTCTTCAC 5878
Query 5687 GGCTTTTTT 5695
|||||||||
Sbjct 5879 GGCTTTTTT 5887
Score = 963 bits (521), Expect = 0.0
Identities = 553/569 (97%), Gaps = 0/569 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 236 GTTCTTGAGATATTGAGTCATGTTAACAAGAGAGTGAAGCATCAGCATGAAATTGGTTTG 295
|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 310 GTTCTTGAGATACTGAGTCATGTTAACAAGAGAGTGAAGCATCAGCATGAAATTGGTTTG 369
Query 296 CCTTTATTGGCTTTATGGAAATTGTACACAGATCCTGCTGCTGCTCCTATGGTTAGGAAC 355
||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 370 CCTTTGTTGGCTTTATGGAAATTGTACACCGATCCTGCTGCTGCTCCTATGGTTAGGAAC 429
Query 356 TTTGCTATTGTCTATGTTGAGATGGCTTTTGAACGAGCTCCTGCAAAGGAAAGGGAGGAA 415
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
Sbjct 430 TTTGCTATTGTCTATGTTGAGATGGCTTTTGAACGAGCTCCTGCCAAGGAAAGGGAGGAA 489
Query 416 ATTGCACCTAATACACTGGAGAATGTTTCAAAGCTTCCTAAGCAGCATCAAGAGATTATT 475
|||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 490 ATTGCACCTAGTACACTGGAGAATGTTTCGAAGCTTCCTAAGCAGCATCAAGAGATTATT 549
Query 476 TTGAGAATTGCTATTAAGGTCATTGGAGAATGTCATGCAAGCAAGATCAGTGATGATGTG 535
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 550 TTGAGAATTGCTATTAAGGTCATTGGAGAGTGTCATGCAAGCAAGATCAGTGATGATGTC 609
Query 536 TCTGCGAAGTATAGATCTTTGATTACTTCTCAGGATAAAGACTTGTTTCTGGATTTTTGC 595
|||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 610 TCTGCGAAGTATAGATCTCTGATTACTTCTCAGGATAAAGACTTGTTTCTGGATTTTTGC 669
Query 596 CTTCATATGCTTTTGTATCAACCATCTTCTCAAGGAGGTGGATCTTCTCCTGGGCTTTCA 655
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 670 CTTCATATGCTTTTGTATCAACCATCTTCTCAAGGAGGTGGATCTTCTCCTGGGCTTTCA 729
Query 656 GTTTTTCAAGTTAATCGTATAATCGGAAAGCAAGCATTAAAAGGGGACACGCTTACAAGA 715
||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||| |
Sbjct 730 GTTTTTCAAGTTAATCGTATAATCGGAAAACAAGCATTAAAAGGAGACATACTTACAAAA 789
Query 716 CGAAAGTTGGGGATCTTGAATGTCATTGGAAACATGGACCTACCTGGTGAATCTGTATAT 775
||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||
Sbjct 790 CGAAAGTTGGGGATCTTGAATGTCATTGGAACCATGGACCTGCCTGGTGAATCTGTATAT 849
Query 776 CCATTGTACATTGCTGCATCAGTGGATAG 804
|||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 850 CCATTGTACATTGCTGCATCAGTGGATAG 878
Score = 374 bits (202), Expect = 5e-102
Identities = 225/236 (95%), Gaps = 1/236 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 AAGAAGCACTGATAAATCTCTGCAACTCAACAAATTTCTGAGATTAGCTATGGAAGGTTC 60
|||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||| |||||||||||||| ||||||
Sbjct 1 AAGAAGCACTGATAAATCTCTGCAACTCCAGAAA-TTCGGAGATTAGCTATGGCAGGTTC 59
Query 61 TTCATCTTCGTCTTCGTTAATTTCCAAATCGGACGCTGAGTTGGAGGAAATGCTCGATCG 120
||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||
Sbjct 60 TTCATCTTCGTCTTCGTTAATCTCCAAATCGGACGGTGAATTGGAGGAAATGCTCGATCG 119
Query 121 GATGCTGACGAGACTCGCTCTTTGCGACGACTCCAAGCTCGAATCCCTAGTCTCTAACCT 180
|||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 120 GATGCTGACGAGACTCGCTCTTTGCGACGATTCCAAGCTCGAATCCCTAGTCTCTAACCT 179
Query 181 CCTTCCTCTTACCATATCTTCTCTTTCTTCTCAATCTCCCGTTGTTCGCAACAAGG 236
|||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
Sbjct 180 CCTTCCTCTTACCATATCTTCTCTGTCTTCTCAATCTCCAGTTGTTCGCAACAAGG 235
Score = 202 bits (109), Expect = 3e-50
Identities = 109/109 (100%), Gaps = 0/109 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 803 AGTCAAGAACCTGTAGCTAAGAGAGGGGAAGAGCTTCTAAAAAAGATAGCTTCTGGAACA 862
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 913 AGTCAAGAACCTGTAGCTAAGAGAGGGGAAGAGCTTCTAAAAAAGATAGCTTCTGGAACA 972
Query 863 AATTTGGATGATCCCAAGTTGATAAACAGACTGTTCTTACTATTCAATG 911
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sbjct 973 AATTTGGATGATCCCAAGTTGATAAACAGACTGTTCTTACTATTCAATG 1021
Lambda K H
1.33 0.621 1.12
Gapped
Lambda K H
1.28 0.460 0.850
Effective search space used: 216205072213
Database: halleri_transcript_ahg.fa
Posted date: Sep 25, 2014 2:02 AM
Number of letters in database: 38,939,717
Number of sequences in database: 32,672
Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5